# TARGET T0299 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.230 0.085 0.024 0.167 0.011 0.019 0.140 0.088 0.087 0.048 2 T 0.015 0.106 0.058 0.015 0.058 0.048 0.081 0.466 0.120 0.025 0.008 3 R 0.039 0.021 0.009 0.005 0.051 0.009 0.041 0.666 0.133 0.014 0.012 4 Y 0.065 0.069 0.012 0.008 0.199 0.009 0.015 0.429 0.131 0.046 0.017 5 A 0.105 0.020 0.002 0.002 0.140 0.002 0.012 0.592 0.089 0.016 0.020 6 L 0.088 0.055 0.005 0.003 0.193 0.004 0.014 0.553 0.054 0.014 0.017 7 L 0.151 0.047 0.006 0.004 0.220 0.009 0.055 0.429 0.042 0.016 0.021 8 V 0.239 0.039 0.008 0.017 0.166 0.037 0.069 0.293 0.051 0.040 0.042 9 R 0.028 0.047 0.018 0.041 0.048 0.054 0.172 0.419 0.118 0.041 0.016 10 G 0.103 0.080 0.029 0.041 0.116 0.041 0.054 0.197 0.111 0.196 0.032 11 I 0.124 0.230 0.016 0.003 0.461 0.010 0.018 0.063 0.029 0.018 0.029 12 N 0.330 0.076 0.019 0.003 0.407 0.005 0.012 0.024 0.009 0.035 0.080 13 V 0.152 0.099 0.067 0.071 0.189 0.108 0.098 0.064 0.030 0.061 0.062 14 G 0.015 0.054 0.082 0.508 0.024 0.118 0.066 0.055 0.027 0.039 0.011 15 G 0.008 0.026 0.068 0.180 0.013 0.100 0.036 0.119 0.120 0.302 0.028 16 K 0.020 0.128 0.050 0.042 0.083 0.050 0.162 0.237 0.133 0.080 0.016 17 N 0.059 0.043 0.021 0.015 0.069 0.009 0.014 0.112 0.127 0.409 0.123 18 K 0.036 0.265 0.106 0.009 0.175 0.010 0.040 0.260 0.058 0.026 0.014 19 V 0.096 0.380 0.066 0.002 0.298 0.002 0.008 0.106 0.012 0.007 0.023 20 V 0.096 0.272 0.118 0.005 0.125 0.003 0.007 0.284 0.034 0.022 0.034 21 M 0.005 0.013 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.830 0.122 0.012 0.003 22 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.907 0.073 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.032 0.008 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.087 0.017 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.018 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.016 0.003 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.004 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.822 0.166 0.002 0.001 30 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.788 0.118 0.031 0.001 31 L 0.002 0.497 0.451 0.002 0.040 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 32 G 0.101 0.009 0.005 0.006 0.012 0.002 0.005 0.015 0.010 0.335 0.499 33 L 0.336 0.059 0.011 0.006 0.225 0.010 0.007 0.021 0.055 0.076 0.193 34 E 0.001 0.003 0.002 0.020 0.004 0.190 0.283 0.377 0.114 0.005 0.001 35 K 0.296 0.055 0.016 0.003 0.261 0.002 0.008 0.053 0.084 0.149 0.075 36 V 0.396 0.039 0.004 0.002 0.482 0.002 0.003 0.012 0.008 0.010 0.043 37 E 0.172 0.076 0.007 0.007 0.604 0.008 0.015 0.032 0.012 0.020 0.047 38 S 0.344 0.094 0.009 0.004 0.484 0.003 0.004 0.009 0.003 0.006 0.042 39 Y 0.280 0.079 0.008 0.010 0.500 0.011 0.015 0.024 0.007 0.023 0.043 40 I 0.382 0.077 0.010 0.007 0.355 0.016 0.018 0.031 0.013 0.019 0.074 41 N 0.194 0.081 0.044 0.052 0.199 0.055 0.082 0.068 0.030 0.106 0.088 42 S 0.087 0.142 0.115 0.165 0.118 0.057 0.059 0.042 0.035 0.129 0.051 43 G 0.033 0.136 0.126 0.306 0.065 0.100 0.021 0.045 0.045 0.097 0.026 44 N 0.186 0.135 0.032 0.020 0.395 0.017 0.028 0.047 0.042 0.051 