# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.0615 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.056 0.067 0.089 0.154 0.213 0.291 0.129 2 L 0.134 0.189 0.185 0.181 0.163 0.116 0.031 3 D 0.198 0.243 0.232 0.179 0.098 0.043 0.008 4 P 0.264 0.190 0.174 0.185 0.125 0.052 0.010 5 S 0.352 0.216 0.181 0.129 0.078 0.036 0.008 6 D 0.599 0.212 0.095 0.058 0.028 0.008 0.001 7 D 0.613 0.247 0.091 0.038 0.009 0.002 0.001 8 G 0.690 0.160 0.069 0.051 0.023 0.006 0.001 9 E 0.714 0.190 0.063 0.024 0.007 0.001 0.001 10 D 0.559 0.282 0.111 0.037 0.009 0.001 0.001 11 G 0.295 0.224 0.186 0.175 0.093 0.024 0.002 12 G 0.277 0.263 0.215 0.147 0.072 0.023 0.003 13 A 0.212 0.271 0.228 0.169 0.084 0.030 0.005 14 I 0.041 0.074 0.110 0.210 0.272 0.239 0.054 15 F 0.021 0.052 0.106 0.219 0.286 0.243 0.073 16 P 0.046 0.111 0.169 0.223 0.210 0.184 0.058 17 T 0.087 0.177 0.204 0.214 0.167 0.117 0.035 18 G 0.126 0.180 0.214 0.218 0.160 0.079 0.023 19 N 0.190 0.313 0.237 0.136 0.076 0.036 0.012 20 L 0.031 0.087 0.152 0.237 0.258 0.189 0.046 21 V 0.033 0.139 0.238 0.282 0.200 0.087 0.021 22 D 0.031 0.097 0.168 0.252 0.251 0.172 0.029 23 D 0.036 0.173 0.306 0.282 0.145 0.050 0.007 24 L 0.010 0.025 0.073 0.227 0.403 0.241 0.021 25 E 0.132 0.392 0.280 0.136 0.045 0.013 0.002 26 V 0.043 0.093 0.179 0.332 0.269 0.082 0.003 27 P 0.266 0.380 0.227 0.097 0.026 0.004 0.001 28 G 0.448 0.365 0.136 0.042 0.008 0.001 0.001 29 V 0.179 0.243 0.259 0.223 0.085 0.011 0.001 30 G 0.108 0.378 0.321 0.147 0.041 0.005 0.001 31 T 0.047 0.285 0.360 0.233 0.065 0.010 0.001 32 F 0.001 0.003 0.014 0.096 0.401 0.449 0.037 33 K 0.001 0.020 0.122 0.358 0.370 0.116 0.013 34 A 0.001 0.001 0.005 0.025 0.113 0.558 0.299 35 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.384 0.560 36 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.167 0.806 37 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.116 0.866 38 N 0.001 0.001 0.002 0.011 0.046 0.219 0.720 39 A 0.001 0.003 0.010 0.027 0.072 0.272 0.615 40 G 0.001 0.004 0.013 0.050 0.122 0.343 0.467 41 I 0.004 0.012 0.026 0.061 0.132 0.346 0.420 42 P 0.004 0.013 0.032 0.081 0.148 0.345 0.378 43 T 0.007 0.020 0.044 0.094 0.166 0.346 0.323 44 V 0.002 0.006 0.010 0.028 0.095 0.402 0.456 45 F 0.002 0.009 0.028 0.099 0.216 0.419 0.227 46 V 0.004 0.015 0.027 0.072 0.179 0.478 0.227 47 N 0.013 0.088 0.182 0.311 0.242 0.133 0.030 48 A 0.010 0.031 0.089 0.225 0.358 0.258 0.029 49 E 0.212 0.387 0.244 0.114 0.034 0.008 0.001 50 E 0.294 0.387 0.194 0.087 0.029 0.008 0.001 51 I 0.086 0.093 0.176 0.287 0.261 0.091 0.006 52 G 0.224 0.278 0.237 0.164 0.072 0.023 0.002 53 Y 0.251 0.212 0.188 0.183 0.115 0.045 