# TARGET T0299 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.219 0.105 0.307 0.088 0.097 0.027 0.060 0.037 0.032 0.026 0.001 2 T 0.683 0.045 0.153 0.069 0.015 0.017 0.007 0.004 0.002 0.003 0.002 3 R 0.687 0.152 0.068 0.059 0.019 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 4 Y 0.480 0.328 0.084 0.044 0.036 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 5 A 0.451 0.371 0.097 0.017 0.018 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 L 0.238 0.529 0.109 0.017 0.052 0.030 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 7 L 0.251 0.427 0.152 0.050 0.032 0.050 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 8 V 0.134 0.517 0.167 0.063 0.060 0.028 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 9 R 0.281 0.292 0.124 0.114 0.104 0.026 0.034 0.007 0.014 0.004 0.001 10 G 0.069 0.321 0.131 0.051 0.341 0.018 0.028 0.008 0.018 0.014 0.001 11 I 0.075 0.714 0.105 0.014 0.047 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 12 N 0.139 0.184 0.289 0.030 0.010 0.266 0.013 0.001 0.063 0.003 0.002 13 V 0.150 0.183 0.050 0.290 0.007 0.073 0.013 0.001 0.232 0.001 0.001 14 G 0.056 0.004 0.054 0.037 0.030 0.003 0.283 0.083 0.003 0.445 0.001 15 G 0.105 0.008 0.047 0.047 0.055 0.007 0.111 0.368 0.001 0.246 0.006 16 K 0.337 0.075 0.199 0.314 0.033 0.010 0.018 0.006 0.002 0.005 0.002 17 N 0.011 0.015 0.042 0.182 0.019 0.052 0.618 0.040 0.019 0.001 0.001 18 K 0.142 0.347 0.123 0.145 0.041 0.065 0.111 0.003 0.021 0.002 0.001 19 V 0.010 0.680 0.212 0.007 0.030 0.020 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 20 V 0.006 0.030 0.886 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 M 0.840 0.018 0.048 0.015 0.016 0.033 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 22 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 N 0.968 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.274 0.002 0.011 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.053 0.001 0.007 0.022 0.005 0.003 0.328 0.543 0.003 0.035 0.001 33 L 0.242 0.119 0.380 0.085 0.012 0.130 0.009 0.002 0.016 0.003 0.001 34 E 0.686 0.047 0.081 0.153 0.016 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 35 K 0.123 0.046 0.035 0.494 0.054 0.031 0.160 0.033 0.023 0.001 0.001 36 V 0.013 0.468 0.434 0.006 0.012 0.047 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 37 E 0.312 0.399 0.083 0.134 0.020 0.034 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 38 S 0.026 0.738 0.070 0.012 0.140 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 Y 0.026 0.726 0.071 0.008 0.069 0.027 0.003 0.001 0.069 0.001 0.001 40 I 0.052 0.583 0.199 0.014 0.027 0.073 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 41 N 0.080 0.318 0.136 0.109 0.094 0.111 0.052 0.004 0.091 0.004 0.001 42 S 0.079 0.314 0.197 0.099 0.252 0.011 0.012 0.012 0.007 0.016 0.002 43 G 0.034 0.049 0.070 0.023 0.348 0.003 0.045 0.161 0.003 0.262 0.001 44 N 0.062 0.342 0.302 0.057 0.123 0.050 0.024 0.002 0.025 0.003 0.009 45 I 0.015 0.753 0.129 0.004 0.059 0.018 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 46 F 0.043 0.733 0.136 0.009 0.013 0.037 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 47 F 0.029 0.684 0.137 0.012 0.049 0.058 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 48 T 0.068 0.471 0.099 0.100 0.137 0.046 0.012 0.001 0.064 0.001 0.001 49 S 0.095 0.189 0.270 0.051 0.272 0.037 0.019 0.009 0.026 0.030 0.002 50 I 0.598 0.059 0.068 0.212 0.017 0.019 0.007 0.003 0.009 0.006 0.001 51 D 0.357 0.051 0.132 0.265 0.062 0.037 0.056 0.010 0.020 0.008 0.001 52 S 0.182 0.074 0.268 0.106 0.063 0.140 0.033 0.008 0.105 0.017 0.005 53 K 0.970 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.978 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.977 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.602 0.009 0.006 0.376 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 68 Y 0.044 