# TARGET T0300 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.85162 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.126 0.053 0.022 0.183 0.019 0.054 0.204 0.081 0.089 0.051 2 A 0.082 0.143 0.055 0.025 0.133 0.030 0.054 0.172 0.145 0.120 0.041 3 S 0.056 0.178 0.144 0.049 0.146 0.035 0.062 0.163 0.081 0.064 0.021 4 K 0.076 0.145 0.170 0.041 0.122 0.022 0.053 0.095 0.071 0.148 0.056 5 K 0.031 0.450 0.312 0.022 0.132 0.004 0.009 0.024 0.006 0.004 0.007 6 P 0.036 0.178 0.043 0.010 0.089 0.033 0.087 0.218 0.187 0.093 0.027 7 D 0.191 0.122 0.057 0.006 0.224 0.007 0.017 0.053 0.046 0.143 0.134 8 K 0.054 0.311 0.100 0.012 0.189 0.010 0.011 0.092 0.054 0.133 0.034 9 T 0.007 0.649 0.274 0.002 0.034 0.001 0.001 0.024 0.002 0.006 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.101 0.002 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.003 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.035 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.022 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.066 0.002 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.025 0.004 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.909 0.073 0.011 0.001 21 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.911 0.071 0.004 0.001 22 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.926 0.043 0.006 0.002 23 E 0.002 0.013 0.015 0.004 0.007 0.016 0.051 0.783 0.067 0.040 0.002 24 N 0.090 0.082 0.014 0.001 0.127 0.001 0.001 0.553 0.050 0.055 0.027 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.874 0.119 0.002 0.001 26 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.020 0.005 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.056 0.012 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.063 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.037 0.002 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.912 0.056 0.011 0.001 31 V 0.012 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.789 0.124 0.039 0.005 32 K 0.007 0.014 0.006 0.003 0.007 0.011 0.076 0.682 0.156 0.033 0.004 33 S 0.016 0.051 0.036 0.015 0.041 0.032 0.191 0.365 0.098 0.140 0.014 34 S 0.038 0.410 0.226 0.045 0.143 0.010 0.019 0.024 0.017 0.044 0.023 35 G 0.028 0.055 0.100 0.182 0.033 0.058 0.022 0.057 0.092 0.297 0.075 36 A 0.108 0.215 0.081 0.012 0.260 0.010 0.029 0.071 0.069 0.103 0.041 37 V 0.071 0.375 0.196 0.012 0.208 0.006 0.016 0.032 0.026 0.030 0.028 38 S 0.061 0.318 0.268 0.035 0.162 0.016 0.041 0.035 0.020 0.022 0.024 39 S 0.037 0.188 0.163 0.042 0.084 0.030 0.047 0.156 0.163 0.068 0.021 40 D 0.035 0.133 0.078 0.026 0.077 0.027 0.043 0.137 0.189 0.212 0.043 41 D 0.071 0.105 0.042 0.012 0.134 0.008 0.025 0.116 0.222 0.208 0.058 42 S 0.094 0.175 0.061 0.004 0.258 0.005 0.021 0.150 0.119 0.074 0.039 43 I 0.104 0.259 0.056 0.003 0.214 0.005 0.027 0.159 0.074 0.074 0.025 44 L 0.132 0.318 0.074 0.007 0.307 0.005 0.009 0.054 0.016 0.038 0.040 45 T 0.006 0.477 0.442 0.011 0.033 0.002 0.001 0.017 0.004 0.007 0.002 46 A 0.004 0.007 0.007 0.002 0.007 0.002 0.005 0.741 0.212 0.010 0.003 47 A 0.003 0.012 0.005 0.001 0.008 0.002 0.015 0.844 0.096 0.010 0.002 48 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.818 0.104 0.054 0.002 49 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.008 0.002 0.008 0.901 0.060 0.009 0.002 50 E 0.011 0.012 0.002 0.001 0.020 0.002 0.009 0.836 0.076 0.027 0.004 51 S 0.033 0.029 0.003 0.001 0.073 0.001 0.006 0.783 0.050 0.016 0.005 52 I 0.016 0.018 0.003 0.001 0.033 0.001 0.008 0.877 0.036 0.005 0.003 53 I 0.035 0.006 0.001 0.001 0.025 