# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.055 0.013 0.007 0.008 0.010 0.026 0.002 0.001 0.003 0.767 2 T 0.039 0.055 0.016 0.038 0.033 0.072 0.103 0.003 0.001 0.007 0.633 3 R 0.100 0.062 0.017 0.076 0.081 0.127 0.088 0.003 0.001 0.009 0.437 4 Y 0.023 0.141 0.002 0.260 0.157 0.226 0.073 0.002 0.001 0.002 0.114 5 A 0.009 0.269 0.003 0.240 0.141 0.212 0.020 0.001 0.001 0.001 0.104 6 L 0.002 0.202 0.001 0.316 0.190 0.264 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 7 L 0.003 0.360 0.001 0.183 0.126 0.237 0.007 0.003 0.001 0.001 0.080 8 V 0.041 0.383 0.005 0.112 0.103 0.286 0.013 0.008 0.001 0.003 0.046 9 R 0.029 0.203 0.008 0.109 0.189 0.313 0.035 0.033 0.001 0.003 0.079 10 G 0.124 0.050 0.020 0.089 0.112 0.123 0.030 0.077 0.001 0.013 0.364 11 I 0.028 0.012 0.412 0.078 0.116 0.139 0.047 0.005 0.001 0.005 0.158 12 N 0.013 0.006 0.007 0.154 0.175 0.162 0.154 0.005 0.001 0.003 0.322 13 V 0.011 0.002 0.015 0.062 0.023 0.031 0.033 0.001 0.001 0.002 0.821 14 G 0.007 0.005 0.001 0.122 0.056 0.128 0.305 0.001 0.001 0.006 0.370 15 G 0.133 0.006 0.001 0.037 0.018 0.028 0.253 0.001 0.001 0.042 0.483 16 K 0.237 0.042 0.006 0.074 0.020 0.028 0.162 0.001 0.001 0.021 0.408 17 N 0.059 0.033 0.003 0.041 0.033 0.036 0.190 0.001 0.001 0.009 0.596 18 K 0.168 0.051 0.005 0.028 0.016 0.037 0.140 0.002 0.001 0.014 0.540 19 V 0.148 0.091 0.020 0.040 0.040 0.089 0.101 0.002 0.001 0.006 0.462 20 V 0.099 0.070 0.006 0.020 0.029 0.061 0.139 0.002 0.001 0.003 0.571 21 M 0.022 0.051 0.004 0.017 0.006 0.031 0.041 0.001 0.001 0.001 0.826 22 A 0.005 0.081 0.001 0.007 0.004 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.853 23 E 0.042 0.214 0.001 0.003 0.002 0.003 0.343 0.002 0.001 0.003 0.389 24 L 0.025 0.831 0.001 0.002 0.001 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.113 25 R 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.028 26 Q 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 27 E 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 28 L 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 T 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 N 0.022 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 31 L 0.134 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.026 32 G 0.314 0.491 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 0.001 0.001 0.105 33 L 0.014 0.069 0.724 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.179 34 E 0.012 0.071 0.005 0.090 0.020 0.028 0.049 0.010 0.001 0.001 0.714 35 K 0.230 0.072 0.006 0.041 0.007 0.010 0.059 0.004 0.001 0.007 0.565 36 V 0.079 0.295 0.018 0.078 0.026 0.050 0.050 0.004 0.001 0.004 0.396 37 E 0.034 0.168 0.005 0.236 0.107 0.201 0.068 0.004 0.001 0.006 0.170 38 S 0.062 0.163 0.003 0.088 0.091 0.152 0.051 0.005 0.001 0.005 0.381 39 Y 0.075 0.227 0.003 0.091 0.238 0.179 0.016 0.008 0.001 0.002 0.160 40 I 0.048 0.236 0.005 0.084 0.182 0.294 0.045 0.011 0.001 0.005 0.091 41 N 0.028 0.144 0.005 0.090 0.241 0.328 0.052 0.016 0.001 0.004 0.092 42 S 0.102 0.099 0.008 0.052 0.129 0.168 0.105 0.030 0.001 0.010 0.296 43 G 0.117 0.015 0.038 0.050 0.051 0.077 0.112 0.012 0.001 0.028 0.500 44 N 0.082 0.002 0.044 0.050 0.054 0.059 0.328 0.004 0.001 0.034 0.343 45 I 0.065 0.001 0.158 0.138 0.087 