# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.032 0.002 0.061 0.039 0.052 0.157 0.004 0.001 0.038 0.602 2 T 0.007 0.029 0.001 0.081 0.039 0.058 0.117 0.002 0.001 0.105 0.561 3 R 0.001 0.040 0.002 0.381 0.147 0.132 0.043 0.001 0.001 0.099 0.153 4 Y 0.002 0.013 0.001 0.381 0.105 0.203 0.017 0.001 0.001 0.200 0.077 5 A 0.001 0.013 0.001 0.607 0.159 0.083 0.011 0.001 0.001 0.042 0.082 6 L 0.003 0.003 0.002 0.675 0.102 0.092 0.014 0.001 0.001 0.066 0.041 7 L 0.039 0.011 0.002 0.407 0.093 0.162 0.042 0.005 0.001 0.108 0.130 8 V 0.103 0.009 0.002 0.223 0.063 0.107 0.107 0.003 0.002 0.064 0.317 9 R 0.026 0.008 0.001 0.136 0.088 0.164 0.129 0.003 0.001 0.044 0.402 10 G 0.011 0.005 0.001 0.139 0.076 0.122 0.148 0.002 0.001 0.047 0.448 11 I 0.029 0.005 0.003 0.164 0.138 0.093 0.137 0.006 0.001 0.090 0.333 12 N 0.088 0.018 0.004 0.166 0.044 0.067 0.129 0.004 0.002 0.108 0.369 13 V 0.105 0.027 0.004 0.080 0.025 0.056 0.131 0.004 0.002 0.086 0.479 14 G 0.075 0.063 0.003 0.075 0.017 0.044 0.139 0.006 0.002 0.063 0.511 15 G 0.148 0.262 0.003 0.029 0.015 0.032 0.117 0.013 0.002 0.056 0.324 16 K 0.086 0.282 0.003 0.028 0.028 0.035 0.119 0.010 0.001 0.060 0.349 17 N 0.037 0.567 0.002 0.013 0.020 0.036 0.060 0.008 0.001 0.023 0.232 18 K 0.027 0.664 0.002 0.013 0.018 0.021 0.036 0.005 0.001 0.036 0.178 19 V 0.014 0.808 0.006 0.007 0.008 0.009 0.021 0.005 0.001 0.040 0.082 20 V 0.009 0.912 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.031 0.032 21 M 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.013 22 A 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.055 0.015 23 E 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.014 24 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 25 R 0.005 0.173 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.799 0.016 26 Q 0.003 0.163 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.789 0.030 27 E 0.035 0.779 0.027 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.006 0.072 0.053 28 L 0.067 0.080 0.429 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.259 0.045 0.084 29 T 0.478 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.001 0.010 0.360 30 N 0.060 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.002 0.015 0.825 31 L 0.058 0.039 0.030 0.008 0.001 0.002 0.175 0.006 0.007 0.040 0.634 32 G 0.041 0.061 0.002 0.008 0.004 0.006 0.139 0.005 0.001 0.037 0.695 33 L 0.087 0.067 0.002 0.011 0.008 0.007 0.138 0.004 0.001 0.043 0.632 34 E 0.029 0.073 0.002 0.118 0.026 0.043 0.156 0.005 0.001 0.122 0.426 35 K 0.016 0.089 0.002 0.125 0.031 0.074 0.111 0.004 0.001 0.134 0.414 36 V 0.014 0.105 0.003 0.192 0.118 0.118 0.080 0.007 0.001 0.056 0.306 37 E 0.010 0.034 0.002 0.252 0.118 0.184 0.036 0.002 0.001 0.218 0.144 38 S 0.005 0.024 0.003 0.276 0.130 0.173 0.038 0.002 0.001 0.158 0.189 39 Y 0.021 0.016 0.006 0.286 0.135 0.166 0.050 0.003 0.002 0.146 0.169 40 I 0.031 0.005 0.010 0.201 0.144 0.190 0.068 0.002 0.005 0.132 0.213 41 N 0.049 0.010 0.002 0.133 0.103 0.206 0.092 0.004 0.002 0.092 0.307 42 S 0.116 0.016 0.003 0.083 0.036 0.090 0.143 0.008 0.002 0.079 0.425 43 G 0.016 0.007 0.002 0.110 0.088 0.166 0.160 0.006 0.001 0.073 0.371 44 N 0.007 0.005 0.001 0.148 0.094 0.224 0.105 0.002 0.001 0.121 0.295 45 I 0.006 0.002 0.001 0.266 0.134 0.155 0.082 0.001 