# TARGET T0298 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0298.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 383 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.017 0.011 0.016 0.194 0.710 2 S 0.073 0.021 0.034 0.016 0.377 0.479 3 Q 0.080 0.024 0.035 0.017 0.370 0.474 4 P 0.121 0.021 0.045 0.013 0.481 0.320 5 L 0.343 0.029 0.013 0.005 0.369 0.240 6 N 0.542 0.012 0.006 0.004 0.209 0.227 7 V 0.877 0.003 0.001 0.002 0.046 0.072 8 A 0.964 0.002 0.001 0.001 0.012 0.020 9 V 0.973 0.004 0.001 0.002 0.008 0.012 10 V 0.925 0.003 0.003 0.004 0.033 0.033 11 G 0.617 0.008 0.015 0.013 0.196 0.151 12 A 0.236 0.012 0.040 0.042 0.421 0.248 13 T 0.060 0.011 0.032 0.140 0.549 0.208 14 G 0.017 0.004 0.029 0.255 0.438 0.257 15 S 0.025 0.020 0.021 0.523 0.241 0.171 16 V 0.017 0.015 0.018 0.815 0.085 0.050 17 G 0.002 0.001 0.002 0.979 0.006 0.011 18 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 23 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 25 D 0.001 0.001 0.017 0.964 0.013 0.005 26 E 0.001 0.001 0.018 0.731 0.116 0.135 27 R 0.001 0.001 0.011 0.199 0.282 0.507 28 D 0.003 0.005 0.010 0.054 0.281 0.647 29 F 0.030 0.010 0.009 0.027 0.375 0.549 30 P 0.133 0.008 0.024 0.075 0.257 0.504 31 L 0.537 0.017 0.035 0.080 0.129 0.203 32 H 0.754 0.002 0.023 0.045 0.047 0.129 33 R 0.885 0.005 0.014 0.042 0.017 0.037 34 L 0.867 0.004 0.010 0.069 0.013 0.037 35 H 0.891 0.003 0.005 0.058 0.012 0.031 36 L 0.822 0.002 0.008 0.083 0.022 0.063 37 L 0.710 0.006 0.012 0.075 0.073 0.123 38 A 0.484 0.010 0.019 0.088 0.197 0.202 39 S 0.297 0.009 0.021 0.059 0.376 0.238 40 A 0.163 0.026 0.038 0.067 0.475 0.230 41 E 0.115 0.016 0.050 0.057 0.515 0.247 42 S 0.118 0.016 0.063 0.050 0.614 0.139 43 A 0.125 0.011 0.066 0.060 0.550 0.189 44 G 0.156 0.006 0.031 0.020 0.514 0.274 45 Q 0.353 0.018 0.017 0.012 0.314 0.285 46 R 0.601 0.026 0.008 0.011 0.119 0.234 47 M 0.747 0.020 0.012 0.008 0.099 0.114 48 G 0.697 0.010 0.016 0.009 0.134 0.133 49 F 0.544 0.016 0.029 0.014 0.312 0.085 50 A 0.235 0.009 0.035 0.020 0.566 0.134 51 E 0.149 0.004 0.015 0.010 0.667 0.155 52 S 0.393 0.013 0.010 0.008 0.394 0.182 53 S 0.577 0.016 0.002 0.003 0.106 0.295 54 L 0.756 0.018 0.001 0.002 0.044 0.179 55 R 0.729 0.004 0.001 0.002 0.027 0.237 56 V 0.832 0.010 0.001 0.003 0.017 0.137 57 G 0.786 0.003 0.003 0.004 0.030 0.174 58 D 0.645 0.009 0.006 0.006 0.063 0.272 59 V 0.225 0.013 0.004 0.008 0.140 0.611 60 D 0.053 0.005 0.004 0.016 0.146 0.777 61 S 0.025 0.008 0.229 0.265 0.295 0.178 62 F 0.015 0.009 0.233 0.267 0.355 0.122 