# TARGET T0301 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2178 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.748 0.170 0.054 0.020 0.006 0.001 0.001 2 G 0.626 0.204 0.100 0.048 0.017 0.005 0.001 3 V 0.478 0.190 0.140 0.108 0.058 0.023 0.003 4 T 0.529 0.273 0.117 0.052 0.020 0.007 0.001 5 F 0.303 0.206 0.171 0.150 0.100 0.057 0.013 6 P 0.404 0.271 0.158 0.099 0.047 0.018 0.003 7 A 0.237 0.293 0.233 0.138 0.066 0.029 0.004 8 A 0.119 0.144 0.178 0.243 0.206 0.097 0.013 9 E 0.100 0.319 0.304 0.174 0.072 0.026 0.005 10 I 0.015 0.030 0.059 0.175 0.336 0.333 0.053 11 V 0.013 0.097 0.241 0.330 0.213 0.093 0.013 12 L 0.004 0.016 0.030 0.083 0.236 0.460 0.171 13 E 0.008 0.070 0.218 0.343 0.228 0.111 0.022 14 F 0.002 0.008 0.022 0.079 0.243 0.472 0.174 15 L 0.017 0.094 0.186 0.241 0.237 0.186 0.038 16 D 0.040 0.170 0.284 0.280 0.160 0.059 0.008 17 P 0.059 0.086 0.133 0.232 0.283 0.178 0.029 18 S 0.160 0.212 0.210 0.211 0.138 0.063 0.006 19 D 0.375 0.278 0.175 0.112 0.046 0.013 0.001 20 D 0.494 0.303 0.128 0.057 0.015 0.003 0.001 21 G 0.510 0.218 0.132 0.090 0.037 0.011 0.001 22 E 0.601 0.250 0.094 0.037 0.013 0.004 0.001 23 D 0.448 0.292 0.156 0.076 0.022 0.005 0.001 24 G 0.111 0.163 0.194 0.230 0.193 0.098 0.012 25 G 0.080 0.137 0.167 0.211 0.208 0.160 0.035 26 A 0.042 0.098 0.191 0.273 0.211 0.146 0.039 27 I 0.017 0.027 0.041 0.091 0.206 0.415 0.203 28 F 0.016 0.037 0.073 0.145 0.213 0.320 0.195 29 P 0.023 0.053 0.082 0.135 0.198 0.324 0.186 30 T 0.040 0.079 0.113 0.186 0.224 0.243 0.115 31 G 0.047 0.094 0.140 0.231 0.241 0.185 0.061 32 N 0.152 0.296 0.238 0.155 0.087 0.053 0.018 33 L 0.031 0.069 0.112 0.219 0.285 0.242 0.043 34 V 0.029 0.111 0.204 0.267 0.216 0.144 0.029 35 D 0.035 0.091 0.143 0.217 0.264 0.212 0.038 36 D 0.039 0.149 0.275 0.281 0.170 0.078 0.009 37 L 0.033 0.046 0.085 0.224 0.378 0.213 0.020 38 E 0.156 0.387 0.286 0.128 0.034 0.008 0.001 39 V 0.077 0.121 0.184 0.321 0.233 0.062 0.002 40 P 0.345 0.378 0.186 0.073 0.015 0.002 0.001 41 G 0.507 0.336 0.109 0.040 0.008 0.001 0.001 42 V 0.220 0.288 0.259 0.174 0.052 0.006 0.001 43 G 0.240 0.430 0.212 0.093 0.023 0.002 0.001 44 T 0.092 0.325 0.354 0.183 0.042 0.004 0.001 45 F 0.001 0.006 0.034 0.171 0.453 0.326 0.010 46 K 0.001 0.015 0.130 0.426 0.335 0.083 0.009 47 A 0.001 0.001 0.005 0.019 0.107 0.596 0.272 48 T 0.001 0.001 0.001 0.008 0.049 0.373 0.568 49 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.174 0.810 50 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.122 0.865 51 N 0.001 0.001 0.003 0.013 0.063 0.234 0.686 52 A 0.001 0.002 0.005 0.018 0.061 0.280 0.634 53 G 0.001 0.002 0.007 0.031 0.103 0.322 0.535 54 I 0.001 0.006 0.020 0.050 0.128 0.379 0.417 55 P 0.001 0.006 0.017 0.055 0.152 0.370 0.399 56 T 0.002 0.009 0.028 0.073 0.158 0.377 0.352 57 V 