0.006 54 R 0.290 0.274 0.202 0.134 0.067 0.029 0.005 55 G 0.215 0.173 0.181 0.199 0.153 0.067 0.011 56 T 0.296 0.263 0.182 0.131 0.078 0.041 0.010 57 E 0.105 0.187 0.227 0.232 0.164 0.074 0.011 58 L 0.126 0.157 0.196 0.248 0.190 0.076 0.008 59 R 0.192 0.302 0.277 0.169 0.052 0.008 0.001 60 E 0.661 0.244 0.068 0.020 0.005 0.001 0.001 61 E 0.298 0.314 0.229 0.118 0.033 0.006 0.001 62 I 0.090 0.134 0.241 0.319 0.180 0.035 0.001 63 N 0.512 0.306 0.120 0.047 0.013 0.002 0.001 64 G 0.601 0.235 0.099 0.047 0.014 0.003 0.001 65 D 0.587 0.237 0.101 0.053 0.018 0.004 0.001 66 P 0.708 0.186 0.064 0.030 0.010 0.002 0.001 67 Q 0.643 0.251 0.076 0.022 0.006 0.001 0.001 68 Q 0.242 0.280 0.221 0.166 0.073 0.017 0.001 69 L 0.102 0.183 0.218 0.289 0.164 0.041 0.002 70 A 0.130 0.320 0.300 0.176 0.060 0.014 0.001 71 R 0.026 0.085 0.225 0.334 0.238 0.084 0.008 72 F 0.005 0.008 0.015 0.055 0.215 0.541 0.161 73 E 0.009 0.042 0.121 0.263 0.293 0.223 0.050 74 R 0.014 0.118 0.253 0.284 0.191 0.110 0.029 75 I 0.001 0.006 0.020 0.089 0.277 0.446 0.162 76 R 0.003 0.013 0.024 0.059 0.144 0.386 0.372 77 V 0.013 0.040 0.068 0.140 0.243 0.329 0.167 78 A 0.009 0.040 0.122 0.274 0.289 0.187 0.080 79 G 0.008 0.016 0.029 0.078 0.164 0.377 0.327 80 A 0.009 0.018 0.023 0.060 0.131 0.310 0.449 81 L 0.012 0.034 0.069 0.154 0.241 0.300 0.189 82 R 0.014 0.031 0.065 0.146 0.229 0.296 0.220 83 M 0.009 0.030 0.055 0.086 0.140 0.317 0.362 84 G 0.012 0.032 0.054 0.110 0.226 0.358 0.209 85 L 0.011 0.017 0.032 0.086 0.238 0.422 0.194 86 I 0.016 0.049 0.099 0.215 0.334 0.249 0.038 87 K 0.114 0.276 0.275 0.204 0.090 0.035 0.006 88 T 0.085 0.259 0.279 0.236 0.107 0.031 0.004 89 P 0.091 0.120 0.188 0.282 0.233 0.080 0.006 90 E 0.605 0.268 0.085 0.029 0.010 0.003 0.001 91 E 0.443 0.309 0.162 0.064 0.017 0.004 0.001 92 A 0.188 0.183 0.199 0.235 0.147 0.045 0.003 93 A 0.264 0.272 0.216 0.161 0.067 0.017 0.001 94 T 0.492 0.283 0.133 0.064 0.022 0.005 0.001 95 R 0.327 0.272 0.218 0.131 0.044 0.007 0.001 96 Q 0.444 0.283 0.144 0.080 0.036 0.012 0.001 97 H 0.147 0.212 0.232 0.221 0.134 0.048 0.006 98 T 0.053 0.150 0.239 0.275 0.187 0.081 0.014 99 P 0.012 0.042 0.083 0.201 0.297 0.285 0.080 100 K 0.002 0.008 0.029 0.092 0.228 0.420 0.220 101 I 0.001 0.005 0.012 0.034 0.113 0.456 0.378 102 A 0.001 0.002 0.007 0.023 0.094 0.377 0.496 103 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.445 0.454 104 V 0.001 0.004 0.013 0.061 0.215 0.470 0.236 105 A 0.003 0.019 0.059 0.182 0.327 0.351 0.059 106 P 0.021 0.150 0.272 0.295 0.177 0.073 0.012 107 P 0.049 0.129 0.202 0.265 0.236 0.109 0.010 108 R 0.314 0.291 0.199 0.121 0.057 0.017 0.002 109 D 0.530 0.252 