# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.380 0.130 0.062 0.136 0.095 0.069 0.058 0.027 0.022 0.013 0.008 2 T 0.090 0.161 0.072 0.209 0.193 0.130 0.092 0.027 0.015 0.007 0.003 3 R 0.008 0.026 0.031 0.100 0.188 0.236 0.224 0.103 0.052 0.023 0.009 4 Y 0.004 0.006 0.006 0.030 0.045 0.092 0.260 0.190 0.183 0.120 0.065 5 A 0.004 0.008 0.014 0.026 0.015 0.022 0.098 0.135 0.223 0.257 0.198 6 L 0.004 0.006 0.022 0.023 0.024 0.032 0.107 0.156 0.252 0.231 0.145 7 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.009 0.018 0.086 0.143 0.237 0.255 0.235 8 V 0.001 0.002 0.009 0.015 0.015 0.025 0.102 0.173 0.280 0.254 0.123 9 R 0.001 0.003 0.011 0.021 0.035 0.090 0.256 0.223 0.197 0.111 0.052 10 G 0.010 0.020 0.048 0.033 0.025 0.043 0.122 0.146 0.193 0.189 0.170 11 I 0.002 0.009 0.017 0.025 0.018 0.025 0.101 0.139 0.234 0.247 0.184 12 N 0.008 0.014 0.017 0.035 0.041 0.065 0.150 0.161 0.200 0.170 0.141 13 V 0.015 0.024 0.023 0.033 0.031 0.040 0.092 0.113 0.185 0.215 0.230 14 G 0.039 0.062 0.039 0.126 0.129 0.141 0.187 0.111 0.092 0.049 0.024 15 G 0.196 0.111 0.060 0.131 0.113 0.119 0.120 0.060 0.046 0.028 0.017 16 K 0.166 0.200 0.083 0.193 0.157 0.097 0.059 0.021 0.013 0.007 0.004 17 N 0.089 0.094 0.040 0.108 0.099 0.119 0.147 0.092 0.097 0.070 0.044 18 K 0.095 0.089 0.067 0.166 0.159 0.147 0.141 0.063 0.041 0.021 0.010 19 V 0.089 0.047 0.056 0.061 0.054 0.068 0.162 0.147 0.158 0.098 0.059 20 V 0.013 0.085 0.106 0.213 0.162 0.139 0.128 0.060 0.048 0.029 0.018 21 M 0.007 0.012 0.047 0.054 0.084 0.125 0.254 0.159 0.138 0.077 0.043 22 A 0.243 0.096 0.319 0.169 0.082 0.046 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 23 E 0.008 0.035 0.265 0.330 0.199 0.101 0.047 0.010 0.004 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.009 0.073 0.117 0.248 0.278 0.263 25 R 0.001 0.002 0.031 0.094 0.220 0.297 0.232 0.070 0.036 0.015 0.004 26 Q 0.028 0.044 0.831 0.068 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.003 0.012 0.043 0.132 0.280 0.392 0.091 0.032 0.011 0.004 28 L 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.019 0.048 0.178 0.332 0.409 29 T 0.002 0.011 0.097 0.250 0.333 0.195 0.084 0.018 0.006 0.002 0.001 30 N 0.033 0.079 0.790 0.076 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.002 0.002 0.011 0.034 0.124 0.435 0.207 0.107 0.058 0.018 32 G 0.315 0.383 0.080 0.136 0.047 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.043 0.071 0.167 0.211 0.487 34 E 0.198 0.296 0.186 0.211 0.069 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 35 K 0.072 0.231 0.075 0.341 0.171 0.075 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.063 0.189 0.296 0.426 37 E 0.011 0.078 0.061 0.319 0.290 0.166 0.059 