# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.065 0.038 0.041 0.007 0.067 0.073 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.015 0.254 0.072 0.130 0.175 0.001 2 A 0.001 0.002 0.016 0.019 0.051 0.016 0.166 0.039 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.018 0.358 0.076 0.062 0.139 0.001 3 S 0.001 0.001 0.016 0.012 0.018 0.012 0.332 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.169 0.051 0.134 0.197 0.001 4 K 0.001 0.001 0.012 0.007 0.025 0.004 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.105 0.322 0.116 0.237 0.001 5 K 0.001 0.001 0.021 0.006 0.009 0.001 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.088 0.049 0.295 0.477 0.001 6 P 0.001 0.001 0.012 0.004 0.014 0.006 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.394 0.071 0.088 0.319 0.001 7 D 0.001 0.001 0.007 0.004 0.012 0.010 0.306 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.118 0.181 0.161 0.130 0.001 8 K 0.001 0.001 0.023 0.012 0.003 0.001 0.034 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.012 0.151 0.049 0.152 0.499 0.001 9 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.001 0.014 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.019 0.016 0.276 0.541 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.893 0.008 0.005 0.002 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.005 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 0.845 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.005 0.001 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.861 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.049 0.009 0.007 0.009 0.001 21 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.013 0.859 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.066 0.020 0.011 0.007 0.001 22 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.060 0.765 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.074 0.012 0.013 0.012 0.001 23 E 0.004 0.002 0.007 0.018 0.014 0.009 0.160 0.398 0.034 0.005 0.001 0.001 0.003 0.009 0.016 0.006 0.244 0.021 0.028 0.020 0.001 24 N 0.002 0.003 0.006 0.023 0.016 0.007 0.061 0.402 0.036 0.010 0.001 0.002 0.002 0.008 0.020 0.012 0.103 0.072 0.146 0.069 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.009 0.422 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.524 0.011 0.005 0.009 0.001 26 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.007 0.001 0.007 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.025 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.066 0.011 0.008 0.009 0.001 28 K 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.010 0.889 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.071 0.002 0.005 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.028 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.058 0.003 0.001 0.002 0.001 31 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.004 0.031 0.785 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.096 0.020 0.010 0.012 0.001 32 K 0.003 0.003 0.015 0.016 0.014 0.020 0.090 0.544 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.004 0.187 0.014 0.017 0.026 0.001 33 S 0.003 0.002 0.007 0.021 0.023 0.010 0.308 0.055 0.100 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 0.335 0.033 0.020 0.031 0.001 34 S 0.001 0.001 0.006 0.010 0.023 0.003 0.395 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.149 0.046 0.115 0.203 0.001 35 G 0.001 0.001 0.013 0.006 0.021 0.005 0.087 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.059 0.547 0.089 0.148 0.001 36 A 0.001 0.001 0.044 0.016 0.044 0.004 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.035 0.113 0.080 0.302 0.311 0.001 37 V 0.001 0.002 0.035 0.030 0.088 0.004 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.018 0.095 0.075 0.211 0.322 0.001 38 S 0.001 0.001 0.033 0.033 0.030 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.020 0.023 0.312 0.499 0.001 39 S 0.001 0.001 0.022 0.017 0.053 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.340 0.076 0.125 0.298 0.001 40 D 0.001 0.001 0.019 0.027 0.025 0.012 0.177 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.157 0.037 0.118 0.357 0.001 41 D 0.001 0.001 0.017 0.008 0.061 0.006 0.231 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.024 0.261 0.148 0.090 0.113 0.001 42 S 0.005 0.006 0.095 0.051 0.035 0.043 0.239 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.021 0.122 0.076 0.106 0.114 0.001 43 I 0.011 0.011 0.024 0.030 0.201 0.005 0.111 0.032 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.016 0.052 0.090 0.074 0.248 0.079 0.002 44 L 0.005 0.005 0.089 0.079 0.028 0.001 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.205 0.015 0.060 0.052 0.076 0.344 0.001 45 T 0.001 0.001 0.006 0.014 0.037 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.006 0.200 0.703 0.001 46 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.936 0.018 0.003 0.004 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 0.249 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 48 K 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.005 0.094 0.785 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.037 0.010 0.015 0.008 0.001 49 R 0.006 0.006 0.009 0.010 0.018 0.004 0.024 0.798 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.005 0.064 0.014 0.011 0.011 0.001 50 E 0.017 0.014 0.012 0.016 0.021 0.006 0.066 0.703 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.006 