0.117 0.062 0.028 0.011 0.002 110 Y 0.258 0.217 0.227 0.182 0.088 0.025 0.002 111 R 0.427 0.285 0.161 0.087 0.031 0.009 0.001 112 T 0.393 0.263 0.163 0.109 0.052 0.018 0.002 113 A 0.353 0.197 0.159 0.144 0.099 0.041 0.006 114 S 0.440 0.240 0.142 0.095 0.053 0.027 0.004 115 G 0.291 0.213 0.194 0.172 0.095 0.031 0.003 116 K 0.434 0.287 0.149 0.081 0.034 0.013 0.002 117 L 0.215 0.221 0.204 0.190 0.122 0.045 0.004 118 V 0.136 0.159 0.207 0.263 0.177 0.055 0.005 119 A 0.421 0.315 0.163 0.074 0.021 0.004 0.001 120 A 0.328 0.250 0.185 0.146 0.072 0.018 0.001 121 G 0.292 0.310 0.212 0.130 0.046 0.009 0.001 122 D 0.180 0.376 0.250 0.130 0.048 0.014 0.002 123 I 0.004 0.019 0.073 0.244 0.407 0.230 0.022 124 D 0.006 0.024 0.092 0.227 0.341 0.263 0.048 125 L 0.002 0.002 0.004 0.013 0.068 0.463 0.448 126 L 0.002 0.004 0.009 0.032 0.117 0.373 0.463 127 V 0.001 0.004 0.010 0.023 0.057 0.266 0.639 128 R 0.003 0.006 0.013 0.045 0.121 0.316 0.495 129 A 0.004 0.013 0.028 0.061 0.128 0.405 0.361 130 L 0.012 0.027 0.050 0.120 0.221 0.346 0.225 131 S 0.048 0.105 0.131 0.183 0.197 0.233 0.104 132 M 0.138 0.165 0.169 0.197 0.169 0.115 0.047 133 G 0.196 0.251 0.225 0.180 0.098 0.042 0.009 134 K 0.228 0.339 0.245 0.126 0.045 0.014 0.003 135 L 0.074 0.118 0.155 0.225 0.240 0.159 0.030 136 H 0.023 0.037 0.082 0.197 0.328 0.276 0.057 137 H 0.053 0.147 0.227 0.247 0.171 0.112 0.043 138 A 0.029 0.047 0.071 0.139 0.206 0.323 0.185 139 M 0.020 0.035 0.049 0.091 0.184 0.320 0.302 140 M 0.050 0.089 0.125 0.150 0.150 0.211 0.224 141 G 0.036 0.044 0.064 0.126 0.172 0.260 0.298 142 T 0.032 0.036 0.039 0.055 0.125 0.288 0.424 143 A 0.020 0.023 0.048 0.111 0.151 0.239 0.407 144 A 0.026 0.021 0.025 0.035 0.065 0.210 0.618 145 V 0.019 0.013 0.013 0.028 0.062 0.173 0.693 146 A 0.012 0.014 0.022 0.040 0.060 0.188 0.665 147 I 0.012 0.018 0.023 0.046 0.068 0.221 0.613 148 G 0.018 0.020 0.030 0.062 0.116 0.265 0.489 149 T 0.006 0.019 0.035 0.078 0.130 0.359 0.373 150 A 0.014 0.022 0.035 0.098 0.177 0.339 0.315 151 A 0.013 0.042 0.063 0.105 0.152 0.353 0.272 152 A 0.024 0.058 0.121 0.221 0.231 0.240 0.105 153 I 0.016 0.043 0.069 0.120 0.192 0.344 0.216 154 P 0.056 0.144 0.149 0.198 0.177 0.167 0.108 155 G 0.020 0.048 0.093 0.177 0.231 0.296 0.135 156 T 0.016 0.042 0.069 0.137 0.234 0.343 0.159 157 L 0.007 0.015 0.036 0.094 0.212 0.397 0.239 158 V 0.006 0.012 0.021 0.056 0.139 0.396 0.370 159 N 0.014 0.048 0.086 0.167 0.249 0.272 0.164 160 L 0.021 0.064 0.118 0.182 0.246 0.265 0.103 161 A 0.015 0.036 0.072 0.156 0.277 0.336 0.108 162 A 0.038 0.056 0.098 0.216 0.299 0.251 0.043 163 G 0.182 0.282 0.234 0.178 0.085 0.034 0.006 164 G 0.310 0.313 0.205 