# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.320 0.021 0.067 0.107 0.063 0.050 0.350 2 T 0.013 0.569 0.016 0.055 0.126 0.034 0.103 0.084 3 R 0.003 0.408 0.034 0.061 0.148 0.025 0.240 0.079 4 Y 0.003 0.355 0.046 0.209 0.191 0.010 0.160 0.025 5 A 0.008 0.164 0.131 0.172 0.199 0.017 0.264 0.045 6 L 0.010 0.078 0.236 0.214 0.240 0.027 0.155 0.041 7 L 0.033 0.044 0.261 0.138 0.248 0.047 0.139 0.090 8 V 0.034 0.033 0.103 0.099 0.133 0.099 0.152 0.346 9 R 0.026 0.027 0.130 0.099 0.202 0.126 0.103 0.287 10 G 0.021 0.016 0.121 0.042 0.098 0.160 0.110 0.433 11 I 0.022 0.012 0.249 0.100 0.091 0.116 0.091 0.318 12 N 0.141 0.021 0.193 0.028 0.044 0.112 0.109 0.353 13 V 0.070 0.014 0.107 0.029 0.037 0.150 0.104 0.489 14 G 0.043 0.012 0.054 0.009 0.019 0.129 0.037 0.697 15 G 0.199 0.043 0.030 0.016 0.030 0.102 0.100 0.482 16 K 0.048 0.035 0.021 0.020 0.031 0.121 0.039 0.684 17 N 0.017 0.084 0.048 0.045 0.101 0.086 0.054 0.565 18 K 0.036 0.166 0.031 0.045 0.061 0.099 0.041 0.520 19 V 0.041 0.268 0.099 0.107 0.056 0.070 0.065 0.294 20 V 0.024 0.751 0.011 0.008 0.009 0.017 0.044 0.135 21 M 0.031 0.932 0.004 0.001 0.001 0.002 0.019 0.011 22 A 0.009 0.938 0.004 0.003 0.001 0.005 0.014 0.028 23 E 0.005 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 24 L 0.030 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 25 R 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 26 Q 0.002 0.128 0.001 0.001 0.001 0.004 0.840 0.023 27 E 0.116 0.630 0.011 0.001 0.001 0.030 0.080 0.131 28 L 0.125 0.207 0.060 0.012 0.005 0.084 0.199 0.307 29 T 0.213 0.122 0.008 0.001 0.003 0.048 0.053 0.552 30 N 0.246 0.070 0.006 0.001 0.001 0.066 0.029 0.582 31 L 0.020 0.047 0.057 0.005 0.003 0.227 0.036 0.604 32 G 0.081 0.126 0.029 0.003 0.006 0.105 0.092 0.559 33 L 0.091 0.155 0.051 0.002 0.003 0.082 0.081 0.536 34 E 0.013 0.061 0.165 0.006 0.005 0.074 0.493 0.183 35 K 0.019 0.226 0.048 0.005 0.006 0.072 0.352 0.272 36 V 0.035 0.396 0.056 0.007 0.009 0.111 0.104 0.283 37 E 0.024 0.379 0.118 0.015 0.025 0.065 0.141 0.233 38 S 0.034 0.241 0.198 0.017 0.047 0.040 0.336 0.089 39 Y 0.037 0.184 0.176 0.035 0.049 0.069 0.261 0.189 40 I 0.031 0.045 0.458 0.070 0.047 0.078 0.134 0.137 41 N 0.039 0.056 0.195 0.026 0.049 0.174 0.093 0.369 42 S 0.046 0.051 0.126 0.016 0.047 0.191 0.063 0.460 43 G 0.042 0.029 0.112 0.037 0.082 0.189 0.080 0.430 44 N 0.026 0.010 0.179 0.082 0.156 0.124 0.175 0.248 45 I 0.010 0.009 0.161 0.141 0.245 0.065 0.109 0.259 46 F 0.011 0.009 0.241 0.160 0.282 0.053 0.067 0.177 47 F 0.021 0.007 0.219 0.179 0.237 0.076 0.047 0.214 48 T 0.034 0.010 0.107 0.109 0.149 0.114 0.107 0.370 49 S 0.132 0.069 0.035 0.021 0.035 0.137 0.089 0.481 50 I 0.089 0.127 0.011 0.006 0.009 0.148 0.031 0.578 51 D 0.039 0.192 0.007 0.004 0.003 0.070 0.044 0.640 52 S 0.039 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.028 53 K 0.020 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.014 54 A 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.017 55 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 56 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 57 V 0.017 0.862 0.002 0.001 0.001 0.001 0.113 0.003 58 E 0.001 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.881 0.009 59 K 0.002 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.089 0.013 60 L 