# TARGET T0299 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.345 0.297 0.178 0.113 0.052 0.014 0.001 2 T 0.125 0.328 0.316 0.164 0.052 0.013 0.002 3 R 0.022 0.113 0.196 0.301 0.250 0.109 0.008 4 Y 0.001 0.002 0.017 0.099 0.436 0.400 0.046 5 A 0.001 0.003 0.008 0.024 0.083 0.455 0.426 6 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.044 0.270 0.671 7 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.132 0.839 8 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.136 0.839 9 R 0.001 0.004 0.007 0.021 0.042 0.227 0.698 10 G 0.002 0.006 0.013 0.036 0.092 0.290 0.560 11 I 0.003 0.007 0.014 0.034 0.093 0.376 0.474 12 N 0.016 0.036 0.057 0.132 0.216 0.347 0.196 13 V 0.022 0.046 0.062 0.133 0.252 0.366 0.119 14 G 0.032 0.070 0.136 0.251 0.283 0.190 0.039 15 G 0.087 0.192 0.262 0.241 0.151 0.059 0.007 16 K 0.190 0.357 0.260 0.133 0.046 0.011 0.002 17 N 0.059 0.148 0.217 0.271 0.217 0.081 0.008 18 K 0.048 0.148 0.228 0.268 0.206 0.093 0.010 19 V 0.016 0.032 0.072 0.212 0.359 0.278 0.031 20 V 0.029 0.176 0.308 0.299 0.133 0.050 0.006 21 M 0.026 0.091 0.140 0.245 0.279 0.196 0.024 22 A 0.156 0.304 0.282 0.181 0.063 0.012 0.001 23 E 0.165 0.453 0.269 0.092 0.018 0.003 0.001 24 L 0.014 0.024 0.075 0.290 0.429 0.162 0.005 25 R 0.072 0.234 0.365 0.243 0.077 0.009 0.001 26 Q 0.620 0.323 0.046 0.008 0.002 0.001 0.001 27 E 0.202 0.253 0.298 0.196 0.046 0.005 0.001 28 L 0.157 0.103 0.165 0.283 0.237 0.053 0.001 29 T 0.489 0.309 0.144 0.048 0.009 0.001 0.001 30 N 0.719 0.217 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 31 L 0.337 0.251 0.217 0.133 0.052 0.010 0.001 32 G 0.396 0.287 0.169 0.104 0.036 0.007 0.001 33 L 0.222 0.160 0.204 0.235 0.151 0.026 0.001 34 E 0.567 0.346 0.072 0.012 0.002 0.001 0.001 35 K 0.352 0.335 0.192 0.100 0.019 0.002 0.001 36 V 0.054 0.053 0.106 0.299 0.374 0.109 0.005 37 E 0.138 0.277 0.289 0.203 0.072 0.018 0.002 38 S 0.048 0.091 0.128 0.217 0.229 0.240 0.047 39 Y 0.016 0.041 0.065 0.136 0.259 0.374 0.110 40 I 0.011 0.023 0.047 0.123 0.217 0.343 0.237 41 N 0.017 0.052 0.076 0.137 0.164 0.294 0.259 42 S 0.016 0.063 0.097 0.138 0.200 0.287 0.198 43 G 0.006 0.017 0.049 0.132 0.259 0.357 0.180 44 N 0.015 0.068 0.149 0.202 0.238 0.249 0.079 45 I 0.009 0.016 0.026 0.073 0.258 0.487 0.131 46 F 0.007 0.033 0.096 0.239 0.339 0.250 0.036 47 F 0.008 0.024 0.067 0.201 0.400 0.278 0.022 48 T 0.092 0.260 0.321 0.233 0.078 0.014 0.001 49 S 0.288 0.401 0.207 0.084 0.018 0.002 0.001 50 I 0.584 0.275 0.100 0.033 0.008 0.001 0.001 51 D 0.689 0.198 0.068 0.032 0.010 0.002 0.001 52 S 0.578 0.261 0.104 0.044 0.011 0.001 0.001 53 K 0.317 0.348 0.217 0.092 0.023 0.003 0.001 54 A 0.582 0.284 0.095 0.030 0.008 0.001 0.001 55 Q 0.319 0.459 0.172 0.042 0.007 0.001 0.001 56 L 0.021 0.044 0.122 0.376 0.368 0.068 0.001 57 V 0.035 0.179 0.294 0.342 0.129 0.020 0.001 58 E 0.266 0.510 0.180 0.039 0.005 0.001 0.001 59 K 0.032 0.114 0.343 0.364 0.133 