# TARGET T0301 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2178 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.010 0.006 0.025 0.028 0.528 0.403 2 G 0.024 0.015 0.014 0.009 0.524 0.414 3 V 0.065 0.061 0.008 0.011 0.366 0.489 4 T 0.094 0.109 0.005 0.009 0.253 0.529 5 F 0.088 0.025 0.014 0.010 0.442 0.421 6 P 0.106 0.013 0.022 0.010 0.402 0.446 7 A 0.186 0.019 0.065 0.013 0.397 0.321 8 A 0.547 0.022 0.028 0.007 0.193 0.202 9 E 0.735 0.011 0.010 0.004 0.047 0.193 10 I 0.881 0.004 0.003 0.003 0.025 0.084 11 V 0.937 0.001 0.001 0.002 0.016 0.043 12 L 0.952 0.002 0.001 0.002 0.010 0.035 13 E 0.929 0.002 0.001 0.003 0.017 0.048 14 F 0.864 0.005 0.002 0.003 0.039 0.088 15 L 0.647 0.017 0.003 0.003 0.088 0.243 16 D 0.347 0.019 0.006 0.003 0.251 0.373 17 P 0.074 0.017 0.043 0.007 0.529 0.330 18 S 0.026 0.012 0.050 0.005 0.795 0.111 19 D 0.012 0.009 0.120 0.013 0.790 0.055 20 D 0.010 0.007 0.059 0.026 0.796 0.102 21 G 0.019 0.018 0.024 0.013 0.813 0.113 22 E 0.039 0.025 0.077 0.047 0.678 0.134 23 D 0.110 0.072 0.078 0.048 0.585 0.108 24 G 0.100 0.036 0.107 0.049 0.587 0.122 25 G 0.172 0.019 0.096 0.023 0.480 0.210 26 A 0.310 0.054 0.068 0.021 0.258 0.289 27 I 0.313 0.194 0.053 0.020 0.211 0.209 28 F 0.189 0.059 0.020 0.009 0.405 0.318 29 P 0.136 0.028 0.019 0.009 0.437 0.371 30 T 0.060 0.025 0.018 0.015 0.534 0.348 31 G 0.049 0.023 0.012 0.011 0.536 0.369 32 N 0.104 0.016 0.009 0.011 0.363 0.496 33 L 0.242 0.062 0.036 0.024 0.266 0.370 34 V 0.446 0.022 0.036 0.017 0.190 0.289 35 D 0.517 0.007 0.056 0.014 0.174 0.233 36 D 0.736 0.009 0.028 0.011 0.092 0.124 37 L 0.908 0.007 0.005 0.005 0.025 0.051 38 E 0.895 0.017 0.003 0.003 0.020 0.062 39 V 0.561 0.057 0.005 0.004 0.250 0.124 40 P 0.133 0.008 0.011 0.003 0.667 0.178 41 G 0.035 0.004 0.012 0.003 0.778 0.168 42 V 0.096 0.031 0.011 0.002 0.803 0.057 43 G 0.146 0.015 0.006 0.002 0.531 0.300 44 T 0.227 0.009 0.007 0.004 0.470 0.284 45 F 0.680 0.017 0.002 0.002 0.143 0.157 46 K 0.884 0.007 0.001 0.001 0.016 0.092 47 A 0.954 0.003 0.001 0.001 0.010 0.030 48 T 0.959 0.002 0.001 0.002 0.009 0.028 49 M 0.967 0.001 0.003 0.004 0.008 0.017 50 I 0.922 0.006 0.003 0.008 0.016 0.044 51 N 0.738 0.013 0.009 0.015 0.169 0.057 52 A 0.220 0.005 0.020 0.026 0.579 0.151 53 G 0.127 0.019 0.023 0.026 0.600 0.204 54 I 0.104 0.009 0.015 0.006 0.672 0.194 55 P 0.183 0.003 0.025 0.015 0.394 0.381 56 T 0.751 0.009 0.019 0.014 0.100 0.107 57 V 0.960 0.002 0.005 0.007 0.013 0.013 58 F 0.973 0.002 0.002 0.009 0.005 0.010 59 V 0.947 0.005 0.002 0.011 0.007 0.029 60 N 0.745 0.009 0.007 0.026 0.059 0.153 61 A 0.015 0.001 0.804 0.086 0.074 0.021 62 E 0.004 0.001 0.911 0.032 0.039 0.013 63 E 0.002 0.001 0.924 0.042 0.027 0.004 64 I 0.009 0.013 0.365 0.346 0.136 0.132 65 G 0.008 0.004 0.009 0.030 0.135 0.814 66 Y 0.032 0.017 0.009 0.063 0.195 0.684 67 R 0.070 0.017 0.011 0.077 0.229 0.597 68 G 0.047 0.013 0.041 0.099 0.306 0.495 69 T 0.061 0.011 0.082 0.261 0.210 0.375 70 E 0.068 0.029 0.073 0.500 0.120 0.210 71 L 0.043 0.023 0.075 0.599 0.105 0.155 72 R 0.008 0.003 0.141 0.732 0.068 0.048 73 E 0.004 0.001 0.205 0.702 0.063 0.025 74 E 0.004 0.004 0.243 0.642 0.085 0.023 75 I 0.005 0.005 0.139 0.651 0.142 0.059 76 N 0.005 0.010 0.050 0.349 0.325 0.261 77 G 0.003 0.006 0.008 0.149 0.260 0.574 78 D 0.002 0.002 0.001 0.029 0.133 0.832 79 P 