# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.027 0.013 0.007 0.008 0.010 0.022 0.002 0.001 0.003 0.815 2 T 0.045 0.019 0.019 0.047 0.040 0.074 0.112 0.003 0.001 0.008 0.633 3 R 0.091 0.015 0.027 0.111 0.092 0.129 0.076 0.001 0.001 0.010 0.448 4 Y 0.011 0.023 0.002 0.414 0.173 0.241 0.059 0.001 0.001 0.001 0.075 5 A 0.004 0.043 0.001 0.450 0.166 0.249 0.018 0.001 0.001 0.001 0.068 6 L 0.001 0.031 0.001 0.555 0.166 0.233 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 7 L 0.001 0.092 0.001 0.378 0.159 0.284 0.009 0.001 0.001 0.001 0.076 8 V 0.016 0.115 0.002 0.248 0.150 0.417 0.014 0.003 0.001 0.003 0.033 9 R 0.014 0.076 0.003 0.149 0.229 0.407 0.035 0.012 0.001 0.003 0.072 10 G 0.070 0.031 0.011 0.123 0.167 0.199 0.033 0.036 0.001 0.013 0.316 11 I 0.024 0.011 0.220 0.106 0.186 0.227 0.053 0.005 0.001 0.006 0.162 12 N 0.012 0.006 0.006 0.156 0.201 0.190 0.134 0.004 0.001 0.003 0.289 13 V 0.013 0.003 0.015 0.078 0.039 0.053 0.041 0.001 0.001 0.003 0.754 14 G 0.008 0.006 0.001 0.118 0.064 0.146 0.287 0.001 0.001 0.006 0.362 15 G 0.124 0.007 0.002 0.038 0.021 0.033 0.246 0.001 0.001 0.038 0.491 16 K 0.207 0.041 0.007 0.068 0.021 0.030 0.169 0.002 0.001 0.021 0.434 17 N 0.057 0.032 0.003 0.038 0.032 0.035 0.192 0.001 0.001 0.009 0.601 18 K 0.162 0.052 0.005 0.025 0.016 0.035 0.143 0.002 0.001 0.013 0.547 19 V 0.142 0.100 0.018 0.037 0.038 0.082 0.105 0.002 0.001 0.006 0.468 20 V 0.102 0.079 0.006 0.019 0.027 0.058 0.134 0.002 0.001 0.003 0.570 21 M 0.026 0.065 0.004 0.017 0.006 0.033 0.044 0.001 0.001 0.001 0.802 22 A 0.006 0.095 0.001 0.006 0.004 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.842 23 E 0.044 0.240 0.001 0.002 0.001 0.003 0.306 0.002 0.001 0.003 0.398 24 L 0.024 0.833 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 0.002 0.001 0.001 0.113 25 R 0.018 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.030 26 Q 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 27 E 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 28 L 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 T 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 N 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 31 L 0.136 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.025 32 G 0.334 0.471 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.104 33 L 0.013 0.061 0.740 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.172 34 E 0.011 0.060 0.005 0.087 0.019 0.026 0.047 0.009 0.001 0.001 0.735 35 K 0.224 0.064 0.005 0.046 0.007 0.011 0.060 0.004 0.001 0.007 0.572 36 V 0.083 0.272 0.017 0.086 0.028 0.053 0.052 0.004 0.001 0.004 0.401 37 E 0.033 0.149 0.005 0.261 0.110 0.203 0.067 0.004 0.001 0.006 0.163 38 S 0.060 0.146 0.003 0.100 0.093 0.152 0.050 0.004 0.001 0.005 0.388 39 Y 0.071 0.200 0.003 0.103 0.248 0.192 0.017 0.007 0.001 0.002 0.156 40 I 0.044 0.213 0.004 0.094 0.184 0.303 0.047 0.010 0.001 0.005 0.096 41 N 0.029 0.128 0.005 0.100 0.238 0.338 0.052 0.014 0.001 0.004 0.092 42 S 0.094 0.088 0.009 0.055 0.131 0.179 0.104 0.025 0.001 0.010 0.305 43 G 0.100 0.014 0.033 0.052 0.055 0.084 0.112 0.010 0.001 0.025 0.513 44 N 0.080 0.002 0.037 0.047 0.055 0.064 0.321 0.003 0.001 0.032 0.357 45 I 0.073 0.002 0.112 0.122 0.094 0.079 0.124 