# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.153 0.259 0.062 0.183 0.009 0.030 0.067 0.010 0.057 0.001 2 T 0.392 0.108 0.328 0.051 0.057 0.024 0.014 0.008 0.006 0.009 0.003 3 R 0.389 0.342 0.103 0.092 0.046 0.011 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 4 Y 0.118 0.628 0.122 0.019 0.076 0.019 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 5 A 0.096 0.669 0.146 0.011 0.022 0.025 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 6 L 0.050 0.700 0.113 0.005 0.061 0.030 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 7 L 0.045 0.544 0.236 0.015 0.030 0.086 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 8 V 0.082 0.549 0.173 0.037 0.076 0.044 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 9 R 0.221 0.360 0.124 0.113 0.105 0.028 0.026 0.004 0.016 0.002 0.001 10 G 0.059 0.457 0.092 0.034 0.278 0.012 0.039 0.004 0.018 0.007 0.001 11 I 0.095 0.717 0.092 0.009 0.040 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 12 N 0.131 0.266 0.300 0.020 0.012 0.210 0.010 0.001 0.046 0.001 0.003 13 V 0.146 0.309 0.092 0.229 0.012 0.082 0.007 0.001 0.121 0.001 0.001 14 G 0.074 0.021 0.095 0.049 0.122 0.006 0.156 0.083 0.007 0.386 0.002 15 G 0.135 0.014 0.078 0.044 0.080 0.012 0.088 0.250 0.003 0.289 0.007 16 K 0.390 0.104 0.165 0.223 0.038 0.016 0.023 0.007 0.010 0.018 0.006 17 N 0.051 0.047 0.082 0.207 0.041 0.065 0.444 0.037 0.022 0.004 0.001 18 K 0.217 0.243 0.129 0.189 0.021 0.053 0.101 0.005 0.040 0.002 0.001 19 V 0.025 0.524 0.348 0.004 0.024 0.031 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 20 V 0.009 0.029 0.859 0.002 0.001 0.092 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 M 0.935 0.006 0.026 0.009 0.005 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 22 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 N 0.971 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.412 0.003 0.011 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.044 0.001 0.006 0.013 0.004 0.002 0.239 0.656 0.002 0.033 0.001 33 L 0.258 0.100 0.387 0.080 0.024 0.122 0.009 0.002 0.011 0.006 0.001 34 E 0.746 0.027 0.024 0.187 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 35 K 0.158 0.139 0.066 0.318 0.120 0.047 0.105 0.008 0.036 0.002 0.001 36 V 0.027 0.576 0.310 0.008 0.025 0.033 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 37 E 0.328 0.434 0.069 0.080 0.046 0.019 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 38 S 0.036 0.719 0.048 0.006 0.181 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 39 Y 0.078 0.703 0.078 0.021 0.055 0.024 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 40 I 0.063 0.605 0.195 0.009 0.043 0.052 0.003 0.001 0.029 0.002 0.001 41 N 0.452 0.153 0.088 0.168 0.023 0.060 0.015 0.002 0.037 0.002 0.001 42 S 0.174 0.262 0.132 0.243 0.151 0.008 0.007 0.004 0.014 0.004 0.002 43 G 0.037 0.027 0.050 0.027 0.214 0.002 0.066 0.299 0.004 0.273 0.001 44 N 0.037 0.231 0.446 0.051 0.110 0.045 0.042 0.003 0.018 0.002 0.013 45 I 0.014 0.729 0.124 0.006 0.087 0.019 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 46 F 0.019 0.695 0.178 0.009 0.023 0.042 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 47 F 0.013 0.651 0.151 0.014 0.073 0.065 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 48 T 0.053 0.455 0.138 0.119 0.153 0.039 0.009 0.001 0.030 0.002 0.001 49 S 0.032 0.264 0.266 0.024 0.312 0.032 0.022 0.004 0.029 0.014 0.001 50 I 0.645 0.055 0.090 0.153 0.011 0.018 0.009 0.004 0.008 0.005 0.001 51 D 0.343 0.071 0.161 0.279 0.040 0.040 0.030 0.008 0.024 0.004 0.001 52 S 0.182 0.088 0.384 0.084 0.064 0.087 0.023 0.009 0.064 0.013 0.002 53 K 0.977 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.974 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.984 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.952 0.007 