# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.111 0.025 0.074 0.126 0.080 0.039 0.519 2 T 0.014 0.281 0.032 0.103 0.236 0.063 0.099 0.171 3 R 0.003 0.173 0.063 0.108 0.273 0.039 0.209 0.131 4 Y 0.002 0.146 0.077 0.316 0.273 0.010 0.145 0.030 5 A 0.005 0.078 0.177 0.228 0.238 0.014 0.214 0.046 6 L 0.006 0.040 0.289 0.245 0.256 0.020 0.111 0.034 7 L 0.021 0.028 0.317 0.152 0.268 0.035 0.115 0.065 8 V 0.028 0.028 0.137 0.120 0.165 0.087 0.149 0.286 9 R 0.026 0.024 0.146 0.109 0.222 0.115 0.104 0.255 10 G 0.021 0.016 0.128 0.046 0.108 0.158 0.116 0.407 11 I 0.021 0.012 0.253 0.104 0.101 0.113 0.093 0.303 12 N 0.131 0.021 0.195 0.030 0.048 0.114 0.110 0.351 13 V 0.070 0.015 0.104 0.030 0.038 0.153 0.102 0.487 14 G 0.045 0.014 0.051 0.009 0.020 0.133 0.037 0.690 15 G 0.187 0.049 0.028 0.014 0.029 0.103 0.098 0.491 16 K 0.052 0.045 0.021 0.020 0.031 0.121 0.042 0.668 17 N 0.019 0.107 0.046 0.044 0.092 0.082 0.059 0.549 18 K 0.040 0.202 0.029 0.042 0.055 0.094 0.041 0.497 19 V 0.044 0.291 0.095 0.097 0.052 0.068 0.067 0.284 20 V 0.024 0.762 0.010 0.007 0.008 0.016 0.041 0.131 21 M 0.031 0.933 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 22 A 0.008 0.942 0.003 0.002 0.001 0.004 0.013 0.026 23 E 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 24 L 0.033 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 25 R 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 26 Q 0.002 0.123 0.001 0.001 0.001 0.004 0.846 0.023 27 E 0.113 0.632 0.011 0.001 0.001 0.029 0.080 0.133 28 L 0.134 0.212 0.060 0.011 0.005 0.082 0.191 0.305 29 T 0.219 0.122 0.008 0.001 0.003 0.046 0.052 0.550 30 N 0.243 0.070 0.005 0.001 0.001 0.063 0.027 0.590 31 L 0.019 0.046 0.059 0.005 0.003 0.227 0.037 0.603 32 G 0.082 0.122 0.029 0.003 0.005 0.104 0.091 0.564 33 L 0.104 0.153 0.054 0.002 0.003 0.081 0.081 0.523 34 E 0.014 0.059 0.184 0.006 0.005 0.079 0.456 0.197 35 K 0.019 0.206 0.052 0.004 0.006 0.075 0.340 0.297 36 V 0.035 0.358 0.061 0.007 0.009 0.120 0.107 0.303 37 E 0.024 0.335 0.133 0.016 0.027 0.071 0.147 0.247 38 S 0.034 0.212 0.218 0.018 0.052 0.042 0.329 0.095 39 Y 0.034 0.155 0.196 0.039 0.056 0.073 0.252 0.197 40 I 0.029 0.038 0.482 0.073 0.049 0.076 0.116 0.136 41 N 0.043 0.049 0.204 0.028 0.053 0.169 0.083 0.370 42 S 0.046 0.040 0.126 0.017 0.051 0.185 0.062 0.473 43 G 0.046 0.022 0.107 0.041 0.093 0.182 0.076 0.433 44 N 0.027 0.007 0.164 0.093 0.176 0.115 0.167 0.253 45 I 0.008 0.006 0.127 0.152 0.255 0.066 0.083 0.302 46 F 0.010 0.006 0.194 0.183 0.313 0.054 0.054 0.186 47 F 0.022 0.005 0.158 0.168 0.228 0.086 0.046 0.286 48 T 0.044 0.010 0.077 0.102 0.124 0.119 0.112 0.412 49 S 0.131 0.066 0.025 0.017 0.026 0.129 0.083 0.523 50 I 0.102 0.148 0.009 0.005 0.007 0.133 0.028 0.567 51 D 0.045 0.244 0.008 0.005 0.004 0.068 0.045 0.581 52 S 0.033 0.907 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.032 53 K 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.012 54 A 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.015 55 Q 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 56 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 57 V 0.015 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.102 0.003 58 E 0.001 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.007 59 K 0.002 0.889 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 