0.122 0.040 0.009 0.001 165 G 0.465 0.303 0.132 0.066 0.026 0.007 0.001 166 E 0.362 0.323 0.185 0.093 0.031 0.006 0.001 167 R 0.105 0.216 0.276 0.251 0.128 0.023 0.001 168 S 0.140 0.351 0.283 0.155 0.056 0.014 0.002 169 A 0.021 0.140 0.299 0.319 0.164 0.051 0.007 170 V 0.002 0.004 0.014 0.072 0.282 0.536 0.090 171 R 0.005 0.037 0.125 0.279 0.307 0.197 0.049 172 F 0.003 0.007 0.014 0.042 0.132 0.492 0.310 173 G 0.016 0.091 0.152 0.228 0.227 0.203 0.082 174 H 0.011 0.040 0.092 0.183 0.279 0.283 0.113 175 P 0.034 0.103 0.144 0.195 0.221 0.213 0.091 176 S 0.088 0.245 0.256 0.215 0.122 0.054 0.020 177 G 0.034 0.130 0.204 0.254 0.205 0.135 0.039 178 T 0.024 0.187 0.317 0.278 0.137 0.046 0.011 179 L 0.002 0.008 0.023 0.094 0.284 0.467 0.123 180 R 0.007 0.104 0.303 0.364 0.170 0.046 0.007 181 V 0.003 0.013 0.034 0.123 0.318 0.441 0.067 182 G 0.010 0.102 0.270 0.351 0.189 0.071 0.008 183 A 0.013 0.037 0.098 0.258 0.366 0.208 0.019 184 E 0.091 0.324 0.325 0.183 0.060 0.015 0.002 185 A 0.100 0.203 0.271 0.273 0.128 0.023 0.001 186 S 0.323 0.431 0.182 0.052 0.011 0.002 0.001 187 Q 0.441 0.320 0.157 0.067 0.015 0.002 0.001 188 A 0.668 0.207 0.080 0.033 0.010 0.002 0.001 189 N 0.756 0.173 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 190 G 0.565 0.264 0.124 0.040 0.006 0.001 0.001 191 E 0.474 0.320 0.131 0.057 0.015 0.003 0.001 192 W 0.101 0.209 0.282 0.255 0.128 0.025 0.002 193 T 0.065 0.192 0.294 0.286 0.134 0.028 0.002 194 V 0.035 0.037 0.064 0.184 0.336 0.296 0.048 195 T 0.056 0.203 0.279 0.281 0.130 0.046 0.006 196 K 0.044 0.161 0.256 0.252 0.177 0.092 0.018 197 A 0.014 0.028 0.059 0.145 0.270 0.353 0.131 198 I 0.010 0.027 0.069 0.150 0.243 0.324 0.177 199 M 0.029 0.039 0.052 0.084 0.145 0.330 0.321 200 S 0.024 0.056 0.107 0.189 0.210 0.248 0.167 201 R 0.040 0.060 0.096 0.132 0.153 0.249 0.271 202 S 0.026 0.036 0.052 0.098 0.156 0.293 0.339 203 A 0.025 0.027 0.038 0.084 0.149 0.360 0.315 204 R 0.080 0.123 0.134 0.203 0.182 0.174 0.104 205 I 0.049 0.079 0.113 0.180 0.206 0.261 0.113 206 L 0.027 0.047 0.058 0.094 0.155 0.343 0.277 207 M 0.021 0.063 0.110 0.219 0.243 0.247 0.097 208 E 0.051 0.167 0.200 0.220 0.183 0.128 0.051 209 G 0.058 0.120 0.170 0.233 0.217 0.161 0.040 210 W 0.023 0.098 0.221 0.296 0.233 0.114 0.014 211 V 0.033 0.030 0.042 0.121 0.296 0.397 0.082 212 R 0.067 0.155 0.222 0.278 0.187 0.082 0.010 213 V 0.149 0.185 0.189 0.225 0.170 0.073 0.009 214 P 0.291 0.291 0.218 0.136 0.045 0.016 0.003 215 G 0.481 0.263 0.147 0.075 0.028 0.006 0.001 216 D 0.607 0.249 0.095 0.035 0.011 0.003 0.001 217 A 0.513 0.223 0.135 0.083 0.037 0.009 0.001 218 F 0.507 0.204 0.144 0.088 0.041 0.013 0.002