# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.029 0.014 0.033 0.009 0.193 0.192 0.531 2 G 0.060 0.023 0.033 0.011 0.152 0.322 0.398 3 V 0.105 0.079 0.017 0.010 0.239 0.048 0.502 4 T 0.162 0.047 0.020 0.011 0.135 0.083 0.542 5 F 0.225 0.042 0.029 0.011 0.170 0.127 0.396 6 P 0.204 0.049 0.034 0.010 0.180 0.100 0.423 7 A 0.219 0.040 0.029 0.012 0.198 0.099 0.404 8 A 0.245 0.025 0.023 0.014 0.227 0.064 0.403 9 E 0.347 0.016 0.014 0.009 0.130 0.059 0.425 10 I 0.624 0.021 0.006 0.009 0.026 0.011 0.303 11 V 0.869 0.009 0.002 0.006 0.015 0.003 0.096 12 L 0.863 0.007 0.004 0.005 0.008 0.004 0.108 13 E 0.867 0.010 0.006 0.003 0.018 0.006 0.089 14 F 0.725 0.008 0.006 0.004 0.053 0.007 0.198 15 L 0.627 0.025 0.004 0.002 0.074 0.005 0.264 16 D 0.380 0.029 0.002 0.002 0.042 0.004 0.540 17 P 0.138 0.010 0.105 0.076 0.048 0.176 0.447 18 S 0.010 0.004 0.118 0.091 0.056 0.161 0.561 19 D 0.013 0.012 0.291 0.145 0.059 0.203 0.277 20 D 0.002 0.003 0.117 0.103 0.221 0.492 0.062 21 G 0.003 0.002 0.035 0.018 0.089 0.810 0.042 22 E 0.089 0.047 0.026 0.024 0.165 0.075 0.574 23 D 0.167 0.139 0.025 0.017 0.125 0.100 0.427 24 G 0.252 0.097 0.056 0.028 0.085 0.177 0.304 25 G 0.140 0.024 0.118 0.022 0.146 0.209 0.341 26 A 0.176 0.015 0.085 0.028 0.256 0.171 0.269 27 I 0.229 0.089 0.052 0.022 0.169 0.093 0.347 28 F 0.121 0.155 0.014 0.016 0.206 0.032 0.456 29 P 0.067 0.042 0.010 0.010 0.158 0.111 0.602 30 T 0.045 0.060 0.009 0.008 0.361 0.160 0.357 31 G 0.031 0.017 0.010 0.008 0.487 0.116 0.330 32 N 0.051 0.016 0.010 0.007 0.272 0.033 0.610 33 L 0.249 0.036 0.043 0.024 0.184 0.073 0.392 34 V 0.486 0.048 0.058 0.020 0.080 0.041 0.267 35 D 0.712 0.015 0.028 0.011 0.040 0.013 0.181 36 D 0.838 0.008 0.011 0.004 0.027 0.006 0.105 37 L 0.902 0.011 0.003 0.003 0.012 0.003 0.067 38 E 0.876 0.027 0.002 0.001 0.010 0.003 0.080 39 V 0.660 0.024 0.004 0.001 0.028 0.012 0.271 40 P 0.080 0.007 0.017 0.002 0.171 0.603 0.119 41 G 0.019 0.012 0.017 0.001 0.186 0.698 0.067 42 V 0.077 0.013 0.018 0.001 0.261 0.274 0.357 43 G 0.170 0.048 0.011 0.001 0.308 0.154 0.307 44 T 0.418 0.018 0.010 0.001 0.080 0.044 0.428 45 F 0.723 0.009 0.001 0.001 0.032 0.005 0.230 46 K 0.942 0.003 0.001 0.001 0.021 0.001 0.034 47 A 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 48 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 49 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 51 N 0.894 0.003 0.001 0.001 0.016 0.004 0.081 52 A 0.349 0.003 0.023 0.004 0.138 0.165 0.319 53 G 0.163 0.011 0.019 0.005 0.336 0.272 0.194 54 I 0.212 0.009 0.006 0.003 0.454 0.038 0.278 55 P 0.173 0.007 0.004 0.003 0.083 0.018 0.714 56 T 0.843 0.007 0.002 0.002 0.046 0.010 0.091 57 V 0.947 0.002 0.002 0.004 0.017 0.004 0.025 58 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 59 V 0.979 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 