0.073 0.119 0.001 0.001 0.016 0.342 46 F 0.004 0.001 0.003 0.243 0.164 0.250 0.125 0.001 0.001 0.002 0.208 47 F 0.005 0.001 0.001 0.204 0.174 0.247 0.039 0.001 0.001 0.002 0.328 48 T 0.004 0.001 0.001 0.161 0.176 0.320 0.053 0.001 0.001 0.002 0.283 49 S 0.009 0.001 0.001 0.077 0.095 0.188 0.100 0.001 0.001 0.004 0.525 50 I 0.009 0.001 0.001 0.045 0.017 0.048 0.165 0.001 0.001 0.007 0.706 51 D 0.025 0.001 0.001 0.024 0.012 0.020 0.404 0.001 0.001 0.023 0.490 52 S 0.169 0.005 0.001 0.005 0.002 0.003 0.442 0.001 0.001 0.022 0.350 53 K 0.108 0.049 0.003 0.005 0.002 0.003 0.207 0.001 0.001 0.010 0.611 54 A 0.028 0.093 0.001 0.001 0.001 0.002 0.259 0.001 0.001 0.006 0.607 55 Q 0.025 0.148 0.001 0.001 0.002 0.004 0.552 0.001 0.001 0.006 0.261 56 L 0.034 0.760 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.181 57 V 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 58 E 0.009 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.058 59 K 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 60 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 61 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 T 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 F 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 F 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 65 A 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 66 V 0.044 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 67 H 0.191 0.638 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 0.068 68 Y 0.278 0.335 0.074 0.003 0.002 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.231 69 P 0.016 0.007 0.023 0.003 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.931 70 F 0.109 0.007 0.067 0.044 0.008 0.011 0.036 0.003 0.001 0.002 0.714 71 I 0.096 0.004 0.009 0.239 0.033 0.040 0.102 0.002 0.001 0.004 0.470 72 Q 0.018 0.002 0.008 0.316 0.034 0.041 0.042 0.001 0.001 0.002 0.537 73 S 0.002 0.001 0.001 0.775 0.063 0.094 0.022 0.001 0.001 0.001 0.041 74 F 0.002 0.001 0.001 0.816 0.062 0.069 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 75 S 0.001 0.001 0.001 0.830 0.071 0.077 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 76 L 0.001 0.001 0.001 0.784 0.046 0.099 0.019 0.001 0.001 0.001 0.050 77 L 0.002 0.001 0.001 0.786 0.052 0.094 0.030 0.001 0.001 0.002 0.032 78 S 0.018 0.003 0.003 0.214 0.047 0.084 0.283 0.001 0.001 0.007 0.341 79 L 0.002 0.001 0.002 0.037 0.003 0.007 0.044 0.001 0.001 0.001 0.903 80 E 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.322 0.001 0.001 0.003 0.654 81 D 0.044 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.564 0.001 0.001 0.012 0.364 82 F 0.077 0.607 0.001 0.004 0.001 0.002 0.060 0.002 0.001 0.002 0.245 83 E 0.023 0.865 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.083 84 A 0.014 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.075 85 E 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 86 L 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 87 E 0.036 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 88 N 0.066 0.864 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.019 89 L 0.385 0.485 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.066 90 P 0.021 0.051 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.872 