(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.soe.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0300 , MhR28B, 102 res
              10        20        30                   40        50    
              |         |         |                    |         |    
   1 MASKKPDKTYEEMVKEVERLKLENKTLKQKVKS.....SGAV.S.....SDDSILTAAKRESIIV
   2 MASKRPCAGVEELEKELQKLKLENKTLKKQLIQ.....Q--A.G.....PDDEILTPSQKDALIT
   3 MASRRSCADVEELEKELQKLKIENKALKKKLVQ.....H--T.S.....PEDELLTPAQKDAIIN
   4 MASRRSCADVEELEKELQKLKIENKALKKKLVQ.....H--T.S.....PEDEMLTSAQKDAIIN
   5 MASRRSCADVEELEKELQKLKIENKALKKKLVQ.....H--T.S.....PEDEMLTSAQKDAIIN
   6 MASRRSCADVEELEKELQKLKIENKALKKKLVQ.....H--T.S.....SEDEMLTSAQKDAIIN
   7 MASKKPDKTYEEMVKEVERLKLENKTLKQKVKS.....SGAV.S.....SDDSILTAAKRESIIV
   8 MASGRASSDVEELQKELQKLKLENKALKKKMLQ.....---G.N.....PEEEMLTPPQKEILIN
   9 MASKKPSVDVDELQKELQKLKLENKALKKKMQQ.....---V.S.....PNDEILTPSQKETIIN
  10 MASKKPSVDVDELQKELQKLKLENKALKKKMQQ.....---V.S.....PNDEILTPSQKETIIN
  11 MASKKPSVDVDELQKELQRLKLENKTLKKKMQQ.....---V.S.....PNDEMLTPSQKESIIN
  12 ---PKKELTMEELAAQVQKLSVENKQLKKLINS.....GDPTrS.....GSDPVISNTEKEAKIA
  13 ---PKKELTMEELAAQVQKLSVENKQLKKLINS.....GDPTrS.....GSDPVISNSEKEAKIA
  14 --NPKAQPTMEDLEAKIAQLQLENKQLKKRIKH.....GTDP.Qpl...PGDPIVTPAQREAMIG
  15 ---KAVDMSMEDMAARLARLESENKALKQQVLR.....GGAC.As10pvPPPEPLTARQREVMIT
  16 ---KAVDMSMEDMAARLARLESENKALKQQVLR.....GGAC.As10pvPPPEPLTARQREVMIT
  17 --RPKKDLTMEDLTAKISQLTVENRELRKAL--.....GSTA.D.....PRDRHLTPTEKEAQLT
  18 --RPKKDLTMEDLTAKISQLTVENRELRKAL--.....GSTA.D.....PRDRPLTATEKEAQLT
  19 ---GMAEMSVEDMAARLARLESENKALKQQVRR.....GGTC.As10plPPPEPLTPRQREVMIT
  20 --CPKKQPTPEELAEELVKLRMENKALKSKLKE.....H--V.G.....DDDVVLTQAAKEAMVG
  21 ----AEGMSMEELVTRLTRLEMENKTLKNQVKSk10qsPPGG.G.....RTREVLTARQKQVLIT
  22 -----KNLTVEQLAAELTKLQMENSHLKRKLRR.....SVGG.Ppkep.PKPRELTEPERQLVLA


          60        70        80        90       100  
          |         |         |         |         |  
   1 SSSRALGAVAMRKIEAKVRSRAAKAVTEQELTSLLQSLTLRVDVSMEE
   2 SVVNKLTKQADEKIRIKVTKDLLPLVTKKQCMEAITILKYRIDVSTDE
   3 STVNKLTKKAEEKIRERVLKDVLPLVSKNQCMEAIAHIKYRIDVSIDE
   4 STVNKLTKKAEEKIRERVLKDLLPLVSKNQCMEAIARIKYRIDVSVDE
   5 STVNKLTKKAEEKIRERVLKDLLPLVSKNQCMGAIARIKYRIDVSVDE
   6 STVNKLTKKAEEKIRERVLKDLLPLVSKNQCMEAIARIRYRIDVSVDE
   7 SSSRALGAVAMRKIEAKVRSRAAKAVTEQELTSLLQSLTLRVDVSMEE
   8 SLVSKLTKQAELKIRERVTKDLLPLVTKNQCMEAIADIKYRIDVSTK-
   9 SVVNSLTKNAEKKIRLRVSNDLLPLVTKHQCMEAIANIKYRIEVFPEE
  10 SVVNSLTKNAEKKIRLRVSNDLLPLVTKQQCMEAIPNIKYRIEVSPEE
  11 SVVNSLTKNAEKKIRLRVSNDLLPLVTKQQCVDAIANIKYRIEVSPEE
  12 AAVSALCNVATRKIEAKVRAATAKAVTRGQMEDALAGISIRVDVSMDE
  13 AAVSALCNVATRKIEAKVRAVTAKAVTRGQVEEALAGINIRVDVSMDE
  14 AATAALTSQASKKIEAKVRHHTSRAVTKEELEAAIANIRIRVDLSMED
  15 QATGRLASQAMKKIEDKVRKSVDGVTTRNEMENILQNLTLRIQVSM--
  16 QATGRLASQAMKKIEDKVRKSVDGVTTRNEMENILQNLTLRIQVSM--
  17 ATVGALSAAAAKKIEARVRTIFSKVVTQKQVDDALKGLSLRIDVCMSD
  18 ATVGALSAAAAKKIEARVRTIFSKVVTQKQVDDALKGLSLRIDVCMSD
  19 QATGRLVSLAMQKIEDKVRKAVDGVNTRPEMEDILKNLTVRLQVSMS-
  20 SVVSGLTRSAAKQIEERIRKETLKATTKNEFEEVIKTLSFRVSLSYAD
  21 QAISRLSSQAMQKIEQRVVAEMEDVRTRDEAEQKIQSLTIRIQVSMS-
  22 RWHNRFSSRSSELLRRQLDKLTATLVTEEDIDEVLKNADFRLHFRPD-