# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.038 0.016 0.021 0.025 0.078 0.044 0.603 2 A 0.141 0.017 0.006 0.009 0.012 0.079 0.027 0.709 3 S 0.020 0.009 0.008 0.009 0.014 0.097 0.043 0.801 4 K 0.101 0.011 0.007 0.006 0.011 0.091 0.026 0.746 5 K 0.236 0.011 0.010 0.014 0.012 0.102 0.090 0.525 6 P 0.027 0.029 0.011 0.005 0.009 0.123 0.028 0.767 7 D 0.019 0.052 0.011 0.005 0.014 0.111 0.018 0.769 8 K 0.014 0.158 0.028 0.018 0.010 0.111 0.030 0.630 9 T 0.024 0.912 0.003 0.001 0.001 0.006 0.024 0.029 10 Y 0.016 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 11 E 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 12 E 0.006 0.942 0.004 0.001 0.001 0.003 0.031 0.013 13 M 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 14 V 0.008 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 15 K 0.004 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.016 16 E 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.018 17 V 0.036 0.875 0.003 0.001 0.001 0.006 0.056 0.023 18 E 0.003 0.936 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.037 19 R 0.009 0.923 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 0.049 20 L 0.011 0.670 0.022 0.005 0.002 0.010 0.255 0.025 21 K 0.100 0.787 0.010 0.003 0.003 0.010 0.047 0.041 22 L 0.304 0.181 0.031 0.004 0.003 0.029 0.298 0.149 23 E 0.016 0.534 0.013 0.005 0.005 0.048 0.118 0.262 24 N 0.033 0.647 0.005 0.001 0.003 0.015 0.023 0.272 25 K 0.011 0.726 0.008 0.010 0.004 0.034 0.015 0.192 26 T 0.019 0.920 0.005 0.002 0.002 0.007 0.009 0.037 27 L 0.096 0.856 0.004 0.001 0.001 0.004 0.014 0.023 28 K 0.085 0.735 0.017 0.004 0.003 0.015 0.056 0.084 29 Q 0.087 0.217 0.026 0.008 0.007 0.032 0.298 0.324 30 K 0.043 0.071 0.038 0.015 0.016 0.084 0.465 0.267 31 V 0.093 0.039 0.051 0.015 0.019 0.095 0.166 0.522 32 K 0.220 0.009 0.010 0.007 0.010 0.078 0.027 0.639 33 S 0.100 0.005 0.004 0.003 0.005 0.060 0.021 0.804 34 S 0.022 0.002 0.007 0.006 0.012 0.132 0.016 0.802 35 G 0.026 0.002 0.019 0.018 0.029 0.147 0.029 0.729 36 A 0.016 0.002 0.021 0.038 0.028 0.150 0.032 0.713 37 V 0.017 0.002 0.028 0.011 0.011 0.099 0.015 0.817 38 S 0.276 0.011 0.020 0.012 0.011 0.098 0.047 0.525 39 S 0.110 0.016 0.015 0.006 0.007 0.090 0.047 0.709 40 D 0.181 0.029 0.010 0.005 0.011 0.088 0.028 0.647 41 D 0.078 0.013 0.016 0.021 0.041 0.102 0.176 0.552 42 S 0.018 0.029 0.028 0.037 0.064 0.134 0.060 0.630 43 I 0.008 0.023 0.027 0.036 0.085 0.148 0.023 0.650 44 L 0.012 0.037 0.036 0.034 0.025 0.102 0.028 0.727 45 T 0.269 0.517 0.009 0.008 0.009 0.019 0.101 0.068 46 A 0.132 0.603 0.011 0.005 0.006 0.035 0.053 0.155 47 A 0.046 0.435 0.016 0.011 0.020 0.064 0.118 0.290 48 K 0.041 0.481 0.018 0.009 0.017 0.046 0.230 0.158 49 R 0.012 0.749 0.006 0.010 0.020 0.029 0.063 0.111 50 E 0.012 0.609 0.027 0.021 0.055 0.032 