# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 T 0.163 0.016 0.003 0.123 0.032 0.022 0.641 3 R 0.644 0.011 0.002 0.164 0.044 0.014 0.121 4 Y 0.773 0.006 0.001 0.126 0.007 0.003 0.082 5 A 0.843 0.002 0.001 0.104 0.009 0.001 0.040 6 L 0.927 0.001 0.001 0.033 0.013 0.001 0.025 7 L 0.949 0.001 0.002 0.017 0.006 0.002 0.023 8 V 0.866 0.004 0.006 0.041 0.012 0.009 0.061 9 R 0.752 0.003 0.014 0.073 0.041 0.024 0.093 10 G 0.687 0.006 0.030 0.098 0.047 0.041 0.090 11 I 0.654 0.013 0.029 0.110 0.047 0.048 0.100 12 N 0.508 0.029 0.034 0.117 0.070 0.091 0.151 13 V 0.275 0.027 0.043 0.081 0.112 0.171 0.291 14 G 0.084 0.011 0.036 0.030 0.291 0.294 0.254 15 G 0.041 0.009 0.066 0.040 0.286 0.333 0.226 16 K 0.030 0.007 0.152 0.052 0.183 0.421 0.156 17 N 0.067 0.014 0.120 0.056 0.161 0.358 0.224 18 K 0.144 0.037 0.074 0.068 0.204 0.121 0.352 19 V 0.243 0.112 0.013 0.066 0.236 0.021 0.308 20 V 0.158 0.060 0.009 0.068 0.046 0.025 0.636 21 M 0.001 0.001 0.090 0.876 0.002 0.017 0.014 22 A 0.001 0.001 0.058 0.930 0.002 0.007 0.002 23 E 0.001 0.001 0.054 0.937 0.001 0.007 0.001 24 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.001 0.007 0.002 25 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 28 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 29 T 0.001 0.001 0.005 0.970 0.002 0.021 0.001 30 N 0.001 0.001 0.009 0.870 0.005 0.113 0.002 31 L 0.001 0.001 0.013 0.481 0.017 0.476 0.011 32 G 0.001 0.003 0.013 0.084 0.047 0.765 0.087 33 L 0.008 0.007 0.098 0.058 0.078 0.080 0.671 34 E 0.037 0.009 0.311 0.081 0.191 0.178 0.193 35 K 0.124 0.012 0.146 0.042 0.192 0.251 0.233 36 V 0.354 0.010 0.020 0.013 0.096 0.015 0.492 37 E 0.655 0.008 0.007 0.005 0.077 0.010 0.236 38 S 0.942 0.003 0.002 0.003 0.011 0.004 0.036 39 Y 0.956 0.003 0.001 0.003 0.006 0.002 0.030 40 I 0.945 0.003 0.002 0.003 0.009 0.003 0.036 41 N 0.842 0.004 0.002 0.002 0.022 0.013 0.116 42 S 0.612 0.009 0.010 0.002 0.099 0.045 0.223 43 G 0.460 0.003 0.012 0.002 0.210 0.092 0.221 44 N 0.422 0.007 0.020 0.003 0.161 0.051 0.336 45 I 0.805 0.010 0.010 0.003 0.017 0.028 0.126 46 F 0.919 0.013 0.004 0.004 0.010 0.008 0.041 47 F 0.872 0.012 0.003 0.005 0.011 0.009 0.089 48 T 0.498 0.020 0.006 0.008 0.156 0.036 0.277 49 S 0.203 0.016 0.007 0.008 0.306 0.029 0.431 50 I 0.037 0.008 0.055 0.077 0.198 0.472 0.153 51 D 0.016 0.009 0.036 0.090 0.307 0.342 0.200 52 S 0.015 0.021 0.026 0.194 0.216 0.072 0.454 53 K 0.001 0.001 0.009 0.951 0.004 0.020 0.014 54 A 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.009 0.004 55 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.004 0.004 56 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 65 A 0.001 0.001 0.006 0.952 0.006 0.031 0.004 66 V 0.002 0.001 0.012 0.859 