0.010 0.004 0.001 0.001 38 S 0.002 0.006 0.005 0.015 0.019 0.035 0.124 0.185 0.243 0.215 0.152 39 Y 0.003 0.004 0.005 0.034 0.047 0.086 0.199 0.184 0.185 0.146 0.105 40 I 0.002 0.004 0.004 0.010 0.013 0.024 0.091 0.141 0.223 0.245 0.243 41 N 0.011 0.025 0.027 0.090 0.108 0.103 0.155 0.136 0.158 0.113 0.073 42 S 0.008 0.022 0.017 0.071 0.085 0.116 0.198 0.173 0.159 0.099 0.052 43 G 0.049 0.051 0.025 0.140 0.155 0.152 0.179 0.107 0.078 0.044 0.020 44 N 0.017 0.030 0.020 0.093 0.104 0.121 0.187 0.135 0.130 0.093 0.071 45 I 0.003 0.005 0.005 0.015 0.021 0.036 0.105 0.150 0.232 0.233 0.194 46 F 0.008 0.020 0.016 0.055 0.068 0.090 0.186 0.168 0.183 0.126 0.081 47 F 0.002 0.004 0.003 0.013 0.022 0.039 0.119 0.164 0.245 0.224 0.165 48 T 0.051 0.129 0.069 0.269 0.216 0.121 0.077 0.030 0.021 0.010 0.007 49 S 0.097 0.098 0.045 0.144 0.141 0.136 0.154 0.076 0.058 0.033 0.016 50 I 0.342 0.151 0.060 0.177 0.098 0.066 0.057 0.025 0.014 0.007 0.004 51 D 0.330 0.209 0.061 0.123 0.095 0.070 0.068 0.027 0.012 0.004 0.002 52 S 0.099 0.484 0.087 0.133 0.065 0.050 0.040 0.020 0.013 0.007 0.004 53 K 0.075 0.043 0.056 0.164 0.248 0.226 0.130 0.034 0.015 0.005 0.002 54 A 0.629 0.164 0.133 0.051 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.004 0.034 0.138 0.548 0.194 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 56 L 0.002 0.004 0.013 0.007 0.010 0.028 0.138 0.183 0.265 0.213 0.136 57 V 0.001 0.004 0.117 0.126 0.238 0.286 0.185 0.032 0.009 0.002 0.001 58 E 0.007 0.027 0.872 0.072 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.001 0.007 0.050 0.109 0.192 0.294 0.269 0.055 0.017 0.004 0.001 60 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.004 0.053 0.112 0.279 0.311 0.231 61 E 0.001 0.002 0.082 0.158 0.263 0.281 0.164 0.033 0.012 0.004 0.001 62 T 0.004 0.026 0.790 0.127 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.001 0.002 0.010 0.012 0.039 0.152 0.470 0.175 0.096 0.034 0.008 64 F 0.001 0.002 0.018 0.007 0.006 0.011 0.079 0.123 0.239 0.275 0.241 65 A 0.005 0.038 0.267 0.264 0.233 0.122 0.052 0.013 0.005 0.002 0.001 66 V 0.044 0.110 0.504 0.172 0.083 0.050 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 67 H 0.055 0.076 0.057 0.102 0.113 0.156 0.245 0.097 0.061 0.028 0.010 68 Y 0.032 0.029 0.013 0.038 0.044 0.079 0.204 0.161 0.173 0.137 0.092 69 P 0.502 0.219 0.080 0.094 0.043 0.025 0.016 0.007 0.006 0.004 0.003 70 F 0.057 0.043 0.026 0.066 0.068 0.098 0.170 0.129 0.144 0.113 0.086 71 I 0.138 0.173 0.068 0.162 0.124 0.097 0.094 0.053 0.045 0.027 0.020 72 Q 0.045 0.046 0.027 0.104 0.139 0.154 0.194 0.126 0.094 0.048 0.024 73 S 0.042 0.075 0.061 0.161 0.181 0.182 0.162 0.069 0.041 0.019 0.009 74 