# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.103 0.025 0.074 0.128 0.081 0.038 0.526 2 T 0.014 0.259 0.034 0.106 0.247 0.065 0.098 0.177 3 R 0.003 0.160 0.065 0.113 0.282 0.040 0.205 0.133 4 Y 0.002 0.136 0.080 0.321 0.277 0.010 0.143 0.030 5 A 0.005 0.074 0.179 0.232 0.240 0.014 0.210 0.046 6 L 0.006 0.038 0.295 0.247 0.255 0.019 0.108 0.033 7 L 0.020 0.027 0.321 0.153 0.268 0.034 0.113 0.064 8 V 0.028 0.028 0.140 0.121 0.167 0.086 0.148 0.282 9 R 0.026 0.024 0.147 0.109 0.222 0.114 0.104 0.254 10 G 0.021 0.016 0.129 0.046 0.108 0.158 0.117 0.406 11 I 0.021 0.012 0.253 0.105 0.101 0.113 0.093 0.302 12 N 0.132 0.021 0.195 0.029 0.048 0.114 0.111 0.351 13 V 0.070 0.015 0.104 0.030 0.038 0.153 0.102 0.487 14 G 0.046 0.014 0.051 0.009 0.020 0.133 0.038 0.690 15 G 0.188 0.049 0.028 0.014 0.029 0.103 0.098 0.490 16 K 0.052 0.045 0.021 0.020 0.031 0.121 0.042 0.668 17 N 0.019 0.107 0.046 0.044 0.092 0.082 0.059 0.549 18 K 0.040 0.203 0.029 0.041 0.055 0.094 0.041 0.497 19 V 0.044 0.293 0.095 0.097 0.052 0.068 0.067 0.284 20 V 0.024 0.763 0.010 0.007 0.008 0.016 0.041 0.130 21 M 0.031 0.933 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 22 A 0.008 0.942 0.003 0.002 0.001 0.004 0.013 0.026 23 E 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 24 L 0.032 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 25 R 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 26 Q 0.002 0.124 0.001 0.001 0.001 0.004 0.845 0.023 27 E 0.113 0.634 0.011 0.001 0.001 0.029 0.080 0.133 28 L 0.135 0.213 0.060 0.011 0.005 0.082 0.191 0.304 29 T 0.219 0.122 0.008 0.001 0.003 0.046 0.052 0.549 30 N 0.243 0.070 0.005 0.001 0.001 0.063 0.027 0.590 31 L 0.019 0.046 0.059 0.005 0.003 0.227 0.037 0.603 32 G 0.082 0.122 0.029 0.003 0.005 0.104 0.091 0.564 33 L 0.104 0.153 0.054 0.002 0.003 0.081 0.081 0.523 34 E 0.014 0.059 0.183 0.006 0.005 0.080 0.455 0.197 35 K 0.019 0.206 0.052 0.004 0.006 0.075 0.340 0.298 36 V 0.035 0.358 0.061 0.007 0.009 0.120 0.107 0.303 37 E 0.025 0.335 0.132 0.016 0.027 0.071 0.146 0.248 38 S 0.034 0.211 0.218 0.018 0.052 0.042 0.329 0.095 39 Y 0.034 0.153 0.196 0.039 0.056 0.073 0.252 0.197 40 I 0.029 0.037 0.482 0.074 0.049 0.076 0.116 0.136 41 N 0.044 0.048 0.203 0.028 0.053 0.170 0.083 0.371 42 S 0.046 0.039 0.125 0.017 0.051 0.185 0.062 0.475 43 G 0.046 0.020 0.106 0.041 0.094 0.182 0.076 0.435 44 N 0.026 0.006 0.161 0.095 0.180 0.114 0.163 0.254 45 I 0.008 0.005 0.125 0.154 0.259 0.065 0.081 0.303 46 F 0.009 0.005 0.189 0.187 0.319 0.054 0.052 0.185 47 F 0.021 0.005 0.153 0.171 0.230 0.085 0.043 0.291 48 T 0.046 0.009 0.073 0.102 0.125 0.119 0.109 0.417 49 S 0.132 0.059 0.023 0.017 0.026 0.133 0.078 0.531 50 I 0.087 0.127 0.009 0.005 0.008 0.140 0.027 0.598 51 D 0.044 0.237 0.007 0.005 0.004 0.068 0.045 0.590 52 S 0.033 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.028 53 K 0.017 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.012 54 A 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.015 55 Q 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 56 L 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 57 V 0.015 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.102 0.003 58 E 0.001 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.007 59 K 0.002 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.012 