0.085 0.006 0.007 0.008 0.001 51 S 0.031 0.022 0.016 0.019 0.023 0.005 0.049 0.702 0.008 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.012 0.007 0.041 0.008 0.011 0.006 0.001 52 I 0.051 0.046 0.029 0.053 0.016 0.010 0.021 0.590 0.009 0.002 0.002 0.007 0.015 0.043 0.017 0.007 0.047 0.013 0.013 0.008 0.002 53 I 0.032 0.034 0.011 0.031 0.023 0.011 0.030 0.611 0.018 0.004 0.003 0.008 0.013 0.060 0.019 0.010 0.053 0.008 0.012 0.007 0.004 54 V 0.014 0.016 0.010 0.022 0.010 0.010 0.032 0.666 0.027 0.006 0.002 0.005 0.008 0.036 0.038 0.008 0.066 0.008 0.008 0.008 0.002 55 S 0.007 0.011 0.007 0.017 0.013 0.014 0.046 0.667 0.015 0.005 0.001 0.002 0.004 0.016 0.020 0.011 0.099 0.015 0.011 0.018 0.001 56 S 0.002 0.003 0.004 0.005 0.014 0.007 0.048 0.676 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.012 0.137 0.025 0.014 0.015 0.001 57 S 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.026 0.735 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.166 0.013 0.007 0.009 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.871 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.077 0.003 0.002 0.006 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.005 0.002 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.837 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.093 0.007 0.008 0.008 0.001 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.821 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.004 0.004 0.003 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 65 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.001 0.002 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.002 0.002 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.004 0.002 0.003 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.028 0.815 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.113 0.010 0.010 0.005 0.001 73 R 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.036 0.821 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.091 0.007 0.010 0.008 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.079 0.683 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.167 0.014 0.006 0.012 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.006 0.107 0.650 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.131 0.030 0.018 0.017 0.001 76 A 0.002 0.002 0.005 0.014 0.022 0.005 0.173 0.262 0.048 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.146 0.116 0.114 0.056 0.001 77 A 0.002 0.001 0.022 0.020 0.011 0.017 0.250 0.131 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.277 0.037 0.088 0.106 0.001 78 K 0.001 0.001 0.005 0.015 0.023 0.031 0.285 0.082 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.123 0.249 0.081 0.066 0.001 79 A 0.001 0.002 0.010 0.017 0.032 0.003 0.077 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.032 0.084 0.062 0.470 0.137 0.001 80 V 0.002 0.002 0.048 0.050 0.013 0.002 0.017 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 0.011 0.140 0.070 0.142 0.366 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.080 0.001 0.013 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.111 0.015 0.016 0.194 0.531 0.001 82 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.903 0.009 0.004 0.004 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.006 0.003 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.002 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.033 0.838 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 0.007 0.005 0.003 0.001 90 Q 0.002 0.002 0.003 0.008 0.004 0.037 0.311 0.249 0.077 0.044 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.227 0.008 0.004 0.010 0.001 91 S 0.001 0.002 0.004 0.008 0.008 0.006 0.525 0.025 0.113 0.081 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.008 0.110 0.038 0.025 0.027 0.001 92 L 0.003 0.003 0.015 0.009 0.028 0.002 0.206 0.008 0.007 0.003 0.003 0.003 0.003 0.012 0.024 0.034 0.056 0.167 0.229 0.180 0.005 93 T 0.015 0.017 0.098 0.025 0.067 0.004 0.046 0.005 0.005 0.001 0.010 0.008 0.016 0.080 0.115 0.098 0.056 0.163 0.080 0.070 0.023 94 L 0.024 0.040 0.029 0.030 0.061 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.070 0.371 0.126 0.104 0.006 0.005 0.030 0.018 0.034 95 R 0.031 0.046 0.040 0.032 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.046 0.087 0.329 0.182 0.023 0.003 0.003 0.015 0.005 0.073 96 V 0.039 0.043 0.017 0.022 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.049 0.090 0.306 0.132 0.093 0.002 0.002 0.006 0.005 0.044 97 D 0.032 0.032 0.026 0.035 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 0.036 0.089 0.315 0.250 0.052 0.002 0.003 0.007 0.005 0.025 98 V 0.044 0.044 0.025 0.040 0.138 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.024 0.064 0.180 0.158 0.190 0.007 0.009 0.013 0.017 0.010 99 S 0.044 0.041 0.093 0.134 0.096 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.021 0.023 0.038 0.080 0.127 0.067 0.011 0.017 0.086 0.096 0.014 100 M 0.017 0.012 0.033 0.030 0.301 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.012 0.126 0.091 0.200 0.048 0.035 0.062 0.002 101 E 0.014 0.013 0.089 0.079 0.074 0.009 0.190 0.021 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.014 0.120 0.023 0.072 0.035 0.091 0.135 0.002 102 E 0.010 0.010 0.038 0.049 0.164 0.007 0.089 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.041 0.040 0.189 0.128 0.082 0.112 0.001