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.023 0.090 0.137 0.243 0.249 0.237 75 S 0.005 0.006 0.006 0.017 0.021 0.034 0.126 0.148 0.210 0.209 0.217 76 L 0.002 0.003 0.005 0.008 0.010 0.019 0.082 0.141 0.250 0.264 0.217 77 L 0.002 0.005 0.006 0.025 0.051 0.081 0.190 0.207 0.199 0.147 0.088 78 S 0.010 0.288 0.073 0.219 0.121 0.086 0.087 0.048 0.037 0.020 0.012 79 L 0.006 0.012 0.012 0.093 0.258 0.283 0.214 0.075 0.032 0.011 0.004 80 E 0.902 0.055 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.003 0.020 0.042 0.288 0.268 0.191 0.131 0.037 0.014 0.005 0.002 82 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.036 0.085 0.227 0.316 0.325 83 E 0.001 0.004 0.055 0.188 0.300 0.288 0.126 0.025 0.010 0.003 0.001 84 A 0.017 0.039 0.831 0.079 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.006 0.016 0.042 0.144 0.400 0.189 0.117 0.059 0.026 86 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.009 0.086 0.151 0.273 0.277 0.193 87 E 0.005 0.040 0.429 0.302 0.154 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 88 N 0.096 0.119 0.517 0.143 0.070 0.037 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 89 L 0.004 0.008 0.005 0.016 0.025 0.063 0.231 0.214 0.222 0.146 0.066 90 P 0.078 0.056 0.027 0.044 0.055 0.094 0.191 0.144 0.150 0.103 0.059 91 A 0.204 0.130 0.092 0.108 0.087 0.080 0.101 0.062 0.065 0.043 0.028 92 W 0.144 0.117 0.068 0.141 0.112 0.109 0.119 0.075 0.061 0.035 0.018 93 W 0.046 0.030 0.015 0.047 0.067 0.102 0.173 0.154 0.160 0.125 0.081 94 S 0.208 0.228 0.078 0.150 0.097 0.077 0.070 0.038 0.029 0.015 0.009 95 R 0.230 0.098 0.073 0.125 0.112 0.109 0.111 0.059 0.045 0.027 0.012 96 D 0.472 0.228 0.059 0.100 0.046 0.030 0.028 0.014 0.012 0.007 0.005 97 L 0.161 0.071 0.038 0.095 0.086 0.097 0.134 0.099 0.097 0.073 0.050 98 A 0.233 0.180 0.076 0.169 0.113 0.084 0.072 0.030 0.023 0.012 0.008 99 R 0.041 0.101 0.143 0.250 0.184 0.117 0.083 0.037 0.025 0.012 0.006 100 K 0.021 0.039 0.053 0.124 0.153 0.172 0.200 0.107 0.075 0.040 0.016 101 D 0.012 0.032 0.030 0.150 0.177 0.179 0.205 0.102 0.068 0.031 0.012 102 F 0.001 0.002 0.003 0.007 0.010 0.019 0.080 0.129 0.240 0.277 0.234 103 L 0.004 0.012 0.022 0.073 0.104 0.120 0.216 0.161 0.145 0.091 0.051 104 F 0.002 0.005 0.006 0.016 0.021 0.033 0.106 0.161 0.255 0.235 0.160 105 Y 0.002 0.005 0.006 0.029 0.048 0.067 0.154 0.179 0.209 0.173 0.129 106 T 0.017 0.037 0.030 0.131 0.179 0.191 0.205 0.103 0.069 0.027 0.011 107 E 0.177 0.123 0.071 0.181 0.146 0.115 0.109 0.040 0.023 0.010 0.004 108 G 0.343 0.172 0.069 0.172 0.094 0.058 0.048 0.021 0.013 0.007 0.004 109 L 0.010 0.008 0.004 0.014 0.027 0.051 0.171 0.195 0.223 0.177 0.120 110 D 0.142 0.712 0.057 0.069 