# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.85162 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.022 0.002 0.008 0.014 0.022 0.057 0.007 0.001 0.053 0.608 2 A 0.029 0.002 0.001 0.007 0.011 0.019 0.060 0.001 0.001 0.022 0.848 3 S 0.003 0.001 0.001 0.013 0.018 0.030 0.091 0.001 0.001 0.019 0.823 4 K 0.020 0.002 0.001 0.011 0.017 0.012 0.107 0.004 0.001 0.030 0.796 5 K 0.226 0.008 0.001 0.012 0.014 0.007 0.132 0.014 0.001 0.080 0.506 6 P 0.031 0.008 0.001 0.006 0.002 0.002 0.114 0.002 0.001 0.022 0.812 7 D 0.033 0.045 0.001 0.015 0.004 0.008 0.141 0.002 0.001 0.024 0.726 8 K 0.009 0.151 0.001 0.027 0.008 0.013 0.143 0.007 0.001 0.046 0.595 9 T 0.013 0.927 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.014 0.033 10 Y 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 11 E 0.010 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.041 0.015 12 E 0.003 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.053 0.013 13 M 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 14 V 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 15 K 0.002 0.866 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.102 0.020 16 E 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.010 17 V 0.009 0.920 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.025 0.017 18 E 0.040 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.029 0.044 19 R 0.007 0.796 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.074 0.099 20 L 0.036 0.436 0.007 0.008 0.002 0.003 0.044 0.007 0.001 0.372 0.084 21 K 0.072 0.538 0.005 0.020 0.001 0.003 0.019 0.005 0.001 0.266 0.068 22 L 0.092 0.156 0.016 0.012 0.003 0.004 0.049 0.004 0.003 0.469 0.192 23 E 0.017 0.688 0.005 0.006 0.002 0.003 0.037 0.006 0.002 0.049 0.184 24 N 0.033 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.006 0.049 25 K 0.019 0.894 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.002 0.013 0.051 26 T 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.025 27 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 28 K 0.018 0.914 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.025 0.026 29 Q 0.017 0.429 0.010 0.008 0.002 0.003 0.021 0.004 0.003 0.408 0.095 30 K 0.048 0.114 0.154 0.012 0.003 0.004 0.030 0.010 0.040 0.497 0.089 31 V 0.289 0.026 0.070 0.018 0.004 0.008 0.066 0.022 0.035 0.211 0.251 32 K 0.134 0.012 0.005 0.018 0.004 0.009 0.064 0.003 0.006 0.041 0.704 33 S 0.042 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 0.014 0.869 34 S 0.020 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 0.128 0.013 0.001 0.032 0.786 35 G 0.045 0.002 0.001 0.010 0.003 0.008 0.110 0.002 0.001 0.032 0.789 36 A 0.018 0.001 0.001 0.036 0.011 0.027 0.128 0.001 0.001 0.034 0.744 37 V 0.007 0.002 0.001 0.030 0.013 0.023 0.134 0.001 0.001 0.022 0.768 38 S 0.078 0.015 0.002 0.033 0.031 0.032 0.149 0.006 0.001 0.050 0.603 39 S 0.200 0.080 0.003 0.017 0.004 0.005 0.112 0.006 0.002 0.052 0.518 40 D 0.165 0.107 0.003 0.010 0.003 0.007 0.099 0.019 0.001 0.044 0.542 41 D 0.244 0.166 0.002 0.012 0.005 0.013 0.084 0.011 0.001 0.038 0.424 42 S 0.106 0.065 0.001 0.021 0.047 0.077 0.105 0.004 0.001 0.037 0.536 43 I 0.018 0.069 0.002 0.027 0.070 0.088 0.115 0.001 0.001 0.023 0.587 44 L 0.008 0.139 0.003 0.021 0.052 0.042 0.100 0.004 0.001 0.011 0.619 45 T 0.111 0.789 0.001 0.002 0.006 0.006 0.014 0.015 0.001 0.010 0.047 46 A 0.108 0.740 0.006 0.003 0.001 0.002 0.013 0.004 0.002 0.035 0.087 47 A 0.029 0.663 0.006 0.004 0.004 0.010 0.027 0.002 0.002 0.086 0.166 48 K 0.017 0.811 0.002 0.002 0.006 0.009 0.016 0.002 0.001 0.064 0.070 49 R 0.013 0.882 0.001 0.003 0.006 0.007 0.011 0.002 0.001 0.031 0.045 50 E 0.006 0.884 0.001 0.007 0.006 0.011 0.009 0.001 0.001 0.032 0.044 51 S 0.008 0.735 0.001 0.009 0.010 0.016 0.015 0.001 0.001 0.153 0.051 