# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.067 0.038 0.084 0.085 0.107 0.174 0.129 0.104 0.087 0.068 2 T 0.219 0.181 0.105 0.191 0.132 0.086 0.045 0.019 0.013 0.006 0.003 3 R 0.057 0.064 0.081 0.184 0.170 0.162 0.138 0.060 0.048 0.025 0.011 4 Y 0.002 0.005 0.007 0.033 0.060 0.105 0.246 0.175 0.150 0.122 0.096 5 A 0.001 0.001 0.004 0.011 0.014 0.026 0.102 0.141 0.229 0.238 0.233 6 L 0.001 0.001 0.009 0.010 0.021 0.031 0.108 0.178 0.203 0.234 0.205 7 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.015 0.058 0.135 0.231 0.268 0.279 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.040 0.101 0.257 0.280 0.308 9 R 0.001 0.001 0.004 0.012 0.034 0.062 0.182 0.226 0.213 0.154 0.112 10 G 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.028 0.095 0.142 0.233 0.227 0.248 11 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.073 0.120 0.239 0.260 0.279 12 N 0.003 0.005 0.013 0.031 0.045 0.063 0.166 0.179 0.181 0.163 0.152 13 V 0.003 0.005 0.009 0.017 0.028 0.053 0.145 0.158 0.202 0.181 0.199 14 G 0.026 0.036 0.029 0.071 0.083 0.098 0.169 0.142 0.141 0.105 0.100 15 G 0.064 0.066 0.030 0.105 0.089 0.093 0.158 0.108 0.115 0.095 0.077 16 K 0.163 0.119 0.046 0.144 0.136 0.121 0.114 0.055 0.051 0.030 0.020 17 N 0.088 0.083 0.042 0.127 0.106 0.113 0.172 0.085 0.087 0.060 0.039 18 K 0.105 0.077 0.055 0.189 0.153 0.121 0.145 0.071 0.044 0.027 0.013 19 V 0.059 0.025 0.047 0.045 0.041 0.064 0.136 0.138 0.164 0.153 0.128 20 V 0.026 0.217 0.078 0.187 0.153 0.133 0.107 0.056 0.026 0.011 0.006 21 M 0.010 0.019 0.025 0.053 0.061 0.092 0.216 0.146 0.151 0.130 0.096 22 A 0.516 0.090 0.119 0.135 0.077 0.033 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 23 E 0.210 0.179 0.138 0.261 0.125 0.060 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.047 0.094 0.219 0.312 0.312 25 R 0.004 0.015 0.033 0.092 0.196 0.264 0.279 0.071 0.027 0.014 0.005 26 Q 0.019 0.019 0.863 0.069 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.005 0.009 0.041 0.103 0.120 0.204 0.377 0.107 0.022 0.009 0.003 28 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.029 0.066 0.218 0.316 0.362 29 T 0.013 0.038 0.212 0.218 0.194 0.133 0.130 0.031 0.016 0.010 0.004 30 N 0.049 0.078 0.594 0.150 0.079 0.032 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 31 L 0.031 0.010 0.015 0.020 0.034 0.098 0.232 0.234 0.164 0.099 0.064 32 G 0.271 0.417 0.058 0.112 0.062 0.037 0.020 0.014 0.006 0.002 0.001 33 L 0.012 0.011 0.015 0.021 0.032 0.054 0.137 0.140 0.174 0.197 0.209 34 E 0.275 0.225 0.109 0.192 0.114 0.048 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 35 K 0.152 0.179 0.101 0.262 0.160 0.083 0.035 0.016 0.009 0.003 0.001 36 