# TARGET T0301 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0528 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.678 0.219 0.063 0.025 0.010 0.004 0.001 2 G 0.388 0.233 0.172 0.126 0.059 0.020 0.003 3 V 0.311 0.201 0.164 0.165 0.102 0.049 0.008 4 T 0.395 0.295 0.154 0.091 0.042 0.018 0.005 5 F 0.246 0.227 0.212 0.166 0.094 0.042 0.014 6 P 0.263 0.265 0.201 0.155 0.082 0.028 0.006 7 A 0.160 0.253 0.240 0.174 0.111 0.051 0.012 8 A 0.042 0.092 0.156 0.259 0.274 0.154 0.022 9 E 0.061 0.286 0.337 0.213 0.079 0.021 0.004 10 I 0.009 0.021 0.050 0.174 0.343 0.344 0.060 11 V 0.004 0.036 0.111 0.240 0.296 0.255 0.058 12 L 0.003 0.008 0.019 0.054 0.178 0.500 0.239 13 E 0.005 0.056 0.165 0.309 0.264 0.151 0.050 14 F 0.001 0.006 0.017 0.065 0.203 0.481 0.228 15 L 0.020 0.107 0.169 0.214 0.223 0.203 0.063 16 D 0.053 0.202 0.274 0.259 0.149 0.055 0.007 17 P 0.090 0.119 0.183 0.266 0.232 0.094 0.016 18 S 0.210 0.215 0.204 0.191 0.124 0.050 0.006 19 D 0.457 0.276 0.140 0.080 0.036 0.010 0.001 20 D 0.516 0.291 0.123 0.055 0.012 0.002 0.001 21 G 0.593 0.193 0.096 0.074 0.034 0.009 0.001 22 E 0.657 0.216 0.079 0.034 0.011 0.002 0.001 23 D 0.487 0.295 0.142 0.057 0.016 0.003 0.001 24 G 0.255 0.220 0.197 0.184 0.107 0.032 0.004 25 G 0.226 0.234 0.214 0.173 0.103 0.042 0.008 26 A 0.187 0.261 0.229 0.175 0.097 0.042 0.009 27 I 0.040 0.072 0.108 0.203 0.268 0.245 0.064 28 F 0.021 0.051 0.101 0.210 0.281 0.254 0.082 29 P 0.040 0.099 0.155 0.214 0.216 0.206 0.070 30 T 0.075 0.160 0.193 0.214 0.179 0.134 0.044 31 G 0.111 0.166 0.207 0.223 0.173 0.091 0.028 32 N 0.177 0.300 0.237 0.144 0.084 0.042 0.015 33 L 0.029 0.081 0.145 0.234 0.262 0.199 0.050 34 V 0.029 0.130 0.228 0.272 0.211 0.104 0.028 35 D 0.025 0.090 0.153 0.237 0.258 0.197 0.039 36 D 0.036 0.168 0.289 0.283 0.156 0.059 0.010 37 L 0.011 0.029 0.081 0.236 0.384 0.238 0.022 38 E 0.118 0.399 0.297 0.134 0.040 0.011 0.002 39 V 0.035 0.076 0.160 0.330 0.301 0.095 0.004 40 P 0.261 0.373 0.224 0.105 0.031 0.006 0.001 41 G 0.435 0.355 0.142 0.053 0.012 0.002 0.001 42 V 0.131 0.200 0.262 0.267 0.121 0.019 0.001 43 G 0.115 0.369 0.322 0.149 0.040 0.004 0.001 44 T 0.054 0.286 0.340 0.228 0.075 0.016 0.002 45 F 0.001 0.003 0.013 0.084 0.377 0.477 0.045 46 K 0.001 0.015 0.089 0.307 0.402 0.162 0.024 47 A 0.001 0.001 0.003 0.014 0.078 0.523 0.383 48 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.288 0.686 49 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.123 0.862 50 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.103 0.884 51 N 0.001 0.001 0.002 0.008 0.041 0.228 0.721 52 A 0.001 0.002 0.007 0.021 0.064 0.268 0.637 53 G 0.001 0.004 0.012 0.043 0.109 0.336 0.496 54 I 0.003 0.010 0.024 0.059 0.132 0.331 0.441 55 P 0.003 0.013 0.030 0.075 0.137 0.344 0.398 56 T 0.007 0.018 0.040 0.092 0.165 0.343 0.336 