# TARGET T0301 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0528 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.020 0.955 2 G 0.026 0.042 0.005 0.002 0.017 0.066 0.843 3 V 0.058 0.062 0.005 0.001 0.199 0.043 0.632 4 T 0.056 0.071 0.006 0.001 0.125 0.038 0.703 5 F 0.047 0.035 0.050 0.008 0.280 0.109 0.471 6 P 0.018 0.006 0.068 0.009 0.146 0.503 0.251 7 A 0.037 0.019 0.118 0.010 0.238 0.331 0.248 8 A 0.131 0.017 0.032 0.008 0.306 0.041 0.464 9 E 0.393 0.013 0.012 0.007 0.084 0.024 0.467 10 I 0.906 0.008 0.002 0.002 0.010 0.003 0.069 11 V 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 12 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 13 E 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 14 F 0.932 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.052 15 L 0.682 0.017 0.001 0.001 0.088 0.006 0.205 16 D 0.227 0.030 0.001 0.001 0.093 0.004 0.644 17 P 0.037 0.014 0.046 0.012 0.140 0.415 0.334 18 S 0.010 0.008 0.045 0.008 0.217 0.353 0.360 19 D 0.011 0.014 0.075 0.013 0.297 0.356 0.234 20 D 0.015 0.026 0.026 0.016 0.267 0.418 0.232 21 G 0.030 0.018 0.028 0.012 0.379 0.167 0.366 22 E 0.048 0.032 0.056 0.029 0.293 0.213 0.330 23 D 0.115 0.095 0.059 0.045 0.185 0.209 0.292 24 G 0.192 0.053 0.110 0.060 0.121 0.182 0.282 25 G 0.218 0.034 0.086 0.046 0.194 0.175 0.246 26 A 0.455 0.027 0.050 0.036 0.155 0.075 0.201 27 I 0.570 0.120 0.020 0.026 0.067 0.039 0.158 28 F 0.336 0.057 0.014 0.014 0.110 0.033 0.437 29 P 0.189 0.022 0.017 0.009 0.188 0.206 0.370 30 T 0.096 0.024 0.023 0.008 0.234 0.292 0.322 31 G 0.064 0.015 0.020 0.008 0.439 0.130 0.323 32 N 0.064 0.011 0.020 0.008 0.190 0.078 0.629 33 L 0.190 0.072 0.080 0.047 0.173 0.160 0.278 34 V 0.387 0.031 0.076 0.029 0.097 0.093 0.288 35 D 0.485 0.009 0.040 0.020 0.150 0.050 0.246 36 D 0.783 0.012 0.021 0.022 0.041 0.022 0.099 37 L 0.891 0.010 0.004 0.012 0.015 0.011 0.057 38 E 0.843 0.028 0.002 0.007 0.010 0.012 0.098 39 V 0.554 0.028 0.002 0.002 0.028 0.009 0.377 40 P 0.148 0.005 0.004 0.001 0.220 0.235 0.386 41 G 0.062 0.006 0.011 0.001 0.324 0.424 0.172 42 V 0.104 0.017 0.036 0.006 0.275 0.153 0.409 43 G 0.159 0.005 0.032 0.005 0.287 0.135 0.376 44 T 0.338 0.038 0.018 0.005 0.130 0.049 0.422 45 F 0.460 0.010 0.002 0.001 0.057 0.006 0.465 46 K 0.529 0.003 0.001 0.001 0.160 0.015 0.290 47 A 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 48 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 49 M 0.982 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 50 I 0.899 0.002 0.006 0.008 0.011 0.005 0.070 51 N 0.490 0.008 0.046 0.013 0.056 0.037 0.351 52 A 0.122 0.007 0.063 0.010 0.151 0.468 0.179 53 G 0.057 0.014 0.070 0.009 0.257 0.357 0.235 54 I 0.103 0.007 0.010 0.003 0.556 0.019 0.302 55 P 0.238 0.009 0.009 0.004 0.180 0.026 0.534 56 T 0.863 