0.008 0.105 0.013 67 H 0.003 0.002 0.019 0.633 0.042 0.261 0.040 68 Y 0.011 0.007 0.017 0.116 0.292 0.199 0.357 69 P 0.017 0.005 0.037 0.023 0.202 0.310 0.405 70 F 0.102 0.010 0.047 0.013 0.247 0.193 0.389 71 I 0.297 0.018 0.022 0.006 0.113 0.045 0.499 72 Q 0.552 0.008 0.009 0.002 0.118 0.019 0.292 73 S 0.679 0.003 0.005 0.002 0.053 0.012 0.247 74 F 0.950 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.039 75 S 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 76 L 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 77 L 0.841 0.008 0.001 0.001 0.053 0.004 0.092 78 S 0.261 0.025 0.001 0.001 0.117 0.002 0.593 79 L 0.001 0.001 0.020 0.959 0.002 0.012 0.006 80 E 0.001 0.001 0.020 0.969 0.001 0.009 0.001 81 D 0.001 0.001 0.036 0.951 0.001 0.010 0.003 82 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 85 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 86 L 0.001 0.001 0.019 0.956 0.003 0.018 0.003 87 E 0.001 0.001 0.042 0.789 0.004 0.160 0.004 88 N 0.001 0.001 0.041 0.452 0.013 0.485 0.009 89 L 0.003 0.004 0.018 0.108 0.391 0.121 0.356 90 P 0.007 0.011 0.083 0.130 0.096 0.136 0.538 91 A 0.027 0.014 0.137 0.131 0.228 0.158 0.306 92 W 0.048 0.020 0.155 0.176 0.119 0.172 0.311 93 W 0.054 0.018 0.126 0.155 0.134 0.207 0.306 94 S 0.043 0.017 0.082 0.116 0.147 0.238 0.359 95 R 0.035 0.011 0.053 0.066 0.301 0.159 0.375 96 D 0.048 0.015 0.051 0.028 0.150 0.134 0.574 97 L 0.065 0.011 0.156 0.047 0.167 0.249 0.304 98 A 0.112 0.009 0.120 0.020 0.195 0.213 0.331 99 R 0.374 0.020 0.071 0.010 0.096 0.077 0.353 100 K 0.664 0.011 0.008 0.005 0.051 0.014 0.246 101 D 0.916 0.002 0.002 0.002 0.014 0.005 0.059 102 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 103 L 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 104 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 105 Y 0.864 0.005 0.002 0.002 0.021 0.008 0.099 106 T 0.367 0.012 0.015 0.003 0.138 0.021 0.443 107 E 0.086 0.006 0.042 0.004 0.415 0.246 0.201 108 G 0.034 0.013 0.027 0.003 0.255 0.314 0.354 109 L 0.032 0.030 0.003 0.003 0.241 0.013 0.678 110 D 0.019 0.023 0.002 0.005 0.025 0.005 0.922 111 V 0.002 0.001 0.050 0.882 0.007 0.040 0.017 112 D 0.001 0.001 0.029 0.945 0.003 0.017 0.005 113 Q 0.001 0.001 0.051 0.928 0.002 0.011 0.006 114 V 0.002 0.001 0.019 0.958 0.002 0.012 0.006 115 I 0.004 0.002 0.029 0.927 0.005 0.026 0.007 116 A 0.004 0.002 0.036 0.839 0.010 0.100 0.009 117 T 0.005 0.002 0.035 0.746 0.017 0.164 0.031 118 V 0.008 0.010 0.082 0.666 0.046 0.087 0.101 119 E 0.008 0.004 0.180 0.485 0.033 0.190 0.101 120 S 0.009 0.003 0.187 0.400 0.050 0.277 0.074 121 L 0.018 0.009 0.127 0.265 0.154 0.158 0.269 122 E 0.029 0.015 0.069 0.093 0.149 0.171 0.474 123 L 0.034 0.005 0.070 0.061 0.157 