0.015 0.001 60 L 0.004 0.005 0.013 0.065 0.344 0.543 0.025 61 E 0.014 0.094 0.303 0.404 0.160 0.025 0.001 62 T 0.126 0.532 0.240 0.081 0.017 0.003 0.001 63 F 0.009 0.055 0.199 0.432 0.255 0.049 0.001 64 F 0.009 0.015 0.042 0.213 0.465 0.244 0.011 65 A 0.158 0.424 0.298 0.100 0.019 0.002 0.001 66 V 0.400 0.437 0.122 0.033 0.007 0.001 0.001 67 H 0.106 0.253 0.293 0.223 0.096 0.028 0.002 68 Y 0.085 0.137 0.244 0.307 0.184 0.041 0.002 69 P 0.469 0.360 0.118 0.039 0.011 0.002 0.001 70 F 0.059 0.094 0.180 0.315 0.261 0.085 0.006 71 I 0.095 0.292 0.283 0.197 0.093 0.036 0.004 72 Q 0.044 0.082 0.159 0.286 0.283 0.131 0.014 73 S 0.042 0.077 0.166 0.255 0.272 0.166 0.022 74 F 0.015 0.023 0.052 0.123 0.268 0.429 0.090 75 S 0.008 0.015 0.024 0.067 0.189 0.503 0.195 76 L 0.008 0.021 0.045 0.128 0.279 0.421 0.099 77 L 0.006 0.021 0.050 0.149 0.313 0.385 0.076 78 S 0.015 0.084 0.161 0.231 0.288 0.202 0.019 79 L 0.020 0.131 0.288 0.327 0.179 0.052 0.003 80 E 0.466 0.395 0.103 0.027 0.007 0.002 0.001 81 D 0.054 0.235 0.348 0.259 0.086 0.017 0.001 82 F 0.005 0.009 0.028 0.197 0.496 0.257 0.009 83 E 0.032 0.235 0.403 0.259 0.063 0.008 0.001 84 A 0.283 0.533 0.145 0.032 0.005 0.001 0.001 85 E 0.020 0.087 0.237 0.366 0.233 0.055 0.002 86 L 0.012 0.024 0.084 0.295 0.418 0.159 0.008 87 E 0.183 0.407 0.268 0.107 0.028 0.006 0.001 88 N 0.268 0.332 0.203 0.124 0.052 0.020 0.002 89 L 0.048 0.101 0.178 0.274 0.245 0.140 0.014 90 P 0.117 0.138 0.180 0.219 0.201 0.123 0.022 91 A 0.189 0.187 0.170 0.178 0.156 0.096 0.024 92 W 0.167 0.219 0.217 0.194 0.133 0.062 0.009 93 W 0.147 0.155 0.196 0.241 0.183 0.071 0.007 94 S 0.406 0.289 0.161 0.090 0.041 0.012 0.001 95 R 0.371 0.309 0.183 0.094 0.034 0.008 0.001 96 D 0.499 0.273 0.122 0.071 0.027 0.008 0.001 97 L 0.183 0.193 0.215 0.239 0.135 0.034 0.002 98 A 0.459 0.302 0.144 0.069 0.021 0.004 0.001 99 R 0.253 0.345 0.237 0.120 0.037 0.008 0.001 100 K 0.042 0.155 0.268 0.286 0.179 0.064 0.006 101 D 0.004 0.024 0.105 0.272 0.366 0.208 0.021 102 F 0.002 0.005 0.014 0.040 0.173 0.571 0.195 103 L 0.001 0.008 0.032 0.119 0.303 0.435 0.103 104 F 0.001 0.002 0.008 0.043 0.196 0.567 0.183 105 Y 0.002 0.011 0.036 0.150 0.367 0.386 0.049 106 T 0.015 0.099 0.256 0.341 0.221 0.065 0.004 107 E 0.120 0.315 0.313 0.177 0.062 0.011 0.001 108 G 0.442 0.344 0.139 0.054 0.017 0.004 0.001 109 L 0.072 0.128 0.247 0.316 0.187 0.048 0.002 110 D 0.500 0.351 0.101 0.035 0.010 0.002 0.001 111 V 0.120 0.228 0.312 0.236 0.087 0.015 0.001 112 D 0.705 0.205 0.055 0.023 0.009 0.003 0.001 113 Q 0.492 0.350 0.116 0.032 0.008 0.002 0.001 114 V 0.083 0.118 0.228 0.336 0.195 0.038 0.001 115 I 0.126 0.213 0.286 0.257 0.099 0.017 0.001 116 A 0.534 0.338 0.100 0.023 0.004 0.001 0.001 117 T 0.234 0.267 0.264 0.179 0.049 0.007 0.001 118 V 0.065 0.071 0.154 0.327 0.313 0.069 0.001 119 E 0.370 0.375 0.183 0.059 0.011 0.001 0.001 120 S 0.614 0.283 0.077 0.022 0.004 0.001 0.001 121 