# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.026 0.035 0.026 0.039 0.127 0.018 0.626 2 T 0.106 0.019 0.037 0.032 0.040 0.177 0.017 0.569 3 R 0.038 0.026 0.070 0.041 0.050 0.139 0.007 0.629 4 Y 0.034 0.060 0.086 0.082 0.116 0.220 0.007 0.397 5 A 0.035 0.105 0.235 0.171 0.220 0.100 0.007 0.126 6 L 0.015 0.169 0.249 0.202 0.214 0.039 0.004 0.107 7 L 0.009 0.163 0.298 0.178 0.245 0.028 0.006 0.073 8 V 0.009 0.232 0.220 0.208 0.233 0.022 0.007 0.069 9 R 0.010 0.238 0.209 0.213 0.237 0.017 0.010 0.066 10 G 0.049 0.057 0.163 0.107 0.219 0.059 0.032 0.313 11 I 0.073 0.070 0.272 0.189 0.134 0.033 0.023 0.207 12 N 0.031 0.045 0.160 0.111 0.142 0.073 0.025 0.412 13 V 0.035 0.055 0.195 0.094 0.123 0.054 0.015 0.429 14 G 0.029 0.038 0.119 0.060 0.084 0.190 0.018 0.463 15 G 0.093 0.021 0.052 0.017 0.027 0.149 0.029 0.612 16 K 0.117 0.030 0.128 0.015 0.019 0.139 0.012 0.540 17 N 0.066 0.024 0.087 0.031 0.033 0.192 0.019 0.549 18 K 0.221 0.016 0.041 0.018 0.034 0.101 0.018 0.552 19 V 0.054 0.032 0.255 0.053 0.059 0.167 0.007 0.374 20 V 0.021 0.030 0.032 0.024 0.053 0.427 0.004 0.409 21 M 0.045 0.101 0.047 0.012 0.105 0.088 0.005 0.597 22 A 0.016 0.058 0.007 0.003 0.013 0.177 0.003 0.723 23 E 0.044 0.075 0.002 0.001 0.002 0.347 0.006 0.524 24 L 0.116 0.637 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 0.214 25 R 0.008 0.925 0.003 0.001 0.003 0.005 0.002 0.053 26 Q 0.008 0.900 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.078 27 E 0.034 0.903 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.052 28 L 0.018 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.024 29 T 0.009 0.955 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 30 N 0.059 0.869 0.005 0.002 0.001 0.001 0.023 0.040 31 L 0.194 0.645 0.024 0.006 0.003 0.003 0.072 0.053 32 G 0.514 0.087 0.025 0.010 0.005 0.017 0.137 0.205 33 L 0.043 0.068 0.574 0.023 0.022 0.038 0.013 0.220 34 E 0.024 0.054 0.075 0.057 0.062 0.171 0.008 0.549 35 K 0.041 0.021 0.068 0.021 0.025 0.136 0.010 0.678 36 V 0.090 0.056 0.273 0.060 0.071 0.170 0.011 0.270 37 E 0.010 0.071 0.609 0.128 0.077 0.027 0.002 0.075 38 S 0.006 0.063 0.164 0.193 0.276 0.039 0.005 0.254 39 Y 0.010 0.069 0.326 0.129 0.303 0.025 0.004 0.134 40 I 0.006 0.201 0.274 0.223 0.196 0.026 0.004 0.069 41 N 0.029 0.128 0.191 0.118 0.211 0.180 0.036 0.107 42 S 0.120 0.115 0.162 0.092 0.111 0.054 0.056 0.290 43 G 0.114 0.053 0.251 0.106 0.075 0.054 0.093 0.254 44 N 0.242 0.003 0.086 0.023 0.044 0.244 0.038 0.319 45 I 0.049 0.009 0.350 0.185 0.140 0.055 0.014 0.199 46 F 0.047 0.006 0.176 0.129 0.360 0.103 0.005 0.174 47 F 0.021 0.005 0.389 0.160 0.219 0.065 0.005 0.135 48 T 0.025 0.008 0.256 0.160 0.228 0.080 0.004 0.240 49 S 0.020 0.006 0.079 0.067 0.164 0.119 0.006 0.540 50 I 0.014 0.002 0.018 0.009 0.032 0.089 0.002 0.834 51 D 0.016 0.003 0.007 0.005 0.012 0.516 0.004 0.437 52 S 0.068 0.008 0.003 0.002 0.006 0.480 0.005 0.428 53 K 0.035 0.042 0.004 0.001 0.006 0.084 0.002 0.826 54 A 0.015 0.090 0.003 0.001 0.003 0.280 0.002 0.605 55 Q 0.041 0.328 0.001 0.001 0.002 0.351 0.003 0.272 56 L 0.021 0.918 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.054 57 V 0.003 0.961 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.029 58 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 59 K 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 60 L 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 61 E 0.004 