# TARGET T0299 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 77 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.065 0.014 0.002 0.054 0.005 0.015 0.844 3 R 0.170 0.010 0.007 0.123 0.178 0.046 0.467 4 Y 0.610 0.011 0.008 0.181 0.053 0.020 0.117 5 A 0.792 0.006 0.003 0.125 0.005 0.004 0.065 6 L 0.855 0.001 0.004 0.093 0.007 0.010 0.030 7 L 0.877 0.004 0.005 0.064 0.007 0.019 0.024 8 V 0.763 0.002 0.013 0.068 0.027 0.042 0.085 9 R 0.501 0.004 0.054 0.110 0.106 0.064 0.161 10 G 0.367 0.005 0.076 0.111 0.131 0.032 0.278 11 I 0.365 0.105 0.174 0.143 0.040 0.027 0.147 12 N 0.396 0.088 0.069 0.117 0.082 0.043 0.205 13 V 0.099 0.008 0.078 0.110 0.108 0.218 0.379 14 G 0.029 0.007 0.040 0.068 0.231 0.434 0.192 15 G 0.016 0.004 0.083 0.031 0.199 0.466 0.201 16 K 0.038 0.006 0.089 0.019 0.322 0.227 0.298 17 N 0.104 0.011 0.089 0.016 0.266 0.194 0.321 18 K 0.235 0.035 0.029 0.011 0.172 0.091 0.427 19 V 0.240 0.112 0.008 0.007 0.194 0.021 0.418 20 V 0.183 0.067 0.001 0.005 0.102 0.005 0.637 21 M 0.004 0.001 0.073 0.866 0.015 0.018 0.023 22 A 0.001 0.001 0.048 0.930 0.005 0.014 0.003 23 E 0.001 0.001 0.040 0.941 0.001 0.014 0.002 24 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.006 0.002 25 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 26 Q 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.002 27 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 28 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.007 0.003 29 T 0.001 0.001 0.010 0.951 0.003 0.031 0.004 30 N 0.001 0.001 0.014 0.861 0.009 0.109 0.006 31 L 0.001 0.001 0.013 0.445 0.015 0.521 0.006 32 G 0.001 0.001 0.005 0.035 0.018 0.922 0.018 33 L 0.027 0.010 0.017 0.025 0.087 0.105 0.729 34 E 0.175 0.032 0.054 0.035 0.166 0.089 0.448 35 K 0.292 0.014 0.050 0.029 0.198 0.128 0.290 36 V 0.579 0.009 0.014 0.018 0.052 0.027 0.301 37 E 0.763 0.005 0.009 0.024 0.073 0.010 0.116 38 S 0.876 0.005 0.007 0.026 0.018 0.005 0.062 39 Y 0.836 0.004 0.018 0.057 0.013 0.021 0.051 40 I 0.839 0.011 0.012 0.068 0.014 0.017 0.040 41 N 0.669 0.007 0.015 0.073 0.031 0.037 0.168 42 S 0.365 0.005 0.013 0.035 0.208 0.142 0.233 43 G 0.223 0.006 0.008 0.008 0.364 0.220 0.170 44 N 0.301 0.006 0.006 0.003 0.139 0.065 0.479 45 I 0.753 0.013 0.003 0.002 0.061 0.015 0.152 46 F 0.910 0.009 0.002 0.002 0.013 0.005 0.059 47 F 0.871 0.010 0.004 0.004 0.016 0.005 0.089 48 T 0.689 0.018 0.004 0.004 0.046 0.011 0.228 49 S 0.252 0.015 0.007 0.005 0.087 0.027 0.608 50 I 0.055 0.008 0.025 0.010 0.246 0.158 0.497 51 D 0.020 0.011 0.016 0.013 0.478 0.087 0.375 52 S 0.006 0.012 0.005 0.026 0.162 0.012 0.776 53 K 0.001 0.001 0.025 0.935 0.016 0.016 0.008 54 A 0.001 0.001 0.011 0.964 0.006 0.015 0.004 55 Q 0.001 0.001 0.008 0.973 0.003 0.012 0.004 56 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 57 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 58 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.003 