0.048 45 I 0.219 0.164 0.023 0.003 0.536 0.005 0.007 0.013 0.005 0.005 0.023 46 F 0.242 0.111 0.014 0.004 0.540 0.004 0.009 0.014 0.007 0.014 0.040 47 F 0.293 0.126 0.041 0.011 0.352 0.015 0.022 0.034 0.016 0.026 0.064 48 T 0.077 0.181 0.129 0.057 0.166 0.035 0.057 0.057 0.051 0.127 0.062 49 S 0.090 0.308 0.149 0.014 0.279 0.005 0.009 0.056 0.030 0.030 0.031 50 I 0.021 0.047 0.016 0.005 0.034 0.016 0.035 0.338 0.364 0.106 0.018 51 D 0.034 0.120 0.096 0.042 0.080 0.043 0.113 0.198 0.087 0.151 0.035 52 S 0.085 0.369 0.119 0.004 0.154 0.001 0.004 0.120 0.032 0.077 0.034 53 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.794 0.184 0.013 0.001 54 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.042 0.003 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.003 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.037 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.972 0.016 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.935 0.037 0.009 0.001 64 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.825 0.145 0.020 0.002 65 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.034 0.731 0.207 0.008 0.001 66 V 0.003 0.012 0.007 0.005 0.007 0.008 0.195 0.663 0.084 0.015 0.002 67 H 0.025 0.019 0.011 0.008 0.032 0.042 0.260 0.196 0.116 0.262 0.028 68 Y 0.236 0.192 0.040 0.005 0.376 0.002 0.004 0.018 0.018 0.035 0.073 69 P 0.038 0.042 0.023 0.020 0.043 0.068 0.070 0.213 0.265 0.180 0.039 70 F 0.072 0.140 0.066 0.017 0.169 0.007 0.033 0.096 0.122 0.231 0.045 71 I 0.204 0.108 0.045 0.012 0.254 0.020 0.052 0.064 0.071 0.086 0.083 72 Q 0.041 0.333 0.147 0.043 0.257 0.028 0.031 0.062 0.028 0.017 0.014 73 S 0.326 0.047 0.011 0.008 0.325 0.013 0.037 0.048 0.034 0.053 0.096 74 F 0.140 0.196 0.021 0.003 0.604 0.003 0.003 0.005 0.004 0.006 0.015 75 S 0.157 0.095 0.004 0.001 0.695 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.031 76 L 0.360 0.078 0.022 0.001 0.415 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.097 77 L 0.045 0.375 0.146 0.038 0.213 0.033 0.068 0.019 0.007 0.028 0.029 78 S 0.023 0.677 0.196 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.567 0.426 0.005 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.061 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.034 0.009 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.046 0.012 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.064 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.024 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.895 0.085 0.014 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.726 0.261 0.008 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.825 0.102 0.003 0.001 88 N 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.016 0.186 0.149 0.101 0.532 0.006 89 L 0.322 0.113 0.031 0.001 0.425 0.001 0.003 0.012 0.008 0.016 0.069 90 P 0.010 0.032 0.010 0.005 0.022 0.020 0.040 0.425 0.390 0.040 0.006 91 A 0.018 0.029 0.021 0.013 0.031 0.008 0.061 0.311 0.257 0.228 0.022 92 W 0.043 0.034 0.014 0.008 0.058 0.023 0.083 0.382 0.210 0.116 0.029 93 W 0.041 0.088 0.025 0.008 0.120 0.013 0.040 0.320 0.167 0.136 0.042 94 