0.001 0.086 0.267 46 F 0.006 0.002 0.002 0.298 0.137 0.219 0.065 0.001 0.001 0.070 0.198 47 F 0.024 0.004 0.002 0.183 0.094 0.180 0.086 0.002 0.001 0.112 0.314 48 T 0.064 0.010 0.002 0.098 0.037 0.072 0.137 0.003 0.002 0.114 0.462 49 S 0.074 0.034 0.002 0.022 0.007 0.015 0.151 0.005 0.002 0.073 0.615 50 I 0.089 0.087 0.002 0.013 0.006 0.009 0.120 0.005 0.001 0.082 0.585 51 D 0.045 0.258 0.003 0.009 0.004 0.007 0.091 0.007 0.001 0.106 0.469 52 S 0.031 0.711 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.006 0.001 0.105 0.120 53 K 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.021 54 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 55 Q 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.007 56 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 57 V 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 58 E 0.002 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.870 0.004 59 K 0.002 0.675 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.292 0.018 60 L 0.002 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.007 61 E 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.019 62 T 0.016 0.773 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.067 0.126 63 F 0.068 0.328 0.144 0.001 0.001 0.001 0.031 0.029 0.074 0.233 0.092 64 F 0.408 0.093 0.115 0.003 0.001 0.001 0.024 0.062 0.086 0.103 0.104 65 A 0.196 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.074 0.001 0.004 0.023 0.686 66 V 0.019 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.095 0.001 0.001 0.011 0.864 67 H 0.017 0.003 0.002 0.008 0.001 0.003 0.147 0.004 0.001 0.036 0.778 68 Y 0.068 0.001 0.001 0.007 0.012 0.016 0.167 0.027 0.001 0.071 0.628 69 P 0.053 0.001 0.001 0.025 0.004 0.013 0.098 0.001 0.001 0.028 0.776 70 F 0.015 0.001 0.001 0.056 0.019 0.046 0.101 0.001 0.001 0.030 0.730 71 I 0.013 0.002 0.001 0.153 0.036 0.039 0.138 0.001 0.001 0.036 0.580 72 Q 0.002 0.001 0.001 0.220 0.101 0.099 0.116 0.002 0.001 0.032 0.428 73 S 0.001 0.001 0.001 0.541 0.100 0.153 0.029 0.001 0.001 0.041 0.134 74 F 0.001 0.001 0.001 0.507 0.111 0.188 0.021 0.001 0.001 0.032 0.139 75 S 0.001 0.001 0.001 0.506 0.186 0.173 0.015 0.001 0.001 0.030 0.089 76 L 0.004 0.002 0.001 0.377 0.160 0.154 0.033 0.001 0.001 0.097 0.171 77 L 0.002 0.008 0.001 0.251 0.092 0.107 0.067 0.002 0.001 0.097 0.374 78 S 0.060 0.605 0.002 0.021 0.010 0.014 0.036 0.010 0.002 0.078 0.162 79 L 0.064 0.786 0.004 0.004 0.001 0.002 0.010 0.006 0.001 0.046 0.076 80 E 0.020 0.603 0.003 0.003 0.003 0.004 0.023 0.003 0.001 0.194 0.144 81 D 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.016 0.025 82 F 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.012 83 E 0.016 0.724 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.190 0.050 84 A 0.033 0.499 0.038 0.003 0.001 0.001 0.030 0.005 0.015 0.265 0.109 85 E 0.260 0.257 0.039 0.006 0.001 0.002 0.041 0.072 0.013 0.195 0.114 86 L 0.325 0.045 0.020 0.016 0.002 0.005 0.080 0.010 0.018 0.112 0.366 87 E 0.018 0.016 0.001 0.013 0.002 0.005 0.127 0.001 0.001 0.013 0.805 88 N 0.019 0.016 0.002 0.008 0.002 0.005 0.105 0.004 0.001 0.019 0.820 89 L 0.342 0.020 0.002 0.008 0.006 0.006 0.131 0.034 0.001 0.121 0.329 90 P 0.094 0.017 0.002 0.013 0.001 0.005 0.097 0.002 0.001 0.038 0.729 91 A 0.061 0.031 0.004 0.016 0.004 