# TARGET T0300 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.814 0.137 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 2 A 0.718 0.184 0.067 0.025 0.005 0.001 0.001 3 S 0.755 0.179 0.049 0.015 0.003 0.001 0.001 4 K 0.782 0.158 0.040 0.016 0.004 0.001 0.001 5 K 0.599 0.236 0.110 0.042 0.010 0.001 0.001 6 P 0.657 0.229 0.075 0.030 0.008 0.001 0.001 7 D 0.798 0.147 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001 8 K 0.638 0.245 0.086 0.025 0.005 0.001 0.001 9 T 0.493 0.289 0.138 0.067 0.012 0.001 0.001 10 Y 0.315 0.273 0.209 0.144 0.052 0.007 0.001 11 E 0.580 0.237 0.107 0.052 0.020 0.004 0.001 12 E 0.331 0.350 0.196 0.095 0.023 0.004 0.001 13 M 0.118 0.092 0.164 0.327 0.250 0.047 0.001 14 V 0.366 0.310 0.208 0.090 0.023 0.003 0.001 15 K 0.561 0.348 0.076 0.014 0.002 0.001 0.001 16 E 0.364 0.175 0.197 0.174 0.079 0.011 0.001 17 V 0.156 0.127 0.197 0.284 0.195 0.041 0.001 18 E 0.665 0.253 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 19 R 0.536 0.260 0.137 0.054 0.011 0.001 0.001 20 L 0.241 0.134 0.148 0.223 0.192 0.061 0.002 21 K 0.518 0.318 0.120 0.037 0.007 0.001 0.001 22 L 0.636 0.194 0.085 0.053 0.025 0.006 0.001 23 E 0.326 0.221 0.193 0.155 0.081 0.023 0.001 24 N 0.250 0.145 0.153 0.222 0.171 0.055 0.002 25 K 0.487 0.328 0.133 0.042 0.009 0.001 0.001 26 T 0.413 0.371 0.141 0.055 0.016 0.003 0.001 27 L 0.069 0.089 0.154 0.308 0.294 0.082 0.003 28 K 0.119 0.216 0.292 0.275 0.086 0.011 0.001 29 Q 0.489 0.411 0.080 0.017 0.003 0.001 0.001 30 K 0.146 0.337 0.348 0.147 0.019 0.001 0.001 31 V 0.054 0.062 0.126 0.357 0.339 0.062 0.001 32 K 0.189 0.354 0.298 0.132 0.026 0.002 0.001 33 S 0.668 0.266 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 34 S 0.515 0.245 0.151 0.071 0.016 0.002 0.001 35 G 0.623 0.217 0.093 0.052 0.013 0.002 0.001 36 A 0.549 0.251 0.111 0.061 0.025 0.005 0.001 37 V 0.240 0.211 0.224 0.204 0.100 0.020 0.001 38 S 0.472 0.323 0.138 0.053 0.012 0.002 0.001 39 S 0.600 0.248 0.099 0.041 0.010 0.001 0.001 40 D 0.718 0.207 0.056 0.016 0.003 0.001 0.001 41 D 0.503 0.283 0.140 0.059 0.013 0.002 0.001 42 S 0.322 0.330 0.202 0.104 0.034 0.009 0.001 43 I 0.126 0.241 0.254 0.221 0.116 0.039 0.004 44 L 0.043 0.064 0.125 0.275 0.311 0.164 0.018 45 T 0.132 0.236 0.247 0.212 0.115 0.049 0.010 46 A 0.237 0.276 0.221 0.153 0.074 0.032 0.007 47 A 0.389 0.268 0.180 0.103 0.045 0.013 0.002 48 K 0.264 0.307 0.223 0.129 0.054 0.019 0.003 49 R 0.130 0.170 0.207 0.227 0.172 0.083 0.010 50 E 0.137 0.228 0.243 0.195 0.126 0.063 0.009 51 S 0.067 