0.001 0.001 0.016 0.380 46 F 0.006 0.002 0.003 0.186 0.147 0.239 0.127 0.001 0.001 0.003 0.287 47 F 0.008 0.001 0.001 0.161 0.187 0.278 0.045 0.001 0.001 0.002 0.316 48 T 0.007 0.001 0.001 0.107 0.134 0.271 0.061 0.001 0.001 0.002 0.414 49 S 0.012 0.001 0.001 0.054 0.080 0.156 0.108 0.001 0.001 0.004 0.583 50 I 0.015 0.001 0.001 0.030 0.012 0.032 0.158 0.001 0.001 0.008 0.742 51 D 0.034 0.002 0.001 0.019 0.009 0.014 0.401 0.001 0.001 0.019 0.501 52 S 0.167 0.005 0.001 0.005 0.002 0.003 0.387 0.001 0.001 0.019 0.410 53 K 0.090 0.046 0.003 0.005 0.002 0.003 0.221 0.001 0.001 0.009 0.621 54 A 0.026 0.092 0.001 0.002 0.002 0.003 0.280 0.001 0.001 0.006 0.589 55 Q 0.028 0.177 0.001 0.001 0.002 0.005 0.499 0.001 0.001 0.006 0.280 56 L 0.034 0.786 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.153 57 V 0.010 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 58 E 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.047 59 K 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 60 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 T 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 63 F 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 F 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 65 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 66 V 0.043 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 67 H 0.193 0.639 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.065 68 Y 0.277 0.331 0.079 0.003 0.002 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.235 69 P 0.017 0.008 0.025 0.004 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.929 70 F 0.109 0.007 0.067 0.043 0.008 0.011 0.037 0.003 0.001 0.002 0.712 71 I 0.095 0.006 0.009 0.246 0.036 0.044 0.099 0.002 0.001 0.004 0.460 72 Q 0.019 0.002 0.008 0.331 0.040 0.049 0.043 0.001 0.001 0.002 0.505 73 S 0.003 0.001 0.001 0.767 0.068 0.101 0.020 0.001 0.001 0.001 0.040 74 F 0.002 0.001 0.001 0.798 0.070 0.079 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 75 S 0.001 0.001 0.001 0.813 0.079 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 76 L 0.001 0.001 0.001 0.765 0.052 0.114 0.019 0.001 0.001 0.001 0.046 77 L 0.002 0.002 0.001 0.766 0.059 0.107 0.030 0.001 0.001 0.002 0.033 78 S 0.018 0.004 0.003 0.209 0.052 0.092 0.279 0.001 0.001 0.007 0.334 79 L 0.002 0.001 0.003 0.040 0.004 0.009 0.047 0.001 0.001 0.002 0.892 80 E 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.006 0.323 0.001 0.001 0.003 0.650 81 D 0.050 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.534 0.001 0.001 0.013 0.385 82 F 0.082 0.611 0.001 0.004 0.001 0.003 0.060 0.002 0.001 0.002 0.234 83 E 0.025 0.854 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.090 84 A 0.015 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.081 85 E 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 86 L 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 87 E 0.038 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 88 N 0.067 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.023 89 L 0.405 0.442 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.078 90 P 0.026 0.044 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.869 91 A 0.018 0.020 0.034 0.017 0.005 0.012 0.116 0.008 0.001 