# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.031 0.036 0.025 0.038 0.131 0.018 0.615 2 T 0.106 0.026 0.038 0.032 0.042 0.183 0.017 0.555 3 R 0.040 0.042 0.070 0.043 0.053 0.144 0.007 0.601 4 Y 0.034 0.098 0.071 0.072 0.104 0.213 0.007 0.401 5 A 0.038 0.189 0.184 0.147 0.196 0.103 0.008 0.134 6 L 0.017 0.320 0.176 0.165 0.176 0.038 0.005 0.103 7 L 0.012 0.327 0.205 0.146 0.202 0.027 0.007 0.074 8 V 0.012 0.403 0.151 0.165 0.179 0.019 0.008 0.063 9 R 0.014 0.382 0.151 0.177 0.186 0.014 0.013 0.063 10 G 0.070 0.081 0.141 0.102 0.191 0.057 0.042 0.316 11 I 0.088 0.092 0.252 0.182 0.120 0.031 0.025 0.209 12 N 0.031 0.055 0.157 0.110 0.139 0.072 0.026 0.410 13 V 0.036 0.060 0.187 0.092 0.119 0.054 0.014 0.438 14 G 0.029 0.039 0.119 0.061 0.083 0.199 0.019 0.451 15 G 0.104 0.020 0.052 0.017 0.027 0.155 0.032 0.594 16 K 0.114 0.028 0.128 0.015 0.019 0.143 0.011 0.541 17 N 0.060 0.022 0.088 0.033 0.035 0.196 0.019 0.547 18 K 0.229 0.015 0.043 0.019 0.036 0.104 0.018 0.536 19 V 0.051 0.029 0.273 0.056 0.062 0.156 0.007 0.366 20 V 0.019 0.030 0.034 0.027 0.059 0.379 0.004 0.448 21 M 0.037 0.093 0.048 0.013 0.115 0.088 0.004 0.602 22 A 0.016 0.059 0.007 0.003 0.015 0.185 0.003 0.712 23 E 0.045 0.077 0.002 0.001 0.002 0.349 0.006 0.518 24 L 0.121 0.628 0.001 0.001 0.002 0.023 0.007 0.217 25 R 0.008 0.928 0.003 0.001 0.003 0.005 0.002 0.051 26 Q 0.007 0.909 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.071 27 E 0.031 0.909 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.049 28 L 0.018 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023 29 T 0.010 0.955 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 30 N 0.061 0.863 0.005 0.002 0.001 0.002 0.025 0.042 31 L 0.201 0.633 0.026 0.007 0.003 0.003 0.072 0.055 32 G 0.500 0.089 0.025 0.011 0.006 0.018 0.136 0.215 33 L 0.046 0.068 0.553 0.025 0.023 0.040 0.013 0.231 34 E 0.026 0.056 0.078 0.064 0.067 0.173 0.009 0.529 35 K 0.038 0.019 0.066 0.022 0.026 0.130 0.009 0.689 36 V 0.080 0.055 0.269 0.066 0.079 0.173 0.010 0.269 37 E 0.010 0.072 0.591 0.137 0.084 0.028 0.002 0.076 38 S 0.006 0.063 0.162 0.199 0.283 0.038 0.005 0.244 39 Y 0.010 0.071 0.317 0.129 0.307 0.025 0.004 0.137 40 I 0.006 0.219 0.260 0.222 0.197 0.026 0.004 0.067 41 N 0.030 0.144 0.171 0.117 0.209 0.189 0.036 0.104 42 S 0.128 0.124 0.151 0.093 0.110 0.052 0.061 0.280 43 G 0.120 0.057 0.248 0.103 0.070 0.053 0.103 0.247 44 N 0.227 0.003 0.090 0.023 0.040 0.264 0.040 0.313 45 I 0.047 0.010 0.361 0.186 0.145 0.058 0.013 0.180 46 F 0.047 0.007 0.175 0.130 0.410 0.097 0.004 0.129 47 F 0.017 0.005 0.427 0.186 0.230 0.052 0.005 0.079 48 T 0.024 0.011 0.277 0.188 0.250 0.061 0.004 0.186 49 S 0.022 0.008 0.129 0.110 0.254 0.099 0.007 0.372 50 I 0.016 0.003 0.032 0.017 0.058 0.106 0.004 0.767 51 D 0.019 0.003 0.010 0.006 0.017 0.496 0.004 0.444 52 S 0.066 0.007 0.004 0.002 0.006 0.496 0.005 0.414 53 K 0.029 0.035 0.004 0.001 0.005 0.068 0.002 0.855 54 A 0.012 0.068 0.003 0.001 0.003 0.299 0.002 0.612 55 Q 0.038 0.219 0.001 0.001 0.002 0.488 0.003 0.249 56 L 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 57 V 0.002 0.962 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.028 58 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 59 K 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 60 L 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 61 E 0.004 