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.019 0.065 0.106 0.194 0.278 0.318 37 E 0.032 0.054 0.038 0.166 0.189 0.185 0.166 0.088 0.049 0.022 0.010 38 S 0.004 0.010 0.066 0.055 0.052 0.067 0.124 0.139 0.173 0.188 0.122 39 Y 0.007 0.014 0.036 0.057 0.082 0.120 0.194 0.171 0.129 0.103 0.089 40 I 0.002 0.003 0.005 0.012 0.015 0.029 0.093 0.137 0.233 0.251 0.219 41 N 0.024 0.055 0.053 0.160 0.155 0.137 0.154 0.105 0.070 0.051 0.036 42 S 0.005 0.011 0.010 0.033 0.046 0.069 0.141 0.134 0.190 0.187 0.173 43 G 0.017 0.024 0.016 0.067 0.089 0.116 0.175 0.136 0.163 0.117 0.079 44 N 0.008 0.011 0.012 0.075 0.095 0.111 0.204 0.151 0.146 0.111 0.077 45 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.033 0.112 0.159 0.215 0.228 0.217 46 F 0.002 0.004 0.012 0.025 0.025 0.025 0.079 0.134 0.215 0.226 0.254 47 F 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.022 0.082 0.129 0.221 0.259 0.257 48 T 0.038 0.067 0.101 0.184 0.172 0.136 0.142 0.070 0.048 0.026 0.017 49 S 0.121 0.118 0.093 0.164 0.136 0.126 0.129 0.053 0.037 0.015 0.006 50 I 0.287 0.103 0.047 0.112 0.084 0.079 0.124 0.069 0.049 0.030 0.016 51 D 0.469 0.198 0.066 0.118 0.056 0.039 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 52 S 0.107 0.340 0.121 0.119 0.098 0.082 0.063 0.038 0.020 0.008 0.003 53 K 0.108 0.126 0.074 0.184 0.174 0.155 0.115 0.039 0.016 0.006 0.003 54 A 0.623 0.063 0.156 0.078 0.040 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 55 Q 0.091 0.088 0.153 0.336 0.166 0.099 0.051 0.012 0.003 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.031 0.086 0.254 0.337 0.282 57 V 0.001 0.004 0.028 0.062 0.177 0.310 0.302 0.076 0.024 0.012 0.004 58 E 0.018 0.014 0.899 0.052 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.003 0.008 0.036 0.106 0.138 0.273 0.342 0.080 0.012 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.204 0.344 0.405 61 E 0.002 0.006 0.094 0.108 0.243 0.263 0.217 0.041 0.015 0.009 0.002 62 T 0.005 0.013 0.897 0.060 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.001 0.002 0.015 0.021 0.034 0.110 0.401 0.217 0.112 0.058 0.028 64 F 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.014 0.092 0.157 0.261 0.268 0.190 65 A 0.011 0.029 0.399 0.196 0.160 0.097 0.068 0.017 0.011 0.009 0.004 66 V 0.026 0.057 0.525 0.174 0.084 0.066 0.049 0.011 0.005 0.003 0.001 67 H 0.069 0.068 0.089 0.134 0.104 0.122 0.197 0.112 0.061 0.033 0.012 68 Y 0.043 0.024 0.014 0.022 0.033 0.080 0.203 0.219 0.166 0.119 0.077 69 P 0.284 0.229 0.220 0.156 0.067 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 70 F 0.067 0.070 0.060 0.099 0.102 0.120 0.178 0.102 0.083 0.068 0.049 71 I 0.139 0.166 0.051 0.157 0.132 0.104 0.096 0.060 0.047 0.028 0.020 72 Q 0.028 