0.001 0.770 92 W 0.314 0.023 0.008 0.030 0.004 0.008 0.049 0.003 0.001 0.002 0.559 93 W 0.139 0.109 0.003 0.065 0.012 0.024 0.092 0.002 0.001 0.003 0.551 94 S 0.112 0.039 0.004 0.040 0.021 0.029 0.127 0.002 0.001 0.005 0.622 95 R 0.149 0.048 0.004 0.049 0.021 0.032 0.092 0.003 0.001 0.006 0.596 96 D 0.116 0.035 0.003 0.016 0.023 0.023 0.169 0.005 0.001 0.008 0.603 97 L 0.132 0.043 0.007 0.015 0.022 0.023 0.125 0.003 0.001 0.015 0.613 98 A 0.071 0.055 0.003 0.014 0.034 0.043 0.236 0.004 0.001 0.017 0.524 99 R 0.222 0.037 0.008 0.021 0.036 0.061 0.160 0.009 0.001 0.037 0.410 100 K 0.255 0.043 0.032 0.088 0.123 0.151 0.063 0.005 0.001 0.017 0.222 101 D 0.026 0.009 0.017 0.178 0.285 0.249 0.053 0.001 0.001 0.003 0.178 102 F 0.003 0.002 0.004 0.227 0.294 0.387 0.015 0.001 0.001 0.001 0.067 103 L 0.001 0.001 0.001 0.358 0.242 0.372 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 104 F 0.001 0.003 0.001 0.430 0.172 0.282 0.019 0.001 0.001 0.001 0.091 105 Y 0.002 0.003 0.001 0.488 0.179 0.245 0.022 0.001 0.001 0.001 0.059 106 T 0.004 0.003 0.001 0.217 0.101 0.228 0.077 0.001 0.001 0.003 0.365 107 E 0.006 0.002 0.001 0.092 0.043 0.119 0.128 0.001 0.001 0.006 0.602 108 G 0.068 0.002 0.002 0.021 0.008 0.020 0.159 0.002 0.001 0.021 0.697 109 L 0.247 0.008 0.022 0.021 0.005 0.012 0.151 0.001 0.001 0.018 0.515 110 D 0.044 0.005 0.001 0.006 0.004 0.003 0.146 0.001 0.001 0.002 0.788 111 V 0.050 0.012 0.003 0.006 0.002 0.003 0.063 0.001 0.001 0.004 0.858 112 D 0.007 0.032 0.001 0.003 0.002 0.003 0.246 0.001 0.001 0.002 0.705 113 Q 0.021 0.058 0.001 0.001 0.002 0.003 0.664 0.001 0.001 0.014 0.235 114 V 0.065 0.733 0.001 0.002 0.002 0.004 0.083 0.002 0.001 0.003 0.105 115 I 0.016 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.021 116 A 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 117 T 0.027 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.023 118 V 0.042 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.008 119 E 0.043 0.848 0.011 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.070 120 S 0.090 0.730 0.014 0.002 0.002 0.004 0.012 0.042 0.001 0.001 0.102 121 L 0.184 0.568 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.034 0.001 0.001 0.196 122 E 0.174 0.485 0.018 0.009 0.008 0.010 0.050 0.053 0.001 0.006 0.187 123 L 0.178 0.297 0.063 0.011 0.009 0.016 0.067 0.026 0.001 0.004 0.330 124 K 0.142 0.202 0.014 0.017 0.010 0.011 0.044 0.015 0.001 0.002 0.542 125 D 0.097 0.087 0.012 0.018 0.010 0.017 0.080 0.006 0.001 0.009 0.663 126 E 0.099 0.063 0.014 0.031 0.036 0.043 0.184 0.006 0.001 0.011 0.513 127 V 0.154 0.113 0.011 0.077 0.071 0.092 0.188 0.006 0.001 0.011 0.277 128 L 0.084 0.147 0.005 0.145 0.166 0.182 0.068 0.005 0.001 0.005 0.193 129 Y 0.048 0.158 0.004 0.108 0.154 0.222 0.063 0.004 0.001 0.004 0.235 130 F 0.035 0.120 0.005 0.087 0.143 0.250 0.051 0.008 0.001 0.004 0.299 131 G 0.061 0.061 0.005 0.093 0.150 0.247 0.081 0.013 0.001 0.009 0.279 132 K 0.029 0.008 0.021 0.032 0.026 0.042 0.041 0.002 0.001 0.007 0.791 133 L 0.022 0.004 0.011 0.095 0.076 0.115 0.162 0.001 0.001 0.009 0.503 134 G 0.094 0.008 0.010 0.175 0.107 0.148 0.110 0.001 0.001 0.014 0.334 135 I 0.016 0.026 0.002 0.313 0.199 0.254 0.060 0.001 0.001 0.002 0.127 136 F 0.005 