57 V 0.002 0.005 0.009 0.026 0.091 0.408 0.459 58 F 0.002 0.009 0.030 0.104 0.222 0.415 0.218 59 V 0.004 0.015 0.028 0.074 0.183 0.478 0.217 60 N 0.014 0.092 0.186 0.311 0.239 0.129 0.028 61 A 0.010 0.033 0.095 0.235 0.358 0.243 0.025 62 E 0.225 0.395 0.237 0.106 0.030 0.007 0.001 63 E 0.298 0.387 0.194 0.086 0.027 0.008 0.001 64 I 0.085 0.092 0.177 0.290 0.262 0.089 0.005 65 G 0.228 0.284 0.237 0.160 0.068 0.020 0.002 66 Y 0.250 0.214 0.189 0.183 0.114 0.043 0.006 67 R 0.291 0.277 0.202 0.132 0.065 0.028 0.004 68 G 0.214 0.174 0.184 0.202 0.152 0.065 0.010 69 T 0.298 0.264 0.182 0.131 0.077 0.040 0.009 70 E 0.110 0.195 0.231 0.229 0.157 0.069 0.010 71 L 0.125 0.157 0.197 0.250 0.190 0.074 0.007 72 R 0.192 0.303 0.277 0.169 0.052 0.008 0.001 73 E 0.659 0.245 0.068 0.020 0.005 0.001 0.001 74 E 0.303 0.314 0.227 0.117 0.033 0.006 0.001 75 I 0.091 0.136 0.243 0.318 0.177 0.034 0.001 76 N 0.516 0.305 0.118 0.046 0.012 0.002 0.001 77 G 0.604 0.234 0.099 0.046 0.014 0.003 0.001 78 D 0.591 0.235 0.099 0.053 0.018 0.004 0.001 79 P 0.708 0.186 0.064 0.030 0.010 0.002 0.001 80 Q 0.636 0.255 0.078 0.023 0.007 0.001 0.001 81 Q 0.239 0.278 0.222 0.168 0.074 0.017 0.001 82 L 0.101 0.183 0.218 0.288 0.165 0.042 0.002 83 A 0.126 0.314 0.301 0.181 0.063 0.015 0.001 84 R 0.025 0.084 0.221 0.332 0.242 0.087 0.008 85 F 0.005 0.008 0.015 0.054 0.214 0.540 0.163 86 E 0.009 0.042 0.122 0.262 0.291 0.224 0.051 87 R 0.014 0.118 0.253 0.284 0.191 0.111 0.030 88 I 0.001 0.005 0.019 0.086 0.273 0.448 0.166 89 R 0.003 0.013 0.025 0.061 0.148 0.386 0.365 90 V 0.013 0.041 0.068 0.139 0.241 0.330 0.168 91 A 0.009 0.041 0.124 0.275 0.287 0.185 0.080 92 G 0.009 0.017 0.030 0.080 0.166 0.377 0.321 93 A 0.010 0.019 0.024 0.062 0.134 0.313 0.438 94 L 0.014 0.037 0.072 0.157 0.240 0.297 0.183 95 R 0.017 0.035 0.071 0.151 0.230 0.289 0.208 96 M 0.011 0.033 0.060 0.093 0.149 0.315 0.338 97 G 0.012 0.035 0.059 0.117 0.234 0.353 0.191 98 L 0.012 0.018 0.034 0.089 0.243 0.424 0.181 99 I 0.018 0.052 0.105 0.222 0.334 0.235 0.034 100 K 0.122 0.284 0.276 0.198 0.084 0.031 0.005 101 T 0.090 0.261 0.272 0.233 0.107 0.033 0.004 102 P 0.082 0.113 0.181 0.285 0.243 0.090 0.007 103 E 0.582 0.279 0.092 0.033 0.011 0.003 0.001 104 E 0.434 0.318 0.164 0.063 0.016 0.004 0.001 105 A 0.167 0.172 0.201 0.250 0.161 0.046 0.002 106 A 0.271 0.293 0.221 0.145 0.055 0.014 0.001 107 T 0.502 0.284 0.128 0.060 0.021 0.005 0.001 108 R 0.288 0.267 0.236 0.149 0.051 0.008 0.001 109 Q 0.484 0.270 0.127 0.072 0.033 0.012 0.001 110 H 0.163 0.223 0.234 0.213 0.120 0.042 0.005 111 T 0.054 0.157 0.246 0.270 0.179 0.081 0.014 112 P 0.013 0.044 0.087 0.209 0.305 0.272 0.071 113 K 0.002 0.009 0.034 0.101 0.237 0.413 0.203 114 I 0.002 0.006 0.014 0.038 0.123 0.470 0.346 115 A 0.001 0.003 0.008 0.027 0.105 0.389 0.468 116 