0.039 0.024 0.090 0.088 0.124 0.191 0.120 0.133 0.096 0.068 73 S 0.055 0.071 0.070 0.207 0.187 0.148 0.116 0.066 0.043 0.025 0.013 74 F 0.002 0.003 0.005 0.015 0.022 0.040 0.120 0.158 0.228 0.225 0.184 75 S 0.003 0.006 0.016 0.037 0.048 0.058 0.146 0.168 0.202 0.167 0.148 76 L 0.004 0.004 0.033 0.024 0.025 0.030 0.094 0.116 0.210 0.244 0.216 77 L 0.013 0.025 0.085 0.102 0.116 0.136 0.212 0.119 0.088 0.061 0.043 78 S 0.017 0.117 0.081 0.117 0.102 0.125 0.167 0.127 0.088 0.041 0.018 79 L 0.037 0.042 0.024 0.099 0.128 0.180 0.248 0.120 0.068 0.036 0.019 80 E 0.719 0.085 0.099 0.057 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 D 0.089 0.114 0.084 0.264 0.188 0.133 0.091 0.025 0.009 0.003 0.001 82 F 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.012 0.065 0.112 0.232 0.285 0.280 83 E 0.008 0.028 0.099 0.192 0.252 0.215 0.149 0.034 0.013 0.007 0.002 84 A 0.032 0.034 0.763 0.107 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 85 E 0.005 0.009 0.032 0.064 0.078 0.140 0.346 0.176 0.083 0.046 0.022 86 L 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.015 0.081 0.145 0.249 0.269 0.225 87 E 0.026 0.052 0.311 0.226 0.167 0.097 0.066 0.023 0.016 0.011 0.005 88 N 0.048 0.085 0.404 0.176 0.111 0.081 0.054 0.021 0.011 0.006 0.002 89 L 0.013 0.014 0.009 0.028 0.043 0.087 0.220 0.215 0.170 0.122 0.078 90 P 0.163 0.097 0.042 0.085 0.077 0.092 0.126 0.116 0.100 0.059 0.043 91 A 0.169 0.118 0.126 0.194 0.130 0.083 0.072 0.039 0.034 0.021 0.014 92 W 0.152 0.113 0.087 0.133 0.116 0.095 0.112 0.064 0.056 0.041 0.031 93 W 0.071 0.080 0.024 0.105 0.091 0.101 0.183 0.117 0.103 0.071 0.055 94 S 0.275 0.203 0.090 0.159 0.101 0.063 0.049 0.027 0.018 0.010 0.005 95 R 0.305 0.141 0.078 0.138 0.104 0.080 0.067 0.036 0.027 0.015 0.008 96 D 0.457 0.216 0.072 0.104 0.069 0.040 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 97 L 0.098 0.078 0.036 0.090 0.090 0.108 0.168 0.118 0.096 0.067 0.050 98 A 0.185 0.216 0.119 0.163 0.118 0.080 0.057 0.030 0.018 0.009 0.005 99 R 0.097 0.100 0.129 0.206 0.145 0.118 0.095 0.047 0.033 0.020 0.010 100 K 0.063 0.064 0.083 0.129 0.136 0.152 0.159 0.088 0.064 0.041 0.022 101 D 0.015 0.030 0.033 0.114 0.121 0.145 0.196 0.138 0.108 0.067 0.035 102 F 0.002 0.003 0.010 0.014 0.021 0.042 0.116 0.149 0.215 0.232 0.196 103 L 0.008 0.013 0.042 0.087 0.103 0.113 0.193 0.158 0.125 0.093 0.064 104 F 0.002 0.004 0.019 0.022 0.026 0.034 0.099 0.125 0.194 0.238 0.237 105 Y 0.006 0.011 0.016 0.037 0.048 0.062 0.162 0.171 0.187 0.165 0.134 106 T 0.054 0.058 0.060 0.116 0.120 0.113 0.148 0.108 0.101 0.073 0.049 107 E 0.163 0.124 0.082 0.184 0.139 0.108 0.104 0.040 0.030 0.016 0.008 108 G 0.441 0.162 0.067 0.127 0.085 