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.723 0.013 0.008 0.243 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 68 Y 0.069 0.110 0.114 0.011 0.021 0.018 0.046 0.001 0.609 0.001 0.001 69 P 0.467 0.003 0.374 0.071 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 70 F 0.183 0.271 0.217 0.152 0.076 0.047 0.015 0.012 0.022 0.005 0.001 71 I 0.051 0.313 0.478 0.027 0.018 0.068 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 72 Q 0.116 0.391 0.327 0.037 0.048 0.039 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 73 S 0.073 0.431 0.306 0.039 0.065 0.054 0.009 0.002 0.018 0.001 0.002 74 F 0.008 0.793 0.052 0.008 0.109 0.007 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 75 S 0.007 0.777 0.123 0.003 0.033 0.031 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 76 L 0.004 0.750 0.166 0.002 0.013 0.042 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 77 L 0.013 0.591 0.205 0.022 0.063 0.069 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 78 S 0.001 0.161 0.652 0.001 0.106 0.050 0.001 0.001 0.025 0.004 0.001 79 L 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.986 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.460 0.001 0.002 0.528 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 89 L 0.039 0.037 0.493 0.013 0.003 0.040 0.047 0.001 0.328 0.001 0.001 90 P 0.650 0.003 0.253 0.064 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 91 A 0.412 0.105 0.222 0.149 0.043 0.028 0.009 0.014 0.009 0.008 0.001 92 W 0.412 0.134 0.269 0.086 0.025 0.035 0.006 0.005 0.023 0.005 0.001 93 W 0.435 0.129 0.208 0.151 0.020 0.030 0.008 0.004 0.011 0.004 0.001 94 S 0.327 0.106 0.137 0.201 0.051 0.052 0.055 0.028 0.033 0.010 0.001 95 R 0.281 0.213 0.206 0.127 0.064 0.039 0.027 0.005 0.032 0.006 0.001 96 D 0.175 0.091 0.292 0.128 0.017 0.150 0.063 0.005 0.073 0.002 0.004 97 L 0.456 0.124 0.245 0.064 0.027 0.022 0.026 0.007 0.024 0.004 0.002 98 A 0.470 0.078 0.274 0.097 0.017 0.026 0.015 0.008 0.006 0.005 0.003 99 R 0.163 0.349 0.187 0.115 0.095 0.032 0.022 0.006 0.028 0.002 0.001 100 K 0.075 0.601 0.161 0.056 0.057 0.018 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 101 D 0.032 0.581 0.250 0.019 0.039 0.048 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 102 F 0.010 0.830 0.090 0.004 0.030 0.014 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 103 L 0.010 0.825 0.095 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 104 F 0.015 0.704 0.138 0.007 0.040 0.046 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 105 Y 0.052 0.506 0.241 0.032 0.063 0.068 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 106 T 0.162 0.332 0.229 0.101 0.087 0.039 0.011 0.002 0.030 0.005 0.002 107 E 0.158 0.156 0.368 0.145 0.051 0.033 0.051 0.005 0.023 0.007 0.002 108 G 0.037 0.016 0.069 0.037 0.075 0.003 0.050 0.372 0.006 0.332 0.002 109 L 0.018 0.175 0.720 0.010 0.030 0.032 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 110 D 0.006 0.069 0.739 0.006 0.010 0.134 0.003 0.001 0.027 0.003 0.001 111 V 0.974 0.003 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.982 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.980 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.887 0.003 0.004 0.099 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 V 0.888 0.008 0.021 0.071 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 119 E 0.935 0.004 0.024 0.024 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 120 S 0.779 0.009 0.017 0.173 0.006 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 121 L 0.448 0.057 0.161 0.279 0.007 0.025 0.010 0.003 0.009 0.001 0.001 122 E 0.355 0.140 0.230 0.091 0.026 0.044 0.050 0.006 0.049 0.008 0.001 123 L 0.179 0.090 0.490 0.094 0.022 0.055 0.026 0.007 0.030 0.007 0.002 124 K 0.575 0.043 0.206 0.065 0.021 0.014 0.040 0.016 0.006 0.014 0.001 