# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.025 0.036 0.026 0.039 0.127 0.018 0.627 2 T 0.109 0.019 0.038 0.033 0.042 0.178 0.017 0.563 3 R 0.036 0.025 0.071 0.042 0.050 0.137 0.007 0.633 4 Y 0.032 0.057 0.086 0.082 0.117 0.218 0.006 0.401 5 A 0.035 0.101 0.239 0.172 0.220 0.099 0.007 0.126 6 L 0.015 0.163 0.253 0.204 0.216 0.039 0.004 0.107 7 L 0.009 0.156 0.301 0.179 0.247 0.028 0.006 0.074 8 V 0.009 0.222 0.224 0.210 0.236 0.022 0.007 0.070 9 R 0.010 0.229 0.212 0.215 0.240 0.017 0.010 0.066 10 G 0.048 0.056 0.164 0.108 0.221 0.059 0.031 0.313 11 I 0.071 0.068 0.273 0.190 0.135 0.033 0.022 0.206 12 N 0.031 0.044 0.160 0.111 0.143 0.073 0.025 0.413 13 V 0.035 0.055 0.195 0.094 0.124 0.054 0.014 0.429 14 G 0.029 0.038 0.119 0.059 0.084 0.190 0.018 0.463 15 G 0.093 0.021 0.052 0.017 0.027 0.149 0.029 0.612 16 K 0.117 0.030 0.128 0.015 0.019 0.139 0.012 0.539 17 N 0.066 0.024 0.087 0.031 0.033 0.192 0.019 0.549 18 K 0.220 0.016 0.041 0.018 0.034 0.101 0.018 0.552 19 V 0.054 0.032 0.254 0.053 0.059 0.167 0.007 0.374 20 V 0.021 0.030 0.032 0.023 0.053 0.428 0.004 0.408 21 M 0.045 0.101 0.047 0.012 0.105 0.088 0.005 0.598 22 A 0.016 0.058 0.007 0.003 0.013 0.177 0.003 0.723 23 E 0.043 0.075 0.002 0.001 0.002 0.347 0.006 0.524 24 L 0.115 0.638 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 0.214 25 R 0.008 0.925 0.003 0.001 0.003 0.005 0.002 0.053 26 Q 0.008 0.900 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.078 27 E 0.034 0.903 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.052 28 L 0.018 0.950 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.024 29 T 0.009 0.955 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 30 N 0.059 0.869 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.040 31 L 0.194 0.645 0.024 0.006 0.003 0.003 0.072 0.053 32 G 0.513 0.087 0.025 0.010 0.005 0.017 0.137 0.206 33 L 0.043 0.068 0.573 0.023 0.022 0.038 0.013 0.220 34 E 0.024 0.054 0.075 0.057 0.062 0.171 0.008 0.548 35 K 0.041 0.021 0.068 0.021 0.025 0.136 0.010 0.677 36 V 0.090 0.056 0.273 0.060 0.071 0.170 0.010 0.269 37 E 0.010 0.071 0.609 0.128 0.077 0.027 0.002 0.075 38 S 0.006 0.063 0.164 0.193 0.276 0.039 0.005 0.254 39 Y 0.010 0.068 0.326 0.129 0.303 0.025 0.004 0.135 40 I 0.006 0.199 0.275 0.223 0.197 0.026 0.004 0.070 41 N 0.029 0.126 0.190 0.118 0.211 0.182 0.036 0.108 42 S 0.120 0.113 0.162 0.091 0.111 0.054 0.056 0.292 43 G 0.114 0.053 0.250 0.107 0.075 0.054 0.093 0.254 44 N 0.244 0.003 0.086 0.023 0.044 0.245 0.038 0.317 45 I 0.049 0.009 0.346 0.189 0.142 0.055 0.014 0.197 46 F 0.047 0.006 0.174 0.131 0.362 0.101 0.005 0.175 47 F 0.021 0.005 0.390 0.161 0.220 0.065 0.005 0.134 48 T 0.024 0.008 0.252 0.161 0.230 0.079 0.004 0.242 49 S 0.020 0.006 0.079 0.066 0.166 0.116 0.006 0.542 50 I 0.013 0.002 0.018 0.009 0.030 0.088 0.002 0.837 51 D 0.016 0.003 0.007 0.005 0.012 0.527 0.004 0.428 52 S 0.070 0.008 0.004 0.002 0.006 0.484 0.005 0.420 53 K 0.032 0.042 0.004 0.001 0.006 0.081 0.002 0.832 54 A 0.014 0.084 0.003 0.001 0.003 0.295 0.002 0.597 55 Q 0.041 0.306 0.001 0.001 0.002 0.396 0.003 0.249 56 L 0.018 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 57 V 0.002 0.964 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 58 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 59 K 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 60 L 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 61 E 