# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.123 0.084 0.151 0.114 0.099 0.115 0.062 0.042 0.026 0.014 2 A 0.238 0.159 0.074 0.124 0.107 0.088 0.086 0.058 0.037 0.019 0.010 3 S 0.223 0.138 0.080 0.128 0.109 0.092 0.090 0.059 0.043 0.024 0.015 4 K 0.395 0.189 0.103 0.138 0.081 0.044 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 5 K 0.232 0.133 0.069 0.125 0.103 0.091 0.095 0.059 0.047 0.028 0.018 6 P 0.183 0.198 0.073 0.140 0.112 0.100 0.092 0.049 0.032 0.014 0.008 7 D 0.233 0.132 0.099 0.193 0.125 0.083 0.071 0.033 0.019 0.009 0.004 8 K 0.457 0.117 0.128 0.122 0.058 0.043 0.035 0.019 0.011 0.006 0.003 9 T 0.045 0.368 0.076 0.128 0.116 0.108 0.069 0.052 0.028 0.008 0.003 10 Y 0.006 0.016 0.013 0.046 0.065 0.148 0.283 0.172 0.129 0.070 0.051 11 E 0.424 0.074 0.227 0.160 0.073 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 12 E 0.045 0.074 0.146 0.362 0.197 0.118 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.219 0.364 0.370 14 V 0.001 0.001 0.010 0.023 0.136 0.347 0.368 0.081 0.021 0.011 0.002 15 K 0.002 0.005 0.960 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.002 0.018 0.038 0.063 0.248 0.492 0.122 0.014 0.003 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.044 0.202 0.340 0.396 18 E 0.005 0.013 0.398 0.197 0.171 0.112 0.084 0.011 0.004 0.003 0.001 19 R 0.002 0.019 0.682 0.178 0.063 0.034 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.059 0.104 0.267 0.280 0.280 21 K 0.035 0.040 0.076 0.127 0.183 0.217 0.217 0.066 0.026 0.010 0.003 22 L 0.029 0.024 0.701 0.114 0.037 0.024 0.024 0.014 0.014 0.012 0.006 23 E 0.011 0.036 0.080 0.092 0.105 0.177 0.329 0.096 0.044 0.018 0.012 24 N 0.017 0.029 0.042 0.038 0.030 0.056 0.169 0.169 0.193 0.162 0.096 25 K 0.090 0.076 0.187 0.213 0.175 0.118 0.086 0.027 0.014 0.010 0.004 26 T 0.297 0.166 0.306 0.134 0.058 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 27 L 0.010 0.016 0.018 0.036 0.038 0.072 0.205 0.182 0.182 0.144 0.097 28 K 0.018 0.025 0.037 0.052 0.082 0.139 0.253 0.144 0.119 0.079 0.052 29 Q 0.035 0.045 0.446 0.237 0.095 0.054 0.048 0.015 0.012 0.009 0.004 30 K 0.021 0.047 0.163 0.223 0.172 0.154 0.147 0.049 0.015 0.008 0.003 31 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.062 0.110 0.232 0.298 0.273 32 K 0.057 0.090 0.091 0.201 0.173 0.140 0.132 0.054 0.031 0.020 0.012 33 S 0.097 0.138 0.212 0.190 0.124 0.077 0.061 0.043 0.030 0.021 0.008 34 S 0.067 0.040 0.019 0.051 0.078 0.115 0.175 0.156 0.130 0.092 0.078 35 G 0.392 0.161 0.037 0.101 0.076 0.065 0.058 0.040 0.039 0.019 0.011 36 A 0.166 0.110 0.062 0.167 0.130 0.087 0.088 0.058 0.055 0.045 0.032 37 V 0.066 0.052 0.021 0.047 0.061 0.084 0.154 0.136 0.143 0.117 0.118 38 S 0.169 0.205 0.050 0.189 0.111 0.079 0.074 0.049 0.036 0.021 0.016 39 S 0.160 0.139 0.051 0.121 0.104 0.091 0.104 0.073 0.063 0.053 0.042 40 D 0.336 0.228 0.038 0.142 0.101 0.060 0.040 0.023 0.017 0.009 0.005 41 D 0.288 0.127 0.036 0.128 0.111 0.093 0.085 0.047 0.048 0.025 0.013 42 S 0.213 0.096 0.070 0.167 0.131 0.097 0.099 0.046 0.040 0.026 0.015 43 I 0.069 0.063 0.077 0.151 0.120 0.111 0.165 0.095 0.073 0.048 0.027 44 L 0.014 0.022 0.040 0.044 0.050 0.074 0.164 0.172 0.159 0.142 0.118 45 T 0.061 0.117 0.104 0.146 0.126 0.122 0.133 0.092 0.052 0.029 0.018 46 A 0.249 0.174 0.150 0.157 0.114 0.068 0.041 0.023 0.015 0.007 0.003 47 A 0.415 0.168 0.065 0.116 0.089 0.062 0.041 0.021 0.014 0.006 0.002 48 K 0.247 0.167 0.068 0.155 0.118 0.094 0.074 0.035 0.026 0.011 0.005 49 R 0.024 0.042 0.052 0.085 0.094 0.133 0.206 0.122 0.109 0.083 0.050 50 E 0.021 0.047 0.130 0.213 0.181 0.163 0.138 0.055 0.029 0.016 0.007 51 S 0.008 0.009 0.064 0.055 0.054 0.091 0.194 0.163 0.146 0.137 0.079 52 I 0.005 0.015 0.043 0.084 0.101 0.129 0.215 0.166 0.112 0.079 0.050 53 I 0.001 0.002 0.007 