0.001 0.003 0.007 0.023 0.085 0.417 0.464 58 F 0.002 0.007 0.021 0.075 0.213 0.472 0.209 59 V 0.005 0.021 0.044 0.095 0.235 0.451 0.149 60 N 0.011 0.079 0.214 0.329 0.249 0.103 0.014 61 A 0.010 0.029 0.071 0.221 0.420 0.230 0.019 62 E 0.250 0.421 0.222 0.085 0.018 0.003 0.001 63 E 0.300 0.389 0.193 0.088 0.025 0.006 0.001 64 I 0.109 0.126 0.189 0.286 0.221 0.067 0.002 65 G 0.322 0.333 0.208 0.103 0.029 0.005 0.001 66 Y 0.231 0.196 0.201 0.206 0.123 0.041 0.003 67 R 0.284 0.321 0.225 0.113 0.042 0.014 0.001 68 G 0.194 0.168 0.203 0.221 0.143 0.064 0.007 69 T 0.311 0.287 0.188 0.115 0.063 0.032 0.004 70 E 0.185 0.190 0.189 0.201 0.144 0.079 0.012 71 L 0.193 0.211 0.203 0.209 0.129 0.051 0.004 72 R 0.190 0.302 0.285 0.167 0.049 0.006 0.001 73 E 0.683 0.226 0.064 0.021 0.005 0.001 0.001 74 E 0.389 0.341 0.180 0.072 0.015 0.002 0.001 75 I 0.146 0.147 0.224 0.298 0.158 0.027 0.001 76 N 0.582 0.286 0.095 0.031 0.006 0.001 0.001 77 G 0.708 0.178 0.067 0.033 0.010 0.003 0.001 78 D 0.610 0.222 0.106 0.047 0.013 0.003 0.001 79 P 0.681 0.195 0.078 0.034 0.010 0.002 0.001 80 Q 0.670 0.227 0.068 0.024 0.008 0.002 0.001 81 Q 0.217 0.252 0.232 0.187 0.087 0.023 0.001 82 L 0.126 0.178 0.234 0.263 0.154 0.041 0.003 83 A 0.185 0.348 0.258 0.142 0.053 0.013 0.001 84 R 0.041 0.105 0.212 0.305 0.226 0.101 0.010 85 F 0.006 0.011 0.017 0.053 0.210 0.536 0.167 86 E 0.007 0.037 0.111 0.248 0.305 0.238 0.055 87 R 0.010 0.074 0.214 0.301 0.231 0.137 0.034 88 I 0.001 0.003 0.010 0.055 0.214 0.506 0.210 89 R 0.002 0.008 0.018 0.046 0.137 0.450 0.339 90 V 0.007 0.022 0.056 0.154 0.296 0.349 0.115 91 A 0.006 0.031 0.130 0.301 0.305 0.181 0.045 92 G 0.008 0.012 0.021 0.062 0.178 0.440 0.278 93 A 0.013 0.018 0.026 0.065 0.165 0.401 0.311 94 L 0.014 0.050 0.102 0.187 0.253 0.273 0.120 95 R 0.016 0.042 0.095 0.207 0.275 0.241 0.124 96 M 0.009 0.026 0.054 0.119 0.211 0.369 0.214 97 G 0.022 0.067 0.130 0.198 0.232 0.252 0.101 98 L 0.017 0.030 0.049 0.128 0.293 0.375 0.108 99 I 0.022 0.068 0.153 0.280 0.298 0.162 0.017 100 K 0.105 0.260 0.302 0.213 0.090 0.026 0.004 101 T 0.127 0.284 0.266 0.192 0.095 0.032 0.003 102 P 0.111 0.127 0.175 0.261 0.230 0.092 0.006 103 E 0.562 0.291 0.099 0.036 0.010 0.002 0.001 104 E 0.433 0.336 0.151 0.061 0.016 0.003 0.001 105 A 0.175 0.171 0.206 0.263 0.147 0.036 0.002 106 A 0.374 0.314 0.183 0.096 0.027 0.006 0.001 107 T 0.622 0.240 0.083 0.039 0.012 0.004 0.001 108 R 0.268 0.250 0.214 0.174 0.073 0.020 0.001 109 Q 0.294 0.273 0.186 0.126 0.076 0.038 0.007 110 H 0.068 0.118 0.180 0.250 0.220 0.135 0.028 111 T 0.029 0.090 0.154 0.212 0.232 0.222 0.061 112 P 0.010 0.023 0.045 0.116 0.241 0.376 0.188 113 K 0.002 0.006 0.018 0.058 0.151 0.378 0.387 114 I 0.004 0.008 0.012 0.021 0.062 0.310 0.583 115 A 0.002 0.005 0.014 0.040 0.097 0.290 0.552 116 F 