60 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 65 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.002 66 V 0.001 0.001 0.003 0.961 0.002 0.032 0.001 67 H 0.001 0.001 0.005 0.923 0.006 0.060 0.005 68 Y 0.001 0.003 0.011 0.556 0.043 0.352 0.034 69 P 0.003 0.001 0.010 0.054 0.103 0.633 0.196 70 F 0.026 0.023 0.012 0.026 0.267 0.071 0.576 71 I 0.085 0.021 0.007 0.004 0.126 0.030 0.727 72 Q 0.154 0.005 0.003 0.003 0.111 0.008 0.717 73 S 0.494 0.001 0.001 0.002 0.299 0.004 0.197 74 F 0.973 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 75 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 76 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 L 0.832 0.005 0.001 0.001 0.018 0.001 0.143 78 S 0.139 0.002 0.001 0.001 0.110 0.002 0.746 79 L 0.001 0.001 0.029 0.881 0.038 0.030 0.021 80 E 0.001 0.001 0.019 0.953 0.010 0.014 0.003 81 D 0.001 0.001 0.018 0.964 0.002 0.012 0.002 82 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 0.002 83 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.002 84 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.011 0.003 85 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.008 0.004 86 L 0.001 0.001 0.012 0.964 0.003 0.015 0.004 87 E 0.001 0.001 0.014 0.784 0.006 0.192 0.004 88 N 0.001 0.001 0.010 0.605 0.016 0.357 0.012 89 L 0.001 0.003 0.007 0.118 0.331 0.058 0.482 90 P 0.002 0.005 0.060 0.120 0.165 0.248 0.400 91 A 0.004 0.011 0.204 0.152 0.131 0.230 0.268 92 W 0.006 0.009 0.317 0.104 0.142 0.159 0.263 93 W 0.020 0.008 0.288 0.135 0.093 0.202 0.254 94 S 0.032 0.015 0.242 0.146 0.130 0.153 0.282 95 R 0.035 0.024 0.127 0.106 0.167 0.117 0.424 96 D 0.036 0.015 0.077 0.085 0.158 0.172 0.456 97 L 0.035 0.010 0.080 0.065 0.225 0.219 0.366 98 A 0.044 0.012 0.094 0.042 0.184 0.289 0.333 99 R 0.100 0.011 0.104 0.029 0.217 0.240 0.298 100 K 0.266 0.014 0.048 0.016 0.196 0.068 0.393 101 D 0.597 0.017 0.015 0.008 0.076 0.014 0.273 102 F 0.873 0.008 0.005 0.005 0.013 0.005 0.091 103 L 0.946 0.003 0.003 0.004 0.006 0.004 0.034 104 F 0.956 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.028 105 Y 0.916 0.005 0.003 0.005 0.008 0.004 0.060 106 T 0.773 0.008 0.005 0.008 0.029 0.013 0.163 107 E 0.407 0.012 0.012 0.012 0.131 0.050 0.375 108 G 0.132 0.014 0.017 0.014 0.293 0.071 0.458 109 L 0.039 0.013 0.026 0.034 0.254 0.065 0.569 110 D 0.011 0.009 0.033 0.064 0.091 0.083 0.708 111 V 0.004 0.004 0.029 0.135 0.085 0.061 0.682 112 D 0.003 0.003 0.035 0.447 0.070 0.100 0.342 113 Q 0.003 0.003 0.042 0.688 0.044 0.095 0.126 114 V 0.004 0.003 0.033 0.736 0.045 0.058 0.122 115 I 0.007 0.005 0.021 0.839 0.037 0.035 0.057 116 A 0.012 0.002 0.017 0.855 0.023 0.041 0.050 117 T 0.007 0.003 0.021 0.840 0.018 0.066 0.044 118 V 0.009 0.004 0.031 0.786 0.028 0.077 0.064 119 E 0.009 0.003 0.054 0.722 0.031 0.124 0.057 120 S 0.007 0.002 0.056 0.578 0.049 0.227 0.081 121 L 0.006 0.006 0.051 0.376 0.132 0.226 