60 L 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 61 E 0.009 0.937 0.005 0.001 0.001 0.004 0.025 0.019 62 T 0.049 0.816 0.004 0.001 0.001 0.012 0.050 0.067 63 F 0.184 0.360 0.079 0.004 0.002 0.033 0.250 0.089 64 F 0.334 0.166 0.045 0.006 0.006 0.051 0.162 0.230 65 A 0.172 0.014 0.022 0.001 0.002 0.051 0.051 0.688 66 V 0.020 0.007 0.029 0.004 0.005 0.099 0.038 0.798 67 H 0.025 0.003 0.030 0.003 0.004 0.080 0.024 0.829 68 Y 0.175 0.004 0.016 0.007 0.010 0.120 0.036 0.632 69 P 0.027 0.003 0.045 0.007 0.013 0.126 0.037 0.742 70 F 0.015 0.004 0.107 0.014 0.036 0.144 0.046 0.635 71 I 0.009 0.003 0.206 0.035 0.049 0.135 0.100 0.462 72 Q 0.004 0.003 0.330 0.073 0.078 0.080 0.089 0.343 73 S 0.003 0.002 0.591 0.062 0.098 0.040 0.068 0.135 74 F 0.003 0.002 0.523 0.114 0.155 0.024 0.070 0.108 75 S 0.003 0.009 0.683 0.070 0.128 0.013 0.032 0.062 76 L 0.011 0.035 0.394 0.155 0.168 0.041 0.036 0.161 77 L 0.006 0.042 0.469 0.114 0.079 0.053 0.078 0.160 78 S 0.039 0.812 0.014 0.006 0.008 0.017 0.047 0.056 79 L 0.074 0.863 0.007 0.001 0.001 0.007 0.025 0.022 80 E 0.010 0.884 0.005 0.002 0.001 0.010 0.027 0.060 81 D 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.016 82 F 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 83 E 0.030 0.911 0.004 0.001 0.001 0.002 0.037 0.015 84 A 0.055 0.327 0.042 0.003 0.002 0.015 0.421 0.136 85 E 0.300 0.253 0.037 0.003 0.002 0.034 0.226 0.145 86 L 0.753 0.016 0.020 0.001 0.001 0.021 0.046 0.142 87 E 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.042 0.009 0.918 88 N 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.036 0.004 0.946 89 L 0.149 0.063 0.011 0.004 0.003 0.190 0.031 0.549 90 P 0.129 0.040 0.028 0.004 0.004 0.130 0.073 0.592 91 A 0.175 0.066 0.022 0.003 0.004 0.094 0.059 0.576 92 W 0.173 0.077 0.057 0.007 0.009 0.106 0.091 0.480 93 W 0.105 0.060 0.037 0.009 0.010 0.103 0.040 0.637 94 S 0.063 0.041 0.023 0.008 0.015 0.097 0.046 0.708 95 R 0.050 0.019 0.021 0.012 0.015 0.103 0.063 0.716 96 D 0.270 0.028 0.020 0.015 0.026 0.091 0.094 0.456 97 L 0.182 0.012 0.019 0.011 0.017 0.108 0.062 0.589 98 A 0.031 0.008 0.030 0.020 0.055 0.129 0.028 0.699 99 R 0.007 0.005 0.050 0.028 0.110 0.127 0.039 0.633 100 K 0.002 0.003 0.136 0.136 0.297 0.078 0.049 0.299 101 D 0.003 0.002 0.213 0.284 0.339 0.025 0.052 0.083 102 F 0.002 0.001 0.241 0.268 0.284 0.022 0.056 0.126 103 L 0.002 0.001 0.404 0.200 0.307 0.012 0.025 0.049 104 F 0.004 0.002 0.233 0.282 0.353 0.019 0.041 0.067 105 Y 0.042 0.007 0.171 0.157 0.196 0.065 0.054 0.308 106 T 0.133 0.009 0.054 0.103 0.123 0.080 0.094 0.405 107 E 0.048 0.018 0.016 0.011 0.022 0.153 0.033 0.700 108 G 0.030 0.029 0.016 0.008 0.015 0.120 0.036 0.747 109 L 0.026 0.083 0.014 0.015 0.009 0.115 0.033 0.705 110 D 0.107 0.700 0.004 0.003 0.003 0.022 0.034 0.127 111 V 0.053 0.894 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 0.031 112 D 0.046 0.862 0.004 0.001 0.001 0.008 0.020 0.058 113 Q 0.033 0.235 0.024 0.005 0.004 0.022 0.574 0.104 114 V 0.039 0.673 0.009 0.002 0.003 0.022 0.191 0.060 115 I 0.238 0.580 0.009 0.001 0.002 0.019 0.051 0.100 116 A 0.025 0.303 0.017 0.009 0.008 0.056 0.123 0.459 117 T 0.019 0.445 0.008 0.002 0.004 0.046 0.121 0.355 118 V 0.117 0.722 0.006 0.002 0.001 0.021 0.050 0.079 119 E 0.117 0.507 0.027 0.012 0.010 0.046 0.063 0.218 120 