0.001 0.004 0.008 0.024 0.094 0.388 0.481 117 V 0.003 0.007 0.017 0.057 0.176 0.418 0.323 118 A 0.007 0.029 0.072 0.160 0.282 0.354 0.096 119 P 0.031 0.142 0.253 0.290 0.195 0.075 0.014 120 P 0.058 0.141 0.190 0.269 0.228 0.102 0.014 121 R 0.295 0.301 0.195 0.124 0.059 0.021 0.004 122 D 0.395 0.302 0.158 0.092 0.038 0.013 0.002 123 Y 0.186 0.202 0.249 0.216 0.112 0.032 0.002 124 R 0.445 0.295 0.150 0.074 0.028 0.007 0.001 125 T 0.391 0.269 0.170 0.103 0.048 0.017 0.002 126 A 0.261 0.194 0.188 0.178 0.119 0.054 0.007 127 S 0.387 0.262 0.158 0.105 0.058 0.025 0.005 128 G 0.269 0.210 0.197 0.173 0.100 0.045 0.007 129 K 0.416 0.253 0.156 0.103 0.050 0.019 0.003 130 L 0.237 0.228 0.198 0.179 0.109 0.045 0.004 131 V 0.175 0.180 0.213 0.238 0.146 0.045 0.003 132 A 0.488 0.299 0.129 0.062 0.018 0.003 0.001 133 A 0.470 0.271 0.140 0.083 0.029 0.007 0.001 134 G 0.379 0.322 0.178 0.092 0.025 0.004 0.001 135 D 0.259 0.378 0.210 0.106 0.037 0.009 0.001 136 I 0.010 0.044 0.122 0.302 0.350 0.161 0.011 137 D 0.009 0.035 0.114 0.261 0.336 0.210 0.034 138 L 0.002 0.004 0.009 0.024 0.098 0.509 0.355 139 L 0.003 0.009 0.027 0.072 0.148 0.391 0.349 140 V 0.002 0.008 0.014 0.028 0.081 0.314 0.554 141 R 0.003 0.007 0.017 0.065 0.163 0.367 0.377 142 A 0.002 0.011 0.031 0.076 0.162 0.393 0.325 143 L 0.009 0.016 0.028 0.069 0.154 0.393 0.331 144 S 0.031 0.079 0.114 0.193 0.228 0.242 0.113 145 M 0.089 0.151 0.170 0.195 0.173 0.148 0.075 146 G 0.168 0.212 0.178 0.177 0.133 0.092 0.040 147 K 0.154 0.264 0.230 0.173 0.096 0.061 0.023 148 L 0.103 0.096 0.103 0.168 0.222 0.236 0.071 149 H 0.062 0.094 0.123 0.192 0.225 0.238 0.066 150 H 0.101 0.128 0.158 0.182 0.169 0.184 0.078 151 A 0.139 0.118 0.094 0.112 0.170 0.231 0.136 152 M 0.085 0.063 0.076 0.116 0.177 0.243 0.240 153 M 0.323 0.242 0.127 0.084 0.074 0.082 0.068 154 G 0.303 0.129 0.128 0.152 0.133 0.087 0.069 155 T 0.198 0.148 0.099 0.085 0.113 0.151 0.206 156 A 0.181 0.115 0.148 0.191 0.129 0.097 0.138 157 A 0.105 0.104 0.138 0.133 0.099 0.137 0.284 158 V 0.096 0.075 0.071 0.101 0.121 0.151 0.385 159 A 0.036 0.044 0.062 0.105 0.116 0.200 0.437 160 I 0.042 0.069 0.108 0.113 0.092 0.178 0.399 161 G 0.034 0.035 0.045 0.097 0.149 0.253 0.387 162 T 0.020 0.039 0.047 0.089 0.168 0.356 0.281 163 A 0.035 0.027 0.064 0.146 0.166 0.296 0.266 164 A 0.030 0.053 0.059 0.073 0.124 0.379 0.282 165 A 0.038 0.053 0.089 0.242 0.283 0.216 0.080 166 I 0.039 0.056 0.079 0.138 0.269 0.315 0.104 167 P 0.071 0.182 0.238 0.241 0.135 0.098 0.035 168 G 0.052 0.105 0.148 0.211 0.240 0.192 0.052 169 T 0.066 0.102 0.160 0.220 0.217 0.182 0.052 170 L 0.034 0.044 0.071 0.143 0.243 0.331 0.133 171 V 0.022 0.032 0.050 0.099 0.208 0.391 0.199 172 N 0.040 0.096 0.130 0.192 0.220 0.228 0.095 173 L 0.046 0.097 0.146 0.213 0.226 0.200 0.072 174 A 0.035 0.055 