# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.730 0.195 0.051 0.018 0.005 0.001 0.001 2 G 0.581 0.192 0.110 0.074 0.032 0.010 0.002 3 V 0.433 0.179 0.123 0.135 0.089 0.033 0.009 4 T 0.410 0.273 0.151 0.092 0.047 0.020 0.007 5 F 0.290 0.214 0.178 0.148 0.094 0.052 0.024 6 P 0.258 0.301 0.210 0.129 0.060 0.027 0.014 7 A 0.255 0.248 0.178 0.162 0.097 0.047 0.013 8 A 0.170 0.187 0.184 0.214 0.157 0.075 0.013 9 E 0.203 0.282 0.239 0.178 0.073 0.023 0.004 10 I 0.147 0.178 0.167 0.206 0.196 0.092 0.014 11 V 0.060 0.169 0.282 0.308 0.138 0.039 0.005 12 L 0.029 0.042 0.072 0.174 0.301 0.314 0.069 13 E 0.050 0.150 0.237 0.280 0.191 0.077 0.016 14 F 0.038 0.047 0.063 0.139 0.258 0.350 0.105 15 L 0.062 0.143 0.203 0.254 0.191 0.122 0.024 16 D 0.096 0.152 0.166 0.209 0.186 0.152 0.039 17 P 0.117 0.132 0.152 0.193 0.212 0.164 0.031 18 S 0.114 0.131 0.160 0.222 0.214 0.131 0.029 19 D 0.343 0.292 0.200 0.104 0.042 0.016 0.003 20 D 0.270 0.255 0.194 0.175 0.084 0.020 0.002 21 G 0.499 0.309 0.127 0.051 0.012 0.002 0.001 22 E 0.637 0.244 0.086 0.027 0.006 0.001 0.001 23 D 0.599 0.252 0.092 0.041 0.013 0.002 0.001 24 G 0.455 0.240 0.157 0.101 0.036 0.009 0.001 25 G 0.427 0.235 0.147 0.112 0.057 0.019 0.002 26 A 0.250 0.231 0.197 0.178 0.100 0.036 0.008 27 I 0.190 0.114 0.139 0.190 0.192 0.127 0.048 28 F 0.180 0.144 0.137 0.154 0.166 0.164 0.055 29 P 0.175 0.162 0.149 0.179 0.154 0.134 0.045 30 T 0.101 0.188 0.210 0.214 0.152 0.101 0.034 31 G 0.173 0.216 0.213 0.203 0.128 0.054 0.013 32 N 0.228 0.327 0.213 0.144 0.062 0.020 0.005 33 L 0.124 0.140 0.176 0.246 0.200 0.100 0.014 34 V 0.100 0.149 0.250 0.298 0.156 0.043 0.004 35 D 0.118 0.213 0.187 0.217 0.167 0.087 0.010 36 D 0.027 0.102 0.218 0.292 0.244 0.106 0.010 37 L 0.024 0.046 0.079 0.231 0.367 0.238 0.014 38 E 0.110 0.363 0.300 0.162 0.053 0.010 0.001 39 V 0.112 0.207 0.264 0.265 0.120 0.031 0.002 40 P 0.443 0.319 0.136 0.070 0.025 0.007 0.001 41 G 0.554 0.316 0.097 0.028 0.005 0.001 0.001 42 V 0.390 0.306 0.172 0.095 0.032 0.005 0.001 43 G 0.160 0.320 0.284 0.189 0.042 0.004 0.001 44 T 0.164 0.471 0.242 0.098 0.023 0.003 0.001 45 F 0.003 0.017 0.054 0.217 0.433 0.260 0.015 46 K 0.003 0.052 0.175 0.380 0.293 0.091 0.006 47 A 0.001 0.003 0.009 0.043 0.203 0.524 0.217 48 T 0.001 0.007 0.030 0.098 0.225 0.408 0.232 49 M 0.001 0.001 0.006 0.024 0.071 0.349 0.549 50 I 0.001 0.004 0.008 0.027 0.091 0.334 0.534 51 N 0.001 0.005 0.010 0.031 0.096 0.333 0.524 52 A 0.002 0.006 0.010 0.029 0.089 0.320 0.544 53 G 0.002 0.010 0.024 0.063 0.133 0.312 0.456 54 I 0.004 0.011 0.021 0.056 0.129 0.335 0.444 55 P 0.005 0.017 0.030 0.072 0.153 0.310 0.413 56 T 0.002 0.008 0.022 0.058 0.157 0.355 0.399 57 V 0.001 0.003 0.009 0.032 0.079 0.374 0.503 58 F 0.001 0.001 0.006 0.034 0.125 0.447 0.386 59 V 0.001 0.003 0.006 0.021 0.105 