# TARGET T0301 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2178 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.020 0.955 2 G 0.026 0.042 0.005 0.002 0.017 0.066 0.843 3 V 0.058 0.062 0.005 0.001 0.199 0.043 0.631 4 T 0.056 0.071 0.006 0.001 0.125 0.038 0.703 5 F 0.047 0.035 0.050 0.008 0.280 0.109 0.470 6 P 0.018 0.006 0.068 0.009 0.146 0.504 0.250 7 A 0.037 0.019 0.118 0.010 0.237 0.332 0.247 8 A 0.131 0.017 0.032 0.008 0.306 0.041 0.464 9 E 0.393 0.013 0.012 0.007 0.083 0.024 0.468 10 I 0.906 0.008 0.002 0.002 0.010 0.003 0.070 11 V 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 12 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 13 E 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 14 F 0.933 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.052 15 L 0.689 0.016 0.001 0.001 0.085 0.006 0.201 16 D 0.241 0.030 0.001 0.001 0.090 0.004 0.633 17 P 0.042 0.016 0.045 0.012 0.142 0.408 0.336 18 S 0.011 0.008 0.044 0.008 0.219 0.343 0.367 19 D 0.013 0.015 0.078 0.013 0.295 0.363 0.223 20 D 0.017 0.030 0.028 0.015 0.250 0.433 0.228 21 G 0.032 0.020 0.029 0.011 0.364 0.174 0.370 22 E 0.048 0.036 0.058 0.023 0.273 0.235 0.326 23 D 0.097 0.091 0.064 0.035 0.190 0.256 0.266 24 G 0.148 0.046 0.120 0.047 0.142 0.237 0.259 25 G 0.172 0.032 0.091 0.034 0.213 0.218 0.240 26 A 0.405 0.033 0.048 0.025 0.177 0.087 0.226 27 I 0.534 0.149 0.019 0.019 0.075 0.040 0.165 28 F 0.335 0.063 0.012 0.010 0.110 0.031 0.438 29 P 0.192 0.023 0.016 0.007 0.177 0.208 0.379 30 T 0.097 0.026 0.022 0.007 0.227 0.294 0.327 31 G 0.068 0.016 0.019 0.007 0.442 0.125 0.324 32 N 0.069 0.011 0.019 0.007 0.179 0.072 0.642 33 L 0.208 0.077 0.076 0.034 0.169 0.158 0.278 34 V 0.410 0.032 0.067 0.021 0.091 0.084 0.296 35 D 0.508 0.009 0.033 0.016 0.148 0.041 0.246 36 D 0.802 0.011 0.017 0.017 0.038 0.017 0.098 37 L 0.905 0.008 0.003 0.010 0.014 0.010 0.051 38 E 0.855 0.031 0.001 0.006 0.010 0.009 0.088 39 V 0.584 0.027 0.001 0.002 0.022 0.008 0.355 40 P 0.137 0.003 0.004 0.001 0.219 0.287 0.347 41 G 0.053 0.005 0.012 0.001 0.264 0.559 0.107 42 V 0.130 0.019 0.031 0.005 0.274 0.165 0.376 43 G 0.165 0.005 0.020 0.003 0.309 0.130 0.367 44 T 0.414 0.028 0.009 0.003 0.096 0.038 0.412 45 F 0.591 0.008 0.001 0.001 0.031 0.003 0.365 46 K 0.727 0.002 0.001 0.001 0.094 0.007 0.168 47 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 48 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 49 M 0.980 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 50 I 0.882 0.002 0.007 0.007 0.014 0.006 0.082 51 N 0.450 0.008 0.053 0.013 0.064 0.039 0.374 52 A 0.107 0.008 0.076 0.011 0.160 0.469 0.169 53 G 0.059 0.015 0.076 0.011 0.259 0.356 0.224 54 I 0.105 0.007 0.011 0.003 0.550 0.019 0.305 55 P 0.240 0.010 0.009 0.004 0.181 0.026 