0.012 60 L 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 61 E 0.009 0.938 0.005 0.001 0.001 0.004 0.024 0.019 62 T 0.049 0.817 0.005 0.001 0.001 0.012 0.050 0.066 63 F 0.183 0.361 0.080 0.004 0.002 0.033 0.250 0.088 64 F 0.333 0.165 0.045 0.006 0.006 0.051 0.162 0.231 65 A 0.171 0.014 0.022 0.001 0.002 0.051 0.051 0.688 66 V 0.020 0.007 0.029 0.004 0.005 0.099 0.038 0.798 67 H 0.025 0.003 0.030 0.003 0.004 0.080 0.024 0.829 68 Y 0.175 0.004 0.016 0.007 0.010 0.120 0.036 0.632 69 P 0.027 0.003 0.045 0.007 0.013 0.126 0.037 0.742 70 F 0.015 0.004 0.107 0.014 0.036 0.144 0.046 0.635 71 I 0.009 0.003 0.206 0.035 0.049 0.135 0.100 0.462 72 Q 0.004 0.003 0.330 0.073 0.078 0.080 0.089 0.343 73 S 0.003 0.002 0.592 0.062 0.098 0.040 0.068 0.135 74 F 0.003 0.002 0.523 0.114 0.155 0.024 0.070 0.108 75 S 0.003 0.009 0.683 0.070 0.128 0.013 0.033 0.062 76 L 0.011 0.036 0.394 0.154 0.168 0.041 0.036 0.161 77 L 0.006 0.042 0.469 0.114 0.079 0.053 0.078 0.159 78 S 0.039 0.812 0.014 0.006 0.008 0.017 0.047 0.056 79 L 0.075 0.863 0.007 0.001 0.001 0.007 0.026 0.022 80 E 0.010 0.884 0.005 0.002 0.001 0.010 0.027 0.061 81 D 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.016 82 F 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 83 E 0.030 0.911 0.004 0.001 0.001 0.002 0.036 0.015 84 A 0.056 0.330 0.043 0.003 0.002 0.015 0.412 0.139 85 E 0.302 0.251 0.037 0.003 0.002 0.035 0.222 0.147 86 L 0.750 0.016 0.021 0.001 0.001 0.021 0.047 0.144 87 E 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.043 0.009 0.917 88 N 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.035 0.004 0.947 89 L 0.146 0.060 0.011 0.004 0.003 0.193 0.030 0.553 90 P 0.127 0.038 0.029 0.004 0.004 0.129 0.073 0.596 91 A 0.173 0.063 0.022 0.003 0.005 0.096 0.058 0.581 92 W 0.167 0.073 0.061 0.008 0.009 0.107 0.091 0.486 93 W 0.095 0.056 0.038 0.010 0.010 0.104 0.039 0.649 94 S 0.065 0.042 0.024 0.009 0.015 0.097 0.046 0.702 95 R 0.052 0.021 0.021 0.013 0.015 0.104 0.063 0.711 96 D 0.256 0.031 0.020 0.015 0.026 0.092 0.093 0.467 97 L 0.189 0.014 0.019 0.011 0.018 0.108 0.066 0.575 98 A 0.033 0.010 0.030 0.021 0.055 0.129 0.030 0.693 99 R 0.008 0.006 0.048 0.029 0.110 0.124 0.041 0.633 100 K 0.002 0.003 0.126 0.133 0.293 0.081 0.050 0.311 101 D 0.003 0.002 0.203 0.282 0.348 0.026 0.052 0.084 102 F 0.002 0.002 0.225 0.267 0.291 0.023 0.058 0.131 103 L 0.002 0.002 0.387 0.205 0.316 0.013 0.025 0.050 104 F 0.004 0.002 0.223 0.280 0.363 0.019 0.042 0.068 105 Y 0.042 0.006 0.165 0.163 0.201 0.064 0.053 0.305 106 T 0.130 0.009 0.053 0.105 0.124 0.079 0.094 0.406 107 E 0.048 0.017 0.017 0.011 0.023 0.154 0.033 0.697 108 G 0.029 0.027 0.016 0.008 0.016 0.120 0.035 0.748 109 L 0.025 0.080 0.014 0.015 0.009 0.115 0.032 0.709 110 D 0.109 0.695 0.004 0.003 0.003 0.023 0.034 0.129 111 V 0.053 0.894 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.031 112 D 0.046 0.861 0.004 0.001 0.001 0.008 0.020 0.058 113 Q 0.032 0.238 0.024 0.005 0.004 0.022 0.575 0.102 114 V 0.038 0.684 0.009 0.002 0.003 0.021 0.185 0.058 115 I 0.231 0.594 0.009 0.001 0.002 0.018 0.049 0.095 116 A 0.024 0.312 0.017 0.009 0.008 0.055 0.128 0.446 117 T 0.019 0.455 0.008 0.002 0.004 0.045 0.125 0.342 118 V 0.116 0.727 0.006 0.002 0.001 0.021 0.050 0.077 119 E 0.117 0.509 0.026 0.012 0.009 0.045 0.063 0.218 120 S 0.161 0.274 