60 N 0.869 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.118 61 A 0.066 0.001 0.442 0.359 0.016 0.070 0.046 62 E 0.003 0.001 0.670 0.175 0.024 0.125 0.003 63 E 0.001 0.001 0.761 0.114 0.006 0.116 0.002 64 I 0.017 0.024 0.310 0.296 0.127 0.119 0.106 65 G 0.042 0.034 0.056 0.052 0.125 0.342 0.348 66 Y 0.070 0.026 0.057 0.044 0.169 0.235 0.400 67 R 0.066 0.009 0.048 0.036 0.317 0.240 0.283 68 G 0.067 0.009 0.045 0.035 0.539 0.105 0.200 69 T 0.059 0.020 0.021 0.018 0.328 0.045 0.509 70 E 0.041 0.064 0.018 0.034 0.241 0.025 0.577 71 L 0.019 0.010 0.007 0.041 0.088 0.011 0.823 72 R 0.001 0.001 0.258 0.652 0.012 0.062 0.015 73 E 0.001 0.001 0.324 0.593 0.011 0.063 0.008 74 E 0.001 0.002 0.491 0.431 0.013 0.048 0.014 75 I 0.004 0.004 0.196 0.656 0.030 0.077 0.033 76 N 0.008 0.006 0.148 0.400 0.051 0.321 0.067 77 G 0.006 0.009 0.037 0.261 0.364 0.142 0.181 78 D 0.003 0.003 0.005 0.081 0.150 0.028 0.731 79 P 0.001 0.001 0.045 0.908 0.007 0.037 0.003 80 Q 0.001 0.001 0.027 0.929 0.006 0.034 0.004 81 Q 0.001 0.001 0.011 0.973 0.004 0.009 0.003 82 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 0.003 83 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.010 0.004 84 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 85 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 86 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 87 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 88 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.003 89 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 92 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.010 0.004 94 L 0.001 0.001 0.005 0.970 0.004 0.017 0.003 95 R 0.001 0.001 0.008 0.919 0.006 0.060 0.005 96 M 0.001 0.002 0.008 0.628 0.017 0.332 0.013 97 G 0.005 0.007 0.014 0.195 0.095 0.533 0.151 98 L 0.010 0.011 0.075 0.218 0.127 0.140 0.419 99 I 0.015 0.011 0.148 0.337 0.126 0.181 0.181 100 K 0.013 0.017 0.175 0.251 0.154 0.228 0.162 101 T 0.014 0.029 0.052 0.293 0.213 0.094 0.303 102 P 0.007 0.006 0.055 0.695 0.041 0.072 0.124 103 E 0.002 0.001 0.120 0.778 0.017 0.065 0.017 104 E 0.001 0.001 0.161 0.762 0.012 0.049 0.013 105 A 0.003 0.010 0.190 0.707 0.015 0.051 0.024 106 A 0.006 0.004 0.100 0.523 0.028 0.306 0.032 107 T 0.006 0.004 0.065 0.250 0.050 0.581 0.044 108 R 0.006 0.011 0.067 0.048 0.194 0.163 0.511 109 Q 0.011 0.017 0.062 0.018 0.163 0.286 0.445 110 H 0.019 0.019 0.057 0.018 0.284 0.323 0.280 111 T 0.038 0.010 0.004 0.004 0.482 0.022 0.440 112 P 0.117 0.006 0.001 0.002 0.118 0.009 0.748 113 K 0.808 0.009 0.001 0.001 0.033 0.003 0.145 114 I 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 115 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 117 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 118 A 0.787 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.183 119 P 0.339 0.013 0.005 