0.001 0.001 0.017 0.957 0.018 0.007 80 Q 0.001 0.001 0.029 0.953 0.015 0.002 81 Q 0.001 0.001 0.018 0.972 0.008 0.001 82 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 83 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 84 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 85 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 86 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 87 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 88 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 89 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 90 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 92 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 93 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 94 L 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.001 95 R 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.002 96 M 0.001 0.001 0.008 0.929 0.013 0.049 97 G 0.003 0.002 0.009 0.040 0.093 0.853 98 L 0.021 0.020 0.021 0.025 0.293 0.620 99 I 0.070 0.034 0.026 0.029 0.366 0.475 100 K 0.044 0.030 0.010 0.031 0.328 0.557 101 T 0.022 0.011 0.006 0.050 0.242 0.668 102 P 0.001 0.001 0.061 0.896 0.028 0.014 103 E 0.001 0.001 0.055 0.923 0.017 0.004 104 E 0.001 0.001 0.123 0.842 0.030 0.003 105 A 0.002 0.002 0.068 0.866 0.048 0.014 106 A 0.005 0.003 0.065 0.802 0.091 0.035 107 T 0.010 0.005 0.063 0.521 0.212 0.188 108 R 0.022 0.007 0.034 0.119 0.316 0.502 109 Q 0.053 0.020 0.021 0.030 0.349 0.527 110 H 0.088 0.033 0.017 0.015 0.351 0.496 111 T 0.118 0.014 0.008 0.004 0.284 0.572 112 P 0.170 0.005 0.009 0.004 0.250 0.561 113 K 0.592 0.008 0.006 0.004 0.117 0.272 114 I 0.901 0.005 0.002 0.004 0.028 0.060 115 A 0.966 0.002 0.001 0.003 0.010 0.019 116 F 0.963 0.004 0.001 0.003 0.009 0.020 117 V 0.851 0.009 0.001 0.004 0.042 0.093 118 A 0.401 0.007 0.003 0.004 0.185 0.400 119 P 0.119 0.009 0.008 0.005 0.354 0.506 120 P 0.061 0.021 0.084 0.029 0.510 0.295 121 R 0.059 0.014 0.172 0.079 0.467 0.208 122 D 0.067 0.016 0.228 0.118 0.428 0.142 123 Y 0.078 0.016 0.191 0.184 0.353 0.177 124 R 0.129 0.028 0.094 0.202 0.297 0.250 125 T 0.148 0.021 0.084 0.174 0.392 0.179 126 A 0.105 0.009 0.068 0.270 0.428 0.120 127 S 0.096 0.009 0.045 0.291 0.427 0.133 128 G 0.178 0.011 0.043 0.225 0.386 0.157 129 K 0.351 0.020 0.039 0.236 0.135 0.219 130 L 0.415 0.039 0.038 0.246 0.106 0.156 131 V 0.243 0.032 0.038 0.217 0.161 0.309 132 A 0.145 0.020 0.035 0.145 0.333 0.323 133 A 0.059 0.010 0.080 0.224 0.396 0.231 134 G 0.034 0.004 0.055 0.145 0.450 0.311 135 D 0.083 0.012 0.051 0.073 0.441 0.340 136 I 0.130 0.013 0.022 0.082 0.304 0.448 137 D 0.214 0.015 0.010 0.079 0.201 0.481 138 L 0.673 0.010 0.008 0.108 0.069 0.132 139 L 0.811 0.008 0.005 0.091 0.028 0.056 140 V 0.808 0.004 0.013 0.104 0.032 0.038 141 R 0.721 0.005 0.021 0.153 0.041 0.059 142 A 0.605 0.008 0.043 0.173 0.058 0.113 143 L 0.324 0.022 0.034 0.161 0.122 0.338 144 S 0.151 0.027 0.032 0.123 0.420 0.247 145 M 0.036 0.005 0.043 0.274 0.487 0.154 146 G 0.010 0.005 0.052 0.339 0.428 0.166 147 K 0.039 0.031 0.057 0.219 0.511 0.144 148 L 0.035 0.020 0.051 0.334 0.231 0.328 149 H 0.035 0.015 0.082 0.491 0.183 0.194 150 H 0.012 0.005 0.094 0.705 0.101 0.084 151 A 0.006 0.002 0.064 0.827 0.059 0.043 152 M 0.005 0.003 0.056 0.850 0.054 0.032 153 M 0.004 0.003 0.037 0.888 0.042 0.026 154 G 0.001 