# TARGET T0300 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.85162 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.356 0.151 0.080 0.134 0.085 0.064 0.052 0.029 0.026 0.015 0.008 2 A 0.369 0.133 0.049 0.093 0.077 0.066 0.075 0.047 0.042 0.029 0.020 3 S 0.286 0.233 0.077 0.132 0.084 0.065 0.057 0.030 0.020 0.010 0.005 4 K 0.377 0.315 0.075 0.110 0.053 0.029 0.020 0.009 0.007 0.003 0.002 5 K 0.326 0.182 0.064 0.117 0.095 0.072 0.055 0.030 0.027 0.018 0.014 6 P 0.539 0.153 0.063 0.094 0.054 0.037 0.030 0.012 0.011 0.006 0.003 7 D 0.522 0.163 0.049 0.132 0.057 0.033 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 8 K 0.297 0.143 0.065 0.141 0.117 0.088 0.088 0.037 0.016 0.006 0.002 9 T 0.074 0.691 0.087 0.094 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 10 Y 0.136 0.058 0.089 0.153 0.208 0.196 0.115 0.030 0.011 0.003 0.001 11 E 0.795 0.101 0.072 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.002 0.025 0.278 0.538 0.126 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.017 0.014 0.080 0.021 0.022 0.057 0.230 0.181 0.180 0.127 0.071 14 V 0.003 0.010 0.460 0.219 0.142 0.106 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 15 K 0.002 0.015 0.937 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.009 0.020 0.227 0.104 0.138 0.220 0.224 0.039 0.014 0.004 0.001 17 V 0.002 0.008 0.423 0.028 0.021 0.041 0.233 0.102 0.082 0.045 0.016 18 E 0.006 0.019 0.860 0.073 0.026 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.003 0.026 0.692 0.187 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.007 0.026 0.498 0.037 0.026 0.042 0.170 0.074 0.070 0.038 0.012 21 K 0.025 0.063 0.538 0.185 0.101 0.052 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 22 L 0.022 0.051 0.811 0.057 0.026 0.018 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 23 E 0.035 0.090 0.526 0.140 0.078 0.061 0.052 0.012 0.005 0.001 0.001 24 N 0.013 0.034 0.286 0.057 0.064 0.124 0.305 0.068 0.033 0.012 0.003 25 K 0.049 0.073 0.658 0.134 0.049 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 26 T 0.023 0.060 0.438 0.303 0.116 0.043 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.005 0.023 0.154 0.040 0.031 0.043 0.192 0.166 0.189 0.110 0.047 28 K 0.002 0.017 0.207 0.159 0.202 0.208 0.152 0.033 0.014 0.005 0.001 29 Q 0.018 0.049 0.763 0.107 0.034 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 30 K 0.008 0.037 0.200 0.186 0.197 0.173 0.149 0.033 0.012 0.003 0.001 31 V 0.003 0.011 0.055 0.020 0.021 0.039 0.142 0.138 0.213 0.209 0.150 32 K 0.012 0.043 0.136 0.249 0.259 0.167 0.092 0.026 0.012 0.004 0.001 33 S 0.093 0.202 0.428 0.153 0.064 0.036 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 34 S 0.139 0.134 0.115 0.147 0.110 0.108 0.128 0.055 0.036 0.019 0.008 35 G 0.543 0.194 0.048 0.077 0.049 0.033 0.030 0.011 0.007 0.005 0.003 36 A 0.241 0.244 0.078 0.175 0.101 0.062 0.049 0.022 0.016 0.009 0.004 37 V 0.071 0.047 0.023 0.058 0.065 0.083 0.134 0.120 0.159 0.132 0.109 38 S 0.199 0.260 0.068 0.167 0.111 0.079 0.060 0.023 0.016 0.008 0.007 39 S 0.233 0.143 0.056 0.147 0.129 0.103 0.092 0.044 0.028 0.016 0.008 40 D 0.469 0.221 0.072 0.116 0.061 0.031 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 41 D 0.126 0.137 0.070 0.224 0.189 0.122 0.079 0.027 0.015 0.007 0.004 42 S 0.183 0.222 0.088 0.201 0.126 0.075 0.056 0.022 0.014 0.008 0.005 43 I 0.058 0.079 0.063 0.191 0.181 0.168 0.149 0.058 0.032 0.014 0.006 44 L 0.006 0.005 0.006 0.013 0.022 0.041 0.118 0.134 0.214 0.222 0.218 45 T 0.031 0.307 0.116 0.277 0.132 0.061 0.043 0.016 0.010 0.005 0.004 46 A 0.468 0.139 0.063 0.128 0.083 0.055 0.037 0.013 0.008 0.004 0.002 47 A 0.614 0.115 0.044 0.072 0.053 0.040 0.034 0.013 0.008 0.004 0.003 48 K 0.127 0.209 0.161 0.264 0.109 0.063 0.043 0.013 0.008 0.003 0.002 49 R 0.035 0.040 0.039 0.071 0.084 0.127 0.212 0.143 0.126 0.081 0.040 50 E 0.098 0.091 0.190 0.186 