0.002 0.126 0.017 0.497 120 P 0.115 0.017 0.049 0.011 0.207 0.112 0.490 121 R 0.048 0.019 0.108 0.023 0.227 0.175 0.401 122 D 0.042 0.013 0.114 0.037 0.319 0.175 0.299 123 Y 0.058 0.015 0.085 0.038 0.278 0.219 0.306 124 R 0.101 0.070 0.092 0.033 0.195 0.155 0.354 125 T 0.132 0.079 0.086 0.032 0.161 0.187 0.323 126 A 0.105 0.022 0.051 0.047 0.178 0.372 0.225 127 S 0.058 0.013 0.023 0.038 0.214 0.524 0.130 128 G 0.056 0.009 0.012 0.013 0.330 0.265 0.316 129 K 0.275 0.041 0.008 0.010 0.237 0.023 0.406 130 L 0.533 0.094 0.006 0.007 0.038 0.010 0.312 131 V 0.426 0.032 0.009 0.010 0.065 0.019 0.441 132 A 0.195 0.029 0.017 0.010 0.081 0.033 0.636 133 A 0.045 0.006 0.476 0.062 0.104 0.190 0.118 134 G 0.013 0.002 0.365 0.034 0.106 0.451 0.028 135 D 0.062 0.012 0.260 0.020 0.139 0.378 0.128 136 I 0.182 0.009 0.002 0.003 0.078 0.005 0.722 137 D 0.533 0.002 0.001 0.001 0.237 0.005 0.220 138 L 0.976 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 139 L 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 140 V 0.986 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 141 R 0.954 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.029 142 A 0.704 0.003 0.007 0.013 0.058 0.017 0.198 143 L 0.492 0.018 0.014 0.028 0.195 0.028 0.225 144 S 0.199 0.041 0.013 0.018 0.175 0.042 0.513 145 M 0.035 0.008 0.083 0.035 0.191 0.522 0.126 146 G 0.013 0.004 0.069 0.023 0.316 0.495 0.079 147 K 0.031 0.010 0.121 0.104 0.291 0.228 0.216 148 L 0.020 0.007 0.195 0.432 0.069 0.171 0.106 149 H 0.034 0.014 0.202 0.413 0.081 0.097 0.158 150 H 0.024 0.004 0.192 0.518 0.060 0.126 0.077 151 A 0.021 0.003 0.072 0.697 0.033 0.122 0.052 152 M 0.012 0.004 0.030 0.844 0.018 0.044 0.047 153 M 0.014 0.001 0.012 0.915 0.011 0.023 0.024 154 G 0.014 0.001 0.004 0.947 0.006 0.013 0.016 155 T 0.007 0.001 0.002 0.977 0.003 0.005 0.006 156 A 0.005 0.001 0.001 0.986 0.002 0.003 0.004 157 A 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.001 158 V 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 160 I 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 161 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 162 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 163 A 0.001 0.001 0.016 0.957 0.001 0.023 0.002 164 A 0.005 0.001 0.026 0.876 0.007 0.081 0.005 165 A 0.008 0.002 0.031 0.761 0.019 0.163 0.015 166 I 0.027 0.012 0.013 0.308 0.243 0.111 0.286 167 P 0.017 0.005 0.013 0.186 0.090 0.552 0.136 168 G 0.027 0.005 0.020 0.203 0.212 0.436 0.097 169 T 0.095 0.022 0.008 0.344 0.109 0.016 0.407 170 L 0.006 0.001 0.007 0.974 0.003 0.004 0.004 171 V 0.004 0.001 0.007 0.976 0.002 0.005 0.004 172 N 0.004 0.001 0.021 0.950 0.003 0.015 0.006 173 L 0.009 0.001 0.016 0.938 0.006 0.024 0.008 174 A 0.018 0.004 0.025 0.824 0.015 0.101 0.013 175 A 0.026 0.009 0.011 0.492 0.065 0.348 0.048 176 G 0.014 0.008 0.010 0.055 