63 D 0.007 0.001 0.301 0.313 0.288 0.089 64 F 0.010 0.003 0.411 0.271 0.249 0.056 65 S 0.004 0.003 0.263 0.201 0.399 0.129 66 S 0.008 0.001 0.095 0.027 0.469 0.400 67 V 0.058 0.003 0.007 0.001 0.406 0.524 68 G 0.174 0.002 0.003 0.001 0.209 0.610 69 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 70 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 71 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 73 A 0.640 0.007 0.002 0.001 0.083 0.267 74 A 0.087 0.015 0.008 0.005 0.462 0.423 75 A 0.017 0.005 0.021 0.010 0.654 0.293 76 A 0.006 0.004 0.089 0.101 0.610 0.191 77 E 0.006 0.008 0.143 0.575 0.220 0.047 78 V 0.004 0.003 0.091 0.788 0.092 0.021 79 S 0.003 0.002 0.027 0.904 0.036 0.027 80 R 0.002 0.001 0.015 0.952 0.022 0.008 81 A 0.002 0.001 0.011 0.961 0.016 0.009 82 H 0.002 0.001 0.005 0.977 0.008 0.007 83 A 0.002 0.001 0.004 0.981 0.009 0.005 84 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.002 85 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 86 A 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.002 87 R 0.001 0.001 0.012 0.973 0.010 0.004 88 A 0.002 0.001 0.012 0.916 0.038 0.032 89 A 0.006 0.001 0.010 0.610 0.088 0.286 90 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.064 0.925 91 C 0.268 0.002 0.001 0.003 0.079 0.647 92 S 0.936 0.004 0.001 0.001 0.015 0.044 93 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 94 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 95 D 0.828 0.009 0.004 0.006 0.042 0.112 96 L 0.297 0.009 0.025 0.042 0.207 0.419 97 S 0.068 0.010 0.056 0.043 0.481 0.342 98 G 0.017 0.006 0.258 0.240 0.367 0.112 99 A 0.025 0.007 0.259 0.273 0.345 0.091 100 L 0.055 0.019 0.348 0.260 0.264 0.055 101 E 0.140 0.023 0.107 0.270 0.326 0.135 102 P 0.147 0.017 0.085 0.125 0.524 0.102 103 S 0.041 0.005 0.044 0.075 0.727 0.108 104 V 0.053 0.014 0.044 0.053 0.706 0.130 105 A 0.142 0.037 0.036 0.033 0.582 0.170 106 P 0.178 0.012 0.035 0.025 0.333 0.417 107 P 0.483 0.030 0.028 0.017 0.229 0.214 108 V 0.660 0.103 0.010 0.006 0.125 0.097 109 M 0.409 0.069 0.010 0.004 0.434 0.074 110 V 0.109 0.002 0.028 0.006 0.742 0.113 111 S 0.121 0.008 0.042 0.007 0.720 0.102 112 V 0.154 0.072 0.011 0.005 0.606 0.152 113 N 0.071 0.037 0.004 0.018 0.235 0.635 114 A 0.009 0.002 0.129 0.632 0.178 0.051 115 E 0.004 0.001 0.109 0.732 0.129 0.024 116 R 0.002 0.001 0.071 0.834 0.076 0.016 117 L 0.004 0.001 0.029 0.881 0.050 0.035 118 A 0.006 0.002 0.019 0.917 0.039 0.017 119 S 0.010 0.004 0.038 0.836 0.077 0.034 120 Q 0.033 0.003 0.069 0.617 0.188 0.089 121 A 