# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.428 0.292 0.159 0.085 0.029 0.006 0.001 2 T 0.226 0.361 0.230 0.123 0.046 0.011 0.002 3 R 0.023 0.114 0.223 0.338 0.230 0.066 0.007 4 Y 0.001 0.002 0.016 0.091 0.293 0.461 0.137 5 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.390 0.562 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.143 0.843 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.925 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 0.930 9 R 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.154 0.820 10 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.212 0.751 11 I 0.001 0.002 0.004 0.013 0.053 0.267 0.660 12 N 0.004 0.014 0.029 0.070 0.151 0.365 0.368 13 V 0.016 0.030 0.048 0.107 0.217 0.358 0.223 14 G 0.042 0.068 0.106 0.205 0.254 0.250 0.075 15 G 0.083 0.145 0.174 0.236 0.214 0.127 0.022 16 K 0.140 0.298 0.264 0.191 0.079 0.023 0.004 17 N 0.118 0.187 0.186 0.216 0.173 0.100 0.019 18 K 0.049 0.199 0.271 0.252 0.140 0.077 0.011 19 V 0.017 0.025 0.056 0.152 0.320 0.361 0.069 20 V 0.043 0.244 0.322 0.249 0.101 0.037 0.004 21 M 0.014 0.075 0.159 0.270 0.289 0.174 0.019 22 A 0.208 0.362 0.236 0.133 0.048 0.012 0.001 23 E 0.140 0.449 0.277 0.108 0.022 0.004 0.001 24 L 0.008 0.018 0.062 0.249 0.442 0.216 0.005 25 R 0.031 0.190 0.407 0.289 0.074 0.009 0.001 26 Q 0.431 0.489 0.070 0.008 0.001 0.001 0.001 27 E 0.031 0.142 0.364 0.366 0.090 0.008 0.001 28 L 0.013 0.016 0.048 0.252 0.506 0.163 0.002 29 T 0.148 0.440 0.304 0.092 0.014 0.001 0.001 30 N 0.588 0.344 0.054 0.012 0.002 0.001 0.001 31 L 0.054 0.178 0.340 0.315 0.097 0.016 0.001 32 G 0.112 0.282 0.300 0.225 0.071 0.010 0.001 33 L 0.051 0.117 0.202 0.317 0.255 0.058 0.001 34 E 0.402 0.449 0.119 0.025 0.003 0.001 0.001 35 K 0.130 0.379 0.325 0.137 0.026 0.003 0.001 36 V 0.004 0.014 0.042 0.202 0.471 0.259 0.009 37 E 0.016 0.104 0.263 0.357 0.201 0.053 0.006 38 S 0.008 0.034 0.070 0.129 0.227 0.419 0.113 39 Y 0.002 0.011 0.037 0.113 0.231 0.405 0.202 40 I 0.001 0.003 0.009 0.029 0.097 0.360 0.501 41 N 0.003 0.009 0.016 0.039 0.101 0.304 0.529 42 S 0.003 0.011 0.020 0.045 0.109 0.326 0.487 43 G 0.003 0.010 0.024 0.071 0.172 0.364 0.356 44 N 0.005 0.021 0.058 0.139 0.240 0.357 0.181 45 I 0.006 0.013 0.022 0.053 0.155 0.477 0.273 46 F 0.006 0.016 0.042 0.116 0.264 0.434 0.122 47 F 0.009 0.024 0.070 0.190 0.358 0.304 0.045 48 T 0.095 0.255 0.291 0.232 0.099 0.024 0.003 49 S 0.306 0.365 0.197 0.095 0.029 0.007 0.001 50 I 0.604 0.264 0.085 0.034 0.010 0.002 0.001 51 D 0.667 0.192 0.079 0.042 0.015 0.004 0.001 52 S 0.559 0.280 0.112 0.040 0.008 0.001 0.001 53 K 0.256 0.339 0.267 0.113 0.023 0.003 0.001 54 A 0.613 0.285 0.079 0.019 0.003 0.001 0.001 55 Q 0.295 0.471 0.182 0.044 0.007 0.001 0.001 56 L 0.017 0.033 0.103 0.368 0.397 0.081 0.001 57 V 0.019 0.128 0.329 0.346 0.151 0.026 0.001 58 E 0.253 0.524 0.186 0.032 0.004 0.001 0.001 59 K 0.028 0.104 0.324 0.405 0.127 