# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.083 0.027 0.030 0.043 0.081 0.060 0.534 2 A 0.153 0.032 0.012 0.017 0.020 0.096 0.040 0.630 3 S 0.031 0.015 0.012 0.017 0.023 0.093 0.074 0.735 4 K 0.096 0.013 0.005 0.005 0.008 0.078 0.021 0.774 5 K 0.287 0.013 0.009 0.012 0.011 0.100 0.105 0.463 6 P 0.032 0.031 0.008 0.004 0.007 0.119 0.027 0.773 7 D 0.021 0.051 0.008 0.003 0.010 0.105 0.015 0.788 8 K 0.014 0.146 0.024 0.013 0.008 0.111 0.025 0.660 9 T 0.027 0.902 0.003 0.001 0.001 0.007 0.026 0.033 10 Y 0.019 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 11 E 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 12 E 0.006 0.941 0.004 0.001 0.001 0.003 0.029 0.015 13 M 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 14 V 0.008 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 15 K 0.004 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.017 16 E 0.013 0.927 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.021 17 V 0.039 0.864 0.003 0.001 0.001 0.006 0.059 0.026 18 E 0.003 0.931 0.002 0.002 0.001 0.005 0.015 0.041 19 R 0.008 0.926 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.048 20 L 0.009 0.707 0.019 0.005 0.002 0.009 0.227 0.022 21 K 0.080 0.829 0.008 0.003 0.002 0.008 0.038 0.033 22 L 0.293 0.211 0.030 0.003 0.003 0.025 0.318 0.117 23 E 0.013 0.639 0.010 0.004 0.004 0.035 0.110 0.185 24 N 0.029 0.718 0.005 0.001 0.002 0.011 0.022 0.211 25 K 0.009 0.789 0.008 0.009 0.003 0.026 0.015 0.141 26 T 0.017 0.927 0.006 0.002 0.001 0.006 0.009 0.032 27 L 0.113 0.841 0.004 0.001 0.001 0.004 0.013 0.022 28 K 0.089 0.733 0.018 0.003 0.003 0.014 0.055 0.084 29 Q 0.095 0.283 0.022 0.006 0.005 0.031 0.210 0.349 30 K 0.040 0.075 0.042 0.013 0.013 0.080 0.458 0.279 31 V 0.079 0.046 0.050 0.013 0.015 0.098 0.193 0.507 32 K 0.244 0.015 0.012 0.007 0.009 0.076 0.037 0.601 33 S 0.105 0.006 0.004 0.003 0.004 0.063 0.019 0.795 34 S 0.028 0.003 0.009 0.006 0.012 0.129 0.023 0.790 35 G 0.024 0.002 0.018 0.015 0.025 0.150 0.028 0.737 36 A 0.015 0.002 0.026 0.038 0.032 0.157 0.033 0.696 37 V 0.017 0.002 0.026 0.011 0.011 0.098 0.015 0.820 38 S 0.267 0.014 0.022 0.013 0.012 0.103 0.049 0.520 39 S 0.102 0.018 0.016 0.007 0.008 0.092 0.046 0.712 40 D 0.173 0.036 0.011 0.006 0.013 0.090 0.032 0.640 41 D 0.071 0.016 0.016 0.022 0.041 0.102 0.201 0.530 42 S 0.017 0.038 0.029 0.045 0.075 0.129 0.069 0.598 43 I 0.009 0.033 0.028 0.042 0.097 0.137 0.025 0.629 44 L 0.014 0.053 0.038 0.043 0.032 0.102 0.034 0.685 45 T 0.215 0.531 0.010 0.011 0.013 0.022 0.119 0.079 46 A 0.115 0.621 0.010 0.006 0.008 0.034 0.058 0.148 47 A 0.047 0.433 0.017 0.013 0.024 0.063 0.132 0.273 48 K 0.042 0.460 0.019 0.012 0.020 0.047 0.247 0.153 49 R 0.014 0.740 0.006 0.012 0.022 0.027 0.061 0.118 50 E 0.014 0.582 0.028 0.024 0.062 0.035 0.080 