91 A 0.015 0.029 0.028 0.012 0.003 0.008 0.127 0.007 0.001 0.001 0.770 92 W 0.362 0.047 0.006 0.022 0.003 0.005 0.057 0.004 0.001 0.003 0.490 93 W 0.176 0.291 0.003 0.043 0.007 0.013 0.070 0.003 0.001 0.002 0.393 94 S 0.140 0.142 0.006 0.028 0.014 0.020 0.124 0.003 0.001 0.005 0.517 95 R 0.208 0.180 0.006 0.040 0.021 0.032 0.084 0.007 0.001 0.005 0.418 96 D 0.187 0.133 0.006 0.014 0.020 0.024 0.107 0.012 0.001 0.007 0.489 97 L 0.124 0.121 0.013 0.011 0.021 0.019 0.099 0.007 0.001 0.008 0.578 98 A 0.077 0.109 0.004 0.009 0.022 0.027 0.174 0.008 0.001 0.013 0.557 99 R 0.186 0.099 0.007 0.011 0.027 0.037 0.190 0.013 0.001 0.030 0.401 100 K 0.316 0.157 0.020 0.030 0.038 0.066 0.082 0.013 0.001 0.025 0.252 101 D 0.157 0.080 0.038 0.082 0.156 0.146 0.061 0.009 0.001 0.012 0.259 102 F 0.031 0.020 0.016 0.166 0.271 0.299 0.040 0.002 0.001 0.003 0.152 103 L 0.005 0.008 0.003 0.219 0.273 0.418 0.019 0.001 0.001 0.001 0.052 104 F 0.001 0.006 0.001 0.369 0.231 0.344 0.012 0.001 0.001 0.001 0.035 105 Y 0.002 0.008 0.001 0.381 0.209 0.275 0.022 0.001 0.001 0.001 0.101 106 T 0.006 0.006 0.001 0.293 0.166 0.324 0.035 0.001 0.001 0.002 0.165 107 E 0.008 0.005 0.002 0.144 0.073 0.249 0.124 0.001 0.001 0.005 0.389 108 G 0.049 0.002 0.002 0.043 0.023 0.048 0.149 0.003 0.001 0.018 0.662 109 L 0.094 0.004 0.028 0.022 0.005 0.012 0.133 0.001 0.001 0.010 0.692 110 D 0.020 0.002 0.001 0.008 0.004 0.004 0.094 0.001 0.001 0.001 0.865 111 V 0.090 0.007 0.003 0.007 0.002 0.004 0.081 0.001 0.001 0.006 0.799 112 D 0.030 0.027 0.001 0.004 0.002 0.004 0.256 0.001 0.001 0.003 0.671 113 Q 0.043 0.079 0.001 0.002 0.002 0.002 0.189 0.001 0.001 0.005 0.676 114 V 0.052 0.496 0.001 0.002 0.002 0.006 0.188 0.002 0.001 0.006 0.245 115 I 0.044 0.797 0.001 0.003 0.006 0.010 0.061 0.009 0.001 0.005 0.064 116 A 0.027 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 117 T 0.022 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.028 118 V 0.043 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.026 119 E 0.058 0.823 0.011 0.001 0.001 0.003 0.008 0.021 0.001 0.001 0.074 120 S 0.102 0.677 0.023 0.003 0.004 0.006 0.020 0.051 0.001 0.001 0.114 121 L 0.176 0.543 0.008 0.004 0.004 0.003 0.009 0.033 0.001 0.001 0.217 122 E 0.187 0.414 0.020 0.008 0.010 0.013 0.070 0.042 0.001 0.008 0.228 123 L 0.177 0.296 0.047 0.010 0.012 0.018 0.060 0.023 0.001 0.005 0.354 124 K 0.135 0.228 0.012 0.016 0.012 0.014 0.048 0.017 0.001 0.003 0.514 125 D 0.128 0.097 0.014 0.017 0.016 0.023 0.088 0.009 0.001 0.012 0.595 126 E 0.128 0.071 0.019 0.038 0.046 0.054 0.163 0.008 0.001 0.013 0.461 127 V 0.137 0.090 0.017 0.078 0.084 0.105 0.181 0.006 0.001 0.011 0.290 128 L 0.060 0.094 0.007 0.161 0.201 0.229 0.067 0.003 0.001 0.004 0.173 129 Y 0.027 0.087 0.003 0.132 0.197 0.272 0.056 0.003 0.001 0.003 0.219 130 F 0.025 0.068 0.003 0.097 0.183 0.281 0.050 0.005 0.001 0.003 0.285 131 G 0.038 0.039 0.003 0.084 0.145 0.242 0.080 0.007 0.001 0.007 0.354 132 K 0.043 0.009 0.011 0.044 0.049 0.075 0.075 0.003 0.001 0.013 0.677 133 L 0.043 0.004 0.015 0.095 0.084 0.115 0.139 0.002 0.001 0.015 0.490 134 G 0.049 0.003 0.010 0.177 0.148 0.195 0.107 0.001 0.001 0.011 0.298 135 I 0.009 0.005 0.002 0.298 0.255 0.317 0.037 0.001 0.001 