0.011 0.001 60 L 0.006 0.011 0.016 0.073 0.354 0.519 0.021 61 E 0.021 0.095 0.283 0.377 0.181 0.042 0.001 62 T 0.124 0.530 0.252 0.077 0.014 0.003 0.001 63 F 0.017 0.054 0.192 0.428 0.252 0.055 0.002 64 F 0.015 0.026 0.062 0.257 0.454 0.181 0.005 65 A 0.175 0.439 0.271 0.093 0.018 0.002 0.001 66 V 0.469 0.386 0.108 0.032 0.005 0.001 0.001 67 H 0.125 0.276 0.304 0.213 0.067 0.014 0.001 68 Y 0.107 0.161 0.241 0.282 0.168 0.041 0.002 69 P 0.467 0.349 0.120 0.045 0.014 0.003 0.001 70 F 0.077 0.128 0.192 0.290 0.230 0.078 0.005 71 I 0.154 0.283 0.252 0.182 0.092 0.034 0.005 72 Q 0.034 0.069 0.128 0.247 0.296 0.196 0.030 73 S 0.023 0.057 0.137 0.265 0.279 0.206 0.033 74 F 0.004 0.012 0.030 0.090 0.241 0.459 0.164 75 S 0.003 0.006 0.013 0.040 0.137 0.500 0.300 76 L 0.003 0.009 0.024 0.076 0.210 0.487 0.192 77 L 0.003 0.010 0.030 0.113 0.299 0.426 0.119 78 S 0.024 0.133 0.205 0.253 0.242 0.134 0.009 79 L 0.016 0.102 0.296 0.343 0.189 0.051 0.003 80 E 0.482 0.390 0.094 0.024 0.008 0.002 0.001 81 D 0.087 0.290 0.322 0.217 0.069 0.014 0.001 82 F 0.006 0.010 0.037 0.212 0.488 0.241 0.005 83 E 0.042 0.267 0.413 0.226 0.048 0.005 0.001 84 A 0.342 0.520 0.115 0.020 0.003 0.001 0.001 85 E 0.026 0.090 0.240 0.371 0.221 0.051 0.001 86 L 0.016 0.031 0.100 0.327 0.406 0.117 0.003 87 E 0.287 0.473 0.185 0.045 0.008 0.001 0.001 88 N 0.371 0.351 0.167 0.083 0.023 0.005 0.001 89 L 0.048 0.102 0.194 0.300 0.245 0.106 0.006 90 P 0.123 0.162 0.180 0.206 0.192 0.120 0.018 91 A 0.147 0.162 0.171 0.218 0.179 0.102 0.020 92 W 0.150 0.213 0.227 0.211 0.131 0.060 0.008 93 W 0.139 0.133 0.196 0.243 0.184 0.095 0.010 94 S 0.437 0.306 0.143 0.070 0.029 0.013 0.002 95 R 0.358 0.315 0.190 0.098 0.031 0.007 0.001 96 D 0.519 0.281 0.108 0.062 0.023 0.006 0.001 97 L 0.200 0.201 0.197 0.217 0.140 0.043 0.003 98 A 0.413 0.293 0.163 0.091 0.031 0.008 0.001 99 R 0.212 0.339 0.246 0.141 0.050 0.011 0.001 100 K 0.045 0.132 0.225 0.285 0.207 0.096 0.012 101 D 0.004 0.021 0.078 0.203 0.346 0.311 0.038 102 F 0.001 0.005 0.014 0.044 0.161 0.525 0.250 103 L 0.002 0.010 0.036 0.111 0.242 0.433 0.166 104 F 0.002 0.007 0.017 0.048 0.162 0.504 0.260 105 Y 0.006 0.019 0.047 0.160 0.351 0.359 0.058 106 T 0.026 0.134 0.258 0.324 0.198 0.056 0.004 107 E 0.195 0.324 0.259 0.153 0.056 0.011 0.001 108 G 0.296 0.363 0.188 0.105 0.039 0.010 0.001 109 L 0.043 0.080 0.217 0.350 0.247 0.060 0.002 110 D 0.407 0.412 0.136 0.037 0.007 0.001 0.001 111 V 0.107 0.215 0.294 0.248 0.106 0.029 0.002 112 D 0.682 0.200 0.062 0.031 0.017 0.007 0.001 113 Q 0.389 0.385 0.151 0.056 0.016 0.003 0.001 114 V 0.051 0.088 0.198 0.357 0.241 0.062 0.002 115 I 0.099 0.225 0.317 0.255 0.093 0.012 0.001 116 A 0.527 0.366 0.089 0.016 0.002 0.001 0.001 117 T 0.113 0.259 0.345 0.220 0.056 0.006 0.001 118 V 0.045 0.058 0.132 0.335 0.356 0.074 0.001 119 E 0.361 0.417 0.165 0.048 0.008 0.001 0.001 120 S 0.571 0.311 0.087 0.027 0.004 0.001 0.001 