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 61 E 0.009 0.939 0.005 0.001 0.001 0.003 0.024 0.019 62 T 0.048 0.824 0.005 0.001 0.001 0.011 0.051 0.061 63 F 0.195 0.355 0.082 0.003 0.001 0.030 0.252 0.081 64 F 0.349 0.162 0.044 0.005 0.005 0.048 0.156 0.230 65 A 0.165 0.013 0.022 0.001 0.002 0.049 0.049 0.698 66 V 0.020 0.006 0.029 0.004 0.005 0.099 0.037 0.801 67 H 0.026 0.002 0.031 0.003 0.004 0.080 0.024 0.830 68 Y 0.177 0.003 0.016 0.006 0.009 0.120 0.034 0.634 69 P 0.024 0.002 0.046 0.006 0.011 0.125 0.033 0.752 70 F 0.013 0.003 0.114 0.013 0.033 0.148 0.043 0.633 71 I 0.008 0.003 0.215 0.032 0.044 0.134 0.101 0.463 72 Q 0.004 0.003 0.356 0.068 0.071 0.080 0.089 0.330 73 S 0.003 0.002 0.618 0.056 0.087 0.037 0.067 0.130 74 F 0.003 0.002 0.546 0.109 0.141 0.023 0.068 0.108 75 S 0.003 0.007 0.704 0.062 0.115 0.013 0.030 0.065 76 L 0.010 0.031 0.397 0.147 0.163 0.044 0.034 0.172 77 L 0.006 0.041 0.455 0.102 0.071 0.061 0.077 0.187 78 S 0.041 0.819 0.012 0.005 0.006 0.016 0.045 0.056 79 L 0.066 0.879 0.005 0.001 0.001 0.006 0.022 0.020 80 E 0.009 0.892 0.004 0.002 0.001 0.009 0.028 0.056 81 D 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.012 82 F 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 83 E 0.022 0.922 0.004 0.001 0.001 0.002 0.038 0.012 84 A 0.051 0.364 0.040 0.003 0.002 0.013 0.422 0.105 85 E 0.340 0.232 0.037 0.002 0.002 0.029 0.243 0.115 86 L 0.765 0.016 0.018 0.001 0.001 0.020 0.045 0.135 87 E 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.038 0.008 0.931 88 N 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.035 0.003 0.946 89 L 0.158 0.123 0.012 0.004 0.002 0.179 0.037 0.485 90 P 0.170 0.082 0.024 0.003 0.003 0.115 0.093 0.511 91 A 0.243 0.178 0.018 0.002 0.002 0.068 0.102 0.388 92 W 0.153 0.216 0.051 0.004 0.005 0.091 0.097 0.383 93 W 0.100 0.210 0.039 0.005 0.007 0.087 0.043 0.510 94 S 0.070 0.144 0.032 0.006 0.010 0.092 0.053 0.593 95 R 0.079 0.114 0.028 0.012 0.014 0.110 0.102 0.540 96 D 0.182 0.122 0.022 0.012 0.016 0.097 0.113 0.438 97 L 0.117 0.056 0.019 0.011 0.015 0.113 0.086 0.582 98 A 0.084 0.053 0.018 0.011 0.021 0.098 0.066 0.649 99 R 0.085 0.072 0.022 0.015 0.032 0.105 0.071 0.598 100 K 0.019 0.047 0.045 0.040 0.096 0.131 0.051 0.571 101 D 0.011 0.031 0.088 0.088 0.258 0.090 0.070 0.364 102 F 0.004 0.011 0.136 0.199 0.308 0.053 0.119 0.170 103 L 0.004 0.010 0.195 0.253 0.355 0.028 0.074 0.082 104 F 0.006 0.008 0.182 0.279 0.364 0.019 0.061 0.082 105 Y 0.030 0.010 0.171 0.242 0.289 0.039 0.043 0.176 106 T 0.084 0.011 0.098 0.171 0.199 0.057 0.104 0.276 107 E 0.035 0.016 0.024 0.033 0.057 0.126 0.035 0.673 108 G 0.033 0.020 0.021 0.015 0.029 0.113 0.045 0.722 109 L 0.049 0.068 0.010 0.018 0.012 0.133 0.039 0.672 110 D 0.115 0.387 0.007 0.006 0.006 0.062 0.042 0.375 111 V 0.069 0.761 0.003 0.002 0.002 0.017 0.019 0.127 112 D 0.081 0.813 0.003 0.001 0.002 0.011 0.021 0.068 113 Q 0.034 0.285 0.017 0.007 0.006 0.031 0.474 0.146 114 V 0.026 0.712 0.008 0.004 0.005 0.023 0.152 0.069 115 I 0.166 0.660 0.009 0.002 0.004 0.022 0.043 0.094 116 A 0.030 0.331 0.029 0.018 0.018 0.065 0.144 0.364 117 T 0.030 0.438 0.010 0.003 0.008 0.045 0.171 0.294 118 V 0.148 0.611 0.010 0.005 0.003 0.031 0.072 0.120 119 E 0.108 0.421 0.024 0.019 0.016 0.057 0.061 0.294 120 S 0.133 0.215 0.012 0.003 0.005 