S 0.106 0.083 0.039 0.012 0.151 0.013 0.031 0.189 0.145 0.188 0.045 95 R 0.035 0.159 0.135 0.027 0.102 0.029 0.056 0.217 0.125 0.099 0.018 96 D 0.216 0.111 0.038 0.007 0.244 0.005 0.024 0.113 0.058 0.077 0.107 97 L 0.070 0.052 0.011 0.006 0.070 0.008 0.019 0.232 0.341 0.149 0.042 98 A 0.027 0.056 0.020 0.010 0.050 0.021 0.087 0.287 0.260 0.166 0.018 99 R 0.158 0.115 0.032 0.007 0.251 0.008 0.036 0.112 0.121 0.118 0.043 100 K 0.159 0.229 0.052 0.010 0.378 0.011 0.020 0.041 0.025 0.036 0.038 101 D 0.281 0.087 0.015 0.008 0.466 0.008 0.015 0.020 0.011 0.031 0.059 102 F 0.305 0.077 0.004 0.001 0.584 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.019 103 L 0.198 0.101 0.008 0.003 0.634 0.003 0.004 0.006 0.002 0.006 0.034 104 F 0.266 0.140 0.023 0.003 0.505 0.002 0.004 0.009 0.002 0.010 0.036 105 Y 0.245 0.136 0.042 0.015 0.339 0.011 0.022 0.034 0.017 0.046 0.093 106 T 0.082 0.170 0.149 0.097 0.140 0.066 0.054 0.086 0.055 0.062 0.038 107 E 0.013 0.122 0.147 0.143 0.044 0.078 0.126 0.144 0.081 0.081 0.020 108 G 0.092 0.069 0.092 0.047 0.071 0.045 0.015 0.043 0.041 0.364 0.120 109 L 0.015 0.567 0.231 0.008 0.151 0.004 0.004 0.005 0.002 0.007 0.005 110 D 0.046 0.629 0.162 0.001 0.155 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 111 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.664 0.326 0.006 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.040 0.006 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.035 0.005 0.001 115 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.080 0.006 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.054 0.006 0.001 117 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.867 0.086 0.036 0.001 118 V 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.798 0.151 0.030 0.002 119 E 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.027 0.760 0.178 0.014 0.001 120 S 0.007 0.015 0.007 0.002 0.016 0.003 0.040 0.583 0.200 0.121 0.007 121 L 0.033 0.115 0.039 0.003 0.079 0.007 0.028 0.381 0.203 0.093 0.018 122 E 0.067 0.078 0.034 0.012 0.076 0.014 0.059 0.308 0.145 0.161 0.046 123 L 0.079 0.181 0.079 0.021 0.138 0.016 0.045 0.185 0.104 0.116 0.037 124 K 0.031 0.122 0.086 0.051 0.070 0.051 0.098 0.190 0.127 0.139 0.035 125 D 0.119 0.113 0.041 0.016 0.141 0.009 0.019 0.094 0.108 0.248 0.092 126 E 0.181 0.137 0.028 0.005 0.365 0.007 0.018 0.084 0.067 0.069 0.040 127 V 0.230 0.125 0.016 0.003 0.520 0.005 0.015 0.026 0.015 0.018 0.027 128 L 0.288 0.112 0.009 0.003 0.529 0.005 0.006 0.011 0.004 0.006 0.027 129 Y 0.318 0.105 0.038 0.008 0.417 0.005 0.007 0.013 0.005 0.023 0.060 130 F 0.194 0.082 0.034 0.141 0.135 0.090 0.065 0.061 0.029 0.072 0.096 131 G 0.009 0.052 0.144 0.524 0.020 0.113 0.035 0.025 0.025 0.046 0.008 132 K 0.061 0.152 0.126 0.112 0.121 0.060 0.050 0.083 0.057 0.136 0.042 133 L 0.130 0.139 0.048 0.059 0.242 0.048 0.071 0.056 0.054 0.095 0.058 134 G 0.164 0.182 0.059 0.023 0.506 0.019 0.008 0.005 0.004 0.009 0.022 135 I 0.278 0.091 0.007 0.002 0.569 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.037 136 F 0.317 0.087 0.025 0.005 0.473 0.003 0.003 0.005 0.002 0.010 0.071 