0.098 0.183 0.254 0.286 0.089 175 A 0.077 0.099 0.142 0.222 0.250 0.178 0.030 176 G 0.238 0.296 0.226 0.147 0.068 0.022 0.003 177 G 0.306 0.311 0.199 0.121 0.048 0.013 0.002 178 G 0.483 0.281 0.127 0.069 0.029 0.010 0.002 179 E 0.418 0.300 0.154 0.089 0.030 0.008 0.001 180 R 0.234 0.274 0.227 0.170 0.074 0.019 0.002 181 S 0.240 0.310 0.227 0.147 0.058 0.016 0.002 182 A 0.056 0.170 0.272 0.272 0.159 0.063 0.006 183 V 0.011 0.018 0.038 0.113 0.280 0.443 0.097 184 R 0.022 0.074 0.156 0.245 0.233 0.204 0.067 185 F 0.008 0.017 0.026 0.059 0.147 0.409 0.334 186 G 0.036 0.095 0.135 0.221 0.219 0.204 0.091 187 H 0.023 0.075 0.123 0.193 0.221 0.253 0.113 188 P 0.036 0.083 0.128 0.211 0.240 0.225 0.077 189 S 0.050 0.183 0.224 0.223 0.164 0.123 0.034 190 G 0.033 0.103 0.164 0.220 0.239 0.192 0.049 191 T 0.021 0.153 0.288 0.290 0.168 0.069 0.011 192 L 0.004 0.013 0.031 0.102 0.298 0.444 0.107 193 R 0.008 0.094 0.278 0.348 0.192 0.073 0.008 194 V 0.004 0.014 0.032 0.111 0.311 0.446 0.082 195 G 0.014 0.093 0.232 0.323 0.223 0.106 0.009 196 A 0.018 0.050 0.118 0.265 0.346 0.188 0.014 197 E 0.128 0.308 0.298 0.179 0.068 0.017 0.001 198 A 0.118 0.188 0.257 0.273 0.136 0.027 0.001 199 S 0.483 0.343 0.121 0.041 0.010 0.002 0.001 200 Q 0.419 0.301 0.168 0.086 0.023 0.004 0.001 201 A 0.654 0.218 0.081 0.035 0.011 0.002 0.001 202 N 0.706 0.202 0.060 0.024 0.007 0.001 0.001 203 G 0.451 0.278 0.172 0.078 0.018 0.003 0.001 204 E 0.490 0.318 0.123 0.050 0.015 0.003 0.001 205 W 0.082 0.164 0.246 0.288 0.167 0.050 0.003 206 T 0.072 0.185 0.260 0.271 0.162 0.048 0.003 207 V 0.027 0.040 0.074 0.184 0.332 0.302 0.040 208 T 0.089 0.240 0.262 0.235 0.121 0.047 0.006 209 K 0.060 0.180 0.262 0.247 0.158 0.078 0.015 210 A 0.014 0.025 0.039 0.109 0.256 0.430 0.127 211 I 0.013 0.040 0.098 0.196 0.255 0.282 0.116 212 M 0.009 0.023 0.044 0.091 0.173 0.411 0.249 213 S 0.010 0.031 0.063 0.140 0.246 0.349 0.161 214 R 0.017 0.050 0.092 0.155 0.224 0.289 0.173 215 S 0.005 0.015 0.036 0.094 0.186 0.393 0.272 216 A 0.006 0.009 0.013 0.039 0.128 0.443 0.362 217 R 0.020 0.051 0.123 0.240 0.260 0.224 0.082 218 I 0.031 0.072 0.116 0.176 0.233 0.280 0.093 219 L 0.027 0.030 0.042 0.081 0.169 0.381 0.271 220 M 0.029 0.042 0.067 0.142 0.244 0.362 0.115 221 E 0.093 0.200 0.239 0.222 0.146 0.078 0.023 222 G 0.162 0.156 0.142 0.190 0.187 0.137 0.026 223 W 0.073 0.130 0.244 0.284 0.171 0.086 0.011 224 V 0.100 0.067 0.074 0.162 0.280 0.273 0.044 225 R 0.190 0.218 0.225 0.193 0.115 0.052 0.007 226 V 0.209 0.157 0.167 0.215 0.161 0.081 0.009 227 P 0.416 0.299 0.168 0.082 0.027 0.007 0.001 228 G 0.507 0.252 0.141 0.075 0.020 0.005 0.001 229 D 0.756 0.172 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 230 A 0.654 0.193 0.084 0.048 0.017 0.004 0.001 231 F 0.655 0.171 0.091 0.053 0.022 0.008 0.001