0.530 56 T 0.862 0.005 0.005 0.005 0.056 0.017 0.051 57 V 0.975 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.009 58 F 0.983 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 59 V 0.926 0.011 0.001 0.003 0.014 0.002 0.044 60 N 0.558 0.018 0.001 0.002 0.016 0.003 0.403 61 A 0.016 0.001 0.508 0.269 0.013 0.137 0.057 62 E 0.003 0.001 0.749 0.114 0.016 0.108 0.010 63 E 0.003 0.001 0.767 0.138 0.009 0.073 0.010 64 I 0.025 0.029 0.288 0.258 0.049 0.301 0.050 65 G 0.017 0.005 0.051 0.082 0.070 0.626 0.149 66 Y 0.043 0.028 0.039 0.098 0.140 0.156 0.496 67 R 0.079 0.037 0.023 0.126 0.121 0.162 0.452 68 G 0.060 0.006 0.016 0.079 0.323 0.129 0.387 69 T 0.071 0.014 0.026 0.310 0.178 0.081 0.319 70 E 0.086 0.052 0.026 0.377 0.115 0.059 0.285 71 L 0.045 0.014 0.023 0.520 0.049 0.040 0.309 72 R 0.012 0.003 0.084 0.765 0.019 0.038 0.079 73 E 0.007 0.002 0.199 0.673 0.029 0.050 0.041 74 E 0.006 0.003 0.233 0.585 0.021 0.121 0.031 75 I 0.010 0.010 0.142 0.383 0.079 0.305 0.072 76 N 0.005 0.008 0.042 0.205 0.050 0.561 0.129 77 G 0.003 0.007 0.015 0.100 0.259 0.256 0.359 78 D 0.001 0.003 0.001 0.018 0.235 0.006 0.737 79 P 0.001 0.001 0.012 0.955 0.003 0.027 0.003 80 Q 0.001 0.001 0.018 0.956 0.001 0.023 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.017 0.973 0.001 0.008 0.002 82 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 85 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 92 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.005 0.004 94 L 0.004 0.001 0.007 0.975 0.002 0.008 0.004 95 R 0.003 0.001 0.008 0.954 0.003 0.029 0.002 96 M 0.002 0.001 0.018 0.683 0.005 0.284 0.007 97 G 0.006 0.002 0.016 0.111 0.054 0.746 0.066 98 L 0.038 0.015 0.080 0.082 0.138 0.259 0.388 99 I 0.053 0.032 0.035 0.038 0.285 0.142 0.415 100 K 0.021 0.014 0.007 0.013 0.577 0.065 0.304 101 T 0.015 0.012 0.002 0.006 0.400 0.011 0.555 102 P 0.002 0.003 0.115 0.722 0.016 0.117 0.026 103 E 0.002 0.001 0.253 0.594 0.016 0.117 0.017 104 E 0.004 0.003 0.393 0.499 0.010 0.057 0.034 105 A 0.016 0.015 0.255 0.519 0.036 0.073 0.085 106 A 0.023 0.012 0.170 0.356 0.048 0.284 0.107 107 T 0.015 0.004 0.116 0.249 0.083 0.449 0.085 108 R 0.027 0.006 0.044 0.058 0.331 0.121 0.412 109 Q 0.045 0.007 0.025 0.015 0.265 0.135 0.508 110 H 0.094 0.018 0.021 0.011 0.257 0.149 0.450 111 T 0.176 0.025 0.003 0.002 0.187 0.008 0.601 112 P 0.230 0.006 0.002 0.001 0.049 0.005 0.707 113 K 0.762 0.006 0.003 0.001 0.049 0.007 0.172 114 I 0.943 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.046 115 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 116 F 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 117 V 0.912 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.070 118 A 0.506 0.009 0.001 0.001 0.136 0.006 0.341 119 P 0.155 0.017 