0.047 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 109 L 0.094 0.037 0.012 0.031 0.044 0.082 0.178 0.174 0.150 0.107 0.090 110 D 0.208 0.458 0.091 0.129 0.062 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 111 V 0.065 0.071 0.046 0.112 0.118 0.132 0.195 0.105 0.073 0.050 0.034 112 D 0.690 0.116 0.069 0.068 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.249 0.143 0.090 0.226 0.123 0.084 0.052 0.018 0.010 0.003 0.001 114 V 0.013 0.039 0.050 0.042 0.045 0.072 0.156 0.172 0.185 0.140 0.087 115 I 0.006 0.016 0.040 0.096 0.144 0.196 0.282 0.109 0.058 0.035 0.016 116 A 0.067 0.046 0.719 0.107 0.035 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 117 T 0.019 0.051 0.117 0.205 0.173 0.188 0.164 0.061 0.016 0.005 0.001 118 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.014 0.079 0.146 0.253 0.268 0.229 119 E 0.052 0.086 0.237 0.296 0.172 0.086 0.050 0.012 0.005 0.002 0.001 120 S 0.076 0.072 0.603 0.137 0.062 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 121 L 0.022 0.013 0.036 0.030 0.038 0.088 0.254 0.168 0.154 0.112 0.084 122 E 0.155 0.220 0.107 0.168 0.109 0.099 0.086 0.033 0.015 0.005 0.002 123 L 0.070 0.096 0.263 0.141 0.092 0.081 0.094 0.065 0.046 0.036 0.019 124 K 0.236 0.214 0.152 0.155 0.106 0.072 0.041 0.015 0.005 0.002 0.001 125 D 0.354 0.150 0.099 0.133 0.090 0.071 0.046 0.025 0.021 0.008 0.003 126 E 0.113 0.073 0.081 0.130 0.126 0.121 0.143 0.076 0.066 0.044 0.027 127 V 0.033 0.044 0.072 0.151 0.133 0.141 0.194 0.093 0.072 0.042 0.024 128 L 0.009 0.011 0.077 0.052 0.049 0.071 0.147 0.126 0.159 0.172 0.126 129 Y 0.014 0.036 0.102 0.129 0.126 0.147 0.190 0.119 0.065 0.045 0.027 130 F 0.008 0.015 0.031 0.036 0.039 0.062 0.135 0.167 0.185 0.181 0.141 131 G 0.077 0.079 0.051 0.110 0.119 0.129 0.143 0.109 0.087 0.057 0.039 132 K 0.195 0.153 0.085 0.165 0.129 0.095 0.066 0.039 0.040 0.021 0.011 133 L 0.034 0.033 0.019 0.073 0.097 0.132 0.202 0.117 0.126 0.096 0.072 134 G 0.027 0.032 0.024 0.091 0.089 0.102 0.179 0.129 0.136 0.107 0.084 135 I 0.004 0.006 0.014 0.030 0.036 0.054 0.140 0.148 0.180 0.202 0.187 136 F 0.005 0.013 0.030 0.050 0.059 0.069 0.137 0.153 0.159 0.164 0.161 137 W 0.003 0.006 0.011 0.022 0.031 0.048 0.119 0.136 0.210 0.215 0.199 138 G 0.048 0.039 0.057 0.112 0.127 0.120 0.155 0.096 0.110 0.081 0.055 139 K 0.072 0.058 0.052 0.155 0.127 0.119 0.172 0.087 0.076 0.051 0.030 140 F 0.027 0.034 0.022 0.059 0.061 0.076 0.172 0.149 0.154 0.136 0.111 141 S 0.042 0.052 0.025 0.063 0.066 0.083 0.177 0.153 0.136 0.109 0.093 142 E 0.273 0.186 0.116 0.177 0.121 0.061 0.034 0.015 0.009 0.005 0.002 143 E 0.392 0.136 0.097 0.128 0.092 0.061 0.047 0.020 0.016 0.008 0.004 144 S 0.308 0.202 0.046 