0.434 0.431 60 N 0.002 0.028 0.151 0.365 0.289 0.133 0.031 61 A 0.008 0.032 0.078 0.193 0.350 0.281 0.057 62 E 0.182 0.445 0.218 0.107 0.036 0.011 0.002 63 E 0.184 0.326 0.241 0.162 0.064 0.021 0.002 64 I 0.040 0.081 0.180 0.293 0.282 0.119 0.006 65 G 0.285 0.391 0.208 0.089 0.023 0.003 0.001 66 Y 0.156 0.197 0.249 0.235 0.133 0.028 0.002 67 R 0.305 0.365 0.212 0.086 0.026 0.005 0.001 68 G 0.158 0.234 0.230 0.234 0.115 0.027 0.002 69 T 0.293 0.326 0.215 0.115 0.040 0.010 0.001 70 E 0.188 0.217 0.229 0.220 0.118 0.027 0.001 71 L 0.238 0.251 0.216 0.187 0.087 0.020 0.001 72 R 0.441 0.279 0.157 0.087 0.029 0.006 0.001 73 E 0.607 0.279 0.080 0.026 0.006 0.001 0.001 74 E 0.331 0.343 0.189 0.097 0.032 0.007 0.001 75 I 0.149 0.168 0.217 0.279 0.151 0.034 0.001 76 N 0.568 0.325 0.084 0.018 0.004 0.001 0.001 77 G 0.370 0.305 0.183 0.110 0.029 0.004 0.001 78 D 0.170 0.267 0.268 0.203 0.078 0.014 0.001 79 P 0.615 0.293 0.073 0.016 0.003 0.001 0.001 80 Q 0.320 0.434 0.187 0.049 0.009 0.001 0.001 81 Q 0.021 0.034 0.096 0.278 0.417 0.149 0.005 82 L 0.044 0.206 0.314 0.266 0.134 0.032 0.002 83 A 0.198 0.476 0.206 0.088 0.026 0.006 0.001 84 R 0.010 0.044 0.205 0.426 0.245 0.066 0.004 85 F 0.006 0.008 0.014 0.063 0.268 0.545 0.095 86 E 0.045 0.170 0.246 0.278 0.194 0.058 0.009 87 R 0.056 0.192 0.286 0.268 0.147 0.047 0.004 88 I 0.007 0.015 0.034 0.123 0.297 0.445 0.078 89 R 0.006 0.020 0.036 0.109 0.251 0.415 0.164 90 V 0.048 0.126 0.156 0.238 0.259 0.146 0.028 91 A 0.035 0.078 0.128 0.240 0.311 0.169 0.039 92 G 0.027 0.024 0.022 0.055 0.131 0.430 0.310 93 A 0.021 0.037 0.066 0.147 0.194 0.311 0.223 94 L 0.071 0.170 0.208 0.241 0.157 0.111 0.043 95 R 0.015 0.032 0.057 0.155 0.317 0.299 0.125 96 M 0.009 0.019 0.038 0.075 0.178 0.401 0.282 97 G 0.012 0.043 0.084 0.162 0.221 0.328 0.150 98 L 0.011 0.022 0.050 0.123 0.233 0.408 0.153 99 I 0.022 0.043 0.074 0.178 0.329 0.300 0.054 100 K 0.103 0.226 0.283 0.226 0.114 0.042 0.007 101 T 0.149 0.240 0.233 0.220 0.119 0.035 0.005 102 P 0.148 0.255 0.230 0.245 0.105 0.016 0.001 103 E 0.624 0.295 0.063 0.015 0.002 0.001 0.001 104 E 0.394 0.347 0.174 0.067 0.015 0.002 0.001 105 A 0.116 0.154 0.200 0.283 0.206 0.041 0.001 106 A 0.248 0.338 0.240 0.126 0.039 0.008 0.001 107 T 0.626 0.297 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 108 R 0.128 0.287 0.324 0.199 0.053 0.007 0.001 109 Q 0.255 0.301 0.208 0.135 0.074 0.024 0.002 110 H 0.044 0.099 0.162 0.300 0.269 0.113 0.013 111 T 0.014 0.035 0.062 0.170 0.337 0.322 0.060 112 P 0.002 0.004 0.010 0.042 0.143 0.403 0.395 113 K 0.001 0.002 0.008 0.027 0.089 0.269 0.605 114 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.140 0.838 115 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.173 0.793 116 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.228 0.737 117 V 