0.006 0.008 0.016 0.062 0.109 0.244 0.289 0.257 54 V 0.017 0.022 0.056 0.097 0.144 0.154 0.199 0.126 0.089 0.061 0.037 55 S 0.078 0.088 0.154 0.190 0.118 0.106 0.112 0.066 0.048 0.026 0.013 56 S 0.014 0.045 0.025 0.066 0.077 0.101 0.187 0.165 0.151 0.102 0.066 57 S 0.023 0.025 0.017 0.045 0.061 0.104 0.210 0.159 0.170 0.111 0.074 58 R 0.205 0.093 0.231 0.237 0.125 0.059 0.032 0.009 0.006 0.003 0.001 59 A 0.061 0.074 0.143 0.260 0.165 0.133 0.115 0.032 0.011 0.004 0.001 60 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.012 0.066 0.127 0.246 0.280 0.250 61 G 0.010 0.018 0.046 0.071 0.125 0.199 0.278 0.136 0.066 0.035 0.017 62 A 0.085 0.052 0.708 0.101 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.040 0.046 0.102 0.161 0.148 0.198 0.217 0.058 0.021 0.007 0.002 64 A 0.004 0.009 0.013 0.009 0.009 0.023 0.108 0.159 0.264 0.229 0.173 65 M 0.018 0.047 0.137 0.186 0.195 0.188 0.159 0.042 0.017 0.008 0.003 66 R 0.083 0.055 0.708 0.096 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 67 K 0.034 0.036 0.099 0.141 0.133 0.192 0.233 0.081 0.034 0.012 0.004 68 I 0.005 0.012 0.028 0.014 0.015 0.038 0.125 0.164 0.259 0.213 0.128 69 E 0.004 0.019 0.109 0.152 0.194 0.219 0.206 0.051 0.026 0.015 0.006 70 A 0.030 0.029 0.703 0.122 0.043 0.032 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 71 K 0.015 0.025 0.092 0.182 0.130 0.172 0.260 0.080 0.028 0.012 0.004 72 V 0.002 0.004 0.014 0.005 0.006 0.018 0.085 0.143 0.258 0.277 0.188 73 R 0.014 0.047 0.110 0.203 0.217 0.185 0.153 0.039 0.018 0.010 0.004 74 S 0.129 0.084 0.597 0.116 0.041 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 75 R 0.082 0.076 0.087 0.191 0.136 0.143 0.188 0.061 0.022 0.009 0.003 76 A 0.063 0.055 0.052 0.046 0.041 0.072 0.181 0.165 0.162 0.104 0.060 77 A 0.051 0.078 0.180 0.159 0.145 0.132 0.124 0.055 0.039 0.025 0.012 78 K 0.110 0.132 0.451 0.185 0.080 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 79 A 0.090 0.030 0.095 0.080 0.068 0.101 0.199 0.142 0.098 0.067 0.031 80 V 0.132 0.134 0.095 0.132 0.096 0.120 0.149 0.077 0.040 0.017 0.009 81 T 0.025 0.172 0.227 0.119 0.082 0.093 0.098 0.077 0.061 0.032 0.014 82 E 0.034 0.057 0.099 0.191 0.222 0.200 0.143 0.033 0.012 0.006 0.002 83 Q 0.649 0.063 0.206 0.060 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.018 0.060 0.046 0.205 0.179 0.200 0.212 0.058 0.016 0.005 0.001 85 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.007 0.050 0.104 0.235 0.300 0.293 86 T 0.004 0.012 0.102 0.185 0.298 0.229 0.136 0.022 0.008 0.004 0.001 87 S 0.025 0.017 0.889 0.053 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.004 0.009 0.015 0.048 0.304 0.245 0.180 0.122 0.071 89 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.069 0.162 0.249 0.267 0.239 90 Q 0.007 0.035 0.522 0.256 0.111 0.041 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 91 S 0.026 0.064 0.500 0.143 0.123 0.090 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 92 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.018 0.094 0.139 0.262 0.253 0.218 93 T 0.137 0.126 0.072 0.194 0.179 0.140 0.088 0.038 0.018 0.006 0.002 94 L 0.002 0.004 0.026 0.025 0.031 0.048 0.123 0.148 0.187 0.230 0.175 95 R 0.010 0.029 0.049 0.115 0.136 0.148 0.192 0.140 0.080 0.052 0.048 96 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.053 0.106 0.253 0.311 0.253 97 D 0.039 0.056 0.076 0.215 0.217 0.139 0.115 0.066 0.037 0.023 0.016 98 V 0.004 0.004 0.006 0.013 0.015 0.028 0.096 0.112 0.231 0.245 0.245 99 S 0.089 0.120 0.046 0.151 0.128 0.098 0.127 0.095 0.070 0.044 0.032 100 M 0.065 0.071 0.030 0.084 0.079 0.091 0.172 0.127 0.118 0.092 0.073 101 E 0.417 0.222 0.068 0.128 0.084 0.042 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 102 E 0.485 0.175 0.055 0.113 0.070 0.042 0.030 0.014 0.010 0.004 0.002