125 D 0.396 0.068 0.117 0.290 0.034 0.024 0.039 0.015 0.013 0.002 0.001 126 E 0.114 0.415 0.318 0.046 0.049 0.027 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 127 V 0.071 0.651 0.198 0.012 0.016 0.031 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 128 L 0.097 0.689 0.121 0.022 0.026 0.022 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 129 Y 0.043 0.558 0.182 0.012 0.058 0.076 0.007 0.001 0.062 0.001 0.001 130 F 0.089 0.425 0.202 0.108 0.050 0.047 0.014 0.001 0.062 0.001 0.001 131 G 0.062 0.065 0.147 0.020 0.238 0.007 0.024 0.069 0.009 0.358 0.001 132 K 0.393 0.078 0.188 0.139 0.055 0.030 0.069 0.013 0.012 0.017 0.005 133 L 0.124 0.220 0.143 0.271 0.068 0.033 0.099 0.011 0.026 0.002 0.002 134 G 0.048 0.450 0.182 0.022 0.257 0.008 0.007 0.007 0.008 0.010 0.001 135 I 0.029 0.810 0.083 0.008 0.036 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 136 F 0.023 0.601 0.193 0.011 0.033 0.077 0.007 0.001 0.052 0.001 0.001 137 W 0.091 0.485 0.125 0.117 0.072 0.040 0.007 0.001 0.059 0.001 0.002 138 G 0.066 0.102 0.208 0.027 0.381 0.013 0.026 0.030 0.008 0.137 0.002 139 K 0.279 0.230 0.266 0.099 0.039 0.037 0.018 0.004 0.022 0.003 0.005 140 F 0.217 0.238 0.394 0.055 0.021 0.040 0.008 0.002 0.021 0.003 0.001 141 S 0.120 0.184 0.463 0.034 0.072 0.053 0.012 0.006 0.037 0.017 0.001 142 E 0.825 0.018 0.057 0.064 0.006 0.008 0.007 0.005 0.003 0.006 0.001 143 E 0.641 0.022 0.060 0.218 0.011 0.008 0.022 0.009 0.006 0.003 0.001 144 S 0.348 0.036 0.082 0.380 0.022 0.025 0.055 0.019 0.026 0.005 0.001 145 Y 0.263 0.141 0.292 0.157 0.031 0.034 0.040 0.012 0.026 0.005 0.001 146 S 0.328 0.077 0.254 0.144 0.057 0.045 0.041 0.016 0.013 0.024 0.001 147 K 0.337 0.139 0.126 0.286 0.033 0.032 0.018 0.008 0.020 0.002 0.001 148 T 0.148 0.219 0.421 0.060 0.074 0.031 0.007 0.002 0.032 0.005 0.001 149 A 0.804 0.022 0.080 0.047 0.007 0.016 0.013 0.004 0.005 0.002 0.001 150 Y 0.833 0.020 0.051 0.057 0.006 0.014 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 151 H 0.841 0.019 0.034 0.077 0.004 0.012 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 152 K 0.901 0.022 0.026 0.030 0.004 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 153 Y 0.852 0.023 0.038 0.061 0.005 0.009 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 154 L 0.776 0.032 0.034 0.137 0.004 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 155 L 0.500 0.118 0.143 0.174 0.020 0.017 0.011 0.003 0.011 0.002 0.001 156 K 0.260 0.101 0.202 0.231 0.025 0.053 0.073 0.008 0.043 0.003 0.001 157 V 0.094 0.256 0.535 0.002 0.013 0.019 0.007 0.001 0.072 0.001 0.001 158 P 0.187 0.009 0.716 0.011 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 159 F 0.224 0.167 0.268 0.203 0.035 0.036 0.030 0.007 0.024 0.004 0.001 160 Y 0.108 0.052 0.088 0.090 0.107 0.022 0.267 0.192 0.016 0.057 0.001 161 R 0.091 0.421 0.341 0.029 0.058 0.024 0.007 0.002 0.023 0.003 0.001 162 H 0.128 0.171 0.498 0.065 0.011 0.086 0.012 0.002 0.021 0.001 0.004 163 I 0.061 0.445 0.196 0.035 0.196 0.027 0.009 0.004 0.024 0.003 0.001 164 T 0.102 0.511 0.228 0.019 0.098 0.023 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 165 I 0.463 0.267 0.102 0.074 0.042 0.022 0.005 0.003 0.019 0.003 0.001 166 R 0.498 0.166 0.199 0.049 0.021 0.027 0.022 0.004 0.010 0.004 0.001 167 N 0.574 0.036 0.110 0.072 0.014 0.093 0.038 0.009 0.051 0.004 0.001 168 A 0.959 0.007 0.012 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 T 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 Q 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.973 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.802 0.004 0.009 0.178 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 K 0.683 0.007 0.031 0.169 0.003 0.015 0.074 0.010 0.003 0.004 0.001 180 K 0.514 0.083 0.151 0.122 0.031 0.020 0.045 0.013 0.010 0.010 0.001