0.059 0.064 0.507 121 L 0.128 0.131 0.037 0.010 0.009 0.098 0.106 0.483 122 E 0.123 0.072 0.021 0.006 0.007 0.099 0.050 0.621 123 L 0.069 0.078 0.008 0.002 0.004 0.073 0.033 0.733 124 K 0.055 0.181 0.015 0.006 0.012 0.101 0.037 0.592 125 D 0.068 0.248 0.024 0.018 0.031 0.068 0.103 0.439 126 E 0.030 0.163 0.043 0.088 0.113 0.068 0.066 0.429 127 V 0.026 0.037 0.067 0.150 0.237 0.070 0.081 0.332 128 L 0.032 0.015 0.052 0.233 0.193 0.083 0.060 0.332 129 Y 0.037 0.009 0.047 0.120 0.234 0.076 0.065 0.414 130 F 0.042 0.007 0.028 0.051 0.099 0.096 0.063 0.616 131 G 0.122 0.016 0.026 0.062 0.106 0.132 0.063 0.473 132 K 0.025 0.011 0.029 0.051 0.128 0.110 0.039 0.607 133 L 0.003 0.007 0.105 0.108 0.410 0.077 0.046 0.244 134 G 0.001 0.003 0.142 0.195 0.484 0.019 0.066 0.090 135 I 0.003 0.003 0.140 0.461 0.303 0.012 0.025 0.053 136 F 0.008 0.003 0.226 0.340 0.298 0.015 0.027 0.083 137 W 0.004 0.003 0.193 0.227 0.333 0.035 0.047 0.157 138 G 0.012 0.008 0.160 0.159 0.259 0.067 0.054 0.281 139 K 0.118 0.022 0.049 0.094 0.108 0.105 0.051 0.453 140 F 0.083 0.029 0.027 0.047 0.057 0.099 0.097 0.561 141 S 0.104 0.065 0.013 0.016 0.031 0.099 0.056 0.614 142 E 0.105 0.063 0.013 0.023 0.034 0.098 0.101 0.562 143 E 0.040 0.065 0.014 0.024 0.034 0.118 0.059 0.646 144 S 0.039 0.085 0.019 0.029 0.058 0.095 0.171 0.503 145 Y 0.063 0.179 0.018 0.035 0.045 0.101 0.112 0.447 146 S 0.069 0.340 0.024 0.033 0.045 0.067 0.087 0.336 147 K 0.041 0.374 0.018 0.028 0.040 0.075 0.048 0.377 148 T 0.052 0.557 0.020 0.018 0.034 0.048 0.060 0.211 149 A 0.045 0.611 0.016 0.027 0.028 0.045 0.053 0.176 150 Y 0.048 0.655 0.020 0.017 0.024 0.026 0.072 0.138 151 H 0.082 0.642 0.011 0.020 0.024 0.026 0.059 0.136 152 K 0.079 0.182 0.069 0.053 0.062 0.057 0.160 0.339 153 Y 0.147 0.120 0.024 0.059 0.074 0.073 0.075 0.428 154 L 0.137 0.023 0.022 0.037 0.047 0.080 0.063 0.592 155 L 0.015 0.009 0.014 0.034 0.058 0.119 0.043 0.707 156 K 0.029 0.007 0.015 0.018 0.034 0.073 0.045 0.779 157 V 0.245 0.013 0.011 0.034 0.029 0.090 0.042 0.536 158 P 0.064 0.010 0.028 0.024 0.041 0.096 0.052 0.684 159 F 0.016 0.006 0.041 0.025 0.083 0.134 0.033 0.662 160 Y 0.010 0.005 0.082 0.057 0.091 0.099 0.093 0.562 161 R 0.010 0.023 0.116 0.142 0.115 0.089 0.100 0.405 162 H 0.012 0.034 0.232 0.058 0.103 0.093 0.073 0.394 163 I 0.016 0.049 0.264 0.150 0.129 0.051 0.118 0.222 164 T 0.026 0.220 0.281 0.059 0.092 0.030 0.150 0.142 165 I 0.051 0.283 0.177 0.059 0.085 0.047 0.092 0.205 166 R 0.021 0.080 0.080 0.072 0.060 0.044 0.491 0.152 167 N 0.020 0.738 0.009 0.005 0.008 0.021 0.122 0.078 168 A 0.010 0.859 0.006 0.002 0.004 0.021 0.023 0.074 169 K 0.006 0.843 0.012 0.015 0.009 0.012 0.048 0.056 170 T 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 171 F 0.018 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 172 D 0.006 0.878 0.006 0.006 0.003 0.005 0.074 0.022 173 K 0.005 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.023 174 I 0.022 0.933 0.006 0.001 0.001 0.003 0.023 0.010 175 G 0.068 0.600 0.060 0.017 0.008 0.013 0.168 0.067 176 Q 0.142 0.285 0.015 0.006 0.006 0.037 0.077 0.433 177 M 0.297 0.059 0.057 0.014 0.011 0.064 0.180 0.318 178 L 0.119 0.016 0.016 0.009 0.009 0.096 0.094 0.640 179 K 0.041 0.005 0.002 0.001 0.003 0.042 0.015 0.890 180 K 0.020 0.005 0.005 0.004 0.006 0.089 0.017 0.854