0.001 0.001 0.141 0.011 0.674 120 P 0.053 0.016 0.059 0.034 0.102 0.099 0.638 121 R 0.031 0.007 0.191 0.075 0.192 0.224 0.281 122 D 0.044 0.015 0.201 0.111 0.202 0.170 0.258 123 Y 0.130 0.022 0.164 0.238 0.121 0.108 0.217 124 R 0.201 0.033 0.129 0.227 0.082 0.129 0.198 125 T 0.176 0.016 0.132 0.229 0.080 0.141 0.226 126 A 0.145 0.019 0.077 0.168 0.118 0.312 0.161 127 S 0.057 0.007 0.032 0.047 0.156 0.564 0.136 128 G 0.092 0.006 0.022 0.036 0.335 0.222 0.286 129 K 0.312 0.029 0.022 0.064 0.116 0.057 0.400 130 L 0.603 0.084 0.018 0.058 0.064 0.030 0.145 131 V 0.449 0.023 0.036 0.095 0.080 0.054 0.263 132 A 0.366 0.021 0.051 0.105 0.088 0.118 0.251 133 A 0.120 0.011 0.089 0.125 0.140 0.347 0.168 134 G 0.058 0.002 0.047 0.037 0.227 0.471 0.157 135 D 0.125 0.012 0.034 0.046 0.253 0.149 0.381 136 I 0.320 0.021 0.006 0.021 0.076 0.016 0.540 137 D 0.472 0.008 0.003 0.027 0.104 0.012 0.373 138 L 0.925 0.003 0.002 0.026 0.008 0.008 0.028 139 L 0.953 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 0.018 140 V 0.944 0.002 0.002 0.021 0.003 0.002 0.026 141 R 0.887 0.001 0.003 0.038 0.021 0.003 0.047 142 A 0.821 0.004 0.005 0.042 0.021 0.014 0.094 143 L 0.487 0.015 0.005 0.101 0.088 0.024 0.281 144 S 0.175 0.031 0.006 0.072 0.052 0.032 0.632 145 M 0.025 0.004 0.036 0.132 0.069 0.641 0.092 146 G 0.010 0.002 0.050 0.055 0.157 0.663 0.064 147 K 0.039 0.015 0.079 0.050 0.330 0.110 0.378 148 L 0.072 0.072 0.063 0.075 0.109 0.120 0.490 149 H 0.066 0.022 0.141 0.123 0.126 0.265 0.257 150 H 0.029 0.013 0.189 0.254 0.097 0.324 0.094 151 A 0.037 0.015 0.128 0.359 0.107 0.197 0.158 152 M 0.049 0.020 0.064 0.464 0.100 0.150 0.153 153 M 0.029 0.010 0.035 0.636 0.043 0.174 0.073 154 G 0.018 0.006 0.028 0.749 0.029 0.116 0.055 155 T 0.007 0.002 0.013 0.920 0.011 0.024 0.022 156 A 0.002 0.001 0.006 0.978 0.002 0.006 0.006 157 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 160 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 161 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.021 0.001 163 A 0.003 0.001 0.004 0.945 0.003 0.040 0.004 164 A 0.009 0.001 0.009 0.875 0.007 0.092 0.007 165 A 0.024 0.008 0.008 0.728 0.030 0.141 0.061 166 I 0.047 0.009 0.006 0.086 0.186 0.022 0.644 167 P 0.006 0.001 0.010 0.075 0.084 0.759 0.065 168 G 0.012 0.002 0.008 0.041 0.097 0.805 0.036 169 T 0.131 0.040 0.012 0.194 0.168 0.062 0.394 170 L 0.098 0.015 0.009 0.684 0.045 0.066 0.082 171 V 0.053 0.005 0.036 0.746 0.033 0.048 0.078 172 N 0.089 0.006 0.098 0.548 0.045 0.043 0.171 173 L 0.070 0.008 0.153 0.543 0.051 0.083 0.092 174 A 0.080 0.034 0.144 0.332 0.053 0.219 0.137 175 A 0.036 0.010 0.061 0.272 0.067 0.453 0.100 176 G 0.028 0.009 0.023 0.081 0.168 0.436 0.254 177 G 0.034 0.011 0.030 0.018 0.236 0.239 0.431 178 G 0.038 0.006 