0.005 0.005 0.005 0.055 0.017 0.051 57 V 0.974 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.009 58 F 0.983 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 59 V 0.922 0.011 0.001 0.003 0.014 0.002 0.047 60 N 0.535 0.018 0.001 0.002 0.017 0.003 0.425 61 A 0.015 0.001 0.486 0.292 0.013 0.137 0.056 62 E 0.003 0.001 0.736 0.127 0.016 0.108 0.010 63 E 0.003 0.001 0.754 0.151 0.009 0.073 0.010 64 I 0.024 0.028 0.278 0.278 0.045 0.302 0.045 65 G 0.016 0.005 0.049 0.089 0.066 0.635 0.139 66 Y 0.043 0.027 0.036 0.104 0.139 0.150 0.501 67 R 0.079 0.037 0.022 0.131 0.124 0.150 0.457 68 G 0.062 0.007 0.017 0.091 0.314 0.129 0.381 69 T 0.072 0.013 0.028 0.344 0.162 0.086 0.293 70 E 0.088 0.049 0.027 0.394 0.107 0.060 0.274 71 L 0.047 0.014 0.023 0.515 0.049 0.040 0.312 72 R 0.013 0.003 0.077 0.769 0.020 0.038 0.081 73 E 0.007 0.002 0.180 0.691 0.029 0.049 0.042 74 E 0.007 0.003 0.201 0.617 0.021 0.116 0.035 75 I 0.010 0.009 0.126 0.411 0.069 0.307 0.068 76 N 0.005 0.008 0.036 0.214 0.053 0.553 0.131 77 G 0.003 0.007 0.012 0.099 0.264 0.254 0.361 78 D 0.001 0.003 0.001 0.018 0.236 0.006 0.736 79 P 0.001 0.001 0.010 0.960 0.003 0.024 0.003 80 Q 0.001 0.001 0.016 0.961 0.001 0.021 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.016 0.974 0.001 0.007 0.002 82 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 85 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 92 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.004 94 L 0.004 0.001 0.007 0.975 0.002 0.008 0.004 95 R 0.003 0.001 0.008 0.954 0.003 0.029 0.002 96 M 0.002 0.001 0.018 0.683 0.005 0.283 0.007 97 G 0.006 0.002 0.016 0.112 0.055 0.743 0.067 98 L 0.038 0.015 0.079 0.082 0.139 0.257 0.389 99 I 0.054 0.031 0.034 0.038 0.286 0.142 0.415 100 K 0.022 0.014 0.007 0.013 0.575 0.064 0.306 101 T 0.016 0.012 0.001 0.006 0.388 0.011 0.567 102 P 0.002 0.002 0.101 0.741 0.016 0.113 0.025 103 E 0.002 0.001 0.218 0.637 0.015 0.110 0.017 104 E 0.005 0.003 0.356 0.538 0.010 0.054 0.034 105 A 0.021 0.015 0.217 0.563 0.033 0.069 0.082 106 A 0.033 0.014 0.153 0.395 0.051 0.241 0.113 107 T 0.020 0.006 0.104 0.304 0.081 0.394 0.091 108 R 0.027 0.006 0.049 0.089 0.285 0.155 0.388 109 Q 0.040 0.006 0.025 0.020 0.259 0.150 0.501 110 H 0.080 0.015 0.023 0.013 0.258 0.172 0.438 111 T 0.158 0.023 0.003 0.002 0.203 0.008 0.603 112 P 0.215 0.006 0.002 0.001 0.046 0.005 0.725 113 K 0.755 0.006 0.003 0.002 0.051 0.007 0.176 114 I 0.943 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.046 115 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 116 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 117 V 0.915 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.068 118 A 0.512 0.009 0.001 0.001 0.139 0.005 0.333 119 P 0.159 0.016 0.002 0.001 0.137 0.011 0.675 120 P 0.054 0.015 