0.002 0.074 136 F 0.002 0.006 0.001 0.269 0.239 0.386 0.021 0.001 0.001 0.001 0.074 137 W 0.004 0.007 0.001 0.262 0.243 0.381 0.018 0.001 0.001 0.001 0.083 138 G 0.008 0.008 0.001 0.181 0.168 0.330 0.045 0.001 0.001 0.003 0.255 139 K 0.011 0.005 0.004 0.114 0.131 0.266 0.081 0.001 0.001 0.005 0.382 140 F 0.007 0.003 0.002 0.054 0.053 0.121 0.084 0.001 0.001 0.005 0.670 141 S 0.025 0.005 0.001 0.033 0.043 0.070 0.164 0.001 0.001 0.009 0.649 142 E 0.126 0.013 0.002 0.012 0.014 0.017 0.107 0.002 0.001 0.012 0.695 143 E 0.154 0.038 0.005 0.011 0.020 0.026 0.184 0.002 0.001 0.015 0.545 144 S 0.135 0.043 0.005 0.014 0.030 0.042 0.276 0.002 0.001 0.014 0.439 145 Y 0.106 0.081 0.009 0.017 0.027 0.043 0.125 0.003 0.001 0.009 0.579 146 S 0.081 0.089 0.006 0.016 0.050 0.063 0.161 0.004 0.001 0.011 0.520 147 K 0.105 0.069 0.005 0.010 0.031 0.044 0.211 0.005 0.001 0.015 0.504 148 T 0.193 0.126 0.009 0.021 0.046 0.055 0.174 0.010 0.001 0.019 0.346 149 A 0.088 0.130 0.015 0.018 0.028 0.034 0.175 0.005 0.001 0.013 0.495 150 Y 0.057 0.105 0.005 0.021 0.047 0.068 0.298 0.008 0.001 0.015 0.375 151 H 0.191 0.153 0.012 0.031 0.033 0.063 0.114 0.009 0.001 0.016 0.379 152 K 0.077 0.190 0.008 0.030 0.051 0.061 0.114 0.009 0.001 0.008 0.453 153 Y 0.133 0.134 0.008 0.031 0.048 0.057 0.100 0.007 0.001 0.008 0.473 154 L 0.183 0.137 0.011 0.040 0.063 0.082 0.075 0.010 0.001 0.006 0.392 155 L 0.092 0.117 0.011 0.096 0.102 0.170 0.077 0.011 0.001 0.006 0.318 156 K 0.080 0.060 0.014 0.057 0.067 0.144 0.071 0.008 0.001 0.005 0.494 157 V 0.081 0.027 0.013 0.100 0.094 0.142 0.046 0.004 0.001 0.002 0.490 158 P 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 159 F 0.020 0.004 0.002 0.084 0.052 0.159 0.119 0.001 0.001 0.006 0.554 160 Y 0.193 0.017 0.003 0.067 0.041 0.086 0.085 0.002 0.001 0.012 0.494 161 R 0.111 0.058 0.002 0.100 0.054 0.076 0.076 0.002 0.001 0.005 0.516 162 H 0.054 0.033 0.005 0.072 0.042 0.089 0.066 0.001 0.001 0.005 0.632 163 I 0.042 0.052 0.003 0.173 0.156 0.227 0.088 0.001 0.001 0.004 0.252 164 T 0.029 0.110 0.005 0.085 0.092 0.176 0.111 0.002 0.001 0.004 0.388 165 I 0.037 0.187 0.004 0.103 0.121 0.206 0.064 0.002 0.001 0.004 0.271 166 R 0.030 0.223 0.003 0.051 0.046 0.147 0.157 0.003 0.001 0.007 0.333 167 N 0.086 0.248 0.008 0.020 0.029 0.052 0.129 0.009 0.001 0.008 0.409 168 A 0.129 0.442 0.023 0.017 0.008 0.019 0.072 0.008 0.001 0.007 0.275 169 K 0.036 0.365 0.007 0.011 0.008 0.012 0.146 0.012 0.001 0.007 0.396 170 T 0.088 0.348 0.012 0.002 0.002 0.002 0.154 0.005 0.001 0.004 0.383 171 F 0.013 0.807 0.006 0.002 0.001 0.002 0.041 0.003 0.001 0.001 0.124 172 D 0.006 0.816 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.005 0.001 0.002 0.116 173 K 0.011 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.052 174 I 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 175 G 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 176 Q 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 177 M 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 178 L 0.030 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.006 179 K 0.123 0.800 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.029 180 K 0.063 0.495 0.196 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.198