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 62 T 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 63 F 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 64 F 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 65 A 0.009 0.961 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.019 66 V 0.048 0.863 0.006 0.004 0.002 0.002 0.030 0.045 67 H 0.117 0.661 0.030 0.008 0.006 0.006 0.066 0.106 68 Y 0.090 0.303 0.076 0.049 0.027 0.024 0.040 0.391 69 P 0.002 0.004 0.006 0.003 0.002 0.006 0.002 0.975 70 F 0.045 0.019 0.086 0.064 0.071 0.087 0.015 0.614 71 I 0.095 0.018 0.098 0.069 0.063 0.111 0.013 0.535 72 Q 0.027 0.008 0.145 0.122 0.122 0.072 0.005 0.499 73 S 0.018 0.007 0.269 0.137 0.146 0.068 0.005 0.351 74 F 0.032 0.005 0.370 0.175 0.215 0.038 0.004 0.160 75 S 0.015 0.004 0.446 0.185 0.259 0.028 0.003 0.060 76 L 0.013 0.007 0.343 0.175 0.298 0.025 0.004 0.134 77 L 0.018 0.003 0.599 0.105 0.141 0.055 0.004 0.075 78 S 0.021 0.006 0.077 0.061 0.094 0.318 0.005 0.417 79 L 0.010 0.005 0.054 0.005 0.116 0.027 0.002 0.780 80 E 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.322 0.001 0.663 81 D 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.923 0.001 0.067 82 F 0.187 0.562 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.229 83 E 0.001 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 84 A 0.003 0.912 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.074 85 E 0.024 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 86 L 0.016 0.951 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.025 87 E 0.020 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 88 N 0.205 0.625 0.005 0.001 0.001 0.001 0.114 0.049 89 L 0.557 0.223 0.038 0.003 0.001 0.002 0.096 0.079 90 P 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 91 A 0.013 0.028 0.075 0.015 0.032 0.189 0.006 0.641 92 W 0.098 0.049 0.051 0.006 0.009 0.125 0.007 0.655 93 W 0.085 0.137 0.059 0.007 0.012 0.135 0.006 0.560 94 S 0.162 0.176 0.051 0.010 0.012 0.198 0.010 0.380 95 R 0.212 0.224 0.029 0.010 0.016 0.083 0.016 0.410 96 D 0.117 0.267 0.013 0.013 0.025 0.104 0.017 0.443 97 L 0.155 0.203 0.015 0.011 0.025 0.099 0.020 0.473 98 A 0.114 0.236 0.010 0.011 0.019 0.241 0.026 0.343 99 R 0.291 0.185 0.016 0.015 0.023 0.138 0.047 0.285 100 K 0.150 0.282 0.048 0.033 0.030 0.104 0.028 0.326 101 D 0.098 0.122 0.091 0.068 0.073 0.121 0.036 0.392 102 F 0.124 0.068 0.238 0.160 0.205 0.064 0.015 0.126 103 L 0.023 0.026 0.282 0.232 0.327 0.025 0.005 0.080 104 F 0.007 0.013 0.296 0.277 0.303 0.014 0.003 0.088 105 Y 0.007 0.010 0.347 0.209 0.319 0.019 0.004 0.085 106 T 0.009 0.016 0.208 0.226 0.344 0.036 0.004 0.158 107 E 0.019 0.009 0.168 0.098 0.282 0.082 0.008 0.333 108 G 0.069 0.009 0.053 0.047 0.088 0.149 0.019 0.566 109 L 0.248 0.006 0.050 0.016 0.036 0.162 0.015 0.467 110 D 0.031 0.010 0.011 0.013 0.016 0.116 0.005 0.797 111 V 0.033 0.012 0.016 0.006 0.022 0.088 0.005 0.818 112 D 0.023 0.025 0.008 0.004 0.012 0.404 0.004 0.519 113 Q 0.070 0.074 0.005 0.003 0.007 0.350 0.005 0.486 114 V 0.048 0.459 0.004 0.003 0.005 0.201 0.004 0.276 115 I 0.027 0.823 0.005 0.003 0.006 0.036 0.004 0.098 116 A 0.008 0.945 0.002 0.002 0.003 0.007 0.002 0.031 117 T 0.026 0.904 0.002 0.003 0.005 0.006 0.006 0.048 118 V 0.030 0.898 0.007 0.003 0.009 0.003 0.005 0.043 119 E 0.028 0.830 0.005 0.005 0.009 0.023 0.011 0.089 120 S 0.070 