0.001 0.003 0.010 0.037 0.109 0.390 0.451 118 A 0.003 0.011 0.024 0.068 0.233 0.476 0.185 119 P 0.006 0.037 0.149 0.327 0.287 0.160 0.034 120 P 0.036 0.093 0.161 0.264 0.309 0.123 0.013 121 R 0.187 0.292 0.265 0.162 0.069 0.021 0.003 122 D 0.422 0.282 0.142 0.089 0.042 0.020 0.003 123 Y 0.236 0.150 0.171 0.183 0.161 0.088 0.011 124 R 0.373 0.212 0.162 0.130 0.079 0.039 0.005 125 T 0.486 0.191 0.129 0.099 0.060 0.029 0.006 126 A 0.481 0.202 0.131 0.098 0.058 0.025 0.005 127 S 0.428 0.228 0.135 0.105 0.064 0.032 0.008 128 G 0.475 0.219 0.135 0.098 0.046 0.020 0.007 129 K 0.481 0.274 0.125 0.075 0.032 0.011 0.002 130 L 0.304 0.284 0.198 0.134 0.059 0.019 0.003 131 V 0.214 0.208 0.198 0.207 0.132 0.038 0.004 132 A 0.409 0.306 0.161 0.091 0.026 0.006 0.001 133 A 0.350 0.269 0.176 0.129 0.059 0.015 0.002 134 G 0.376 0.353 0.161 0.075 0.027 0.007 0.001 135 D 0.066 0.212 0.274 0.254 0.143 0.046 0.005 136 I 0.006 0.023 0.062 0.189 0.382 0.303 0.034 137 D 0.004 0.030 0.085 0.203 0.351 0.286 0.041 138 L 0.001 0.001 0.004 0.020 0.078 0.463 0.434 139 L 0.001 0.002 0.005 0.025 0.104 0.387 0.477 140 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.211 0.748 141 R 0.001 0.003 0.007 0.025 0.077 0.275 0.613 142 A 0.002 0.008 0.019 0.040 0.094 0.282 0.554 143 L 0.002 0.006 0.013 0.035 0.083 0.305 0.556 144 S 0.008 0.017 0.031 0.089 0.215 0.383 0.256 145 M 0.020 0.050 0.082 0.145 0.246 0.283 0.174 146 G 0.035 0.083 0.127 0.184 0.213 0.227 0.132 147 K 0.035 0.106 0.151 0.200 0.220 0.196 0.091 148 L 0.010 0.024 0.049 0.125 0.240 0.362 0.190 149 H 0.007 0.016 0.031 0.081 0.214 0.409 0.241 150 H 0.013 0.034 0.069 0.133 0.205 0.310 0.237 151 A 0.005 0.008 0.014 0.036 0.100 0.345 0.493 152 M 0.009 0.014 0.019 0.047 0.126 0.345 0.439 153 M 0.021 0.032 0.036 0.064 0.132 0.321 0.394 154 G 0.016 0.020 0.030 0.061 0.116 0.308 0.449 155 T 0.004 0.012 0.019 0.051 0.096 0.264 0.553 156 A 0.008 0.016 0.025 0.059 0.107 0.270 0.514 157 A 0.007 0.010 0.021 0.049 0.137 0.302 0.474 158 V 0.005 0.009 0.024 0.044 0.105 0.272 0.541 159 A 0.009 0.016 0.032 0.061 0.089 0.245 0.549 160 I 0.011 0.017 0.033 0.061 0.113 0.311 0.454 161 G 0.014 0.018 0.029 0.077 0.156 0.345 0.362 162 T 0.023 0.040 0.055 0.098 0.159 0.305 0.320 163 A 0.042 0.046 0.064 0.121 0.163 0.329 0.236 164 A 0.050 0.047 0.092 0.153 0.258 0.294 0.105 165 A 0.038 0.058 0.125 0.216 0.285 0.213 0.065 166 I 0.019 0.033 0.070 0.136 0.247 0.357 0.137 167 P 0.019 0.061 0.122 0.243 0.268 0.220 0.067 168 G 0.032 0.077 0.130 0.197 0.291 0.227 0.046 169 T 0.019 0.066 0.121 0.241 0.295 0.203 0.055 170 L 0.016 0.021 0.035 0.088 0.193 0.439 0.209 171 V 0.026 0.032 0.044 0.123 0.249 0.367 0.160 172 N 0.049 0.096 0.148 0.218 0.239 0.202 0.048 173 L 0.025 0.058 0.097 0.214 0.298 0.264 0.043 174 A 0.023 0.049 0.077 0.147 0.291 0.348 0.064 