# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0528 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.026 0.007 0.022 0.007 0.587 0.351 2 G 0.042 0.011 0.010 0.003 0.451 0.482 3 V 0.132 0.052 0.007 0.006 0.282 0.521 4 T 0.181 0.075 0.004 0.006 0.223 0.510 5 F 0.122 0.017 0.015 0.011 0.390 0.445 6 P 0.141 0.011 0.032 0.012 0.376 0.427 7 A 0.325 0.016 0.076 0.013 0.270 0.299 8 A 0.518 0.012 0.036 0.008 0.160 0.265 9 E 0.703 0.005 0.012 0.004 0.067 0.208 10 I 0.858 0.005 0.004 0.003 0.028 0.103 11 V 0.942 0.003 0.001 0.002 0.016 0.035 12 L 0.962 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 13 E 0.952 0.002 0.001 0.002 0.015 0.028 14 F 0.928 0.005 0.002 0.002 0.027 0.036 15 L 0.715 0.009 0.004 0.002 0.081 0.188 16 D 0.397 0.021 0.007 0.003 0.225 0.347 17 P 0.136 0.053 0.011 0.004 0.327 0.468 18 S 0.039 0.042 0.017 0.004 0.637 0.263 19 D 0.022 0.026 0.031 0.006 0.756 0.160 20 D 0.014 0.009 0.032 0.009 0.798 0.139 21 G 0.025 0.033 0.026 0.008 0.764 0.144 22 E 0.054 0.045 0.026 0.010 0.650 0.215 23 D 0.087 0.059 0.035 0.021 0.567 0.231 24 G 0.157 0.061 0.044 0.028 0.523 0.188 25 G 0.211 0.029 0.052 0.016 0.441 0.250 26 A 0.330 0.042 0.079 0.022 0.286 0.241 27 I 0.329 0.173 0.056 0.029 0.209 0.204 28 F 0.184 0.053 0.026 0.011 0.441 0.285 29 P 0.146 0.021 0.025 0.012 0.504 0.290 30 T 0.055 0.016 0.033 0.016 0.642 0.238 31 G 0.043 0.028 0.037 0.014 0.641 0.236 32 N 0.057 0.011 0.021 0.005 0.372 0.534 33 L 0.196 0.057 0.097 0.015 0.311 0.324 34 V 0.300 0.020 0.068 0.011 0.267 0.334 35 D 0.374 0.010 0.123 0.008 0.218 0.267 36 D 0.596 0.024 0.082 0.014 0.097 0.187 37 L 0.765 0.023 0.027 0.010 0.056 0.120 38 E 0.711 0.027 0.012 0.006 0.056 0.188 39 V 0.416 0.051 0.011 0.006 0.286 0.230 40 P 0.148 0.019 0.010 0.002 0.555 0.266 41 G 0.048 0.004 0.016 0.002 0.648 0.282 42 V 0.142 0.033 0.021 0.002 0.593 0.208 43 G 0.262 0.015 0.016 0.002 0.313 0.392 44 T 0.474 0.014 0.020 0.005 0.235 0.252 45 F 0.734 0.016 0.005 0.005 0.084 0.157 46 K 0.846 0.005 0.002 0.004 0.040 0.103 47 A 0.928 0.003 0.002 0.004 0.018 0.046 48 T 0.943 0.004 0.001 0.007 0.014 0.032 49 M 0.945 0.001 0.003 0.012 0.014 0.025 50 I 0.896 0.004 0.005 0.028 0.021 0.046 51 N 0.677 0.006 0.013 0.024 0.136 0.145 52 A 0.324 0.011 0.015 0.050 0.347 0.252 53 G 0.210 0.022 0.022 0.022 0.419 0.305 54 I 0.171 0.008 0.024 0.009 0.509 0.279 55 P 0.217 0.004 0.035 0.018 0.415 0.312 56 T 0.684 0.007 0.033 0.014 0.148 0.114 57 V 0.954 0.003 0.004 0.008 0.017 0.014 58 F 0.980 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 59 V 0.937 0.004 0.001 0.010 0.007 0.040 60 N 0.783 0.013 0.004 0.016 0.045 0.138 61 A 0.040 0.001 0.642 0.124 0.137 0.055 62 E 0.006 0.001 0.888 0.039 0.053 0.013 63 E 0.004 0.001 0.894 0.054 0.042 0.005 64 I 0.017 0.014 0.285 0.358 0.188 0.139 65 G 0.025 0.011 0.043 0.135 0.208 0.579 66 Y 0.044 0.027 0.018 0.123 0.239 0.549 67 R 0.068 0.025 0.018 0.066 0.253 0.570 68 G 0.068 0.016 0.081 0.137 0.278 0.419 69 T 0.128 0.017 0.138 0.235 0.206 0.276 70 E 0.152 0.028 0.075 0.433 0.114 0.199 71 L 0.096 0.027 0.051 0.545 0.086 0.196 72 R 0.010 0.002 0.090 0.834 0.036 0.029 73 E 0.004 0.001 0.155 0.793 0.036 0.012 74 E 0.004 0.002 0.183 0.739 0.062 0.011 75 I 0.006 0.005 0.099 0.703 0.145 