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 62 T 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 63 F 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 64 F 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 65 A 0.010 0.955 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.021 66 V 0.057 0.844 0.006 0.004 0.003 0.003 0.034 0.050 67 H 0.133 0.629 0.032 0.008 0.006 0.007 0.072 0.113 68 Y 0.093 0.280 0.073 0.047 0.026 0.025 0.040 0.417 69 P 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.001 0.978 70 F 0.044 0.018 0.080 0.064 0.073 0.089 0.014 0.619 71 I 0.100 0.018 0.096 0.069 0.065 0.114 0.013 0.527 72 Q 0.028 0.008 0.138 0.125 0.122 0.072 0.005 0.501 73 S 0.018 0.008 0.258 0.137 0.146 0.068 0.005 0.361 74 F 0.034 0.006 0.358 0.176 0.218 0.040 0.004 0.163 75 S 0.015 0.004 0.446 0.189 0.262 0.028 0.003 0.053 76 L 0.013 0.008 0.335 0.180 0.301 0.024 0.004 0.134 77 L 0.017 0.003 0.611 0.104 0.144 0.050 0.004 0.068 78 S 0.022 0.007 0.082 0.068 0.099 0.317 0.005 0.399 79 L 0.011 0.006 0.063 0.006 0.136 0.028 0.003 0.748 80 E 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.329 0.001 0.655 81 D 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.924 0.001 0.065 82 F 0.193 0.557 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.230 83 E 0.002 0.934 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.056 84 A 0.005 0.877 0.003 0.001 0.002 0.007 0.003 0.103 85 E 0.032 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 86 L 0.019 0.938 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.031 87 E 0.026 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 88 N 0.188 0.630 0.007 0.001 0.001 0.001 0.110 0.062 89 L 0.504 0.242 0.047 0.004 0.002 0.004 0.093 0.103 90 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 91 A 0.014 0.022 0.085 0.021 0.036 0.175 0.007 0.640 92 W 0.087 0.026 0.043 0.006 0.008 0.088 0.006 0.736 93 W 0.085 0.076 0.073 0.010 0.019 0.117 0.005 0.615 94 S 0.095 0.080 0.050 0.013 0.018 0.204 0.008 0.532 95 R 0.173 0.101 0.027 0.011 0.019 0.118 0.013 0.537 96 D 0.110 0.140 0.009 0.012 0.021 0.185 0.016 0.507 97 L 0.197 0.129 0.014 0.014 0.027 0.091 0.021 0.507 98 A 0.098 0.149 0.016 0.021 0.028 0.318 0.028 0.341 99 R 0.308 0.103 0.025 0.028 0.043 0.196 0.047 0.251 100 K 0.180 0.199 0.104 0.100 0.085 0.083 0.019 0.230 101 D 0.054 0.045 0.204 0.178 0.226 0.097 0.020 0.175 102 F 0.030 0.019 0.339 0.230 0.287 0.025 0.005 0.065 103 L 0.005 0.006 0.425 0.234 0.294 0.008 0.002 0.026 104 F 0.003 0.006 0.320 0.260 0.303 0.012 0.003 0.093 105 Y 0.004 0.003 0.595 0.107 0.218 0.014 0.003 0.057 106 T 0.006 0.008 0.220 0.158 0.263 0.070 0.003 0.272 107 E 0.022 0.004 0.140 0.039 0.156 0.126 0.010 0.503 108 G 0.072 0.003 0.024 0.013 0.025 0.156 0.014 0.694 109 L 0.370 0.004 0.052 0.012 0.016 0.143 0.016 0.386 110 D 0.029 0.008 0.016 0.009 0.011 0.242 0.005 0.680 111 V 0.021 0.017 0.015 0.004 0.025 0.043 0.002 0.872 112 D 0.012 0.027 0.007 0.002 0.008 0.439 0.002 0.503 113 Q 0.039 0.029 0.001 0.001 0.001 0.786 0.003 0.140 114 V 0.039 0.870 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.064 115 I 0.004 0.953 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.032 116 A 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 117 T 0.046 0.910 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.028 118 V 0.024 0.944 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.018 119 E 0.020 0.846 