0.034 0.004 0.111 0.509 0.271 0.070 122 A 0.037 0.004 0.096 0.334 0.389 0.141 123 P 0.040 0.001 0.042 0.119 0.474 0.325 124 F 0.267 0.008 0.019 0.029 0.305 0.371 125 L 0.544 0.041 0.011 0.017 0.149 0.238 126 L 0.607 0.021 0.009 0.014 0.164 0.185 127 S 0.468 0.038 0.009 0.011 0.246 0.228 128 S 0.112 0.025 0.009 0.008 0.743 0.102 129 P 0.016 0.002 0.012 0.025 0.868 0.077 130 C 0.011 0.005 0.019 0.103 0.766 0.096 131 A 0.037 0.012 0.011 0.254 0.569 0.117 132 V 0.044 0.020 0.008 0.605 0.122 0.201 133 A 0.017 0.004 0.011 0.931 0.017 0.020 134 A 0.011 0.001 0.012 0.965 0.008 0.004 135 E 0.011 0.001 0.018 0.955 0.010 0.005 136 L 0.008 0.001 0.013 0.950 0.014 0.014 137 C 0.002 0.001 0.010 0.952 0.014 0.022 138 E 0.001 0.001 0.014 0.959 0.014 0.012 139 V 0.001 0.001 0.020 0.950 0.019 0.010 140 L 0.001 0.001 0.033 0.895 0.038 0.032 141 A 0.001 0.001 0.046 0.823 0.065 0.065 142 P 0.001 0.001 0.045 0.889 0.050 0.015 143 L 0.001 0.001 0.049 0.908 0.038 0.003 144 L 0.001 0.001 0.055 0.876 0.062 0.006 145 A 0.001 0.001 0.073 0.863 0.051 0.013 146 T 0.001 0.001 0.028 0.877 0.068 0.025 147 L 0.003 0.003 0.016 0.516 0.180 0.283 148 D 0.012 0.003 0.003 0.010 0.167 0.804 149 C 0.106 0.004 0.012 0.011 0.305 0.563 150 R 0.392 0.008 0.017 0.006 0.204 0.372 151 Q 0.903 0.004 0.004 0.002 0.030 0.057 152 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 153 N 0.977 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 154 L 0.973 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 155 T 0.904 0.001 0.002 0.007 0.023 0.064 156 A 0.882 0.004 0.003 0.016 0.037 0.058 157 C 0.835 0.007 0.007 0.022 0.061 0.067 158 L 0.749 0.012 0.012 0.038 0.102 0.087 159 S 0.470 0.024 0.042 0.067 0.231 0.167 160 V 0.298 0.025 0.047 0.101 0.294 0.235 161 S 0.096 0.012 0.066 0.172 0.447 0.207 162 S 0.030 0.011 0.064 0.189 0.555 0.151 163 L 0.020 0.011 0.044 0.220 0.520 0.185 164 G 0.013 0.009 0.018 0.219 0.366 0.375 165 R 0.010 0.004 0.017 0.785 0.107 0.077 166 E 0.008 0.006 0.013 0.874 0.053 0.047 167 G 0.006 0.003 0.013 0.922 0.028 0.028 168 V 0.002 0.001 0.008 0.965 0.016 0.009 169 K 0.001 0.001 0.006 0.974 0.013 0.005 170 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.011 0.004 171 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.009 0.008 172 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.007 0.008 173 R 0.002 0.001 0.001 0.980 0.008 0.010 174 Q 0.002 0.001 0.001 0.969 0.011 0.016 175 T 0.003 0.001 0.002 0.962 0.011 0.021 176 A 0.002 0.001 0.008 0.953 0.018 0.017 177 E 0.001 0.001 0.013 0.953 0.019 0.013 178 