# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.005 0.040 0.028 0.037 0.018 0.131 0.297 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.014 0.208 0.060 0.050 0.057 0.001 2 A 0.004 0.005 0.021 0.038 0.035 0.019 0.261 0.084 0.028 0.013 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 0.014 0.261 0.064 0.043 0.081 0.001 3 S 0.001 0.001 0.018 0.015 0.024 0.013 0.306 0.043 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.128 0.043 0.155 0.208 0.001 4 K 0.001 0.001 0.011 0.006 0.030 0.004 0.152 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.132 0.407 0.087 0.127 0.001 5 K 0.001 0.001 0.022 0.008 0.009 0.002 0.029 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.068 0.042 0.383 0.399 0.001 6 P 0.001 0.001 0.009 0.004 0.020 0.009 0.050 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.419 0.074 0.092 0.277 0.001 7 D 0.001 0.001 0.007 0.005 0.013 0.013 0.267 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.028 0.123 0.184 0.168 0.131 0.001 8 K 0.001 0.001 0.019 0.012 0.004 0.001 0.030 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.135 0.035 0.155 0.541 0.001 9 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.001 0.016 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.021 0.019 0.248 0.572 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.890 0.009 0.007 0.003 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.003 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.074 0.809 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 0.001 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.843 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.051 0.013 0.009 0.010 0.001 21 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.015 0.827 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.078 0.027 0.017 0.009 0.001 22 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.011 0.060 0.759 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.077 0.014 0.016 0.013 0.001 23 E 0.004 0.003 0.007 0.019 0.016 0.008 0.151 0.419 0.030 0.004 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.005 0.231 0.022 0.030 0.020 0.001 24 N 0.003 0.004 0.007 0.027 0.018 0.007 0.058 0.435 0.031 0.009 0.001 0.002 0.002 0.008 0.020 0.011 0.099 0.063 0.134 0.062 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.008 0.470 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.478 0.011 0.005 0.008 0.001 26 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.045 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.006 0.001 0.006 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.028 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.064 0.012 0.007 0.009 0.001 28 K 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.002 0.014 0.868 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 0.002 0.007 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.040 0.883 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.002 0.002 0.001 30 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.005 0.039 0.846 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.069 0.006 0.001 0.005 0.001 31 V 0.003 0.004 0.005 0.014 0.023 0.006 0.051 0.623 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.145 0.040 0.028 0.025 0.001 32 K 0.006 0.005 0.026 0.030 0.031 0.023 0.131 0.336 0.025 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.009 0.198 0.031 0.038 0.063 0.001 33 S 0.003 0.003 0.012 0.030 0.047 0.007 0.263 0.046 0.056 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.011 0.331 0.039 0.043 0.075 0.001 34 S 0.001 0.001 0.012 0.014 0.047 0.002 0.199 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.188 0.082 0.172 0.223 0.001 35 G 0.001 0.001 0.023 0.011 0.033 0.008 0.114 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.096 0.336 0.119 0.220 0.001 36 A 0.001 0.001 0.049 0.025 0.070 0.007 0.050 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.035 0.126 0.107 0.265 0.227 0.001 37 V 0.002 0.002 0.041 0.041 0.088 0.003 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.063 0.021 0.073 0.079 0.223 0.315 0.001 38 S 0.001 0.001 0.034 0.032 0.041 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.020 0.023 0.260 0.541 0.001 39 S 0.001 0.001 0.028 0.018 0.058 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.371 0.073 0.102 0.285 0.001 40 D 0.001 0.001 0.023 0.025 0.031 0.012 0.200 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.160 0.042 0.108 0.327 0.001 41 D 0.001 0.002 0.021 0.011 0.061 0.006 0.236 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.238 0.132 0.107 0.119 0.001 42 S 0.005 0.008 0.092 0.050 0.045 0.037 0.211 0.057 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.030 0.025 0.133 0.082 0.097 0.117 0.001 43 I 0.012 0.013 0.031 0.036 0.189 0.006 0.125 0.040 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.021 0.054 0.104 0.075 0.204 0.072 0.002 44 L 0.007 0.008 0.086 0.092 0.041 0.001 0.024 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.193 0.020 0.064 0.052 0.089 0.294 0.001 45 T 0.001 0.003 0.011 0.025 0.047 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.009 0.010 0.200 0.651 0.001 46 A 0.001 0.001 0.012 0.002 0.012 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.906 0.019 0.006 0.009 0.001 47 A 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.022 0.276 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 0.003 0.002 0.004 0.001 48 K 0.003 0.005 0.008 0.011 0.019 0.005 0.083 0.755 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.053 0.011 0.020 0.011 0.001 49 R 0.008 0.008 0.010 0.012 0.025 0.005 0.028 0.771 