175 A 0.025 0.077 0.150 0.308 0.284 0.144 0.013 176 G 0.145 0.358 0.267 0.161 0.057 0.010 0.001 177 G 0.211 0.321 0.259 0.160 0.042 0.006 0.001 178 G 0.538 0.323 0.100 0.031 0.007 0.001 0.001 179 E 0.406 0.320 0.171 0.085 0.017 0.001 0.001 180 R 0.366 0.403 0.161 0.056 0.012 0.001 0.001 181 S 0.171 0.362 0.248 0.163 0.050 0.006 0.001 182 A 0.025 0.186 0.317 0.321 0.124 0.025 0.001 183 V 0.004 0.010 0.025 0.100 0.366 0.439 0.055 184 R 0.006 0.058 0.169 0.335 0.297 0.121 0.014 185 F 0.006 0.018 0.041 0.113 0.217 0.468 0.137 186 G 0.030 0.142 0.181 0.222 0.224 0.161 0.040 187 H 0.015 0.064 0.105 0.201 0.245 0.297 0.073 188 P 0.035 0.095 0.146 0.231 0.264 0.184 0.045 189 S 0.052 0.193 0.213 0.221 0.173 0.120 0.028 190 G 0.020 0.094 0.175 0.254 0.242 0.173 0.043 191 T 0.016 0.122 0.225 0.308 0.230 0.084 0.014 192 L 0.001 0.009 0.033 0.114 0.326 0.435 0.081 193 R 0.006 0.080 0.311 0.417 0.151 0.032 0.003 194 V 0.002 0.013 0.043 0.140 0.375 0.391 0.035 195 G 0.005 0.066 0.324 0.437 0.146 0.021 0.001 196 A 0.004 0.024 0.059 0.202 0.498 0.205 0.007 197 E 0.036 0.309 0.441 0.169 0.039 0.005 0.001 198 A 0.030 0.118 0.209 0.390 0.217 0.036 0.001 199 S 0.340 0.468 0.160 0.029 0.003 0.001 0.001 200 Q 0.380 0.296 0.193 0.107 0.022 0.002 0.001 201 A 0.890 0.086 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 202 N 0.923 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 203 G 0.861 0.111 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 204 E 0.594 0.322 0.067 0.015 0.002 0.001 0.001 205 W 0.137 0.289 0.252 0.228 0.086 0.008 0.001 206 T 0.073 0.331 0.376 0.188 0.031 0.003 0.001 207 V 0.018 0.043 0.085 0.264 0.414 0.170 0.008 208 T 0.041 0.188 0.280 0.288 0.160 0.041 0.002 209 K 0.032 0.089 0.150 0.282 0.257 0.169 0.022 210 A 0.030 0.064 0.089 0.153 0.304 0.305 0.054 211 I 0.050 0.119 0.153 0.227 0.241 0.174 0.036 212 M 0.057 0.063 0.083 0.162 0.218 0.315 0.103 213 S 0.078 0.106 0.122 0.187 0.221 0.219 0.066 214 R 0.126 0.169 0.165 0.175 0.176 0.147 0.042 215 S 0.125 0.164 0.172 0.219 0.173 0.113 0.034 216 A 0.095 0.098 0.100 0.165 0.239 0.240 0.062 217 R 0.109 0.155 0.155 0.216 0.186 0.147 0.032 218 I 0.190 0.274 0.221 0.158 0.100 0.048 0.009 219 L 0.110 0.171 0.195 0.219 0.180 0.111 0.013 220 M 0.068 0.093 0.143 0.271 0.288 0.125 0.012 221 E 0.379 0.330 0.169 0.087 0.028 0.006 0.001 222 G 0.228 0.312 0.196 0.138 0.086 0.035 0.005 223 W 0.086 0.229 0.362 0.248 0.063 0.011 0.001 224 V 0.032 0.039 0.069 0.217 0.413 0.218 0.012 225 R 0.096 0.245 0.347 0.219 0.080 0.012 0.001 226 V 0.133 0.137 0.175 0.276 0.212 0.063 0.004 227 P 0.319 0.297 0.181 0.129 0.056 0.017 0.001 228 G 0.578 0.257 0.102 0.045 0.015 0.004 0.001 229 D 0.681 0.201 0.069 0.035 0.011 0.003 0.001 230 A 0.644 0.186 0.084 0.055 0.023 0.008 0.001 231 F 0.677 0.145 0.076 0.055 0.031 0.014 0.002