0.088 0.048 0.098 0.119 0.578 121 R 0.031 0.006 0.246 0.089 0.167 0.222 0.238 122 D 0.045 0.013 0.248 0.124 0.177 0.167 0.226 123 Y 0.145 0.022 0.169 0.251 0.107 0.109 0.195 124 R 0.221 0.034 0.123 0.232 0.078 0.126 0.186 125 T 0.186 0.015 0.124 0.234 0.079 0.140 0.222 126 A 0.152 0.018 0.074 0.170 0.119 0.310 0.157 127 S 0.061 0.007 0.033 0.046 0.152 0.570 0.131 128 G 0.100 0.006 0.022 0.034 0.330 0.223 0.284 129 K 0.336 0.032 0.020 0.058 0.109 0.052 0.393 130 L 0.618 0.084 0.016 0.052 0.061 0.027 0.142 131 V 0.450 0.022 0.034 0.089 0.082 0.052 0.270 132 A 0.360 0.020 0.049 0.098 0.092 0.116 0.266 133 A 0.116 0.012 0.089 0.127 0.144 0.341 0.172 134 G 0.057 0.002 0.047 0.039 0.226 0.469 0.160 135 D 0.117 0.011 0.032 0.044 0.255 0.141 0.399 136 I 0.307 0.021 0.006 0.019 0.075 0.016 0.556 137 D 0.469 0.008 0.003 0.025 0.106 0.012 0.377 138 L 0.927 0.003 0.002 0.025 0.007 0.007 0.029 139 L 0.953 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 0.018 140 V 0.943 0.002 0.002 0.021 0.003 0.002 0.027 141 R 0.889 0.001 0.003 0.036 0.021 0.003 0.047 142 A 0.821 0.004 0.005 0.041 0.021 0.014 0.095 143 L 0.483 0.015 0.005 0.099 0.089 0.023 0.286 144 S 0.174 0.031 0.006 0.071 0.052 0.031 0.635 145 M 0.025 0.004 0.036 0.131 0.069 0.642 0.091 146 G 0.010 0.002 0.050 0.055 0.156 0.664 0.063 147 K 0.039 0.014 0.079 0.050 0.330 0.109 0.379 148 L 0.072 0.072 0.062 0.076 0.109 0.119 0.490 149 H 0.065 0.022 0.141 0.123 0.126 0.266 0.257 150 H 0.029 0.013 0.189 0.254 0.097 0.324 0.094 151 A 0.037 0.015 0.128 0.358 0.107 0.197 0.158 152 M 0.049 0.020 0.064 0.464 0.100 0.150 0.153 153 M 0.029 0.010 0.035 0.636 0.043 0.174 0.073 154 G 0.018 0.006 0.028 0.750 0.029 0.115 0.055 155 T 0.007 0.002 0.013 0.920 0.011 0.024 0.022 156 A 0.002 0.001 0.006 0.978 0.002 0.006 0.006 157 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 158 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 160 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 161 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 162 T 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.021 0.001 163 A 0.003 0.001 0.004 0.944 0.004 0.041 0.004 164 A 0.009 0.001 0.009 0.875 0.007 0.092 0.007 165 A 0.025 0.008 0.008 0.727 0.030 0.141 0.061 166 I 0.046 0.009 0.006 0.086 0.188 0.022 0.643 167 P 0.006 0.001 0.010 0.075 0.084 0.758 0.066 168 G 0.012 0.002 0.008 0.040 0.100 0.801 0.037 169 T 0.134 0.040 0.012 0.183 0.173 0.061 0.397 170 L 0.114 0.016 0.011 0.657 0.049 0.073 0.080 171 V 0.069 0.006 0.043 0.709 0.037 0.055 0.082 172 N 0.109 0.008 0.109 0.503 0.048 0.046 0.179 173 L 0.086 0.007 0.167 0.499 0.057 0.088 0.095 174 A 0.108 0.033 0.144 0.308 0.054 0.213 0.138 175 A 0.059 0.014 0.066 0.276 0.082 0.374 0.129 176 G 0.049 0.012 0.023 0.091 0.191 0.331 0.304 177 G 0.044 0.012 