0.006 0.002 0.005 0.018 0.011 0.091 120 S 0.062 0.793 0.005 0.003 0.003 0.012 0.017 0.105 121 L 0.152 0.698 0.010 0.002 0.005 0.009 0.022 0.103 122 E 0.131 0.561 0.016 0.007 0.007 0.075 0.037 0.166 123 L 0.197 0.358 0.034 0.013 0.012 0.076 0.057 0.255 124 K 0.231 0.236 0.027 0.011 0.015 0.054 0.037 0.390 125 D 0.066 0.121 0.060 0.015 0.016 0.082 0.023 0.617 126 E 0.129 0.101 0.107 0.043 0.062 0.199 0.021 0.338 127 V 0.096 0.145 0.080 0.057 0.100 0.123 0.011 0.386 128 L 0.047 0.140 0.182 0.164 0.195 0.057 0.012 0.204 129 Y 0.038 0.133 0.122 0.185 0.163 0.051 0.009 0.298 130 F 0.025 0.081 0.110 0.171 0.253 0.036 0.012 0.310 131 G 0.034 0.048 0.086 0.122 0.255 0.078 0.018 0.358 132 K 0.036 0.018 0.048 0.054 0.073 0.088 0.016 0.666 133 L 0.068 0.018 0.065 0.074 0.081 0.116 0.017 0.561 134 G 0.171 0.015 0.124 0.083 0.124 0.098 0.018 0.367 135 I 0.036 0.020 0.393 0.205 0.165 0.038 0.008 0.135 136 F 0.018 0.021 0.241 0.168 0.280 0.050 0.006 0.217 137 W 0.015 0.020 0.216 0.142 0.351 0.038 0.004 0.215 138 G 0.019 0.022 0.113 0.124 0.216 0.124 0.010 0.372 139 K 0.076 0.018 0.099 0.063 0.085 0.099 0.017 0.543 140 F 0.103 0.026 0.096 0.057 0.090 0.130 0.015 0.483 141 S 0.062 0.037 0.062 0.059 0.131 0.131 0.012 0.507 142 E 0.013 0.020 0.018 0.010 0.034 0.052 0.004 0.848 143 E 0.045 0.044 0.015 0.010 0.018 0.332 0.016 0.520 144 S 0.516 0.051 0.008 0.005 0.005 0.124 0.037 0.255 145 Y 0.306 0.145 0.078 0.015 0.018 0.083 0.016 0.339 146 S 0.033 0.105 0.061 0.034 0.051 0.183 0.012 0.521 147 K 0.097 0.086 0.047 0.016 0.041 0.109 0.012 0.593 148 T 0.107 0.206 0.035 0.022 0.037 0.209 0.014 0.371 149 A 0.084 0.116 0.028 0.013 0.018 0.094 0.014 0.633 150 Y 0.084 0.246 0.036 0.017 0.033 0.260 0.010 0.313 151 H 0.109 0.262 0.020 0.017 0.053 0.240 0.016 0.283 152 K 0.081 0.564 0.013 0.015 0.027 0.058 0.009 0.233 153 Y 0.094 0.572 0.012 0.015 0.019 0.071 0.021 0.196 154 L 0.224 0.489 0.020 0.024 0.028 0.036 0.031 0.148 155 L 0.161 0.467 0.037 0.052 0.081 0.026 0.033 0.142 156 K 0.109 0.288 0.063 0.072 0.120 0.037 0.058 0.253 157 V 0.081 0.099 0.103 0.108 0.100 0.036 0.021 0.453 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 F 0.017 0.007 0.078 0.082 0.136 0.085 0.010 0.584 160 Y 0.176 0.010 0.114 0.057 0.040 0.069 0.020 0.515 161 R 0.062 0.009 0.237 0.074 0.083 0.063 0.006 0.464 162 H 0.017 0.008 0.211 0.069 0.083 0.062 0.003 0.548 163 I 0.027 0.010 0.304 0.079 0.128 0.069 0.004 0.380 164 T 0.016 0.013 0.273 0.098 0.112 0.108 0.006 0.375 165 I 0.022 0.038 0.230 0.085 0.127 0.068 0.005 0.425 166 R 0.020 0.068 0.172 0.068 0.113 0.144 0.005 0.410 167 N 0.027 0.066 0.032 0.024 0.048 0.290 0.010 0.504 168 A 0.050 0.377 0.052 0.023 0.048 0.053 0.006 0.391 169 K 0.027 0.241 0.010 0.008 0.014 0.286 0.008 0.404 170 T 0.086 0.419 0.005 0.004 0.007 0.231 0.012 0.237 171 F 0.019 0.937 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.033 172 D 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.025 173 K 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.035 174 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 175 G 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 176 Q 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 177 M 0.030 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 178 L 0.065 0.888 0.004 0.001 0.002 0.002 0.016 0.022 179 K 0.164 0.653 0.012 0.005 0.005 0.010 0.048 0.103 180 K 0.144 0.486 0.041 0.007 0.007 0.017 0.053 0.244