0.090 0.153 51 S 0.013 0.321 0.062 0.067 0.098 0.053 0.287 0.098 52 I 0.014 0.155 0.086 0.061 0.093 0.040 0.481 0.071 53 I 0.024 0.142 0.068 0.038 0.055 0.034 0.566 0.074 54 V 0.032 0.324 0.052 0.045 0.065 0.058 0.275 0.149 55 S 0.039 0.417 0.043 0.027 0.052 0.074 0.084 0.263 56 S 0.040 0.582 0.016 0.015 0.020 0.049 0.079 0.200 57 S 0.047 0.621 0.015 0.006 0.008 0.036 0.129 0.138 58 R 0.030 0.794 0.005 0.004 0.004 0.023 0.060 0.079 59 A 0.025 0.807 0.009 0.003 0.003 0.021 0.052 0.081 60 L 0.017 0.866 0.005 0.002 0.002 0.011 0.058 0.040 61 G 0.012 0.919 0.004 0.001 0.001 0.004 0.039 0.020 62 A 0.011 0.922 0.003 0.001 0.001 0.005 0.029 0.028 63 V 0.017 0.875 0.010 0.002 0.002 0.009 0.048 0.037 64 A 0.022 0.884 0.003 0.002 0.002 0.007 0.048 0.032 65 M 0.026 0.834 0.007 0.002 0.002 0.010 0.062 0.057 66 R 0.005 0.891 0.003 0.003 0.003 0.009 0.023 0.062 67 K 0.011 0.872 0.007 0.004 0.004 0.013 0.029 0.060 68 I 0.011 0.931 0.003 0.003 0.003 0.005 0.022 0.022 69 E 0.014 0.871 0.006 0.004 0.005 0.009 0.050 0.041 70 A 0.015 0.490 0.017 0.010 0.010 0.017 0.357 0.084 71 K 0.015 0.597 0.018 0.021 0.014 0.026 0.240 0.069 72 V 0.064 0.628 0.021 0.009 0.011 0.023 0.108 0.136 73 R 0.089 0.639 0.011 0.011 0.011 0.028 0.052 0.159 74 S 0.072 0.314 0.018 0.011 0.011 0.047 0.052 0.476 75 R 0.066 0.283 0.016 0.015 0.016 0.079 0.084 0.441 76 A 0.247 0.138 0.014 0.010 0.012 0.069 0.082 0.427 77 A 0.070 0.045 0.013 0.019 0.021 0.087 0.308 0.437 78 K 0.016 0.133 0.018 0.010 0.021 0.084 0.085 0.633 79 A 0.019 0.194 0.027 0.029 0.041 0.127 0.026 0.536 80 V 0.016 0.276 0.046 0.037 0.023 0.081 0.030 0.491 81 T 0.080 0.867 0.002 0.001 0.001 0.004 0.021 0.024 82 E 0.066 0.264 0.006 0.001 0.001 0.012 0.600 0.049 83 Q 0.006 0.279 0.006 0.003 0.002 0.019 0.612 0.073 84 E 0.010 0.880 0.002 0.001 0.001 0.009 0.050 0.048 85 L 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 86 T 0.027 0.877 0.003 0.001 0.002 0.007 0.048 0.035 87 S 0.038 0.358 0.013 0.010 0.004 0.020 0.438 0.119 88 L 0.112 0.295 0.031 0.008 0.010 0.049 0.389 0.106 89 L 0.303 0.025 0.062 0.006 0.006 0.058 0.290 0.250 90 Q 0.217 0.016 0.019 0.005 0.011 0.082 0.067 0.582 91 S 0.010 0.002 0.016 0.001 0.003 0.040 0.018 0.911 92 L 0.016 0.002 0.176 0.037 0.099 0.282 0.031 0.357 93 T 0.006 0.001 0.192 0.039 0.115 0.061 0.078 0.508 94 L 0.003 0.001 0.316 0.165 0.126 0.062 0.020 0.309 95 R 0.001 0.001 0.517 0.118 0.202 0.019 0.026 0.116 96 V 0.003 0.001 0.185 0.294 0.169 0.033 0.026 0.289 97 D 0.004 0.001 0.427 0.194 0.204 0.024 0.018 0.128 98 V 0.009 0.001 0.104 0.138 0.139 0.054 0.031 0.524 99 S 0.066 0.008 0.144 0.157 0.139 0.068 0.084 0.333 100 M 0.135 0.010 0.032 0.054 0.065 0.080 0.062 0.562 101 E 0.094 0.014 0.013 0.036 0.050 0.095 0.048 0.651 102 E 0.039 0.010 0.012 0.023 0.050 0.092 0.029 0.745