0.176 51 S 0.012 0.295 0.065 0.078 0.115 0.058 0.264 0.113 52 I 0.014 0.161 0.082 0.076 0.111 0.044 0.429 0.084 53 I 0.023 0.147 0.067 0.043 0.062 0.035 0.540 0.082 54 V 0.030 0.341 0.050 0.054 0.077 0.056 0.249 0.144 55 S 0.038 0.397 0.052 0.034 0.063 0.072 0.088 0.257 56 S 0.045 0.575 0.018 0.018 0.022 0.047 0.087 0.188 57 S 0.058 0.585 0.019 0.008 0.010 0.038 0.135 0.147 58 R 0.041 0.752 0.006 0.005 0.006 0.030 0.055 0.106 59 A 0.033 0.747 0.010 0.003 0.004 0.029 0.058 0.115 60 L 0.017 0.834 0.005 0.003 0.003 0.016 0.064 0.058 61 G 0.011 0.918 0.004 0.001 0.001 0.004 0.038 0.023 62 A 0.010 0.928 0.003 0.002 0.002 0.005 0.026 0.025 63 V 0.016 0.885 0.010 0.003 0.003 0.009 0.042 0.033 64 A 0.019 0.907 0.002 0.002 0.002 0.005 0.038 0.025 65 M 0.019 0.873 0.005 0.001 0.002 0.008 0.048 0.043 66 R 0.004 0.927 0.002 0.002 0.002 0.006 0.017 0.040 67 K 0.007 0.925 0.004 0.002 0.002 0.007 0.018 0.034 68 I 0.012 0.951 0.002 0.002 0.001 0.003 0.017 0.013 69 E 0.016 0.889 0.004 0.002 0.003 0.006 0.051 0.028 70 A 0.017 0.484 0.011 0.006 0.006 0.015 0.377 0.084 71 K 0.015 0.553 0.014 0.014 0.010 0.029 0.284 0.082 72 V 0.056 0.599 0.015 0.008 0.009 0.026 0.123 0.165 73 R 0.111 0.569 0.011 0.009 0.010 0.033 0.064 0.192 74 S 0.082 0.257 0.014 0.010 0.009 0.057 0.057 0.513 75 R 0.076 0.228 0.015 0.011 0.013 0.087 0.078 0.493 76 A 0.194 0.125 0.013 0.009 0.012 0.081 0.076 0.490 77 A 0.045 0.044 0.015 0.018 0.024 0.097 0.285 0.472 78 K 0.014 0.148 0.032 0.015 0.034 0.091 0.113 0.554 79 A 0.019 0.205 0.049 0.047 0.062 0.120 0.036 0.463 80 V 0.017 0.278 0.084 0.058 0.037 0.076 0.035 0.414 81 T 0.076 0.839 0.004 0.002 0.003 0.007 0.034 0.036 82 E 0.062 0.262 0.008 0.002 0.002 0.013 0.598 0.053 83 Q 0.007 0.326 0.008 0.004 0.003 0.023 0.540 0.089 84 E 0.010 0.872 0.002 0.001 0.001 0.009 0.056 0.050 85 L 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 86 T 0.028 0.876 0.003 0.001 0.002 0.006 0.051 0.033 87 S 0.041 0.379 0.013 0.008 0.003 0.019 0.420 0.116 88 L 0.121 0.366 0.025 0.007 0.009 0.043 0.326 0.103 89 L 0.295 0.032 0.060 0.005 0.005 0.057 0.278 0.269 90 Q 0.191 0.025 0.022 0.006 0.011 0.088 0.068 0.589 91 S 0.011 0.003 0.021 0.001 0.003 0.046 0.021 0.894 92 L 0.020 0.003 0.182 0.035 0.078 0.283 0.039 0.360 93 T 0.008 0.001 0.228 0.037 0.101 0.064 0.087 0.473 94 L 0.003 0.001 0.322 0.126 0.108 0.069 0.024 0.347 95 R 0.001 0.001 0.554 0.104 0.177 0.021 0.026 0.115 96 V 0.004 0.001 0.207 0.256 0.156 0.037 0.027 0.311 97 D 0.006 0.001 0.427 0.179 0.177 0.032 0.022 0.157 98 V 0.010 0.002 0.107 0.108 0.118 0.066 0.032 0.556 99 S 0.085 0.011 0.122 0.116 0.105 0.076 0.093 0.392 100 M 0.206 0.015 0.029 0.043 0.050 0.077 0.078 0.504 101 E 0.079 0.017 0.011 0.029 0.045 0.094 0.047 0.677 102 E 0.031 0.010 0.012 0.023 0.055 0.094 0.027 0.747