0.140 0.533 124 K 0.063 0.008 0.069 0.019 0.258 0.296 0.288 125 D 0.161 0.009 0.037 0.006 0.260 0.160 0.367 126 E 0.463 0.007 0.008 0.006 0.155 0.015 0.345 127 V 0.879 0.009 0.003 0.005 0.011 0.003 0.090 128 L 0.959 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.027 129 Y 0.969 0.003 0.002 0.006 0.003 0.003 0.015 130 F 0.935 0.004 0.001 0.005 0.003 0.008 0.043 131 G 0.434 0.002 0.008 0.002 0.127 0.270 0.157 132 K 0.146 0.001 0.020 0.002 0.182 0.589 0.061 133 L 0.623 0.007 0.018 0.004 0.130 0.082 0.137 134 G 0.905 0.010 0.007 0.002 0.012 0.009 0.056 135 I 0.957 0.004 0.003 0.002 0.006 0.006 0.023 136 F 0.956 0.008 0.003 0.004 0.005 0.006 0.019 137 W 0.823 0.008 0.009 0.010 0.014 0.027 0.109 138 G 0.402 0.004 0.024 0.009 0.194 0.120 0.247 139 K 0.408 0.023 0.041 0.026 0.159 0.130 0.214 140 F 0.283 0.050 0.023 0.024 0.166 0.038 0.415 141 S 0.095 0.018 0.020 0.018 0.080 0.035 0.734 142 E 0.025 0.008 0.138 0.096 0.146 0.415 0.172 143 E 0.012 0.004 0.129 0.082 0.174 0.505 0.093 144 S 0.022 0.009 0.130 0.088 0.227 0.312 0.212 145 Y 0.043 0.033 0.105 0.142 0.173 0.198 0.307 146 S 0.058 0.024 0.080 0.141 0.131 0.265 0.302 147 K 0.059 0.021 0.078 0.202 0.150 0.160 0.329 148 T 0.059 0.015 0.033 0.165 0.223 0.043 0.463 149 A 0.040 0.010 0.055 0.508 0.126 0.157 0.104 150 Y 0.038 0.011 0.055 0.636 0.043 0.126 0.092 151 H 0.046 0.011 0.069 0.625 0.029 0.062 0.159 152 K 0.032 0.003 0.119 0.664 0.038 0.055 0.089 153 Y 0.046 0.003 0.131 0.650 0.034 0.089 0.047 154 L 0.043 0.007 0.159 0.559 0.025 0.168 0.038 155 L 0.075 0.017 0.069 0.459 0.057 0.226 0.099 156 K 0.096 0.010 0.063 0.297 0.114 0.241 0.180 157 V 0.073 0.009 0.022 0.119 0.337 0.034 0.406 158 P 0.052 0.013 0.058 0.161 0.077 0.123 0.517 159 F 0.057 0.016 0.081 0.130 0.117 0.326 0.273 160 Y 0.119 0.014 0.061 0.062 0.179 0.241 0.324 161 R 0.231 0.013 0.026 0.037 0.212 0.046 0.435 162 H 0.315 0.016 0.016 0.049 0.134 0.051 0.419 163 I 0.447 0.016 0.018 0.072 0.083 0.037 0.327 164 T 0.638 0.018 0.014 0.076 0.047 0.024 0.183 165 I 0.554 0.013 0.027 0.195 0.050 0.043 0.118 166 R 0.427 0.026 0.029 0.232 0.063 0.068 0.154 167 N 0.147 0.011 0.023 0.238 0.066 0.049 0.466 168 A 0.014 0.002 0.044 0.692 0.050 0.150 0.049 169 K 0.012 0.005 0.032 0.708 0.054 0.148 0.041 170 T 0.006 0.003 0.013 0.898 0.014 0.032 0.034 171 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.002 0.005 172 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 175 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.003 0.969 0.001 0.025 0.002 177 M 0.001 0.001 0.010 0.896 0.004 0.070 0.018 178 L 0.002 0.006 0.012 0.756 0.046 0.123 0.055 179 K 0.001 0.002 0.008 0.414 0.014 0.481 0.081 180 K 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.010 0.945