137 W 0.181 0.114 0.042 0.038 0.176 0.026 0.031 0.039 0.053 0.170 0.131 138 G 0.039 0.194 0.211 0.139 0.108 0.073 0.055 0.053 0.052 0.057 0.021 139 K 0.106 0.206 0.090 0.012 0.196 0.011 0.029 0.097 0.074 0.114 0.066 140 F 0.091 0.277 0.102 0.029 0.192 0.026 0.054 0.053 0.044 0.079 0.053 141 S 0.056 0.354 0.323 0.035 0.150 0.009 0.007 0.019 0.014 0.013 0.020 142 E 0.015 0.035 0.023 0.015 0.024 0.025 0.041 0.394 0.368 0.048 0.012 143 E 0.016 0.089 0.051 0.025 0.038 0.032 0.098 0.312 0.205 0.115 0.020 144 S 0.057 0.047 0.021 0.014 0.051 0.012 0.039 0.188 0.133 0.364 0.075 145 Y 0.079 0.091 0.038 0.013 0.120 0.014 0.021 0.250 0.167 0.135 0.071 146 S 0.026 0.093 0.047 0.022 0.053 0.052 0.090 0.385 0.129 0.077 0.027 147 K 0.110 0.068 0.027 0.006 0.114 0.004 0.014 0.135 0.090 0.354 0.078 148 T 0.038 0.425 0.164 0.006 0.149 0.003 0.004 0.157 0.027 0.018 0.009 149 A 0.018 0.039 0.017 0.005 0.043 0.006 0.016 0.708 0.108 0.029 0.013 150 Y 0.012 0.024 0.009 0.003 0.016 0.004 0.010 0.817 0.074 0.025 0.005 151 H 0.005 0.008 0.003 0.002 0.010 0.002 0.006 0.776 0.139 0.045 0.004 152 K 0.005 0.009 0.003 0.002 0.010 0.005 0.018 0.768 0.161 0.016 0.002 153 Y 0.007 0.014 0.006 0.003 0.019 0.004 0.050 0.704 0.140 0.048 0.004 154 L 0.013 0.025 0.011 0.005 0.026 0.012 0.054 0.579 0.171 0.097 0.008 155 L 0.080 0.117 0.024 0.008 0.146 0.009 0.044 0.310 0.107 0.109 0.044 156 K 0.092 0.065 0.032 0.009 0.113 0.023 0.067 0.131 0.123 0.280 0.064 157 V 0.030 0.495 0.268 0.004 0.164 0.001 0.005 0.021 0.005 0.003 0.005 158 P 0.081 0.353 0.115 0.014 0.192 0.012 0.026 0.101 0.051 0.029 0.026 159 F 0.051 0.167 0.042 0.024 0.142 0.048 0.163 0.172 0.127 0.043 0.022 160 Y 0.092 0.063 0.035 0.022 0.109 0.030 0.031 0.075 0.105 0.319 0.119 161 R 0.055 0.431 0.132 0.012 0.283 0.005 0.011 0.030 0.013 0.017 0.010 162 H 0.225 0.147 0.042 0.010 0.286 0.016 0.056 0.054 0.031 0.051 0.081 163 I 0.168 0.196 0.050 0.013 0.338 0.011 0.017 0.045 0.047 0.055 0.060 164 T 0.146 0.251 0.035 0.009 0.365 0.007 0.013 0.076 0.031 0.028 0.037 165 I 0.091 0.082 0.036 0.015 0.185 0.023 0.036 0.248 0.141 0.090 0.052 166 R 0.032 0.115 0.060 0.023 0.063 0.028 0.085 0.477 0.076 0.026 0.016 167 N 0.047 0.109 0.046 0.015 0.077 0.006 0.013 0.375 0.101 0.177 0.034 168 A 0.008 0.030 0.008 0.002 0.017 0.005 0.009 0.729 0.168 0.019 0.006 169 K 0.003 0.015 0.007 0.001 0.008 0.002 0.014 0.835 0.100 0.012 0.004 170 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.918 0.056 0.015 0.001 171 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.065 0.004 0.001 172 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.017 0.002 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.048 0.004 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.065 0.001 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.950 0.038 0.001 0.001 177 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.883 0.067 0.026 0.001 178 L 0.004 0.012 0.003 0.001 0.007 0.002 0.010 0.748 0.166 0.044 0.003 179 K 0.003 0.014 0.006 0.004 0.006 0.011 0.041 0.632 0.217 0.061 0.004 180 K 0.012 0.060 0.038 0.009 0.038 0.015 0.125 0.465 0.141 0.087 0.011