S 0.162 0.276 0.015 0.002 0.004 0.052 0.078 0.410 121 L 0.149 0.145 0.057 0.008 0.007 0.086 0.121 0.427 122 E 0.111 0.056 0.028 0.005 0.006 0.096 0.044 0.654 123 L 0.056 0.054 0.009 0.002 0.003 0.069 0.028 0.780 124 K 0.051 0.158 0.015 0.005 0.009 0.105 0.033 0.624 125 D 0.068 0.207 0.029 0.017 0.029 0.078 0.095 0.477 126 E 0.032 0.140 0.047 0.085 0.111 0.068 0.068 0.450 127 V 0.021 0.026 0.086 0.140 0.234 0.073 0.086 0.335 128 L 0.038 0.013 0.063 0.222 0.183 0.087 0.052 0.342 129 Y 0.037 0.008 0.059 0.114 0.220 0.084 0.060 0.418 130 F 0.021 0.004 0.029 0.036 0.070 0.104 0.041 0.696 131 G 0.110 0.016 0.029 0.072 0.108 0.137 0.079 0.449 132 K 0.018 0.009 0.029 0.053 0.116 0.120 0.045 0.610 133 L 0.004 0.007 0.158 0.124 0.380 0.069 0.054 0.204 134 G 0.002 0.006 0.182 0.186 0.381 0.025 0.076 0.142 135 I 0.006 0.005 0.255 0.338 0.234 0.024 0.031 0.108 136 F 0.028 0.009 0.296 0.244 0.232 0.025 0.052 0.113 137 W 0.020 0.013 0.145 0.132 0.211 0.071 0.077 0.331 138 G 0.048 0.026 0.093 0.070 0.119 0.092 0.051 0.500 139 K 0.041 0.027 0.050 0.080 0.097 0.144 0.046 0.514 140 F 0.025 0.018 0.040 0.035 0.038 0.100 0.057 0.686 141 S 0.506 0.099 0.011 0.018 0.019 0.047 0.068 0.231 142 E 0.144 0.045 0.013 0.013 0.017 0.087 0.114 0.567 143 E 0.044 0.035 0.012 0.010 0.021 0.097 0.032 0.749 144 S 0.079 0.030 0.015 0.019 0.034 0.093 0.163 0.567 145 Y 0.036 0.047 0.017 0.022 0.025 0.164 0.070 0.619 146 S 0.048 0.152 0.019 0.018 0.042 0.101 0.047 0.572 147 K 0.033 0.205 0.011 0.015 0.017 0.081 0.065 0.573 148 T 0.051 0.760 0.011 0.007 0.009 0.027 0.040 0.096 149 A 0.045 0.732 0.012 0.011 0.011 0.032 0.037 0.122 150 Y 0.046 0.742 0.021 0.008 0.009 0.021 0.055 0.099 151 H 0.115 0.741 0.010 0.005 0.007 0.014 0.052 0.055 152 K 0.109 0.317 0.044 0.022 0.027 0.047 0.138 0.298 153 Y 0.183 0.161 0.025 0.025 0.038 0.067 0.085 0.416 154 L 0.154 0.028 0.021 0.026 0.027 0.083 0.080 0.582 155 L 0.016 0.011 0.017 0.023 0.044 0.122 0.048 0.720 156 K 0.028 0.005 0.018 0.011 0.020 0.074 0.041 0.802 157 V 0.326 0.009 0.011 0.022 0.018 0.088 0.036 0.490 158 P 0.070 0.007 0.025 0.014 0.024 0.085 0.044 0.732 159 F 0.011 0.004 0.049 0.018 0.066 0.157 0.025 0.671 160 Y 0.009 0.004 0.088 0.047 0.079 0.092 0.084 0.598 161 R 0.010 0.016 0.124 0.148 0.093 0.090 0.089 0.430 162 H 0.011 0.026 0.278 0.054 0.099 0.088 0.069 0.375 163 I 0.016 0.039 0.256 0.154 0.132 0.050 0.113 0.239 164 T 0.024 0.178 0.322 0.063 0.094 0.030 0.138 0.150 165 I 0.048 0.250 0.184 0.065 0.095 0.050 0.091 0.218 166 R 0.020 0.071 0.080 0.073 0.063 0.045 0.492 0.157 167 N 0.021 0.729 0.009 0.005 0.008 0.021 0.128 0.078 168 A 0.011 0.849 0.006 0.003 0.005 0.023 0.024 0.079 169 K 0.006 0.827 0.012 0.017 0.010 0.013 0.050 0.063 170 T 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 171 F 0.019 0.926 0.002 0.001 0.001 0.002 0.043 0.006 172 D 0.006 0.900 0.006 0.006 0.003 0.004 0.055 0.020 173 K 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 174 I 0.023 0.936 0.007 0.001 0.001 0.003 0.019 0.010 175 G 0.066 0.706 0.042 0.010 0.005 0.010 0.102 0.058 176 Q 0.127 0.309 0.018 0.005 0.005 0.032 0.088 0.417 177 M 0.281 0.078 0.056 0.012 0.009 0.061 0.193 0.310 178 L 0.194 0.020 0.016 0.008 0.007 0.079 0.106 0.571 179 K 0.039 0.005 0.002 0.001 0.002 0.040 0.015 0.896 180 K 0.017 0.006 0.005 0.003 0.005 0.079 0.016 0.869