# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.020 0.020 0.021 0.043 0.061 0.004 0.800 2 A 0.014 0.016 0.008 0.010 0.018 0.060 0.003 0.870 3 S 0.100 0.044 0.013 0.018 0.030 0.118 0.017 0.660 4 K 0.285 0.036 0.014 0.005 0.009 0.042 0.037 0.572 5 K 0.265 0.036 0.036 0.016 0.021 0.236 0.011 0.379 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 D 0.029 0.013 0.013 0.011 0.029 0.107 0.005 0.792 8 K 0.500 0.006 0.022 0.005 0.005 0.085 0.013 0.365 9 T 0.132 0.017 0.014 0.005 0.009 0.450 0.004 0.370 10 Y 0.128 0.064 0.027 0.006 0.039 0.099 0.003 0.633 11 E 0.014 0.033 0.005 0.001 0.005 0.372 0.002 0.569 12 E 0.025 0.038 0.001 0.001 0.001 0.662 0.002 0.272 13 M 0.028 0.823 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.131 14 V 0.002 0.932 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.059 15 K 0.003 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.065 16 E 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 17 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 18 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 19 R 0.004 0.959 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.026 20 L 0.013 0.963 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.008 21 K 0.014 0.931 0.010 0.010 0.007 0.003 0.006 0.019 22 L 0.027 0.808 0.039 0.036 0.026 0.009 0.010 0.044 23 E 0.076 0.706 0.048 0.044 0.034 0.026 0.013 0.053 24 N 0.073 0.565 0.036 0.037 0.042 0.025 0.038 0.184 25 K 0.105 0.299 0.055 0.017 0.027 0.027 0.023 0.447 26 T 0.030 0.115 0.015 0.007 0.012 0.360 0.013 0.447 27 L 0.102 0.201 0.006 0.008 0.022 0.260 0.017 0.384 28 K 0.045 0.654 0.006 0.006 0.017 0.076 0.004 0.190 29 Q 0.014 0.700 0.005 0.007 0.009 0.079 0.005 0.180 30 K 0.021 0.887 0.003 0.005 0.004 0.007 0.004 0.068 31 V 0.020 0.925 0.003 0.007 0.011 0.003 0.005 0.027 32 K 0.029 0.825 0.014 0.025 0.033 0.009 0.012 0.052 33 S 0.057 0.610 0.022 0.018 0.030 0.018 0.043 0.202 34 S 0.230 0.279 0.021 0.020 0.018 0.021 0.117 0.295 35 G 0.285 0.077 0.045 0.028 0.012 0.052 0.124 0.376 36 A 0.074 0.009 0.084 0.030 0.033 0.122 0.016 0.629 37 V 0.029 0.005 0.036 0.057 0.070 0.077 0.003 0.724 38 S 0.027 0.007 0.049 0.104 0.164 0.141 0.004 0.505 39 S 0.012 0.003 0.019 0.027 0.043 0.043 0.002 0.852 40 D 0.020 0.005 0.021 0.015 0.037 0.249 0.006 0.648 41 D 0.139 0.007 0.014 0.013 0.018 0.178 0.015 0.616 42 S 0.184 0.017 0.040 0.024 0.026 0.311 0.019 0.378 43 I 0.121 0.012 0.052 0.028 0.049 0.202 0.013 0.522 44 L 0.139 0.025 0.193 0.069 0.129 0.165 0.006 0.275 45 T 0.023 0.019 0.026 0.054 0.114 0.310 0.004 0.450 46 A 0.008 0.014 0.009 0.009 0.051 0.017 0.001 0.892 47 A 0.008 0.011 0.002 0.003 0.014 0.549 0.002 0.410 48 K 0.052 0.014 0.001 0.001 0.002 0.844 0.005 0.082 49 R 0.054 0.882 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.047 50 E 0.028 0.783 0.009 0.006 0.009 0.037 0.009 0.119 51 S 0.072 0.747 0.031 0.017 0.015 0.017 0.012 0.089 52 I 0.061 0.753 0.026 0.025 0.046 0.013 0.010 0.067 53 I 0.016 0.688 0.051 0.038 0.070 0.016 0.005 0.115 54 V 0.011 0.773 0.042 0.026 0.046 0.015 0.005 0.082 55 S 0.017 0.733 0.021 0.021 0.021 0.031 0.009 0.148 56 S 0.052 0.664 0.015 0.010 0.018 0.041 0.013 0.188 57 S 0.053 0.730 0.013 0.006 0.013 0.032 0.010 0.143 58 R 0.034 0.805 0.004 0.003 0.004 0.021 0.010 0.119 59 A 0.054 0.767 0.004 0.002 0.002 0.020 0.015 0.136 60 L 0.043 0.872 0.004 0.002 0.002 0.010 0.009 0.058 61 G 0.027 0.852 0.008 0.003 0.004 0.014 0.009 0.082 62 A 0.014 0.853 0.005 0.002 0.003 0.013 0.004 0.105 63 V 0.011 0.890 0.002 0.001 0.002 0.012 0.003 0.078 64 A 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.025 65 M 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 66 R 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 67 K 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 68 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 69 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 K 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 72 V 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 R 0.003 0.979 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 74 S 0.008 0.955 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.025 75 R 0.034 0.899 0.003 0.002 0.002 0.004 0.014 0.041 76 A 0.036 0.902 0.005 0.002 0.002 0.007 0.013 0.033 77 A 0.052 0.823 0.014 0.007 0.007 0.013 0.018 0.065 78 K 0.123 0.504 0.017 0.010 0.009 0.029 0.039 0.270 79 A 0.384 0.261 0.057 0.014 0.017 0.039 0.036 0.192 80 V 0.124 0.372 0.093 0.035 0.028 0.077 0.015 0.256 81 T 0.025 0.251 0.058 0.035 0.045 0.095 0.011 0.479 82 E 0.024 0.178 0.044 0.014 0.056 0.029 0.006 0.649 83 Q 0.020 0.052 0.008 0.003 0.008 0.419 0.005 0.485 84 E 0.032 0.033 0.001 0.001 0.001 0.805 0.003 0.125 85 L 0.018 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 86 T 0.002 0.936 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.051 87 S 0.014 0.895 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.075 88 L 0.033 0.935 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 89 L 0.008 0.975 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 90 Q 0.054 0.870 0.004 0.004 0.004 0.004 0.032 0.027 91 S 0.404 0.317 0.014 0.009 0.003 0.004 0.181 0.069 92 L 0.454 0.102 0.201 0.027 0.017 0.012 0.112 0.075 93 T 0.047 0.033 0.293 0.066 0.064 0.093 0.024 0.380 94 L 0.010 0.010 0.501 0.122 0.091 0.035 0.011 0.221 95 R 0.019 0.004 0.419 0.113 0.138 0.058 0.003 0.247 96 V 0.003 0.002 0.422 0.138 0.131 0.027 0.001 0.275 97 D 0.002 0.002 0.350 0.185 0.241 0.025 0.001 0.194 98 V 0.008 0.003 0.194 0.168 0.273 0.047 0.002 0.305 99 S 0.012 0.008 0.105 0.182 0.326 0.147 0.003 0.216 100 M 0.060 0.008 0.054 0.077 0.203 0.070 0.007 0.519 101 E 0.032 0.006 0.020 0.019 0.052 0.464 0.007 0.400 102 E 0.090 0.011 0.006 0.009 0.020 0.321 0.013 0.529