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 62 T 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 63 F 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 64 F 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 65 A 0.010 0.955 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.021 66 V 0.058 0.843 0.006 0.004 0.003 0.003 0.034 0.051 67 H 0.133 0.629 0.032 0.008 0.006 0.007 0.072 0.113 68 Y 0.093 0.279 0.073 0.047 0.026 0.025 0.040 0.417 69 P 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.001 0.978 70 F 0.044 0.018 0.080 0.064 0.073 0.089 0.014 0.618 71 I 0.100 0.018 0.096 0.070 0.065 0.114 0.013 0.525 72 Q 0.028 0.008 0.138 0.125 0.122 0.072 0.005 0.501 73 S 0.018 0.008 0.259 0.137 0.146 0.068 0.005 0.361 74 F 0.034 0.006 0.358 0.177 0.218 0.040 0.004 0.162 75 S 0.015 0.004 0.446 0.189 0.263 0.028 0.003 0.053 76 L 0.013 0.008 0.335 0.180 0.301 0.024 0.004 0.134 77 L 0.017 0.003 0.611 0.104 0.143 0.050 0.003 0.068 78 S 0.022 0.007 0.082 0.068 0.099 0.317 0.005 0.400 79 L 0.011 0.006 0.063 0.006 0.135 0.027 0.003 0.749 80 E 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.329 0.001 0.655 81 D 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.924 0.001 0.066 82 F 0.192 0.557 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.230 83 E 0.002 0.935 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.055 84 A 0.005 0.878 0.003 0.001 0.002 0.007 0.003 0.102 85 E 0.032 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 86 L 0.020 0.938 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.031 87 E 0.026 0.917 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 88 N 0.190 0.627 0.007 0.001 0.001 0.001 0.110 0.063 89 L 0.504 0.241 0.046 0.004 0.002 0.004 0.093 0.105 90 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 91 A 0.014 0.022 0.079 0.020 0.034 0.176 0.007 0.649 92 W 0.094 0.028 0.044 0.006 0.008 0.090 0.006 0.723 93 W 0.085 0.078 0.072 0.010 0.018 0.123 0.005 0.611 94 S 0.098 0.082 0.050 0.013 0.018 0.202 0.008 0.528 95 R 0.172 0.105 0.027 0.011 0.019 0.114 0.013 0.539 96 D 0.111 0.138 0.009 0.012 0.022 0.191 0.016 0.501 97 L 0.186 0.127 0.014 0.014 0.027 0.091 0.020 0.521 98 A 0.096 0.145 0.015 0.021 0.027 0.326 0.028 0.342 99 R 0.322 0.098 0.025 0.027 0.041 0.196 0.047 0.243 100 K 0.181 0.190 0.103 0.099 0.083 0.085 0.019 0.241 101 D 0.052 0.041 0.205 0.177 0.227 0.100 0.020 0.179 102 F 0.029 0.018 0.336 0.235 0.292 0.024 0.005 0.060 103 L 0.005 0.006 0.427 0.232 0.296 0.007 0.002 0.025 104 F 0.003 0.005 0.329 0.259 0.301 0.012 0.002 0.088 105 Y 0.004 0.003 0.603 0.106 0.213 0.013 0.003 0.056 106 T 0.006 0.008 0.224 0.157 0.265 0.069 0.003 0.269 107 E 0.020 0.004 0.140 0.038 0.156 0.127 0.009 0.505 108 G 0.071 0.003 0.024 0.012 0.024 0.159 0.013 0.693 109 L 0.368 0.004 0.050 0.012 0.016 0.146 0.015 0.388 110 D 0.030 0.008 0.015 0.009 0.011 0.244 0.005 0.679 111 V 0.021 0.017 0.015 0.004 0.024 0.042 0.002 0.874 112 D 0.012 0.027 0.007 0.002 0.008 0.428 0.002 0.513 113 Q 0.039 0.030 0.001 0.001 0.001 0.783 0.003 0.142 114 V 0.039 0.871 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.064 115 I 0.004 0.954 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.031 116 A 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 117 T 0.048 0.908 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.029 118 V 0.025 0.943 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.018 119 E 0.020 0.843 0.006 