0.160 0.138 0.086 0.025 0.015 0.008 0.004 51 S 0.040 0.062 0.217 0.164 0.119 0.108 0.122 0.065 0.052 0.034 0.018 52 I 0.032 0.043 0.070 0.139 0.138 0.154 0.187 0.088 0.074 0.045 0.030 53 I 0.013 0.037 0.081 0.050 0.029 0.036 0.122 0.120 0.183 0.187 0.142 54 V 0.030 0.054 0.200 0.182 0.183 0.161 0.114 0.038 0.024 0.011 0.004 55 S 0.157 0.130 0.355 0.138 0.078 0.056 0.050 0.019 0.011 0.005 0.003 56 S 0.021 0.048 0.107 0.085 0.079 0.109 0.223 0.122 0.110 0.066 0.030 57 S 0.007 0.026 0.075 0.064 0.053 0.087 0.223 0.137 0.146 0.115 0.067 58 R 0.124 0.138 0.385 0.198 0.093 0.040 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 59 A 0.066 0.081 0.301 0.208 0.146 0.104 0.070 0.016 0.006 0.002 0.001 60 L 0.007 0.015 0.150 0.050 0.022 0.022 0.083 0.093 0.188 0.202 0.167 61 G 0.003 0.012 0.118 0.050 0.061 0.136 0.329 0.135 0.088 0.047 0.019 62 A 0.021 0.035 0.826 0.091 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.021 0.035 0.308 0.106 0.139 0.185 0.168 0.029 0.007 0.001 0.001 64 A 0.002 0.004 0.080 0.020 0.016 0.037 0.201 0.170 0.216 0.167 0.088 65 M 0.002 0.010 0.252 0.118 0.124 0.182 0.230 0.051 0.021 0.008 0.002 66 R 0.006 0.023 0.879 0.069 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.010 0.024 0.279 0.131 0.172 0.196 0.154 0.025 0.008 0.002 0.001 68 I 0.001 0.005 0.143 0.013 0.010 0.018 0.145 0.146 0.212 0.183 0.124 69 E 0.001 0.006 0.296 0.197 0.218 0.165 0.096 0.015 0.005 0.001 0.001 70 A 0.004 0.022 0.883 0.063 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.008 0.023 0.153 0.097 0.155 0.233 0.256 0.048 0.020 0.005 0.001 72 V 0.002 0.012 0.139 0.018 0.012 0.020 0.124 0.132 0.209 0.198 0.135 73 R 0.005 0.024 0.310 0.219 0.210 0.133 0.072 0.017 0.007 0.003 0.001 74 S 0.034 0.094 0.708 0.120 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.039 0.042 0.106 0.071 0.107 0.189 0.296 0.089 0.042 0.015 0.004 76 A 0.049 0.047 0.113 0.050 0.041 0.066 0.179 0.123 0.144 0.107 0.083 77 A 0.087 0.136 0.270 0.146 0.110 0.093 0.084 0.032 0.022 0.013 0.007 78 K 0.208 0.161 0.292 0.201 0.078 0.036 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 79 A 0.068 0.031 0.028 0.035 0.048 0.094 0.240 0.174 0.143 0.089 0.049 80 V 0.106 0.128 0.101 0.176 0.146 0.109 0.105 0.053 0.038 0.022 0.015 81 T 0.022 0.324 0.132 0.118 0.073 0.074 0.100 0.056 0.051 0.032 0.018 82 E 0.135 0.087 0.117 0.211 0.234 0.136 0.059 0.013 0.005 0.001 0.001 83 Q 0.838 0.089 0.049 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.004 0.021 0.085 0.235 0.226 0.199 0.158 0.047 0.019 0.006 0.002 85 L 0.001 0.001 0.007 0.005 0.008 0.026 0.172 0.201 0.247 0.203 0.128 86 T 0.003 0.013 0.302 0.301 0.216 0.121 0.036 0.005 0.002 0.001 0.001 87 S 0.021 0.058 0.719 0.131 0.042 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.011 0.014 0.026 0.067 0.253 0.189 0.203 0.139 0.095 89 L 0.001 0.002 0.021 0.007 0.008 0.021 0.150 0.164 0.231 0.225 0.172 90 Q 0.004 0.031 0.572 0.245 0.104 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 91 S 0.074 0.151 0.487 0.167 0.075 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.012 0.032 0.170 0.194 0.256 0.201 0.120 93 T 0.116 0.266 0.157 0.261 0.122 0.052 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.003 0.005 0.008 0.014 0.031 0.118 0.164 0.249 0.219 0.188 95 R 0.014 0.058 0.069 0.244 0.211 0.164 0.132 0.049 0.030 0.016 0.013 96 V 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.017 0.069 0.108 0.210 0.278 0.300 97 D 0.031 0.090 0.082 0.357 0.231 0.106 0.062 0.021 0.012 0.005 0.004 98 V 0.004 0.006 0.004 0.011 0.018 0.032 0.092 0.135 0.219 0.251 0.228 99 S 0.049 0.179 0.088 0.314 0.176 0.089 0.059 0.021 0.014 0.007 0.004 100 M 0.097 0.095 0.046 0.142 0.147 0.138 0.153 0.078 0.055 0.033 0.017 101 E 0.437 0.262 0.083 0.134 0.049 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 102 E 0.410 0.196 0.059 0.145 0.084 0.048 0.031 0.012 0.008 0.004 0.003