0.202 0.315 0.397 177 G 0.015 0.021 0.021 0.017 0.324 0.140 0.463 178 G 0.026 0.019 0.059 0.012 0.279 0.198 0.407 179 E 0.031 0.021 0.054 0.008 0.275 0.153 0.457 180 R 0.059 0.015 0.037 0.006 0.360 0.149 0.375 181 S 0.133 0.010 0.018 0.003 0.448 0.067 0.321 182 A 0.506 0.015 0.006 0.001 0.080 0.016 0.376 183 V 0.890 0.006 0.001 0.001 0.012 0.003 0.087 184 R 0.967 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 185 F 0.919 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.064 186 G 0.827 0.011 0.001 0.001 0.037 0.007 0.116 187 H 0.378 0.005 0.005 0.001 0.069 0.021 0.521 188 P 0.162 0.006 0.015 0.001 0.205 0.461 0.151 189 S 0.269 0.021 0.018 0.001 0.216 0.366 0.109 190 G 0.483 0.011 0.011 0.001 0.213 0.038 0.243 191 T 0.821 0.005 0.001 0.001 0.029 0.007 0.136 192 L 0.957 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.027 193 R 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 194 V 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 195 G 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 196 A 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.039 197 E 0.954 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 198 A 0.929 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.061 199 S 0.871 0.010 0.001 0.001 0.012 0.004 0.101 200 Q 0.504 0.011 0.010 0.004 0.072 0.125 0.274 201 A 0.084 0.004 0.017 0.002 0.201 0.571 0.121 202 N 0.024 0.002 0.014 0.002 0.316 0.578 0.064 203 G 0.037 0.003 0.007 0.002 0.504 0.284 0.162 204 E 0.310 0.008 0.004 0.002 0.223 0.040 0.413 205 W 0.725 0.017 0.001 0.002 0.025 0.004 0.227 206 T 0.891 0.007 0.001 0.002 0.010 0.001 0.088 207 V 0.919 0.004 0.001 0.005 0.006 0.001 0.064 208 T 0.833 0.003 0.005 0.024 0.026 0.001 0.108 209 K 0.818 0.004 0.008 0.062 0.013 0.001 0.094 210 A 0.802 0.002 0.004 0.123 0.009 0.004 0.055 211 I 0.748 0.003 0.002 0.193 0.009 0.005 0.039 212 M 0.544 0.003 0.004 0.366 0.011 0.012 0.060 213 S 0.275 0.003 0.004 0.630 0.024 0.021 0.042 214 R 0.187 0.002 0.011 0.716 0.029 0.017 0.038 215 S 0.057 0.002 0.017 0.853 0.013 0.027 0.031 216 A 0.046 0.003 0.029 0.843 0.010 0.041 0.027 217 R 0.025 0.002 0.081 0.805 0.013 0.062 0.013 218 I 0.040 0.002 0.089 0.693 0.023 0.132 0.020 219 L 0.024 0.005 0.107 0.445 0.026 0.369 0.024 220 M 0.138 0.016 0.045 0.132 0.101 0.422 0.147 221 E 0.356 0.004 0.014 0.060 0.115 0.189 0.262 222 G 0.606 0.004 0.005 0.040 0.134 0.055 0.156 223 W 0.846 0.009 0.003 0.019 0.022 0.010 0.091 224 V 0.855 0.006 0.002 0.018 0.017 0.006 0.094 225 R 0.775 0.005 0.003 0.009 0.032 0.006 0.168 226 V 0.520 0.030 0.003 0.009 0.081 0.017 0.341 227 P 0.166 0.005 0.008 0.016 0.141 0.040 0.624 228 G 0.007 0.001 0.444 0.170 0.105 0.221 0.052 229 D 0.009 0.003 0.524 0.174 0.095 0.144 0.050 230 A 0.016 0.008 0.524 0.141 0.006 0.127 0.178 231 F 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.987