L 0.002 0.001 0.016 0.946 0.021 0.015 179 L 0.003 0.002 0.024 0.894 0.041 0.036 180 N 0.005 0.001 0.025 0.760 0.085 0.124 181 A 0.011 0.002 0.017 0.226 0.191 0.552 182 R 0.033 0.013 0.012 0.042 0.223 0.678 183 P 0.063 0.024 0.011 0.027 0.224 0.651 184 L 0.044 0.021 0.023 0.037 0.271 0.603 185 E 0.032 0.018 0.044 0.030 0.385 0.492 186 P 0.033 0.006 0.101 0.057 0.500 0.302 187 R 0.046 0.008 0.070 0.060 0.497 0.319 188 L 0.096 0.040 0.064 0.068 0.431 0.301 189 F 0.094 0.039 0.023 0.060 0.280 0.504 190 D 0.084 0.012 0.087 0.206 0.226 0.385 191 R 0.133 0.017 0.173 0.229 0.215 0.232 192 Q 0.148 0.007 0.269 0.208 0.206 0.162 193 I 0.199 0.009 0.237 0.234 0.199 0.122 194 A 0.301 0.016 0.112 0.261 0.166 0.144 195 F 0.281 0.011 0.093 0.208 0.232 0.176 196 N 0.226 0.006 0.045 0.161 0.260 0.303 197 L 0.253 0.026 0.032 0.167 0.204 0.319 198 L 0.274 0.029 0.021 0.128 0.225 0.323 199 A 0.206 0.014 0.026 0.118 0.229 0.408 200 Q 0.258 0.046 0.035 0.113 0.236 0.311 201 V 0.171 0.027 0.021 0.106 0.258 0.418 202 G 0.127 0.014 0.019 0.145 0.326 0.369 203 A 0.058 0.014 0.056 0.358 0.286 0.228 204 V 0.047 0.019 0.063 0.408 0.279 0.184 205 D 0.021 0.004 0.114 0.348 0.461 0.051 206 A 0.015 0.006 0.080 0.261 0.574 0.064 207 E 0.010 0.004 0.053 0.266 0.552 0.116 208 G 0.013 0.009 0.009 0.031 0.495 0.443 209 H 0.021 0.030 0.005 0.022 0.243 0.679 210 S 0.043 0.040 0.005 0.072 0.188 0.651 211 A 0.003 0.001 0.027 0.873 0.056 0.040 212 I 0.002 0.001 0.023 0.935 0.027 0.012 213 E 0.002 0.001 0.017 0.957 0.015 0.008 214 R 0.002 0.001 0.007 0.977 0.009 0.006 215 R 0.002 0.001 0.004 0.972 0.013 0.009 216 I 0.005 0.001 0.005 0.962 0.013 0.015 217 F 0.007 0.001 0.003 0.965 0.009 0.016 218 A 0.007 0.001 0.003 0.972 0.007 0.009 219 E 0.009 0.001 0.004 0.971 0.008 0.009 220 V 0.008 0.001 0.005 0.964 0.011 0.011 221 Q 0.014 0.001 0.013 0.941 0.016 0.015 222 A 0.008 0.001 0.024 0.922 0.024 0.020 223 L 0.005 0.001 0.029 0.917 0.025 0.023 224 L 0.016 0.005 0.038 0.764 0.083 0.095 225 G 0.023 0.008 0.043 0.296 0.269 0.360 226 E 0.020 0.005 0.062 0.060 0.569 0.285 227 R 0.019 0.007 0.055 0.019 0.633 0.267 228 I 0.052 0.008 0.033 0.005 0.543 0.360 229 G 0.234 0.010 0.013 0.004 0.352 0.387 230 P 0.477 0.010 0.005 0.003 0.101 0.405 231 L 0.866 0.015 0.002 0.002 0.025 0.091 232 N 0.901 0.004 0.002 0.002 0.028 0.062 233 V 0.872 0.004 0.003 0.002 0.029 0.090 234 T 0.857 0.005 0.003 0.002 0.040 0.094 235 C 0.777 0.005 0.003 0.002 0.057 0.156 236 I 0.648 0.009 0.004 0.004 0.106 0.230 237 Q 0.668 0.019 0.002 0.004 0.082 0.226 238 A 0.668 