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.089 0.456 0.434 117 V 0.001 0.004 0.015 0.065 0.224 0.470 0.221 118 A 0.003 0.021 0.062 0.189 0.331 0.341 0.054 119 P 0.022 0.151 0.274 0.294 0.175 0.072 0.012 120 P 0.050 0.129 0.203 0.269 0.235 0.105 0.009 121 R 0.333 0.293 0.191 0.113 0.052 0.015 0.002 122 D 0.531 0.249 0.117 0.063 0.028 0.011 0.001 123 Y 0.263 0.217 0.223 0.180 0.088 0.026 0.002 124 R 0.426 0.286 0.160 0.087 0.031 0.009 0.001 125 T 0.389 0.263 0.164 0.111 0.053 0.018 0.002 126 A 0.358 0.198 0.159 0.142 0.097 0.041 0.006 127 S 0.445 0.240 0.141 0.093 0.051 0.026 0.004 128 G 0.304 0.217 0.192 0.166 0.089 0.029 0.003 129 K 0.438 0.283 0.147 0.082 0.035 0.013 0.002 130 L 0.217 0.219 0.202 0.190 0.122 0.045 0.004 131 V 0.141 0.163 0.208 0.260 0.171 0.053 0.005 132 A 0.416 0.314 0.166 0.077 0.022 0.004 0.001 133 A 0.322 0.249 0.187 0.148 0.074 0.019 0.001 134 G 0.308 0.312 0.205 0.122 0.043 0.009 0.001 135 D 0.186 0.369 0.247 0.132 0.050 0.015 0.002 136 I 0.005 0.022 0.079 0.254 0.401 0.219 0.021 137 D 0.007 0.028 0.101 0.234 0.332 0.252 0.046 138 L 0.002 0.003 0.005 0.015 0.075 0.471 0.430 139 L 0.002 0.005 0.010 0.036 0.127 0.382 0.437 140 V 0.002 0.005 0.011 0.025 0.062 0.279 0.615 141 R 0.003 0.007 0.015 0.049 0.129 0.326 0.470 142 A 0.004 0.015 0.030 0.066 0.135 0.406 0.345 143 L 0.013 0.028 0.050 0.121 0.224 0.346 0.218 144 S 0.049 0.107 0.133 0.185 0.198 0.228 0.099 145 M 0.138 0.166 0.171 0.199 0.169 0.112 0.044 146 G 0.201 0.255 0.225 0.177 0.094 0.039 0.008 147 K 0.232 0.341 0.244 0.124 0.044 0.013 0.003 148 L 0.074 0.118 0.156 0.226 0.240 0.156 0.029 149 H 0.024 0.037 0.082 0.198 0.328 0.275 0.056 150 H 0.054 0.151 0.231 0.247 0.168 0.109 0.041 151 A 0.029 0.048 0.072 0.142 0.208 0.320 0.180 152 M 0.020 0.036 0.050 0.093 0.187 0.319 0.294 153 M 0.052 0.091 0.128 0.152 0.150 0.209 0.218 154 G 0.038 0.046 0.066 0.128 0.174 0.258 0.290 155 T 0.034 0.038 0.040 0.057 0.126 0.287 0.417 156 A 0.022 0.025 0.050 0.114 0.152 0.238 0.400 157 A 0.028 0.022 0.026 0.036 0.065 0.210 0.612 158 V 0.020 0.014 0.014 0.029 0.064 0.173 0.685 159 A 0.013 0.014 0.023 0.042 0.061 0.188 0.659 160 I 0.013 0.019 0.024 0.048 0.070 0.221 0.605 161 G 0.019 0.021 0.030 0.063 0.116 0.265 0.486 162 T 0.006 0.020 0.036 0.080 0.132 0.358 0.367 163 A 0.015 0.023 0.036 0.098 0.176 0.339 0.313 164 A 0.014 0.044 0.064 0.107 0.153 0.351 0.267 165 A 0.025 0.060 0.123 0.221 0.231 0.238 0.102 166 I 0.017 0.044 0.071 0.122 0.194 0.342 0.209 167 P 0.056 0.145 0.150 0.197 0.176 0.167 0.108 168 G 0.019 0.048 0.092 0.176 0.230 0.295 0.139 169 T 0.015 0.041 0.068 0.136 0.235 0.344 0.161 170 L 0.006 0.014 0.035 0.092 0.207 0.390 0.255 171 V 0.004 0.010 0.018 0.048 0.125 0.390 0.405 172 N 0.011 0.040 0.075 0.155 0.245 0.284 0.191 173 L 0.017 0.057 0.106 0.167 0.239 0.288 0.126 174 