0.002 0.012 0.857 0.040 0.011 0.010 54 V 0.008 0.016 0.004 0.006 0.020 0.016 0.032 0.814 0.065 0.015 0.003 55 S 0.016 0.017 0.008 0.003 0.020 0.005 0.022 0.843 0.052 0.009 0.006 56 S 0.006 0.007 0.006 0.003 0.005 0.004 0.012 0.866 0.068 0.020 0.005 57 S 0.005 0.015 0.003 0.002 0.011 0.003 0.007 0.863 0.073 0.018 0.002 58 R 0.002 0.011 0.003 0.002 0.005 0.006 0.013 0.880 0.068 0.009 0.002 59 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.915 0.045 0.018 0.004 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.912 0.064 0.015 0.001 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.002 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.023 0.001 0.001 63 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.021 0.003 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.060 0.015 0.001 65 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.038 0.002 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.017 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.011 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.034 0.006 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.045 0.002 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.018 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.968 0.018 0.001 0.001 72 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.897 0.072 0.019 0.002 73 R 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.814 0.149 0.009 0.001 74 S 0.001 0.007 0.005 0.002 0.003 0.006 0.069 0.805 0.092 0.009 0.001 75 R 0.007 0.008 0.007 0.004 0.008 0.012 0.139 0.597 0.122 0.088 0.008 76 A 0.047 0.059 0.019 0.009 0.051 0.011 0.027 0.323 0.188 0.230 0.037 77 A 0.016 0.077 0.033 0.023 0.041 0.030 0.060 0.474 0.191 0.045 0.009 78 K 0.030 0.079 0.043 0.015 0.074 0.016 0.050 0.360 0.169 0.135 0.029 79 A 0.079 0.125 0.041 0.007 0.139 0.011 0.054 0.238 0.111 0.143 0.052 80 V 0.088 0.186 0.050 0.015 0.208 0.018 0.059 0.190 0.053 0.077 0.055 81 T 0.024 0.547 0.231 0.007 0.101 0.001 0.001 0.041 0.011 0.027 0.009 82 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.782 0.196 0.008 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.937 0.052 0.002 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.040 0.017 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.074 0.006 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.061 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.941 0.046 0.007 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.857 0.102 0.014 0.001 89 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.729 0.195 0.045 0.005 90 Q 0.001 0.023 0.011 0.008 0.006 0.034 0.172 0.586 0.145 0.015 0.001 91 S 0.041 0.021 0.004 0.001 0.042 0.002 0.032 0.119 0.107 0.563 0.069 92 L 0.275 0.132 0.008 0.001 0.514 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.051 93 T 0.213 0.031 0.005 0.027 0.369 0.059 0.132 0.062 0.027 0.032 0.041 94 L 0.207 0.097 0.006 0.001 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 95 R 0.242 0.035 0.001 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 96 V 0.190 0.078 0.005 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 97 D 0.414 0.027 0.002 0.001 0.420 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.122 98 V 0.238 0.180 0.023 0.006 0.356 0.006 0.006 0.007 0.013 0.061 0.104 99 S 0.112 0.323 0.133 0.009 0.319 0.003 0.007 0.014 0.013 0.034 0.032 100 M 0.079 0.128 0.055 0.027 0.106 0.022 0.029 0.151 0.233 0.129 0.040 101 E 0.022 0.189 0.189 0.074 0.073 0.043 0.064 0.171 0.115 0.047 0.012 102 E 0.050 0.100 0.066 0.025 0.077 0.026 0.062 0.310 0.157 0.096 0.030