# TARGET T0299 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.112 0.327 0.085 0.112 0.024 0.076 0.049 0.028 0.032 0.001 2 T 0.487 0.086 0.265 0.080 0.031 0.023 0.010 0.006 0.004 0.006 0.003 3 R 0.434 0.314 0.127 0.061 0.040 0.010 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 4 Y 0.239 0.515 0.123 0.033 0.053 0.020 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 5 A 0.225 0.550 0.132 0.013 0.023 0.031 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 6 L 0.098 0.650 0.124 0.010 0.057 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 7 L 0.122 0.536 0.180 0.031 0.033 0.058 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 8 V 0.072 0.597 0.171 0.037 0.062 0.030 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 9 R 0.219 0.356 0.140 0.086 0.112 0.031 0.030 0.005 0.016 0.004 0.001 10 G 0.053 0.382 0.131 0.038 0.323 0.018 0.021 0.005 0.019 0.009 0.001 11 I 0.065 0.737 0.100 0.011 0.045 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 12 N 0.134 0.195 0.290 0.028 0.009 0.265 0.012 0.001 0.062 0.002 0.002 13 V 0.128 0.206 0.052 0.273 0.008 0.072 0.014 0.001 0.245 0.001 0.001 14 G 0.052 0.004 0.057 0.034 0.035 0.004 0.274 0.081 0.003 0.455 0.001 15 G 0.099 0.008 0.049 0.046 0.058 0.007 0.112 0.359 0.001 0.254 0.006 16 K 0.348 0.078 0.181 0.317 0.033 0.011 0.018 0.007 0.003 0.004 0.002 17 N 0.016 0.021 0.054 0.205 0.023 0.055 0.566 0.037 0.021 0.002 0.001 18 K 0.147 0.332 0.126 0.146 0.044 0.063 0.113 0.004 0.022 0.002 0.001 19 V 0.012 0.673 0.216 0.007 0.033 0.020 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 20 V 0.006 0.031 0.885 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 M 0.850 0.017 0.045 0.015 0.014 0.031 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 22 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 N 0.966 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.258 0.002 0.011 0.725 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.054 0.001 0.008 0.022 0.006 0.003 0.337 0.529 0.004 0.037 0.001 33 L 0.256 0.119 0.369 0.087 0.012 0.127 0.009 0.002 0.016 0.003 0.001 34 E 0.707 0.041 0.082 0.141 0.014 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 35 K 0.124 0.034 0.028 0.529 0.042 0.028 0.157 0.035 0.021 0.001 0.001 36 V 0.014 0.440 0.460 0.006 0.011 0.049 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 37 E 0.335 0.375 0.080 0.141 0.019 0.032 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 S 0.027 0.737 0.069 0.012 0.143 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 Y 0.030 0.714 0.075 0.009 0.069 0.030 0.003 0.001 0.070 0.001 0.001 40 I 0.054 0.594 0.195 0.015 0.030 0.066 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 41 N 0.092 0.315 0.141 0.117 0.098 0.104 0.047 0.004 0.077 0.004 0.001 42 S 0.076 0.331 0.185 0.102 0.253 0.010 0.010 0.010 0.007 0.013 0.001 43 G 0.030 0.047 0.061 0.023 0.349 0.002 0.046 0.160 0.003 0.278 0.001 44 N 0.048 0.363 0.314 0.042 0.123 0.050 0.021 0.002 0.024 0.003 0.010 45 I 0.018 0.740 0.133 0.004 0.058 0.021 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 46 F 0.054 0.678 0.163 0.016 0.013 0.047 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 47 F 0.027 0.618 0.173 0.015 0.054 0.075 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 48 T 0.143 0.299 0.099 0.241 0.122 0.042 0.012 0.002 0.038 0.002 0.001 49 S 0.055 0.218 0.220 0.037 0.372 0.024 0.017 0.006 0.028 0.021 0.001 50 I 0.665 0.047 0.058 0.182 0.013 0.015 0.006 0.003 0.007 0.004 0.001 51 D 0.370 0.058 0.124 0.284 0.050 0.035 0.042 0.007 0.024 0.004 0.001 52 S 0.194 0.066 0.312 0.107 0.061 0.123 0.024 0.007 0.083 0.020 0.004 53 K 0.977 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.985 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.976 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.609 0.009 0.006 0.369 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 