52 I 0.007 0.369 0.002 0.010 0.006 0.009 0.011 0.001 0.001 0.557 0.027 53 I 0.008 0.428 0.003 0.007 0.005 0.007 0.009 0.001 0.001 0.501 0.031 54 V 0.010 0.756 0.004 0.007 0.003 0.004 0.010 0.003 0.001 0.143 0.060 55 S 0.014 0.890 0.005 0.003 0.001 0.002 0.007 0.006 0.001 0.025 0.047 56 S 0.022 0.892 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.021 0.044 57 S 0.019 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.049 0.065 58 R 0.012 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.020 0.040 59 A 0.010 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.015 0.035 60 L 0.005 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.021 0.028 61 G 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.014 62 A 0.004 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.048 0.018 63 V 0.009 0.946 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.017 0.014 64 A 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.019 65 M 0.010 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.060 0.029 66 R 0.022 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.038 0.036 67 K 0.010 0.832 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.064 0.059 68 I 0.025 0.876 0.002 0.003 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.024 0.049 69 E 0.018 0.835 0.001 0.005 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.069 0.057 70 A 0.024 0.554 0.004 0.006 0.002 0.003 0.027 0.003 0.001 0.207 0.169 71 K 0.020 0.697 0.014 0.011 0.003 0.004 0.023 0.007 0.004 0.135 0.083 72 V 0.078 0.748 0.011 0.004 0.003 0.004 0.014 0.013 0.002 0.036 0.087 73 R 0.037 0.798 0.005 0.005 0.003 0.004 0.013 0.006 0.003 0.015 0.111 74 S 0.101 0.459 0.012 0.004 0.004 0.007 0.042 0.009 0.007 0.028 0.328 75 R 0.113 0.494 0.014 0.010 0.004 0.008 0.048 0.020 0.006 0.046 0.236 76 A 0.186 0.280 0.013 0.007 0.003 0.007 0.063 0.016 0.007 0.049 0.368 77 A 0.126 0.169 0.007 0.017 0.006 0.010 0.079 0.009 0.003 0.104 0.470 78 K 0.039 0.223 0.002 0.013 0.008 0.014 0.091 0.005 0.001 0.050 0.555 79 A 0.057 0.153 0.008 0.018 0.014 0.017 0.098 0.005 0.002 0.064 0.564 80 V 0.007 0.328 0.002 0.022 0.011 0.010 0.068 0.006 0.001 0.042 0.503 81 T 0.063 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.006 0.037 82 E 0.040 0.226 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.630 0.075 83 Q 0.005 0.110 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.797 0.064 84 E 0.014 0.727 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.128 0.106 85 L 0.009 0.917 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.008 0.033 86 T 0.047 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.021 0.113 87 S 0.030 0.312 0.065 0.002 0.001 0.002 0.032 0.013 0.049 0.258 0.237 88 L 0.353 0.145 0.035 0.002 0.001 0.001 0.065 0.044 0.019 0.173 0.163 89 L 0.137 0.017 0.041 0.010 0.001 0.003 0.127 0.008 0.047 0.152 0.458 90 Q 0.046 0.005 0.001 0.009 0.003 0.005 0.228 0.001 0.001 0.041 0.660 91 S 0.004 0.001 0.001 0.027 0.004 0.012 0.215 0.001 0.001 0.070 0.665 92 L 0.005 0.001 0.001 0.065 0.040 0.067 0.219 0.004 0.001 0.157 0.441 93 T 0.003 0.001 0.001 0.269 0.030 0.110 0.087 0.001 0.001 0.152 0.347 94 L 0.001 0.001 0.001 0.210 0.134 0.305 0.028 0.001 0.001 0.097 0.223 95 R 0.002 0.001 0.001 0.331 0.144 0.190 0.030 0.001 0.001 0.066 0.235 96 V 0.001 0.001 0.001 0.261 0.312 0.242 0.021 0.001 0.001 0.032 0.131 97 D 0.005 0.001 0.001 0.332 0.152 0.244 0.041 0.001 0.001 0.072 0.152 98 V 0.006 0.001 0.001 0.268 0.150 0.235 0.073 0.001 0.001 0.039 0.226 99 S 0.052 0.006 0.002 0.140 0.108 0.209 0.104 0.002 0.003 0.060 0.313 100 M 0.167 0.016 0.005 0.052 0.026 0.041 0.110 0.006 0.004 0.056 0.519 101 E 0.112 0.019 0.003 0.014 0.014 0.024 0.104 0.007 0.002 0.050 0.650 102 E 0.066 0.019 0.003 0.011 0.012 0.022 0.114 0.006 0.001 0.040 0.706