0.001 0.017 0.950 0.018 0.012 155 T 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 156 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 157 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 160 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 161 G 0.001 0.001 0.008 0.983 0.007 0.001 162 T 0.002 0.001 0.015 0.974 0.008 0.002 163 A 0.002 0.001 0.034 0.948 0.012 0.004 164 A 0.003 0.001 0.031 0.930 0.014 0.021 165 A 0.008 0.004 0.033 0.796 0.030 0.129 166 I 0.024 0.030 0.017 0.464 0.168 0.297 167 P 0.032 0.004 0.010 0.266 0.231 0.458 168 G 0.051 0.011 0.020 0.180 0.294 0.444 169 T 0.134 0.033 0.020 0.308 0.200 0.305 170 L 0.085 0.013 0.028 0.742 0.067 0.065 171 V 0.096 0.007 0.023 0.765 0.062 0.046 172 N 0.094 0.005 0.042 0.757 0.065 0.036 173 L 0.073 0.004 0.089 0.743 0.065 0.026 174 A 0.054 0.007 0.084 0.721 0.098 0.035 175 A 0.051 0.011 0.075 0.633 0.159 0.071 176 G 0.036 0.007 0.040 0.279 0.378 0.260 177 G 0.020 0.010 0.026 0.063 0.462 0.418 178 G 0.039 0.009 0.023 0.009 0.495 0.427 179 E 0.100 0.022 0.036 0.005 0.423 0.414 180 R 0.177 0.018 0.048 0.008 0.391 0.359 181 S 0.337 0.006 0.025 0.006 0.288 0.338 182 A 0.799 0.005 0.004 0.002 0.056 0.134 183 V 0.927 0.008 0.001 0.001 0.012 0.050 184 R 0.951 0.006 0.001 0.001 0.020 0.022 185 F 0.857 0.008 0.001 0.001 0.045 0.088 186 G 0.538 0.013 0.003 0.002 0.206 0.238 187 H 0.327 0.017 0.006 0.001 0.480 0.169 188 P 0.208 0.012 0.012 0.002 0.511 0.254 189 S 0.229 0.008 0.024 0.005 0.529 0.205 190 G 0.597 0.010 0.013 0.003 0.270 0.106 191 T 0.875 0.005 0.003 0.003 0.033 0.081 192 L 0.954 0.002 0.002 0.004 0.014 0.025 193 R 0.970 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 194 V 0.969 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 195 G 0.934 0.001 0.001 0.004 0.018 0.042 196 A 0.926 0.001 0.001 0.007 0.018 0.047 197 E 0.915 0.002 0.002 0.007 0.021 0.054 198 A 0.906 0.003 0.004 0.012 0.025 0.051 199 S 0.821 0.006 0.008 0.018 0.066 0.082 200 Q 0.652 0.009 0.022 0.031 0.234 0.052 201 A 0.349 0.012 0.042 0.043 0.493 0.061 202 N 0.076 0.002 0.030 0.022 0.783 0.086 203 G 0.088 0.004 0.010 0.006 0.732 0.160 204 E 0.416 0.008 0.003 0.004 0.216 0.353 205 W 0.781 0.006 0.001 0.002 0.049 0.161 206 T 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.032 207 V 0.945 0.002 0.003 0.009 0.010 0.031 208 T 0.924 0.001 0.004 0.017 0.012 0.042 209 K 0.874 0.001 0.007 0.063 0.014 0.040 210 A 0.789 0.001 0.009 0.108 0.032 0.062 211 I 0.648 0.004 0.020 0.222 0.037 0.069 212 M 0.454 0.004 0.054 0.404 0.050 0.034 213 S 0.254 0.003 0.053 0.521 0.104 0.066 214 R 0.152 0.002 0.053 0.618 0.134 0.042 215 S 0.086 0.004 0.022 0.719 0.079 0.089 216 A 0.020 0.001 0.018 0.894 0.041 0.026 217 R 0.037 0.002 0.070 0.795 0.075 0.020 218 I 0.092 0.002 0.054 0.733 0.104 0.015 219 L 0.177 0.001 0.035 0.645 0.109 0.032 220 M 0.184 0.003 0.015 0.634 0.093 0.071 221 E 0.404 0.002 0.006 0.426 0.067 0.095 222 G 0.441 0.001 0.006 0.337 0.084 0.131 223 W 0.703 0.005 0.003 0.174 0.037 0.078 224 V 0.830 0.004 0.003 0.071 0.024 0.068 225 R 0.701 0.007 0.004 0.043 0.047 0.198 226 V 0.468 0.009 0.004 0.013 0.083 0.424 227 P 0.201 0.008 0.014 0.014 0.221 0.543 228 G 0.052 0.008 0.173 0.040 0.309 0.419 229 D 0.064 0.008 0.241 0.048 0.304 0.335 230 A 0.043 0.012 0.300 0.107 0.245 0.293 231 F 0.010 0.003 0.004 0.016 0.088 0.880