0.014 0.108 0.004 0.001 0.033 0.723 92 W 0.270 0.051 0.003 0.011 0.008 0.012 0.073 0.007 0.002 0.049 0.515 93 W 0.115 0.039 0.001 0.010 0.010 0.018 0.099 0.009 0.001 0.049 0.647 94 S 0.070 0.048 0.003 0.010 0.010 0.019 0.093 0.002 0.001 0.032 0.712 95 R 0.056 0.025 0.006 0.011 0.016 0.024 0.110 0.005 0.002 0.039 0.707 96 D 0.241 0.024 0.002 0.007 0.025 0.029 0.111 0.011 0.001 0.066 0.483 97 L 0.116 0.011 0.003 0.017 0.014 0.027 0.120 0.003 0.001 0.054 0.636 98 A 0.017 0.006 0.001 0.027 0.030 0.064 0.145 0.001 0.001 0.039 0.669 99 R 0.008 0.006 0.001 0.061 0.100 0.133 0.153 0.002 0.001 0.061 0.476 100 K 0.002 0.005 0.001 0.132 0.155 0.192 0.104 0.001 0.001 0.070 0.338 101 D 0.001 0.002 0.001 0.279 0.195 0.327 0.026 0.001 0.001 0.073 0.095 102 F 0.001 0.001 0.001 0.288 0.208 0.268 0.019 0.001 0.001 0.111 0.104 103 L 0.001 0.001 0.001 0.455 0.219 0.204 0.014 0.001 0.001 0.048 0.058 104 F 0.011 0.002 0.002 0.328 0.165 0.262 0.035 0.001 0.001 0.089 0.105 105 Y 0.031 0.003 0.002 0.226 0.124 0.214 0.067 0.004 0.002 0.096 0.231 106 T 0.224 0.011 0.001 0.052 0.029 0.062 0.111 0.004 0.002 0.060 0.444 107 E 0.053 0.006 0.001 0.027 0.020 0.045 0.147 0.007 0.001 0.049 0.645 108 G 0.036 0.017 0.001 0.014 0.014 0.018 0.125 0.001 0.001 0.033 0.739 109 L 0.009 0.034 0.001 0.015 0.023 0.027 0.133 0.006 0.001 0.037 0.714 110 D 0.040 0.664 0.001 0.003 0.005 0.004 0.037 0.006 0.001 0.030 0.209 111 V 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.003 0.027 112 D 0.033 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.025 0.053 113 Q 0.008 0.356 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.558 0.052 114 V 0.014 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.025 0.029 115 I 0.031 0.858 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.026 0.057 116 A 0.036 0.535 0.014 0.005 0.002 0.003 0.028 0.004 0.006 0.192 0.176 117 T 0.055 0.722 0.004 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 0.002 0.046 0.133 118 V 0.118 0.534 0.043 0.003 0.001 0.003 0.025 0.042 0.018 0.064 0.149 119 E 0.170 0.390 0.022 0.006 0.001 0.003 0.060 0.010 0.017 0.035 0.286 120 S 0.112 0.138 0.003 0.004 0.002 0.006 0.080 0.007 0.002 0.027 0.619 121 L 0.169 0.038 0.004 0.007 0.004 0.006 0.107 0.007 0.002 0.065 0.592 122 E 0.033 0.027 0.004 0.021 0.005 0.012 0.136 0.002 0.002 0.030 0.729 123 L 0.031 0.065 0.004 0.013 0.004 0.008 0.071 0.002 0.002 0.014 0.786 124 K 0.210 0.295 0.003 0.009 0.009 0.008 0.070 0.028 0.001 0.054 0.312 125 D 0.196 0.321 0.004 0.009 0.004 0.006 0.053 0.012 0.002 0.050 0.343 126 E 0.127 0.255 0.004 0.037 0.027 0.060 0.071 0.010 0.001 0.049 0.361 127 V 0.063 0.089 0.005 0.047 0.056 0.118 0.096 0.005 0.002 0.065 0.454 128 L 0.079 0.034 0.010 0.085 0.100 0.102 0.117 0.006 0.004 0.078 0.387 129 Y 0.151 0.016 0.006 0.074 0.076 0.101 0.106 0.006 0.003 0.054 0.407 130 F 0.111 0.007 0.002 0.030 0.034 0.084 0.119 0.005 0.002 0.033 0.573 131 G 0.047 0.009 0.002 0.040 0.025 0.072 0.135 0.005 0.001 0.038 0.627 132 K 0.010 0.010 0.002 0.055 0.075 0.149 0.136 0.003 0.001 0.044 0.515 133 L 0.003 0.006 0.001 0.098 0.206 0.358 0.059 0.001 0.001 0.071 0.197 134 G 0.002 0.004 0.001 0.171 0.255 0.297 0.035 0.001 0.001 0.075 0.159 135 I 0.002 0.004 0.001 0.210 0.315 0.271 0.026 0.001 0.001 0.040 0.130 136 F 0.007 0.006 0.002 