0.040 0.029 0.230 0.287 0.358 178 G 0.047 0.007 0.058 0.011 0.254 0.237 0.386 179 E 0.092 0.030 0.069 0.006 0.216 0.126 0.462 180 R 0.177 0.024 0.064 0.006 0.184 0.073 0.473 181 S 0.285 0.005 0.027 0.005 0.205 0.051 0.422 182 A 0.762 0.012 0.011 0.004 0.028 0.024 0.159 183 V 0.927 0.005 0.002 0.003 0.004 0.003 0.056 184 R 0.963 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 185 F 0.950 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.037 186 G 0.730 0.007 0.002 0.001 0.077 0.014 0.168 187 H 0.341 0.009 0.016 0.001 0.254 0.071 0.307 188 P 0.134 0.011 0.022 0.001 0.205 0.381 0.245 189 S 0.104 0.010 0.029 0.001 0.394 0.299 0.164 190 G 0.314 0.005 0.013 0.001 0.374 0.098 0.196 191 T 0.734 0.005 0.003 0.001 0.054 0.012 0.192 192 L 0.955 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 193 R 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 194 V 0.975 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 195 G 0.964 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.018 196 A 0.944 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.038 197 E 0.961 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.024 198 A 0.950 0.004 0.001 0.003 0.009 0.003 0.030 199 S 0.814 0.005 0.005 0.005 0.044 0.019 0.108 200 Q 0.595 0.009 0.031 0.018 0.099 0.080 0.167 201 A 0.266 0.015 0.067 0.018 0.139 0.377 0.118 202 N 0.047 0.003 0.035 0.003 0.186 0.656 0.071 203 G 0.065 0.003 0.019 0.003 0.402 0.327 0.180 204 E 0.295 0.027 0.012 0.008 0.144 0.073 0.441 205 W 0.639 0.016 0.003 0.007 0.053 0.008 0.274 206 T 0.838 0.010 0.001 0.013 0.013 0.004 0.121 207 V 0.901 0.004 0.001 0.014 0.008 0.002 0.071 208 T 0.821 0.001 0.001 0.032 0.045 0.007 0.093 209 K 0.910 0.001 0.002 0.042 0.011 0.009 0.026 210 A 0.896 0.001 0.001 0.066 0.003 0.002 0.031 211 I 0.916 0.001 0.001 0.067 0.003 0.002 0.010 212 M 0.767 0.002 0.001 0.198 0.008 0.004 0.021 213 S 0.592 0.003 0.002 0.294 0.021 0.012 0.076 214 R 0.210 0.003 0.004 0.478 0.123 0.024 0.158 215 S 0.235 0.027 0.010 0.352 0.055 0.055 0.265 216 A 0.110 0.003 0.059 0.675 0.021 0.035 0.097 217 R 0.161 0.001 0.102 0.609 0.049 0.033 0.045 218 I 0.178 0.001 0.097 0.641 0.025 0.036 0.020 219 L 0.297 0.005 0.039 0.533 0.023 0.084 0.019 220 M 0.520 0.013 0.011 0.275 0.018 0.122 0.042 221 E 0.372 0.002 0.005 0.242 0.051 0.208 0.120 222 G 0.584 0.001 0.004 0.063 0.038 0.159 0.150 223 W 0.821 0.005 0.001 0.029 0.014 0.038 0.092 224 V 0.944 0.004 0.001 0.005 0.004 0.004 0.038 225 R 0.906 0.007 0.001 0.004 0.015 0.003 0.066 226 V 0.626 0.011 0.002 0.004 0.068 0.011 0.279 227 P 0.174 0.009 0.006 0.006 0.157 0.118 0.530 228 G 0.031 0.008 0.070 0.012 0.204 0.220 0.454 229 D 0.023 0.005 0.088 0.015 0.305 0.200 0.364 230 A 0.033 0.018 0.094 0.026 0.084 0.224 0.521 231 F 0.013 0.002 0.005 0.003 0.021 0.004 0.952