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.006 0.066 0.015 0.011 0.012 0.001 50 E 0.021 0.018 0.014 0.021 0.026 0.005 0.072 0.671 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.007 0.087 0.006 0.008 0.009 0.001 51 S 0.040 0.028 0.021 0.026 0.028 0.005 0.048 0.664 0.008 0.001 0.002 0.004 0.011 0.023 0.014 0.007 0.040 0.010 0.012 0.007 0.002 52 I 0.058 0.053 0.031 0.060 0.021 0.009 0.022 0.549 0.008 0.002 0.002 0.008 0.016 0.043 0.020 0.008 0.049 0.014 0.014 0.008 0.002 53 I 0.038 0.041 0.013 0.039 0.030 0.010 0.033 0.553 0.017 0.004 0.003 0.009 0.015 0.063 0.026 0.011 0.060 0.009 0.014 0.008 0.004 54 V 0.015 0.018 0.012 0.025 0.012 0.009 0.032 0.647 0.023 0.005 0.002 0.004 0.007 0.030 0.044 0.009 0.074 0.009 0.009 0.009 0.002 55 S 0.007 0.010 0.007 0.017 0.015 0.012 0.045 0.659 0.013 0.004 0.001 0.002 0.004 0.014 0.021 0.012 0.110 0.015 0.012 0.018 0.001 56 S 0.002 0.003 0.004 0.005 0.014 0.006 0.047 0.682 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.012 0.133 0.024 0.014 0.015 0.001 57 S 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.026 0.742 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.161 0.012 0.007 0.008 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.865 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 0.003 0.002 0.006 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.835 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.006 0.002 0.004 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.043 0.806 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.106 0.009 0.010 0.010 0.001 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.803 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.156 0.006 0.005 0.004 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.001 0.002 0.001 63 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 0.002 0.001 65 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.002 0.002 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.004 0.002 0.003 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.114 0.011 0.011 0.005 0.001 73 R 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.040 0.818 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.092 0.008 0.011 0.009 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.068 0.687 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.182 0.013 0.006 0.011 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.005 0.106 0.647 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.133 0.031 0.020 0.017 0.001 76 A 0.002 0.001 0.005 0.013 0.020 0.005 0.172 0.257 0.049 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.163 0.102 0.116 0.056 0.001 77 A 0.002 0.001 0.022 0.018 0.011 0.017 0.285 0.129 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.264 0.039 0.081 0.090 0.001 78 K 0.001 0.002 0.006 0.019 0.022 0.033 0.314 0.071 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.014 0.113 0.240 0.074 0.058 0.001 79 A 0.002 0.003 0.011 0.020 0.044 0.003 0.086 0.041 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 0.045 0.075 0.066 0.449 0.118 0.001 80 V 0.004 0.003 0.068 0.068 0.013 0.002 0.014 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.095 0.013 0.118 0.070 0.157 0.324 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.001 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.159 0.013 0.017 0.162 0.510 0.001 82 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.893 0.009 0.004 0.005 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.002 0.002 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 0.007 0.003 0.002 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.031 0.833 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 0.007 0.006 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.002 0.003 0.008 0.004 0.045 0.289 0.300 0.067 0.042 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.208 0.007 0.003 0.009 0.001 91 S 0.001 0.002 0.003 0.008 0.007 0.008 0.489 0.035 0.124 0.096 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.007 0.114 0.040 0.021 0.024 0.001 92 L 0.003 0.003 0.012 0.009 0.031 0.002 0.203 0.011 0.007 0.003 0.004 0.003 0.003 0.013 0.021 0.036 0.052 0.139 0.257 0.183 0.005 93 T 0.018 0.017 0.117 0.025 0.060 0.004 0.050 0.007 0.006 0.001 0.009 0.009 0.017 0.085 0.118 0.079 0.062 0.161 0.072 0.062 0.021 94 L 0.027 0.039 0.030 0.034 0.056 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.026 0.070 0.379 0.107 0.103 0.007 0.005 0.032 0.019 0.035 95 R 0.031 0.042 0.039 0.030 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.046 0.087 0.333 0.189 0.023 0.004 0.004 0.017 0.006 0.068 96 V 0.040 0.044 0.021 0.031 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.048 0.090 0.300 0.141 0.089 0.003 0.003 0.007 0.007 0.040 97 D 0.030 0.029 0.025 0.036 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.034 0.080 0.297 0.241 0.074 0.003 0.004 0.009 0.007 0.023 98 V 0.038 0.036 0.032 0.050 0.118 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.055 0.155 0.208 0.183 0.011 0.012 0.019 0.025 0.008 99 S 0.031 0.029 0.070 0.108 0.121 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 0.027 0.063 0.103 0.086 0.014 0.023 0.117 0.149 0.010 100 M 0.010 0.007 0.040 0.026 0.206 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.124 0.064 0.317 0.055 0.040 0.071 0.001 101 E 0.009 0.010 0.057 0.051 0.075 0.015 0.297 0.050 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.093 0.022 0.105 0.038 0.064 0.091 0.001 102 E 0.011 0.011 0.046 0.057 0.128 0.010 0.136 0.051 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.043 0.030 0.161 0.107 0.090 0.101 0.001