0.141 0.105 0.070 0.063 0.034 0.020 0.008 0.003 145 Y 0.068 0.045 0.024 0.050 0.064 0.097 0.173 0.159 0.144 0.100 0.076 146 S 0.168 0.215 0.172 0.195 0.110 0.064 0.039 0.019 0.010 0.005 0.003 147 K 0.093 0.127 0.128 0.210 0.167 0.120 0.082 0.039 0.021 0.010 0.003 148 T 0.069 0.030 0.040 0.048 0.061 0.091 0.153 0.145 0.161 0.121 0.080 149 A 0.127 0.149 0.093 0.255 0.160 0.105 0.066 0.027 0.012 0.005 0.002 150 Y 0.009 0.018 0.045 0.046 0.048 0.070 0.149 0.153 0.174 0.174 0.114 151 H 0.026 0.047 0.067 0.109 0.116 0.142 0.194 0.120 0.085 0.057 0.037 152 K 0.081 0.087 0.196 0.205 0.149 0.117 0.085 0.035 0.027 0.014 0.005 153 Y 0.071 0.060 0.134 0.176 0.131 0.125 0.149 0.071 0.042 0.027 0.012 154 L 0.034 0.038 0.043 0.076 0.070 0.094 0.199 0.157 0.136 0.094 0.058 155 L 0.032 0.040 0.057 0.062 0.069 0.102 0.182 0.152 0.139 0.103 0.062 156 K 0.115 0.150 0.259 0.216 0.128 0.068 0.037 0.013 0.008 0.004 0.002 157 V 0.154 0.096 0.105 0.133 0.115 0.123 0.134 0.061 0.043 0.025 0.011 158 P 0.284 0.188 0.088 0.152 0.094 0.066 0.061 0.033 0.020 0.010 0.005 159 F 0.094 0.087 0.043 0.092 0.084 0.113 0.177 0.125 0.088 0.059 0.037 160 Y 0.158 0.191 0.146 0.174 0.128 0.083 0.053 0.029 0.020 0.011 0.006 161 R 0.095 0.096 0.098 0.181 0.141 0.133 0.123 0.052 0.042 0.025 0.014 162 H 0.085 0.073 0.073 0.165 0.153 0.142 0.133 0.074 0.054 0.032 0.016 163 I 0.006 0.008 0.011 0.032 0.043 0.077 0.186 0.183 0.183 0.156 0.116 164 T 0.006 0.013 0.028 0.050 0.054 0.067 0.128 0.159 0.182 0.167 0.146 165 I 0.004 0.005 0.022 0.023 0.030 0.047 0.110 0.131 0.201 0.222 0.207 166 R 0.011 0.027 0.050 0.098 0.116 0.123 0.179 0.126 0.113 0.090 0.068 167 N 0.006 0.016 0.016 0.052 0.064 0.096 0.191 0.160 0.176 0.133 0.090 168 A 0.022 0.016 0.018 0.043 0.050 0.071 0.144 0.135 0.187 0.172 0.143 169 K 0.102 0.090 0.079 0.211 0.153 0.123 0.123 0.056 0.035 0.019 0.010 170 T 0.007 0.021 0.022 0.043 0.053 0.066 0.142 0.154 0.186 0.176 0.131 171 F 0.005 0.006 0.007 0.017 0.031 0.066 0.168 0.171 0.205 0.165 0.159 172 D 0.124 0.095 0.195 0.231 0.136 0.084 0.063 0.029 0.023 0.013 0.006 173 K 0.013 0.034 0.046 0.143 0.165 0.182 0.227 0.100 0.048 0.028 0.014 174 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.013 0.057 0.100 0.245 0.282 0.282 175 G 0.016 0.016 0.035 0.087 0.135 0.174 0.251 0.119 0.085 0.055 0.028 176 Q 0.046 0.060 0.422 0.222 0.109 0.061 0.044 0.017 0.011 0.006 0.002 177 M 0.007 0.012 0.029 0.052 0.060 0.098 0.279 0.172 0.134 0.097 0.061 178 L 0.009 0.011 0.014 0.016 0.023 0.045 0.154 0.191 0.208 0.192 0.137 179 K 0.116 0.152 0.259 0.236 0.127 0.061 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 180 K 0.240 0.143 0.223 0.149 0.104 0.071 0.041 0.016 0.008 0.003 0.001