0.763 0.006 0.005 0.006 0.019 0.019 0.111 121 L 0.129 0.693 0.009 0.004 0.008 0.011 0.017 0.129 122 E 0.123 0.495 0.013 0.009 0.011 0.098 0.035 0.215 123 L 0.214 0.321 0.023 0.014 0.014 0.072 0.052 0.290 124 K 0.233 0.237 0.021 0.012 0.016 0.063 0.037 0.380 125 D 0.081 0.121 0.050 0.019 0.019 0.081 0.026 0.604 126 E 0.137 0.106 0.106 0.052 0.072 0.160 0.022 0.344 127 V 0.083 0.134 0.093 0.073 0.124 0.115 0.012 0.366 128 L 0.039 0.116 0.182 0.159 0.206 0.055 0.011 0.231 129 Y 0.033 0.111 0.114 0.192 0.177 0.055 0.009 0.308 130 F 0.027 0.065 0.096 0.163 0.241 0.045 0.013 0.350 131 G 0.035 0.038 0.080 0.123 0.238 0.088 0.020 0.378 132 K 0.038 0.016 0.049 0.082 0.094 0.109 0.020 0.592 133 L 0.067 0.011 0.059 0.089 0.098 0.132 0.019 0.526 134 G 0.153 0.009 0.137 0.134 0.197 0.123 0.017 0.230 135 I 0.025 0.007 0.353 0.289 0.230 0.029 0.005 0.061 136 F 0.007 0.005 0.237 0.260 0.368 0.020 0.002 0.101 137 W 0.004 0.003 0.261 0.241 0.417 0.013 0.001 0.059 138 G 0.006 0.005 0.189 0.249 0.341 0.040 0.004 0.166 139 K 0.016 0.004 0.212 0.159 0.275 0.056 0.005 0.273 140 F 0.015 0.005 0.077 0.070 0.157 0.110 0.004 0.563 141 S 0.023 0.007 0.032 0.035 0.099 0.113 0.007 0.683 142 E 0.041 0.010 0.015 0.012 0.027 0.106 0.008 0.782 143 E 0.085 0.017 0.012 0.009 0.014 0.450 0.015 0.398 144 S 0.277 0.073 0.019 0.017 0.020 0.187 0.023 0.383 145 Y 0.166 0.134 0.050 0.020 0.037 0.120 0.013 0.460 146 S 0.064 0.116 0.039 0.034 0.056 0.190 0.015 0.486 147 K 0.087 0.076 0.030 0.017 0.036 0.063 0.012 0.680 148 T 0.086 0.106 0.023 0.021 0.046 0.306 0.013 0.399 149 A 0.140 0.112 0.024 0.021 0.040 0.202 0.017 0.444 150 Y 0.106 0.312 0.025 0.028 0.049 0.125 0.012 0.344 151 H 0.096 0.288 0.033 0.034 0.071 0.122 0.020 0.336 152 K 0.105 0.302 0.029 0.041 0.057 0.072 0.022 0.371 153 Y 0.196 0.267 0.030 0.049 0.059 0.075 0.038 0.286 154 L 0.239 0.178 0.050 0.068 0.085 0.075 0.030 0.276 155 L 0.134 0.147 0.086 0.134 0.182 0.054 0.029 0.235 156 K 0.086 0.097 0.074 0.108 0.187 0.068 0.041 0.340 157 V 0.063 0.030 0.118 0.152 0.143 0.042 0.011 0.440 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 F 0.011 0.003 0.062 0.083 0.191 0.083 0.006 0.561 160 Y 0.169 0.007 0.090 0.063 0.052 0.069 0.015 0.536 161 R 0.078 0.007 0.221 0.095 0.112 0.066 0.007 0.414 162 H 0.021 0.006 0.183 0.063 0.078 0.058 0.002 0.588 163 I 0.025 0.009 0.375 0.090 0.137 0.061 0.004 0.300 164 T 0.014 0.012 0.257 0.095 0.110 0.106 0.005 0.400 165 I 0.019 0.036 0.258 0.085 0.134 0.066 0.005 0.397 166 R 0.018 0.065 0.177 0.065 0.105 0.149 0.004 0.416 167 N 0.025 0.069 0.033 0.024 0.047 0.283 0.010 0.508 168 A 0.047 0.397 0.054 0.022 0.047 0.055 0.006 0.372 169 K 0.028 0.264 0.010 0.008 0.015 0.271 0.008 0.395 170 T 0.086 0.446 0.005 0.004 0.006 0.209 0.012 0.232 171 F 0.018 0.938 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.033 172 D 0.002 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 173 K 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.036 174 I 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 175 G 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 176 Q 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 177 M 0.027 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 178 L 0.066 0.886 0.004 0.002 0.002 0.001 0.016 0.022 179 K 0.202 0.603 0.012 0.005 0.005 0.009 0.058 0.105 180 K 0.119 0.495 0.067 0.009 0.009 0.018 0.048 0.234