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 V 0.036 0.035 0.017 0.079 0.152 0.211 0.216 0.115 0.080 0.041 0.018 112 D 0.768 0.122 0.040 0.041 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.047 0.134 0.142 0.390 0.165 0.074 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 114 V 0.007 0.008 0.008 0.015 0.024 0.058 0.174 0.187 0.218 0.178 0.123 115 I 0.007 0.011 0.059 0.108 0.174 0.249 0.238 0.086 0.044 0.018 0.006 116 A 0.029 0.058 0.778 0.094 0.025 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.005 0.022 0.076 0.132 0.161 0.216 0.235 0.078 0.044 0.021 0.010 118 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.020 0.095 0.152 0.261 0.260 0.194 119 E 0.062 0.109 0.396 0.226 0.122 0.053 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 120 S 0.103 0.137 0.420 0.186 0.075 0.040 0.025 0.007 0.005 0.002 0.001 121 L 0.017 0.013 0.011 0.026 0.040 0.090 0.221 0.177 0.179 0.137 0.089 122 E 0.221 0.229 0.138 0.165 0.099 0.066 0.049 0.016 0.010 0.005 0.003 123 L 0.047 0.069 0.111 0.083 0.082 0.102 0.149 0.102 0.109 0.084 0.063 124 K 0.322 0.228 0.118 0.162 0.081 0.044 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 125 D 0.408 0.216 0.066 0.137 0.074 0.045 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 126 E 0.037 0.024 0.015 0.051 0.068 0.104 0.194 0.152 0.161 0.116 0.079 127 V 0.045 0.092 0.091 0.263 0.205 0.141 0.094 0.033 0.021 0.009 0.005 128 L 0.006 0.011 0.021 0.032 0.038 0.059 0.138 0.152 0.210 0.190 0.142 129 Y 0.012 0.041 0.065 0.187 0.197 0.175 0.160 0.071 0.049 0.027 0.016 130 F 0.009 0.014 0.012 0.030 0.034 0.053 0.140 0.153 0.212 0.189 0.153 131 G 0.064 0.061 0.046 0.159 0.171 0.150 0.160 0.081 0.057 0.032 0.019 132 K 0.252 0.185 0.109 0.183 0.111 0.065 0.050 0.020 0.014 0.007 0.004 133 L 0.015 0.024 0.015 0.071 0.089 0.115 0.201 0.159 0.157 0.101 0.054 134 G 0.009 0.019 0.013 0.051 0.064 0.095 0.180 0.160 0.174 0.135 0.099 135 I 0.002 0.004 0.003 0.012 0.015 0.028 0.108 0.163 0.251 0.235 0.177 136 F 0.003 0.006 0.009 0.023 0.030 0.048 0.133 0.169 0.221 0.200 0.157 137 W 0.003 0.008 0.008 0.024 0.028 0.037 0.098 0.147 0.231 0.231 0.186 138 G 0.014 0.017 0.013 0.066 0.092 0.116 0.196 0.171 0.168 0.100 0.048 139 K 0.041 0.076 0.054 0.180 0.162 0.146 0.151 0.085 0.063 0.030 0.012 140 F 0.016 0.026 0.018 0.073 0.111 0.152 0.222 0.156 0.130 0.069 0.028 141 S 0.040 0.064 0.029 0.081 0.080 0.090 0.159 0.135 0.143 0.104 0.075 142 E 0.388 0.193 0.071 0.141 0.091 0.051 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 143 E 0.478 0.178 0.061 0.117 0.062 0.039 0.031 0.014 0.011 0.006 0.003 144 S 0.279 0.145 0.040 0.126 0.102 0.087 0.085 0.052 0.042 0.026 0.016 145 Y 0.040 0.030 0.016 0.056 0.069 0.103 0.184 