0.209 0.229 0.307 0.032 0.001 0.001 0.057 0.149 137 W 0.018 0.006 0.001 0.137 0.188 0.306 0.044 0.003 0.001 0.105 0.193 138 G 0.031 0.007 0.001 0.084 0.149 0.319 0.069 0.002 0.001 0.096 0.241 139 K 0.016 0.007 0.003 0.065 0.163 0.260 0.103 0.001 0.003 0.050 0.329 140 F 0.023 0.005 0.006 0.055 0.102 0.148 0.110 0.004 0.005 0.040 0.503 141 S 0.328 0.021 0.003 0.022 0.040 0.043 0.075 0.013 0.002 0.090 0.362 142 E 0.220 0.014 0.002 0.011 0.007 0.011 0.082 0.004 0.001 0.062 0.586 143 E 0.015 0.007 0.001 0.011 0.006 0.018 0.115 0.004 0.001 0.027 0.795 144 S 0.078 0.026 0.001 0.016 0.021 0.033 0.132 0.005 0.001 0.084 0.603 145 Y 0.054 0.053 0.002 0.024 0.039 0.037 0.127 0.006 0.001 0.082 0.577 146 S 0.052 0.095 0.002 0.015 0.030 0.039 0.121 0.006 0.001 0.037 0.602 147 K 0.032 0.239 0.002 0.020 0.035 0.037 0.097 0.010 0.001 0.049 0.479 148 T 0.071 0.607 0.003 0.008 0.010 0.015 0.044 0.014 0.001 0.034 0.193 149 A 0.061 0.687 0.006 0.010 0.010 0.012 0.023 0.010 0.002 0.041 0.138 150 Y 0.063 0.629 0.019 0.007 0.011 0.017 0.032 0.013 0.008 0.034 0.169 151 H 0.165 0.546 0.008 0.007 0.016 0.020 0.031 0.017 0.004 0.032 0.154 152 K 0.146 0.196 0.038 0.019 0.022 0.041 0.075 0.019 0.021 0.065 0.356 153 Y 0.187 0.057 0.008 0.019 0.028 0.062 0.091 0.015 0.003 0.050 0.478 154 L 0.076 0.012 0.004 0.027 0.018 0.046 0.093 0.003 0.002 0.039 0.680 155 L 0.022 0.007 0.003 0.024 0.048 0.061 0.109 0.002 0.001 0.025 0.699 156 K 0.014 0.005 0.002 0.018 0.021 0.031 0.092 0.002 0.001 0.018 0.797 157 V 0.034 0.001 0.001 0.010 0.099 0.066 0.111 0.032 0.001 0.045 0.600 158 P 0.085 0.005 0.002 0.041 0.025 0.042 0.106 0.002 0.001 0.039 0.652 159 F 0.014 0.003 0.001 0.064 0.052 0.140 0.093 0.004 0.001 0.031 0.597 160 Y 0.013 0.005 0.001 0.118 0.069 0.120 0.103 0.001 0.001 0.072 0.498 161 R 0.002 0.006 0.001 0.135 0.214 0.285 0.063 0.003 0.001 0.049 0.242 162 H 0.011 0.011 0.001 0.135 0.174 0.241 0.056 0.001 0.001 0.052 0.317 163 I 0.005 0.007 0.001 0.121 0.275 0.306 0.036 0.001 0.001 0.043 0.206 164 T 0.016 0.022 0.002 0.068 0.201 0.342 0.050 0.002 0.001 0.101 0.194 165 I 0.078 0.035 0.007 0.084 0.137 0.174 0.068 0.005 0.004 0.084 0.325 166 R 0.066 0.082 0.002 0.036 0.091 0.096 0.085 0.008 0.002 0.152 0.380 167 N 0.057 0.432 0.002 0.012 0.019 0.028 0.052 0.006 0.001 0.049 0.343 168 A 0.030 0.364 0.004 0.027 0.024 0.033 0.054 0.007 0.001 0.092 0.363 169 K 0.011 0.670 0.003 0.012 0.018 0.020 0.026 0.003 0.001 0.123 0.113 170 T 0.007 0.912 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.021 0.041 171 F 0.007 0.952 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.015 172 D 0.005 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.023 173 K 0.002 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 174 I 0.015 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.004 0.013 175 G 0.032 0.731 0.014 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.008 0.115 0.074 176 Q 0.072 0.440 0.028 0.002 0.001 0.002 0.053 0.007 0.020 0.143 0.232 177 M 0.166 0.094 0.125 0.005 0.001 0.003 0.062 0.031 0.061 0.178 0.274 178 L 0.343 0.038 0.009 0.005 0.002 0.004 0.075 0.010 0.007 0.058 0.449 179 K 0.042 0.012 0.001 0.005 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 0.014 0.864 180 K 0.018 0.007 0.001 0.005 0.002 0.005 0.085 0.003 0.001 0.018 0.855