68 Y 0.044 0.098 0.136 0.008 0.017 0.014 0.042 0.001 0.638 0.001 0.001 69 P 0.508 0.003 0.351 0.052 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 70 F 0.128 0.253 0.229 0.160 0.144 0.040 0.013 0.010 0.021 0.004 0.001 71 I 0.038 0.308 0.491 0.029 0.034 0.054 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 72 Q 0.057 0.378 0.397 0.030 0.075 0.031 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 73 S 0.062 0.489 0.292 0.047 0.060 0.035 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 74 F 0.001 0.864 0.028 0.002 0.091 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 75 S 0.002 0.815 0.106 0.001 0.015 0.028 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 76 L 0.002 0.771 0.147 0.001 0.021 0.038 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 77 L 0.012 0.587 0.175 0.033 0.089 0.070 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 78 S 0.001 0.163 0.617 0.001 0.129 0.060 0.001 0.001 0.027 0.003 0.001 79 L 0.982 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.954 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.520 0.001 0.001 0.475 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.060 0.038 0.406 0.024 0.003 0.032 0.041 0.001 0.397 0.001 0.001 90 P 0.704 0.005 0.224 0.045 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 91 A 0.410 0.077 0.220 0.162 0.053 0.027 0.012 0.017 0.010 0.011 0.001 92 W 0.431 0.098 0.249 0.123 0.030 0.031 0.004 0.003 0.024 0.003 0.002 93 W 0.461 0.102 0.182 0.185 0.024 0.022 0.005 0.003 0.010 0.004 0.001 94 S 0.332 0.133 0.138 0.229 0.047 0.039 0.039 0.016 0.021 0.006 0.001 95 R 0.313 0.177 0.226 0.129 0.065 0.031 0.021 0.006 0.023 0.008 0.001 96 D 0.146 0.090 0.321 0.110 0.027 0.145 0.050 0.006 0.099 0.003 0.003 97 L 0.581 0.073 0.188 0.062 0.025 0.017 0.024 0.008 0.015 0.005 0.002 98 A 0.524 0.060 0.190 0.149 0.019 0.021 0.016 0.010 0.005 0.004 0.002 99 R 0.243 0.264 0.184 0.158 0.068 0.029 0.022 0.007 0.023 0.002 0.001 100 K 0.112 0.539 0.162 0.068 0.065 0.019 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 101 D 0.044 0.486 0.273 0.027 0.037 0.067 0.016 0.001 0.048 0.001 0.001 102 F 0.016 0.772 0.139 0.006 0.028 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 103 L 0.019 0.769 0.125 0.004 0.019 0.031 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 104 F 0.025 0.669 0.152 0.012 0.032 0.057 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 105 Y 0.060 0.487 0.256 0.027 0.060 0.067 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 106 T 0.207 0.264 0.188 0.147 0.087 0.049 0.017 0.003 0.030 0.005 0.002 107 E 0.151 0.141 0.349 0.165 0.074 0.026 0.058 0.006 0.022 0.005 0.002 108 G 0.040 0.014 0.088 0.045 0.076 0.004 0.065 0.411 0.006 0.249 0.003 109 L 0.024 0.149 0.737 0.012 0.029 0.033 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 110 D 0.009 0.071 0.715 0.008 0.014 0.143 0.004 0.001 0.028 0.004 0.002 111 V 0.962 0.005 0.010 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.979 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.971 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.987 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 T 0.939 0.002 0.002 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.898 0.006 0.012 0.078 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 E 0.950 0.004 0.019 0.017 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 120 S 0.821 0.006 0.016 0.145 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 121 L 0.575 0.038 0.130 0.213 0.006 0.019 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 122 E 0.502 0.093 0.144 0.121 0.017 0.033 0.043 0.005 0.039 0.004 0.001 123 L 0.228 0.079 0.413 0.151 0.014 0.058 0.023 0.005 0.023 0.004 0.002 124 K 0.562 0.063 0.184 0.073 0.027 0.010 0.040 0.020 0.005 0.015 0.001 125 D 0.372 0.075 0.144 0.272 0.035 0.027 0.043 0.018 0.011 0.003 0.001 126 