121 L 0.104 0.227 0.314 0.261 0.082 0.012 0.001 122 E 0.485 0.331 0.128 0.046 0.009 0.001 0.001 123 L 0.475 0.240 0.146 0.093 0.038 0.009 0.001 124 K 0.547 0.275 0.110 0.047 0.016 0.004 0.001 125 D 0.222 0.357 0.251 0.124 0.038 0.007 0.001 126 E 0.065 0.135 0.198 0.268 0.230 0.094 0.008 127 V 0.041 0.160 0.257 0.279 0.184 0.069 0.009 128 L 0.024 0.048 0.088 0.187 0.300 0.297 0.055 129 Y 0.020 0.077 0.177 0.291 0.257 0.157 0.021 130 F 0.018 0.034 0.067 0.172 0.324 0.320 0.065 131 G 0.083 0.195 0.240 0.246 0.151 0.071 0.015 132 K 0.186 0.315 0.215 0.148 0.079 0.042 0.016 133 L 0.034 0.113 0.206 0.272 0.214 0.135 0.026 134 G 0.009 0.024 0.063 0.163 0.315 0.352 0.075 135 I 0.006 0.011 0.020 0.045 0.123 0.423 0.371 136 F 0.009 0.019 0.039 0.084 0.184 0.427 0.238 137 W 0.008 0.019 0.041 0.105 0.244 0.379 0.205 138 G 0.040 0.080 0.111 0.210 0.284 0.221 0.053 139 K 0.052 0.154 0.234 0.262 0.189 0.099 0.010 140 F 0.066 0.124 0.198 0.281 0.226 0.096 0.008 141 S 0.117 0.160 0.199 0.256 0.192 0.072 0.004 142 E 0.531 0.297 0.116 0.043 0.011 0.002 0.001 143 E 0.591 0.267 0.092 0.036 0.011 0.003 0.001 144 S 0.543 0.288 0.105 0.045 0.015 0.004 0.001 145 Y 0.146 0.187 0.239 0.251 0.134 0.041 0.003 146 S 0.221 0.265 0.227 0.169 0.086 0.028 0.004 147 K 0.109 0.236 0.266 0.215 0.120 0.048 0.006 148 T 0.058 0.102 0.151 0.235 0.258 0.171 0.026 149 A 0.056 0.194 0.241 0.232 0.157 0.096 0.024 150 Y 0.019 0.040 0.079 0.194 0.300 0.298 0.071 151 H 0.031 0.091 0.158 0.267 0.258 0.169 0.027 152 K 0.142 0.262 0.232 0.189 0.109 0.054 0.013 153 Y 0.071 0.171 0.268 0.260 0.149 0.071 0.010 154 L 0.055 0.068 0.099 0.196 0.294 0.255 0.033 155 L 0.109 0.163 0.199 0.236 0.184 0.095 0.013 156 K 0.391 0.345 0.151 0.073 0.027 0.010 0.003 157 V 0.180 0.220 0.219 0.211 0.117 0.045 0.008 158 P 0.144 0.223 0.229 0.209 0.129 0.059 0.007 159 F 0.103 0.115 0.156 0.248 0.236 0.123 0.019 160 Y 0.250 0.310 0.198 0.135 0.069 0.030 0.007 161 R 0.088 0.178 0.228 0.253 0.165 0.074 0.014 162 H 0.060 0.106 0.164 0.226 0.223 0.179 0.044 163 I 0.010 0.020 0.044 0.105 0.214 0.425 0.181 164 T 0.010 0.022 0.043 0.094 0.186 0.370 0.275 165 I 0.011 0.022 0.029 0.060 0.137 0.366 0.376 166 R 0.007 0.018 0.034 0.082 0.173 0.362 0.324 167 N 0.003 0.010 0.019 0.051 0.134 0.383 0.399 168 A 0.010 0.030 0.070 0.166 0.298 0.327 0.099 169 K 0.011 0.075 0.198 0.294 0.234 0.152 0.036 170 T 0.002 0.010 0.023 0.072 0.212 0.506 0.176 171 F 0.007 0.019 0.036 0.093 0.259 0.489 0.096 172 D 0.081 0.248 0.309 0.240 0.092 0.028 0.002 173 K 0.042 0.127 0.299 0.313 0.167 0.049 0.003 174 I 0.051 0.027 0.027 0.110 0.328 0.425 0.031 175 G 0.128 0.215 0.283 0.254 0.102 0.017 0.001 176 Q 0.493 0.339 0.116 0.042 0.009 0.001 0.001 177 M 0.255 0.230 0.245 0.186 0.067 0.017 0.001 178 L 0.249 0.175 0.240 0.226 0.090 0.021 0.001 179 K 0.739 0.190 0.050 0.015 0.005 0.001 0.001 180 K 0.856 0.110 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001