0.202 122 E 0.012 0.008 0.054 0.210 0.150 0.216 0.351 123 L 0.023 0.007 0.064 0.118 0.189 0.252 0.347 124 K 0.049 0.007 0.077 0.121 0.185 0.265 0.296 125 D 0.128 0.010 0.073 0.095 0.205 0.153 0.337 126 E 0.407 0.018 0.049 0.089 0.122 0.041 0.274 127 V 0.752 0.017 0.016 0.044 0.031 0.012 0.128 128 L 0.841 0.009 0.010 0.030 0.014 0.011 0.084 129 Y 0.862 0.010 0.007 0.021 0.012 0.023 0.066 130 F 0.700 0.012 0.008 0.016 0.036 0.050 0.178 131 G 0.347 0.009 0.017 0.007 0.198 0.180 0.242 132 K 0.062 0.002 0.016 0.002 0.353 0.492 0.073 133 L 0.191 0.003 0.015 0.001 0.307 0.313 0.169 134 G 0.894 0.007 0.001 0.001 0.013 0.004 0.080 135 I 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 136 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 137 W 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 138 G 0.910 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.073 139 K 0.659 0.012 0.002 0.002 0.053 0.010 0.261 140 F 0.316 0.018 0.016 0.007 0.132 0.096 0.416 141 S 0.086 0.016 0.071 0.023 0.195 0.427 0.182 142 E 0.049 0.012 0.074 0.030 0.300 0.351 0.184 143 E 0.060 0.014 0.073 0.063 0.231 0.289 0.270 144 S 0.078 0.024 0.048 0.074 0.229 0.285 0.262 145 Y 0.072 0.022 0.050 0.136 0.243 0.152 0.326 146 S 0.098 0.027 0.058 0.235 0.148 0.144 0.291 147 K 0.064 0.020 0.067 0.392 0.082 0.146 0.229 148 T 0.045 0.011 0.045 0.461 0.086 0.063 0.290 149 A 0.023 0.005 0.060 0.680 0.037 0.062 0.133 150 Y 0.015 0.004 0.052 0.728 0.035 0.087 0.078 151 H 0.014 0.004 0.062 0.739 0.023 0.088 0.070 152 K 0.013 0.003 0.073 0.724 0.038 0.097 0.053 153 Y 0.021 0.003 0.076 0.730 0.034 0.091 0.046 154 L 0.020 0.006 0.066 0.753 0.029 0.077 0.049 155 L 0.041 0.011 0.037 0.703 0.037 0.087 0.084 156 K 0.057 0.007 0.049 0.571 0.054 0.131 0.131 157 V 0.072 0.007 0.046 0.531 0.116 0.094 0.133 158 P 0.095 0.011 0.051 0.436 0.067 0.136 0.203 159 F 0.053 0.012 0.046 0.278 0.114 0.316 0.179 160 Y 0.057 0.008 0.025 0.134 0.186 0.274 0.316 161 R 0.093 0.010 0.011 0.133 0.311 0.047 0.394 162 H 0.242 0.030 0.008 0.215 0.082 0.036 0.386 163 I 0.282 0.014 0.018 0.300 0.074 0.043 0.269 164 T 0.311 0.013 0.026 0.393 0.074 0.048 0.134 165 I 0.263 0.007 0.022 0.450 0.048 0.056 0.154 166 R 0.080 0.009 0.027 0.557 0.066 0.075 0.185 167 N 0.053 0.007 0.006 0.640 0.085 0.035 0.173 168 A 0.009 0.002 0.008 0.828 0.029 0.036 0.089 169 K 0.003 0.001 0.005 0.914 0.021 0.030 0.026 170 T 0.001 0.001 0.005 0.949 0.005 0.028 0.011 171 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.005 0.004 0.004 172 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 173 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 175 G 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.004 0.960 0.001 0.033 0.001 177 M 0.001 0.001 0.008 0.904 0.007 0.075 0.006 178 L 0.004 0.005 0.012 0.715 0.089 0.122 0.053 179 K 0.006 0.011 0.019 0.253 0.004 0.380 0.327 180 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995