0.160 0.163 0.112 0.066 146 S 0.150 0.219 0.097 0.120 0.094 0.082 0.089 0.054 0.046 0.030 0.020 147 K 0.093 0.084 0.059 0.173 0.165 0.141 0.118 0.062 0.052 0.034 0.017 148 T 0.054 0.054 0.030 0.071 0.080 0.097 0.166 0.132 0.151 0.102 0.063 149 A 0.070 0.101 0.113 0.261 0.178 0.114 0.089 0.036 0.023 0.012 0.005 150 Y 0.011 0.012 0.011 0.024 0.027 0.041 0.119 0.156 0.235 0.211 0.153 151 H 0.010 0.011 0.020 0.053 0.088 0.136 0.224 0.168 0.155 0.088 0.045 152 K 0.042 0.050 0.185 0.218 0.149 0.116 0.118 0.051 0.040 0.021 0.009 153 Y 0.013 0.028 0.090 0.121 0.135 0.169 0.214 0.107 0.071 0.037 0.016 154 L 0.004 0.005 0.015 0.021 0.026 0.048 0.138 0.163 0.238 0.198 0.143 155 L 0.008 0.019 0.037 0.053 0.064 0.093 0.192 0.160 0.164 0.126 0.083 156 K 0.107 0.158 0.307 0.225 0.111 0.049 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 157 V 0.076 0.073 0.046 0.121 0.110 0.132 0.184 0.105 0.081 0.047 0.025 158 P 0.249 0.143 0.063 0.147 0.112 0.089 0.086 0.043 0.034 0.021 0.012 159 F 0.048 0.048 0.026 0.072 0.078 0.101 0.182 0.129 0.143 0.102 0.070 160 Y 0.054 0.069 0.050 0.134 0.139 0.130 0.144 0.093 0.088 0.060 0.039 161 R 0.044 0.069 0.056 0.127 0.143 0.145 0.159 0.106 0.080 0.045 0.025 162 H 0.053 0.066 0.048 0.169 0.179 0.170 0.163 0.072 0.045 0.024 0.013 163 I 0.009 0.011 0.008 0.026 0.029 0.044 0.128 0.159 0.219 0.208 0.159 164 T 0.022 0.025 0.026 0.066 0.071 0.084 0.160 0.141 0.162 0.131 0.113 165 I 0.022 0.019 0.026 0.030 0.029 0.038 0.095 0.120 0.188 0.206 0.226 166 R 0.007 0.022 0.022 0.071 0.088 0.114 0.197 0.148 0.153 0.110 0.068 167 N 0.007 0.021 0.019 0.057 0.063 0.092 0.186 0.162 0.171 0.133 0.088 168 A 0.101 0.070 0.072 0.109 0.129 0.143 0.165 0.085 0.065 0.039 0.023 169 K 0.139 0.102 0.091 0.184 0.152 0.128 0.116 0.047 0.025 0.011 0.005 170 T 0.001 0.007 0.017 0.028 0.024 0.035 0.109 0.132 0.245 0.229 0.174 171 F 0.002 0.004 0.028 0.022 0.030 0.055 0.158 0.147 0.198 0.188 0.167 172 D 0.078 0.064 0.422 0.231 0.109 0.053 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 173 K 0.001 0.007 0.052 0.111 0.184 0.258 0.270 0.074 0.030 0.010 0.003 174 I 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.004 0.028 0.063 0.193 0.306 0.387 175 G 0.001 0.002 0.038 0.058 0.110 0.231 0.350 0.115 0.060 0.028 0.008 176 Q 0.002 0.020 0.721 0.173 0.055 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 177 M 0.001 0.003 0.023 0.014 0.039 0.139 0.411 0.170 0.117 0.060 0.023 178 L 0.003 0.007 0.041 0.019 0.015 0.025 0.124 0.142 0.221 0.221 0.181 179 K 0.054 0.144 0.433 0.187 0.099 0.048 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 180 K 0.232 0.183 0.308 0.161 0.061 0.033 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001