0.039 0.006 0.270 0.168 0.473 179 E 0.078 0.027 0.051 0.004 0.234 0.117 0.489 180 R 0.166 0.023 0.051 0.004 0.191 0.073 0.494 181 S 0.307 0.005 0.022 0.003 0.191 0.038 0.433 182 A 0.793 0.012 0.008 0.003 0.020 0.013 0.151 183 V 0.936 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.050 184 R 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 185 F 0.954 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.035 186 G 0.735 0.007 0.002 0.001 0.079 0.015 0.162 187 H 0.344 0.009 0.014 0.001 0.244 0.070 0.316 188 P 0.131 0.011 0.021 0.001 0.204 0.394 0.238 189 S 0.098 0.009 0.028 0.001 0.396 0.310 0.159 190 G 0.290 0.005 0.012 0.001 0.395 0.102 0.196 191 T 0.708 0.005 0.003 0.001 0.062 0.012 0.209 192 L 0.952 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 193 R 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 194 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 195 G 0.972 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.014 196 A 0.953 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.032 197 E 0.967 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.021 198 A 0.963 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.022 199 S 0.887 0.003 0.003 0.003 0.032 0.012 0.060 200 Q 0.776 0.007 0.012 0.010 0.048 0.029 0.118 201 A 0.495 0.016 0.037 0.015 0.101 0.209 0.126 202 N 0.072 0.003 0.025 0.003 0.169 0.658 0.071 203 G 0.065 0.001 0.015 0.002 0.374 0.416 0.126 204 E 0.319 0.020 0.010 0.007 0.151 0.074 0.418 205 W 0.706 0.011 0.002 0.005 0.055 0.008 0.212 206 T 0.883 0.008 0.001 0.009 0.012 0.003 0.085 207 V 0.923 0.003 0.001 0.008 0.005 0.001 0.058 208 T 0.836 0.001 0.001 0.021 0.048 0.006 0.087 209 K 0.928 0.001 0.002 0.028 0.011 0.008 0.023 210 A 0.917 0.001 0.001 0.048 0.002 0.001 0.030 211 I 0.938 0.001 0.001 0.047 0.003 0.001 0.010 212 M 0.810 0.001 0.001 0.155 0.008 0.003 0.022 213 S 0.633 0.003 0.002 0.246 0.022 0.011 0.083 214 R 0.220 0.003 0.004 0.438 0.134 0.025 0.175 215 S 0.235 0.030 0.010 0.334 0.057 0.057 0.275 216 A 0.112 0.003 0.060 0.671 0.021 0.035 0.097 217 R 0.158 0.001 0.101 0.614 0.048 0.033 0.045 218 I 0.174 0.001 0.097 0.647 0.025 0.037 0.020 219 L 0.292 0.005 0.039 0.538 0.023 0.084 0.019 220 M 0.517 0.012 0.011 0.277 0.018 0.122 0.043 221 E 0.374 0.002 0.005 0.239 0.051 0.208 0.121 222 G 0.586 0.001 0.004 0.062 0.038 0.158 0.150 223 W 0.823 0.005 0.001 0.028 0.014 0.037 0.091 224 V 0.944 0.004 0.001 0.005 0.004 0.004 0.037 225 R 0.906 0.007 0.001 0.004 0.014 0.003 0.065 226 V 0.626 0.011 0.002 0.004 0.067 0.011 0.279 227 P 0.174 0.009 0.006 0.006 0.158 0.118 0.529 228 G 0.032 0.008 0.069 0.011 0.205 0.220 0.454 229 D 0.024 0.005 0.087 0.015 0.305 0.198 0.366 230 A 0.033 0.018 0.092 0.025 0.084 0.220 0.527 231 F 0.013 0.002 0.004 0.003 0.020 0.004 0.953