0.042 76 N 0.004 0.007 0.027 0.273 0.382 0.306 77 G 0.001 0.003 0.007 0.068 0.284 0.636 78 D 0.002 0.004 0.001 0.017 0.130 0.846 79 P 0.001 0.001 0.049 0.910 0.028 0.012 80 Q 0.001 0.001 0.040 0.940 0.016 0.004 81 Q 0.001 0.001 0.021 0.968 0.008 0.002 82 L 0.001 0.001 0.009 0.976 0.006 0.007 83 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 84 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 85 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 86 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 87 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 92 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 93 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.001 94 L 0.001 0.001 0.011 0.982 0.006 0.001 95 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.004 96 M 0.001 0.001 0.008 0.901 0.014 0.076 97 G 0.001 0.003 0.006 0.047 0.055 0.887 98 L 0.009 0.014 0.015 0.013 0.221 0.728 99 I 0.036 0.024 0.017 0.011 0.345 0.567 100 K 0.037 0.030 0.007 0.007 0.321 0.597 101 T 0.016 0.009 0.002 0.009 0.148 0.816 102 P 0.001 0.001 0.046 0.905 0.025 0.024 103 E 0.001 0.001 0.020 0.971 0.006 0.002 104 E 0.001 0.001 0.035 0.948 0.013 0.002 105 A 0.002 0.001 0.017 0.957 0.017 0.006 106 A 0.004 0.001 0.023 0.932 0.027 0.012 107 T 0.009 0.002 0.027 0.831 0.068 0.063 108 R 0.018 0.004 0.026 0.455 0.167 0.330 109 Q 0.039 0.012 0.016 0.163 0.275 0.495 110 H 0.080 0.023 0.010 0.060 0.299 0.528 111 T 0.073 0.010 0.003 0.008 0.353 0.553 112 P 0.066 0.003 0.005 0.003 0.331 0.591 113 K 0.581 0.007 0.005 0.002 0.121 0.283 114 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.009 0.017 115 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 116 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 117 V 0.920 0.002 0.001 0.001 0.020 0.057 118 A 0.521 0.004 0.002 0.002 0.106 0.365 119 P 0.152 0.009 0.004 0.003 0.241 0.591 120 P 0.079 0.022 0.113 0.056 0.400 0.331 121 R 0.066 0.010 0.219 0.112 0.428 0.165 122 D 0.070 0.009 0.278 0.159 0.393 0.091 123 Y 0.126 0.018 0.148 0.257 0.321 0.129 124 R 0.258 0.027 0.096 0.231 0.234 0.155 125 T 0.211 0.027 0.076 0.294 0.302 0.091 126 A 0.168 0.011 0.053 0.310 0.353 0.103 127 S 0.072 0.007 0.024 0.323 0.407 0.167 128 G 0.102 0.006 0.017 0.129 0.453 0.292 129 K 0.329 0.020 0.019 0.137 0.177 0.318 130 L 0.622 0.030 0.019 0.101 0.082 0.146 131 V 0.539 0.029 0.035 0.096 0.120 0.181 132 A 0.390 0.017 0.042 0.077 0.254 0.219 133 A 0.151 0.011 0.081 0.127 0.413 0.217 134 G 0.089 0.007 0.065 0.080 0.494 0.266 135 D 0.147 0.013 0.066 0.047 0.407 0.319 136 I 0.246 0.018 0.030 0.046 0.273 0.387 137 D 0.343 0.009 0.014 0.031 0.182 0.422 138 L 0.826 0.006 0.006 0.029 0.049 0.084 139 L 0.938 0.002 0.001 0.017 0.016 0.026 140 V 0.960 0.001 0.002 0.018 0.008 0.010 141 R 0.920 0.001 0.002 0.043 0.013 0.021 142 A 0.835 0.003 0.006 0.047 0.028 0.081 143 L 0.548 0.020 0.007 0.052 0.077 0.296 144 S 0.232 0.025 0.015 0.057 0.393 0.277 145 M 0.046 0.007 0.015 0.128 0.551 0.253 146 G 0.021 0.011 0.025 0.112 0.607 0.224 147 K 0.053 0.048 0.024 0.105 0.524 0.246 148 L 0.038 0.034 0.071 0.338 0.226 0.292 149 H 0.030 0.020 0.133 0.437 0.231 0.149 150 H 0.020 0.005 0.234 0.486 0.171 0.085 151 A 0.018 0.005 0.186 0.634 0.106 0.051 152 M 0.019 