0.015 0.002 0.004 0.052 0.079 0.413 121 L 0.150 0.145 0.056 0.008 0.006 0.086 0.122 0.426 122 E 0.112 0.056 0.028 0.005 0.006 0.096 0.044 0.653 123 L 0.056 0.053 0.008 0.002 0.003 0.069 0.027 0.782 124 K 0.051 0.158 0.015 0.005 0.009 0.105 0.032 0.625 125 D 0.068 0.208 0.029 0.017 0.028 0.078 0.095 0.475 126 E 0.032 0.140 0.047 0.085 0.110 0.068 0.068 0.450 127 V 0.021 0.026 0.086 0.139 0.233 0.073 0.086 0.336 128 L 0.038 0.013 0.063 0.222 0.183 0.087 0.052 0.342 129 Y 0.037 0.008 0.059 0.114 0.221 0.084 0.060 0.417 130 F 0.021 0.004 0.029 0.036 0.071 0.104 0.041 0.695 131 G 0.110 0.016 0.029 0.073 0.109 0.136 0.079 0.449 132 K 0.018 0.009 0.029 0.054 0.116 0.120 0.045 0.609 133 L 0.004 0.007 0.157 0.124 0.380 0.069 0.054 0.204 134 G 0.002 0.006 0.182 0.186 0.381 0.025 0.076 0.142 135 I 0.006 0.005 0.254 0.337 0.235 0.024 0.031 0.109 136 F 0.028 0.009 0.296 0.244 0.232 0.025 0.052 0.113 137 W 0.020 0.013 0.145 0.132 0.211 0.071 0.077 0.331 138 G 0.048 0.026 0.093 0.070 0.119 0.092 0.051 0.500 139 K 0.041 0.027 0.050 0.080 0.096 0.144 0.046 0.515 140 F 0.025 0.018 0.040 0.035 0.038 0.100 0.057 0.688 141 S 0.509 0.097 0.011 0.018 0.019 0.047 0.068 0.231 142 E 0.144 0.043 0.013 0.013 0.017 0.087 0.115 0.567 143 E 0.044 0.033 0.012 0.010 0.021 0.097 0.031 0.751 144 S 0.081 0.029 0.014 0.019 0.034 0.093 0.157 0.572 145 Y 0.035 0.044 0.017 0.022 0.025 0.165 0.070 0.623 146 S 0.049 0.144 0.019 0.018 0.042 0.102 0.046 0.581 147 K 0.033 0.187 0.011 0.016 0.018 0.082 0.064 0.589 148 T 0.051 0.754 0.011 0.007 0.010 0.027 0.040 0.100 149 A 0.047 0.717 0.013 0.011 0.011 0.033 0.039 0.129 150 Y 0.042 0.753 0.020 0.008 0.009 0.021 0.051 0.098 151 H 0.104 0.759 0.010 0.005 0.007 0.013 0.049 0.054 152 K 0.110 0.335 0.045 0.022 0.027 0.045 0.140 0.274 153 Y 0.189 0.174 0.024 0.026 0.040 0.063 0.087 0.396 154 L 0.162 0.029 0.021 0.024 0.025 0.080 0.080 0.579 155 L 0.016 0.011 0.017 0.024 0.046 0.124 0.050 0.711 156 K 0.026 0.005 0.017 0.011 0.020 0.072 0.038 0.811 157 V 0.314 0.010 0.011 0.023 0.019 0.088 0.037 0.500 158 P 0.070 0.007 0.026 0.015 0.025 0.088 0.045 0.724 159 F 0.012 0.004 0.048 0.018 0.065 0.154 0.025 0.675 160 Y 0.009 0.004 0.089 0.048 0.079 0.093 0.083 0.596 161 R 0.010 0.017 0.126 0.145 0.094 0.090 0.089 0.430 162 H 0.011 0.026 0.276 0.054 0.098 0.089 0.069 0.377 163 I 0.016 0.039 0.258 0.153 0.132 0.050 0.113 0.239 164 T 0.024 0.180 0.318 0.063 0.094 0.030 0.139 0.152 165 I 0.048 0.250 0.184 0.064 0.095 0.050 0.091 0.218 166 R 0.020 0.071 0.080 0.074 0.063 0.045 0.493 0.156 167 N 0.021 0.729 0.009 0.005 0.008 0.021 0.128 0.078 168 A 0.011 0.849 0.006 0.003 0.005 0.023 0.024 0.079 169 K 0.006 0.826 0.012 0.018 0.010 0.013 0.050 0.063 170 T 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 171 F 0.019 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.043 0.006 172 D 0.006 0.899 0.006 0.006 0.003 0.004 0.055 0.020 173 K 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 174 I 0.023 0.936 0.007 0.001 0.001 0.003 0.019 0.010 175 G 0.066 0.705 0.042 0.010 0.005 0.010 0.102 0.058 176 Q 0.127 0.307 0.018 0.005 0.005 0.032 0.088 0.418 177 M 0.281 0.078 0.056 0.012 0.009 0.061 0.192 0.311 178 L 0.194 0.020 0.016 0.008 0.007 0.079 0.106 0.571 179 K 0.039 0.005 0.002 0.001 0.002 0.040 0.015 0.896 180 K 0.017 0.006 0.005 0.003 0.005 0.079 0.016 0.869