0.093 0.137 0.008 0.018 0.015 0.048 0.001 0.634 0.002 0.001 69 P 0.521 0.003 0.337 0.055 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.053 70 F 0.120 0.254 0.231 0.154 0.153 0.040 0.013 0.009 0.022 0.004 0.001 71 I 0.040 0.294 0.494 0.035 0.034 0.056 0.005 0.001 0.039 0.001 0.002 72 Q 0.044 0.384 0.405 0.025 0.080 0.032 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 73 S 0.070 0.485 0.287 0.057 0.051 0.036 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 74 F 0.001 0.857 0.026 0.002 0.102 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 75 S 0.001 0.806 0.114 0.001 0.013 0.031 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 76 L 0.001 0.785 0.135 0.001 0.023 0.035 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 77 L 0.010 0.596 0.175 0.030 0.087 0.067 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 78 S 0.001 0.139 0.685 0.001 0.106 0.049 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 79 L 0.982 0.002 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.965 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.460 0.001 0.001 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.051 0.037 0.417 0.018 0.002 0.032 0.039 0.001 0.401 0.001 0.001 90 P 0.729 0.004 0.210 0.037 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 91 A 0.484 0.061 0.186 0.147 0.041 0.024 0.015 0.019 0.011 0.011 0.001 92 W 0.566 0.060 0.207 0.096 0.017 0.030 0.003 0.002 0.014 0.002 0.002 93 W 0.591 0.070 0.106 0.175 0.024 0.016 0.005 0.003 0.007 0.003 0.001 94 S 0.493 0.093 0.115 0.204 0.028 0.027 0.016 0.008 0.013 0.003 0.001 95 R 0.450 0.148 0.168 0.118 0.048 0.025 0.014 0.005 0.019 0.006 0.001 96 D 0.357 0.058 0.191 0.154 0.019 0.110 0.051 0.007 0.047 0.003 0.002 97 L 0.595 0.077 0.115 0.116 0.021 0.019 0.023 0.005 0.025 0.003 0.001 98 A 0.652 0.031 0.147 0.096 0.016 0.014 0.021 0.010 0.004 0.008 0.002 99 R 0.535 0.078 0.085 0.205 0.027 0.018 0.029 0.011 0.010 0.003 0.001 100 K 0.235 0.346 0.179 0.119 0.067 0.016 0.017 0.004 0.015 0.002 0.001 101 D 0.133 0.313 0.273 0.095 0.037 0.061 0.044 0.002 0.040 0.001 0.001 102 F 0.034 0.676 0.181 0.014 0.045 0.024 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 103 L 0.028 0.771 0.127 0.007 0.022 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 104 F 0.028 0.733 0.152 0.008 0.027 0.032 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 105 Y 0.030 0.695 0.116 0.015 0.074 0.035 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 106 T 0.086 0.520 0.157 0.060 0.099 0.038 0.005 0.001 0.031 0.002 0.001 107 E 0.118 0.236 0.301 0.174 0.071 0.032 0.033 0.003 0.026 0.004 0.001 108 G 0.053 0.024 0.108 0.036 0.126 0.006 0.111 0.303 0.009 0.223 0.001 109 L 0.130 0.159 0.610 0.021 0.027 0.024 0.005 0.002 0.016 0.003 0.004 110 D 0.121 0.088 0.586 0.047 0.011 0.098 0.015 0.004 0.019 0.005 0.007 111 V 0.638 0.080 0.172 0.069 0.012 0.014 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 112 D 0.714 0.028 0.144 0.053 0.011 0.022 0.009 0.007 0.008 0.003 0.001 113 Q 0.959 0.004 0.013 0.014 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 114 V 0.967 0.003 0.009 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.966 0.006 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.968 0.005 0.009 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.915 0.009 0.015 0.047 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 V 0.911 0.008 0.014 0.061 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 E 0.932 0.008 0.020 0.028 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 120 S 0.835 0.007 0.025 0.115 0.004 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 121 L 0.709 0.024 0.090 0.145 0.004 0.013 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 122 E 0.597 0.071 0.128 0.112 0.014 0.021 0.028 0.004 0.023 0.003 0.001 123 L 0.370 0.068 0.328 0.140 0.009 0.041 0.018 0.004 0.017 0.003 0.002 124 K 0.562 0.068 