E 0.160 0.410 0.284 0.041 0.062 0.019 0.006 0.002 0.015 0.001 0.001 127 V 0.118 0.649 0.151 0.017 0.022 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 128 L 0.107 0.631 0.174 0.017 0.026 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 129 Y 0.068 0.610 0.144 0.015 0.069 0.046 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 130 F 0.094 0.399 0.218 0.130 0.040 0.041 0.013 0.001 0.060 0.001 0.001 131 G 0.045 0.039 0.109 0.011 0.197 0.003 0.023 0.101 0.006 0.466 0.001 132 K 0.380 0.073 0.187 0.184 0.056 0.032 0.048 0.014 0.006 0.011 0.009 133 L 0.094 0.273 0.124 0.267 0.098 0.021 0.083 0.012 0.025 0.003 0.001 134 G 0.027 0.479 0.218 0.010 0.233 0.009 0.004 0.004 0.007 0.008 0.001 135 I 0.014 0.881 0.049 0.004 0.032 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 136 F 0.019 0.593 0.226 0.009 0.030 0.077 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 137 W 0.072 0.508 0.142 0.087 0.082 0.045 0.007 0.001 0.054 0.001 0.001 138 G 0.081 0.158 0.177 0.035 0.375 0.015 0.026 0.026 0.011 0.096 0.001 139 K 0.205 0.263 0.279 0.084 0.062 0.046 0.021 0.003 0.031 0.002 0.006 140 F 0.228 0.230 0.375 0.078 0.016 0.041 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 141 S 0.108 0.212 0.439 0.033 0.078 0.052 0.015 0.005 0.040 0.016 0.001 142 E 0.741 0.032 0.107 0.075 0.011 0.011 0.005 0.005 0.004 0.006 0.002 143 E 0.557 0.041 0.082 0.244 0.020 0.010 0.023 0.012 0.008 0.004 0.001 144 S 0.377 0.045 0.092 0.321 0.024 0.022 0.075 0.020 0.017 0.007 0.001 145 Y 0.324 0.129 0.241 0.182 0.031 0.034 0.027 0.006 0.022 0.004 0.001 146 S 0.315 0.096 0.220 0.147 0.057 0.063 0.057 0.011 0.017 0.016 0.001 147 K 0.486 0.093 0.087 0.257 0.021 0.025 0.013 0.004 0.011 0.001 0.001 148 T 0.318 0.185 0.306 0.091 0.048 0.021 0.005 0.003 0.020 0.004 0.001 149 A 0.834 0.022 0.058 0.034 0.010 0.012 0.014 0.006 0.006 0.004 0.001 150 Y 0.850 0.016 0.036 0.070 0.004 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 151 H 0.846 0.020 0.026 0.089 0.003 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 152 K 0.892 0.016 0.030 0.040 0.005 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 153 Y 0.795 0.026 0.051 0.089 0.009 0.006 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 154 L 0.750 0.031 0.049 0.149 0.003 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 155 L 0.403 0.165 0.215 0.141 0.025 0.024 0.011 0.002 0.012 0.003 0.001 156 K 0.235 0.139 0.245 0.221 0.022 0.045 0.046 0.008 0.033 0.004 0.001 157 V 0.067 0.219 0.611 0.003 0.009 0.015 0.005 0.001 0.069 0.001 0.001 158 P 0.282 0.013 0.639 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 159 F 0.269 0.092 0.249 0.249 0.023 0.028 0.061 0.009 0.015 0.004 0.001 160 Y 0.085 0.034 0.082 0.070 0.095 0.015 0.266 0.289 0.008 0.055 0.001 161 R 0.093 0.389 0.388 0.036 0.039 0.025 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 162 H 0.155 0.171 0.504 0.061 0.012 0.069 0.009 0.002 0.014 0.001 0.002 163 I 0.108 0.450 0.188 0.054 0.134 0.031 0.010 0.003 0.021 0.002 0.001 164 T 0.187 0.440 0.245 0.026 0.067 0.019 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 165 I 0.477 0.288 0.092 0.049 0.046 0.017 0.005 0.003 0.017 0.005 0.001 166 R 0.634 0.123 0.188 0.020 0.010 0.014 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 167 N 0.658 0.049 0.117 0.047 0.008 0.063 0.021 0.003 0.032 0.001 0.001 168 A 0.976 0.005 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 K 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 T 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 Q 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 M 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 L 0.734 0.006 0.020 0.234 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 179 K 0.400 0.014 0.086 0.296 0.006 0.031 0.131 0.022 0.011 0.003 0.001 180 K 0.264 0.128 0.295 0.096 0.062 0.021 0.058 0.031 0.017 0.028 0.001