0.003 0.005 0.019 0.011 0.094 120 S 0.062 0.790 0.005 0.003 0.003 0.013 0.017 0.107 121 L 0.152 0.696 0.009 0.002 0.005 0.009 0.022 0.104 122 E 0.132 0.558 0.016 0.007 0.007 0.077 0.037 0.166 123 L 0.198 0.357 0.033 0.013 0.012 0.076 0.057 0.254 124 K 0.232 0.236 0.027 0.011 0.015 0.053 0.037 0.389 125 D 0.066 0.120 0.060 0.015 0.016 0.082 0.024 0.617 126 E 0.129 0.101 0.107 0.043 0.062 0.199 0.021 0.338 127 V 0.096 0.145 0.080 0.057 0.101 0.123 0.011 0.386 128 L 0.047 0.140 0.182 0.164 0.195 0.056 0.012 0.204 129 Y 0.038 0.132 0.122 0.185 0.163 0.051 0.009 0.298 130 F 0.025 0.081 0.110 0.172 0.254 0.036 0.012 0.310 131 G 0.034 0.048 0.086 0.122 0.255 0.078 0.018 0.359 132 K 0.036 0.018 0.048 0.054 0.073 0.088 0.016 0.667 133 L 0.069 0.018 0.066 0.074 0.081 0.116 0.017 0.560 134 G 0.171 0.015 0.124 0.083 0.125 0.098 0.018 0.366 135 I 0.036 0.019 0.394 0.205 0.166 0.038 0.008 0.134 136 F 0.018 0.021 0.242 0.168 0.280 0.050 0.006 0.216 137 W 0.015 0.020 0.217 0.142 0.351 0.038 0.004 0.214 138 G 0.019 0.022 0.114 0.124 0.215 0.124 0.010 0.372 139 K 0.077 0.018 0.100 0.063 0.085 0.099 0.017 0.542 140 F 0.103 0.026 0.097 0.056 0.089 0.131 0.015 0.482 141 S 0.062 0.037 0.062 0.059 0.130 0.131 0.012 0.508 142 E 0.013 0.020 0.018 0.010 0.033 0.051 0.004 0.851 143 E 0.044 0.044 0.015 0.010 0.017 0.333 0.016 0.521 144 S 0.515 0.050 0.007 0.005 0.005 0.125 0.036 0.256 145 Y 0.304 0.146 0.077 0.014 0.018 0.083 0.016 0.342 146 S 0.034 0.107 0.061 0.033 0.051 0.185 0.012 0.517 147 K 0.098 0.087 0.048 0.016 0.041 0.109 0.013 0.587 148 T 0.107 0.211 0.034 0.022 0.037 0.207 0.013 0.369 149 A 0.086 0.121 0.028 0.013 0.019 0.096 0.014 0.623 150 Y 0.087 0.258 0.035 0.016 0.032 0.262 0.011 0.299 151 H 0.121 0.271 0.021 0.016 0.052 0.235 0.017 0.267 152 K 0.080 0.554 0.012 0.014 0.025 0.055 0.010 0.250 153 Y 0.104 0.527 0.013 0.015 0.019 0.073 0.022 0.226 154 L 0.224 0.483 0.021 0.026 0.029 0.039 0.031 0.146 155 L 0.152 0.456 0.039 0.053 0.084 0.027 0.034 0.155 156 K 0.102 0.274 0.066 0.071 0.119 0.038 0.056 0.273 157 V 0.081 0.094 0.104 0.106 0.097 0.038 0.021 0.460 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 159 F 0.017 0.007 0.080 0.082 0.137 0.085 0.010 0.581 160 Y 0.183 0.009 0.110 0.056 0.039 0.068 0.019 0.515 161 R 0.063 0.009 0.238 0.073 0.082 0.063 0.006 0.466 162 H 0.017 0.008 0.209 0.069 0.083 0.063 0.003 0.549 163 I 0.027 0.009 0.303 0.078 0.127 0.069 0.004 0.383 164 T 0.015 0.013 0.274 0.099 0.112 0.108 0.006 0.373 165 I 0.021 0.038 0.231 0.085 0.126 0.068 0.005 0.426 166 R 0.020 0.068 0.174 0.068 0.113 0.144 0.005 0.409 167 N 0.027 0.065 0.032 0.024 0.048 0.291 0.010 0.504 168 A 0.049 0.376 0.053 0.023 0.048 0.054 0.006 0.391 169 K 0.027 0.241 0.010 0.008 0.014 0.286 0.008 0.405 170 T 0.086 0.419 0.005 0.004 0.007 0.231 0.012 0.237 171 F 0.019 0.937 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.033 172 D 0.002 0.960 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.025 173 K 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.035 174 I 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 175 G 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 176 Q 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 177 M 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 178 L 0.064 0.889 0.004 0.001 0.002 0.002 0.016 0.022 179 K 0.164 0.654 0.012 0.005 0.005 0.010 0.048 0.102 180 K 0.144 0.487 0.041 0.007 0.007 0.017 0.053 0.244