0.030 0.001 0.246 0.201 0.369 0.039 0.001 0.001 0.001 0.107 137 W 0.011 0.047 0.001 0.249 0.183 0.362 0.033 0.001 0.001 0.002 0.111 138 G 0.034 0.058 0.003 0.123 0.131 0.262 0.083 0.005 0.001 0.008 0.292 139 K 0.060 0.034 0.018 0.061 0.069 0.124 0.104 0.006 0.001 0.011 0.514 140 F 0.026 0.018 0.012 0.074 0.071 0.108 0.117 0.005 0.001 0.007 0.562 141 S 0.062 0.020 0.006 0.046 0.058 0.088 0.199 0.004 0.001 0.010 0.506 142 E 0.032 0.014 0.005 0.014 0.011 0.016 0.035 0.001 0.001 0.003 0.869 143 E 0.070 0.026 0.003 0.013 0.018 0.031 0.218 0.002 0.001 0.011 0.608 144 S 0.331 0.022 0.004 0.009 0.011 0.014 0.218 0.005 0.001 0.025 0.360 145 Y 0.180 0.098 0.019 0.026 0.016 0.022 0.139 0.004 0.001 0.013 0.482 146 S 0.062 0.059 0.007 0.027 0.029 0.036 0.350 0.005 0.001 0.013 0.412 147 K 0.140 0.069 0.010 0.019 0.012 0.020 0.156 0.005 0.001 0.016 0.555 148 T 0.139 0.135 0.008 0.019 0.013 0.018 0.223 0.007 0.001 0.015 0.423 149 A 0.065 0.087 0.007 0.006 0.006 0.006 0.277 0.003 0.001 0.013 0.530 150 Y 0.047 0.182 0.005 0.009 0.011 0.018 0.323 0.003 0.001 0.012 0.389 151 H 0.070 0.413 0.004 0.017 0.018 0.040 0.196 0.007 0.001 0.011 0.224 152 K 0.050 0.679 0.001 0.007 0.012 0.020 0.041 0.007 0.001 0.004 0.178 153 Y 0.098 0.731 0.003 0.002 0.006 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.137 154 L 0.119 0.672 0.003 0.004 0.014 0.012 0.008 0.024 0.001 0.001 0.143 155 L 0.183 0.502 0.013 0.015 0.023 0.044 0.012 0.054 0.001 0.003 0.151 156 K 0.168 0.294 0.074 0.021 0.021 0.054 0.025 0.045 0.001 0.002 0.295 157 V 0.123 0.098 0.026 0.066 0.042 0.059 0.022 0.024 0.001 0.001 0.540 158 P 0.004 0.002 0.002 0.009 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 159 F 0.030 0.008 0.004 0.076 0.033 0.091 0.098 0.002 0.001 0.004 0.655 160 Y 0.182 0.017 0.004 0.062 0.031 0.069 0.090 0.002 0.001 0.009 0.533 161 R 0.109 0.041 0.003 0.092 0.036 0.055 0.070 0.001 0.001 0.004 0.589 162 H 0.043 0.024 0.004 0.079 0.041 0.080 0.069 0.001 0.001 0.004 0.656 163 I 0.041 0.039 0.003 0.171 0.142 0.211 0.094 0.001 0.001 0.005 0.294 164 T 0.031 0.091 0.003 0.086 0.092 0.171 0.108 0.001 0.001 0.004 0.414 165 I 0.042 0.163 0.004 0.099 0.120 0.209 0.068 0.002 0.001 0.004 0.290 166 R 0.034 0.200 0.003 0.051 0.051 0.156 0.158 0.003 0.001 0.008 0.335 167 N 0.093 0.228 0.008 0.020 0.032 0.055 0.132 0.009 0.001 0.009 0.413 168 A 0.136 0.404 0.024 0.018 0.009 0.021 0.074 0.008 0.001 0.008 0.298 169 K 0.039 0.324 0.008 0.011 0.009 0.013 0.163 0.012 0.001 0.008 0.413 170 T 0.092 0.317 0.014 0.002 0.002 0.003 0.175 0.006 0.001 0.005 0.384 171 F 0.015 0.773 0.006 0.002 0.001 0.003 0.050 0.003 0.001 0.001 0.145 172 D 0.007 0.784 0.001 0.001 0.002 0.002 0.061 0.005 0.001 0.003 0.134 173 K 0.014 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.064 174 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 175 G 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 176 Q 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 177 M 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 178 L 0.033 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 179 K 0.077 0.854 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.026 180 K 0.064 0.594 0.085 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.189