0.006 0.178 0.655 0.086 0.056 153 M 0.015 0.005 0.118 0.742 0.050 0.069 154 G 0.004 0.002 0.031 0.924 0.014 0.026 155 T 0.001 0.001 0.009 0.980 0.004 0.007 156 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 161 G 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 162 T 0.001 0.001 0.019 0.977 0.003 0.001 163 A 0.001 0.001 0.037 0.954 0.006 0.002 164 A 0.001 0.001 0.026 0.949 0.008 0.016 165 A 0.002 0.005 0.016 0.704 0.027 0.246 166 I 0.007 0.028 0.012 0.447 0.156 0.349 167 P 0.011 0.005 0.009 0.319 0.250 0.407 168 G 0.024 0.006 0.018 0.293 0.304 0.354 169 T 0.087 0.017 0.019 0.602 0.140 0.135 170 L 0.044 0.004 0.015 0.893 0.022 0.021 171 V 0.052 0.004 0.011 0.883 0.025 0.024 172 N 0.070 0.003 0.029 0.827 0.044 0.027 173 L 0.075 0.003 0.056 0.780 0.058 0.028 174 A 0.051 0.006 0.064 0.712 0.110 0.057 175 A 0.035 0.010 0.071 0.561 0.214 0.109 176 G 0.026 0.006 0.033 0.206 0.450 0.279 177 G 0.017 0.005 0.048 0.083 0.537 0.310 178 G 0.037 0.010 0.043 0.017 0.553 0.341 179 E 0.110 0.022 0.100 0.027 0.363 0.378 180 R 0.186 0.020 0.103 0.036 0.334 0.321 181 S 0.280 0.006 0.050 0.015 0.285 0.364 182 A 0.741 0.006 0.009 0.007 0.060 0.177 183 V 0.926 0.013 0.002 0.004 0.014 0.042 184 R 0.936 0.010 0.001 0.002 0.018 0.033 185 F 0.821 0.012 0.001 0.003 0.050 0.113 186 G 0.446 0.013 0.004 0.003 0.209 0.325 187 H 0.177 0.008 0.007 0.001 0.465 0.342 188 P 0.171 0.009 0.012 0.003 0.491 0.314 189 S 0.206 0.018 0.022 0.005 0.447 0.302 190 G 0.484 0.016 0.010 0.004 0.278 0.208 191 T 0.807 0.005 0.004 0.005 0.051 0.127 192 L 0.938 0.003 0.002 0.005 0.016 0.035 193 R 0.964 0.001 0.001 0.004 0.009 0.020 194 V 0.959 0.001 0.001 0.006 0.010 0.024 195 G 0.934 0.001 0.001 0.006 0.021 0.038 196 A 0.934 0.001 0.001 0.006 0.017 0.041 197 E 0.912 0.002 0.002 0.007 0.025 0.052 198 A 0.849 0.006 0.005 0.012 0.047 0.081 199 S 0.677 0.015 0.015 0.014 0.137 0.142 200 Q 0.393 0.021 0.053 0.023 0.419 0.092 201 A 0.200 0.012 0.057 0.024 0.589 0.118 202 N 0.074 0.005 0.038 0.016 0.726 0.141 203 G 0.100 0.005 0.015 0.008 0.587 0.285 204 E 0.337 0.015 0.008 0.010 0.227 0.403 205 W 0.750 0.013 0.005 0.005 0.075 0.152 206 T 0.903 0.008 0.003 0.006 0.023 0.057 207 V 0.899 0.005 0.007 0.018 0.024 0.048 208 T 0.853 0.002 0.010 0.036 0.032 0.066 209 K 0.777 0.002 0.016 0.098 0.036 0.071 210 A 0.697 0.004 0.014 0.194 0.035 0.056 211 I 0.405 0.005 0.023 0.512 0.021 0.034 212 M 0.123 0.002 0.021 0.826 0.012 0.016 213 S 0.020 0.001 0.012 0.938 0.012 0.017 214 R 0.010 0.001 0.011 0.957 0.012 0.009 215 S 0.008 0.001 0.007 0.961 0.011 0.012 216 A 0.003 0.001 0.008 0.976 0.009 0.003 217 R 0.007 0.001 0.022 0.944 0.024 0.003 218 I 0.013 0.001 0.031 0.917 0.035 0.003 219 L 0.012 0.001 0.019 0.938 0.025 0.005 220 M 0.014 0.001 0.012 0.917 0.029 0.026 221 E 0.025 0.002 0.012 0.804 0.048 0.110 222 G 0.133 0.003 0.025 0.350 0.118 0.371 223 W 0.592 0.010 0.013 0.109 0.076 0.199 224 V 0.870 0.007 0.007 0.028 0.029 0.060 225 R 0.832 0.011 0.002 0.016 0.033 0.106 226 V 0.602 0.013 0.003 0.010 0.077 0.294 227 P 0.208 0.012 0.015 0.016 0.284 0.465 228 G 0.046 0.010 0.186 0.035 0.422 0.301 229 D 0.047 0.014 0.231 0.050 0.420 0.238 230 A 0.042 0.018 0.246 0.071 0.362 0.262 231 F 0.028 0.012 0.020 0.024 0.217 0.699