0.087 0.114 0.185 0.236 0.249 0.061 52 I 0.056 0.119 0.145 0.198 0.192 0.216 0.073 53 I 0.049 0.042 0.056 0.123 0.223 0.348 0.159 54 V 0.152 0.226 0.226 0.210 0.117 0.056 0.012 55 S 0.258 0.304 0.212 0.123 0.067 0.030 0.007 56 S 0.132 0.136 0.172 0.219 0.206 0.114 0.020 57 S 0.132 0.112 0.136 0.213 0.241 0.147 0.019 58 R 0.362 0.336 0.181 0.090 0.025 0.005 0.001 59 A 0.229 0.302 0.253 0.152 0.052 0.011 0.001 60 L 0.105 0.071 0.085 0.185 0.293 0.237 0.024 61 G 0.071 0.139 0.210 0.305 0.201 0.069 0.005 62 A 0.369 0.391 0.155 0.061 0.018 0.005 0.001 63 V 0.165 0.263 0.301 0.199 0.060 0.011 0.001 64 A 0.060 0.060 0.093 0.211 0.335 0.226 0.015 65 M 0.118 0.187 0.248 0.256 0.145 0.043 0.003 66 R 0.396 0.402 0.137 0.048 0.013 0.003 0.001 67 K 0.122 0.201 0.304 0.248 0.102 0.022 0.001 68 I 0.047 0.055 0.086 0.222 0.350 0.227 0.013 69 E 0.095 0.236 0.313 0.243 0.093 0.019 0.001 70 A 0.418 0.385 0.124 0.051 0.017 0.004 0.001 71 K 0.110 0.241 0.330 0.244 0.065 0.010 0.001 72 V 0.093 0.067 0.108 0.287 0.344 0.098 0.003 73 R 0.285 0.363 0.239 0.092 0.019 0.002 0.001 74 S 0.714 0.236 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001 75 R 0.441 0.266 0.185 0.089 0.018 0.002 0.001 76 A 0.447 0.190 0.145 0.149 0.059 0.009 0.001 77 A 0.478 0.273 0.145 0.073 0.025 0.005 0.001 78 K 0.535 0.321 0.102 0.033 0.007 0.001 0.001 79 A 0.264 0.195 0.203 0.206 0.109 0.022 0.001 80 V 0.216 0.258 0.235 0.177 0.086 0.026 0.002 81 T 0.318 0.325 0.192 0.110 0.043 0.011 0.001 82 E 0.490 0.320 0.129 0.047 0.012 0.002 0.001 83 Q 0.846 0.125 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 84 E 0.251 0.363 0.244 0.110 0.026 0.005 0.001 85 L 0.042 0.048 0.111 0.333 0.365 0.097 0.003 86 T 0.153 0.304 0.336 0.167 0.036 0.004 0.001 87 S 0.369 0.479 0.122 0.026 0.004 0.001 0.001 88 L 0.066 0.085 0.198 0.348 0.252 0.050 0.001 89 L 0.069 0.049 0.101 0.289 0.379 0.110 0.003 90 Q 0.328 0.478 0.159 0.032 0.003 0.001 0.001 91 S 0.491 0.332 0.129 0.040 0.007 0.001 0.001 92 L 0.064 0.112 0.210 0.304 0.245 0.063 0.003 93 T 0.255 0.389 0.230 0.100 0.023 0.003 0.001 94 L 0.077 0.135 0.174 0.266 0.242 0.099 0.008 95 R 0.023 0.102 0.217 0.299 0.246 0.103 0.011 96 V 0.022 0.032 0.049 0.149 0.301 0.395 0.054 97 D 0.035 0.147 0.250 0.314 0.177 0.066 0.009 98 V 0.040 0.053 0.070 0.171 0.304 0.319 0.044 99 S 0.114 0.245 0.271 0.241 0.097 0.029 0.002 100 M 0.283 0.292 0.222 0.142 0.052 0.009 0.001 101 E 0.666 0.228 0.080 0.022 0.004 0.001 0.001 102 E 0.784 0.157 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001