0.182 0.067 0.028 0.008 0.044 0.021 0.005 0.015 0.001 125 D 0.410 0.068 0.157 0.201 0.035 0.032 0.061 0.021 0.010 0.003 0.001 126 E 0.192 0.452 0.230 0.040 0.047 0.019 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 127 V 0.160 0.600 0.154 0.017 0.016 0.030 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 128 L 0.184 0.560 0.163 0.022 0.023 0.027 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 129 Y 0.130 0.493 0.166 0.031 0.066 0.053 0.012 0.001 0.046 0.001 0.001 130 F 0.113 0.331 0.205 0.165 0.062 0.033 0.021 0.003 0.063 0.003 0.001 131 G 0.062 0.028 0.090 0.016 0.139 0.003 0.027 0.136 0.004 0.493 0.001 132 K 0.281 0.123 0.176 0.208 0.078 0.033 0.059 0.012 0.011 0.013 0.006 133 L 0.076 0.225 0.161 0.255 0.095 0.028 0.114 0.016 0.026 0.004 0.002 134 G 0.014 0.428 0.215 0.008 0.308 0.006 0.003 0.004 0.004 0.007 0.001 135 I 0.005 0.892 0.043 0.002 0.045 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 136 F 0.008 0.755 0.144 0.004 0.033 0.032 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 137 W 0.020 0.744 0.079 0.022 0.081 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 138 G 0.024 0.433 0.136 0.023 0.297 0.031 0.017 0.004 0.026 0.007 0.001 139 K 0.029 0.591 0.230 0.018 0.056 0.024 0.005 0.001 0.044 0.001 0.001 140 F 0.120 0.153 0.587 0.034 0.012 0.063 0.007 0.002 0.015 0.003 0.003 141 S 0.185 0.219 0.208 0.135 0.090 0.051 0.050 0.011 0.038 0.012 0.001 142 E 0.392 0.106 0.128 0.125 0.091 0.018 0.064 0.031 0.019 0.024 0.001 143 E 0.428 0.090 0.219 0.203 0.019 0.015 0.009 0.004 0.010 0.002 0.001 144 S 0.309 0.093 0.173 0.195 0.087 0.028 0.052 0.030 0.014 0.019 0.001 145 Y 0.438 0.123 0.152 0.167 0.040 0.027 0.019 0.007 0.019 0.006 0.001 146 S 0.407 0.138 0.241 0.109 0.044 0.025 0.010 0.004 0.015 0.005 0.001 147 K 0.524 0.108 0.163 0.112 0.020 0.036 0.015 0.003 0.016 0.002 0.001 148 T 0.456 0.132 0.224 0.104 0.033 0.022 0.008 0.003 0.014 0.003 0.001 149 A 0.752 0.040 0.087 0.055 0.023 0.010 0.009 0.010 0.005 0.008 0.001 150 Y 0.672 0.043 0.068 0.140 0.017 0.017 0.017 0.005 0.015 0.005 0.001 151 H 0.726 0.034 0.053 0.124 0.007 0.022 0.021 0.004 0.008 0.002 0.001 152 K 0.682 0.057 0.076 0.136 0.011 0.012 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 153 Y 0.565 0.086 0.129 0.104 0.030 0.014 0.045 0.012 0.013 0.002 0.001 154 L 0.619 0.079 0.122 0.131 0.006 0.023 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 155 L 0.304 0.229 0.247 0.128 0.032 0.030 0.011 0.002 0.014 0.003 0.001 156 K 0.182 0.193 0.259 0.172 0.029 0.061 0.057 0.006 0.036 0.004 0.001 157 V 0.053 0.289 0.537 0.003 0.008 0.015 0.004 0.001 0.090 0.001 0.001 158 P 0.244 0.010 0.689 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 159 F 0.302 0.096 0.252 0.189 0.022 0.033 0.075 0.009 0.016 0.005 0.001 160 Y 0.116 0.048 0.095 0.098 0.107 0.019 0.252 0.214 0.008 0.042 0.001 161 R 0.094 0.430 0.327 0.038 0.060 0.020 0.005 0.002 0.023 0.003 0.001 162 H 0.157 0.172 0.508 0.056 0.013 0.067 0.009 0.002 0.013 0.001 0.002 163 I 0.121 0.469 0.177 0.050 0.122 0.029 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 164 T 0.221 0.427 0.230 0.026 0.061 0.019 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 165 I 0.534 0.258 0.084 0.043 0.038 0.016 0.004 0.003 0.015 0.005 0.001 166 R 0.709 0.099 0.149 0.016 0.007 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 167 N 0.759 0.033 0.082 0.039 0.005 0.042 0.016 0.002 0.021 0.001 0.001 168 A 0.980 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 T 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 Q 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.962 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.667 0.007 0.032 0.286 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 179 K 0.277 0.012 0.094 0.305 0.005 0.061 0.208 0.021 0.015 0.002 0.001 180 K 0.234 0.165 0.338 0.092 0.044 0.031 0.046 0.017 0.021 0.011 0.001