L 0.115 0.228 0.289 0.246 0.103 0.019 0.001 122 E 0.454 0.320 0.140 0.064 0.019 0.003 0.001 123 L 0.508 0.256 0.133 0.071 0.026 0.005 0.001 124 K 0.519 0.282 0.124 0.052 0.018 0.004 0.001 125 D 0.255 0.364 0.222 0.117 0.035 0.008 0.001 126 E 0.073 0.147 0.224 0.282 0.191 0.076 0.006 127 V 0.052 0.228 0.312 0.247 0.117 0.040 0.005 128 L 0.020 0.039 0.084 0.224 0.351 0.246 0.036 129 Y 0.020 0.095 0.186 0.279 0.241 0.150 0.028 130 F 0.021 0.040 0.075 0.185 0.326 0.299 0.054 131 G 0.087 0.262 0.291 0.221 0.098 0.035 0.006 132 K 0.186 0.280 0.233 0.167 0.085 0.038 0.011 133 L 0.058 0.149 0.219 0.239 0.183 0.126 0.026 134 G 0.013 0.025 0.075 0.177 0.341 0.311 0.058 135 I 0.016 0.028 0.039 0.066 0.157 0.415 0.278 136 F 0.009 0.018 0.032 0.088 0.218 0.435 0.201 137 W 0.009 0.020 0.044 0.108 0.241 0.389 0.190 138 G 0.052 0.082 0.122 0.220 0.267 0.209 0.048 139 K 0.053 0.186 0.248 0.261 0.169 0.073 0.010 140 F 0.059 0.147 0.209 0.265 0.214 0.092 0.014 141 S 0.096 0.131 0.181 0.254 0.227 0.104 0.008 142 E 0.359 0.333 0.190 0.086 0.025 0.005 0.001 143 E 0.480 0.282 0.144 0.067 0.021 0.005 0.001 144 S 0.458 0.300 0.141 0.067 0.027 0.007 0.001 145 Y 0.142 0.172 0.233 0.254 0.146 0.049 0.005 146 S 0.205 0.268 0.223 0.174 0.090 0.036 0.005 147 K 0.132 0.206 0.229 0.210 0.143 0.067 0.015 148 T 0.086 0.117 0.164 0.257 0.222 0.130 0.025 149 A 0.116 0.240 0.238 0.188 0.117 0.077 0.024 150 Y 0.058 0.064 0.094 0.191 0.263 0.257 0.072 151 H 0.067 0.130 0.187 0.242 0.201 0.140 0.034 152 K 0.202 0.313 0.229 0.142 0.070 0.035 0.009 153 Y 0.137 0.211 0.236 0.218 0.126 0.060 0.012 154 L 0.062 0.079 0.129 0.226 0.283 0.191 0.030 155 L 0.126 0.161 0.210 0.236 0.170 0.083 0.014 156 K 0.335 0.325 0.172 0.097 0.045 0.021 0.005 157 V 0.190 0.224 0.221 0.192 0.117 0.048 0.009 158 P 0.166 0.224 0.203 0.194 0.136 0.067 0.010 159 F 0.080 0.109 0.176 0.253 0.240 0.122 0.021 160 Y 0.246 0.284 0.205 0.145 0.077 0.035 0.008 161 R 0.129 0.163 0.192 0.228 0.183 0.090 0.015 162 H 0.145 0.181 0.187 0.194 0.153 0.113 0.028 163 I 0.040 0.042 0.082 0.168 0.262 0.304 0.103 164 T 0.048 0.057 0.083 0.140 0.214 0.315 0.142 165 I 0.027 0.038 0.049 0.085 0.160 0.341 0.300 166 R 0.017 0.039 0.061 0.116 0.191 0.304 0.273 167 N 0.008 0.020 0.031 0.068 0.158 0.371 0.343 168 A 0.016 0.051 0.110 0.221 0.268 0.245 0.088 169 K 0.025 0.148 0.260 0.257 0.165 0.114 0.031 170 T 0.003 0.008 0.028 0.102 0.284 0.452 0.123 171 F 0.006 0.020 0.041 0.135 0.290 0.418 0.091 172 D 0.049 0.244 0.294 0.266 0.108 0.035 0.004 173 K 0.013 0.086 0.281 0.389 0.184 0.044 0.003 174 I 0.018 0.017 0.027 0.111 0.353 0.445 0.030 175 G 0.059 0.149 0.256 0.332 0.175 0.030 0.001 176 Q 0.237 0.475 0.194 0.072 0.018 0.004 0.001 177 M 0.087 0.180 0.316 0.301 0.098 0.017 0.001 178 L 0.128 0.131 0.188 0.296 0.204 0.050 0.003 179 K 0.696 0.220 0.059 0.019 0.005 0.001 0.001 180 K 0.787 0.164 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001