A 0.011 0.030 0.063 0.147 0.275 0.355 0.120 175 A 0.026 0.039 0.073 0.184 0.307 0.311 0.060 176 G 0.131 0.247 0.243 0.215 0.111 0.046 0.007 177 G 0.273 0.317 0.219 0.134 0.046 0.010 0.001 178 G 0.428 0.317 0.147 0.073 0.027 0.007 0.001 179 E 0.370 0.321 0.181 0.091 0.030 0.006 0.001 180 R 0.112 0.218 0.273 0.246 0.126 0.023 0.001 181 S 0.149 0.353 0.279 0.151 0.054 0.013 0.002 182 A 0.025 0.162 0.312 0.304 0.146 0.045 0.006 183 V 0.002 0.005 0.015 0.080 0.297 0.519 0.082 184 R 0.005 0.040 0.133 0.286 0.301 0.189 0.045 185 F 0.003 0.007 0.015 0.043 0.139 0.500 0.292 186 G 0.018 0.099 0.162 0.235 0.224 0.189 0.072 187 H 0.012 0.043 0.099 0.192 0.283 0.271 0.102 188 P 0.037 0.108 0.150 0.198 0.218 0.204 0.085 189 S 0.092 0.254 0.257 0.210 0.117 0.051 0.018 190 G 0.035 0.129 0.203 0.255 0.206 0.135 0.038 191 T 0.024 0.183 0.311 0.278 0.142 0.049 0.012 192 L 0.003 0.008 0.024 0.098 0.286 0.460 0.121 193 R 0.009 0.113 0.308 0.353 0.165 0.046 0.007 194 V 0.004 0.015 0.038 0.133 0.328 0.420 0.062 195 G 0.014 0.116 0.272 0.336 0.182 0.071 0.009 196 A 0.020 0.053 0.126 0.281 0.336 0.169 0.015 197 E 0.115 0.341 0.309 0.165 0.054 0.014 0.001 198 A 0.113 0.206 0.268 0.265 0.123 0.022 0.001 199 S 0.344 0.421 0.172 0.051 0.011 0.002 0.001 200 Q 0.456 0.313 0.150 0.064 0.015 0.002 0.001 201 A 0.664 0.208 0.082 0.034 0.010 0.002 0.001 202 N 0.756 0.173 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 203 G 0.557 0.267 0.127 0.042 0.007 0.001 0.001 204 E 0.474 0.320 0.131 0.057 0.015 0.003 0.001 205 W 0.097 0.202 0.279 0.260 0.134 0.026 0.002 206 T 0.063 0.188 0.293 0.288 0.137 0.029 0.002 207 V 0.034 0.037 0.064 0.183 0.335 0.298 0.049 208 T 0.056 0.204 0.279 0.280 0.130 0.046 0.006 209 K 0.042 0.158 0.256 0.255 0.179 0.093 0.018 210 A 0.013 0.028 0.057 0.142 0.269 0.358 0.133 211 I 0.010 0.027 0.070 0.152 0.246 0.325 0.171 212 M 0.028 0.039 0.053 0.085 0.146 0.332 0.317 213 S 0.024 0.057 0.108 0.192 0.212 0.247 0.160 214 R 0.040 0.062 0.099 0.136 0.155 0.247 0.260 215 S 0.026 0.037 0.054 0.101 0.159 0.293 0.329 216 A 0.025 0.027 0.038 0.084 0.151 0.363 0.312 217 R 0.080 0.125 0.138 0.206 0.182 0.170 0.099 218 I 0.048 0.080 0.113 0.182 0.209 0.259 0.109 219 L 0.027 0.047 0.056 0.092 0.154 0.345 0.278 220 M 0.022 0.063 0.111 0.220 0.243 0.245 0.096 221 E 0.052 0.167 0.201 0.219 0.182 0.128 0.051 222 G 0.057 0.118 0.169 0.234 0.218 0.162 0.041 223 W 0.024 0.099 0.216 0.290 0.235 0.121 0.016 224 V 0.035 0.032 0.044 0.123 0.291 0.392 0.084 225 R 0.067 0.151 0.219 0.277 0.189 0.086 0.011 226 V 0.148 0.174 0.179 0.223 0.181 0.084 0.011 227 P 0.266 0.285 0.226 0.148 0.052 0.018 0.003 228 G 0.434 0.265 0.164 0.092 0.036 0.008 0.001 229 D 0.596 0.255 0.098 0.037 0.011 0.003 0.001 230 A 0.511 0.223 0.135 0.084 0.038 0.009 0.001 231 F 0.509 0.206 0.143 0.087 0.040 0.012 0.002