0.007 0.002 0.005 0.081 0.237 239 P 0.690 0.004 0.005 0.011 0.081 0.209 240 V 0.889 0.008 0.005 0.011 0.040 0.047 241 F 0.848 0.013 0.008 0.019 0.058 0.053 242 F 0.720 0.007 0.011 0.017 0.151 0.094 243 G 0.495 0.011 0.041 0.019 0.283 0.151 244 D 0.497 0.020 0.043 0.010 0.266 0.165 245 S 0.526 0.005 0.063 0.006 0.253 0.147 246 L 0.745 0.004 0.025 0.003 0.125 0.098 247 S 0.909 0.005 0.006 0.002 0.040 0.038 248 V 0.949 0.003 0.001 0.001 0.018 0.028 249 T 0.961 0.001 0.001 0.002 0.014 0.021 250 L 0.928 0.004 0.002 0.003 0.029 0.034 251 Q 0.888 0.005 0.002 0.004 0.043 0.058 252 C 0.669 0.007 0.020 0.010 0.154 0.140 253 A 0.201 0.017 0.085 0.010 0.459 0.228 254 E 0.054 0.003 0.089 0.006 0.574 0.274 255 P 0.038 0.006 0.063 0.005 0.520 0.368 256 V 0.040 0.045 0.005 0.003 0.281 0.625 257 D 0.009 0.007 0.003 0.010 0.108 0.864 258 L 0.001 0.001 0.014 0.961 0.015 0.009 259 A 0.001 0.001 0.005 0.976 0.015 0.003 260 A 0.001 0.001 0.006 0.984 0.008 0.001 261 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 262 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.002 263 R 0.001 0.001 0.005 0.981 0.011 0.004 264 V 0.001 0.001 0.012 0.980 0.005 0.002 265 L 0.001 0.001 0.035 0.954 0.009 0.002 266 D 0.001 0.001 0.062 0.916 0.017 0.005 267 A 0.001 0.001 0.039 0.686 0.153 0.121 268 T 0.003 0.004 0.014 0.066 0.735 0.178 269 K 0.009 0.004 0.004 0.003 0.742 0.238 270 G 0.054 0.004 0.007 0.001 0.787 0.146 271 I 0.745 0.011 0.003 0.001 0.184 0.055 272 E 0.941 0.011 0.001 0.001 0.014 0.033 273 W 0.932 0.007 0.001 0.001 0.012 0.047 274 V 0.829 0.018 0.002 0.001 0.033 0.118 275 G 0.457 0.033 0.005 0.002 0.127 0.377 276 E 0.124 0.015 0.009 0.002 0.595 0.254 277 G 0.027 0.007 0.022 0.004 0.756 0.184 278 D 0.021 0.012 0.022 0.004 0.768 0.174 279 Y 0.083 0.038 0.020 0.006 0.553 0.300 280 P 0.122 0.042 0.005 0.005 0.145 0.681 281 T 0.146 0.055 0.003 0.009 0.113 0.675 282 V 0.147 0.019 0.006 0.015 0.139 0.674 283 V 0.240 0.038 0.027 0.055 0.206 0.434 284 G 0.201 0.015 0.080 0.094 0.318 0.291 285 D 0.214 0.018 0.137 0.118 0.324 0.188 286 A 0.248 0.036 0.129 0.108 0.308 0.171 287 L 0.149 0.015 0.117 0.093 0.450 0.177 288 G 0.068 0.008 0.074 0.037 0.577 0.236 289 Q 0.068 0.013 0.035 0.011 0.596 0.277 290 D 0.100 0.010 0.025 0.007 0.625 0.233 291 E 0.288 0.011 0.017 0.008 0.381 0.296 292 T 0.766 0.015 0.004 0.004 0.095 0.115 293 Y 0.907 0.005 0.002 0.003 0.031 0.053 294 V 0.925 0.003 0.001 0.002 0.017 0.052 295 G 0.923 0.002 0.001 0.002 0.018 0.054 296 R 0.925 0.002 0.001 0.002 0.015 0.054 297 V 0.931 0.003 0.001 0.002 0.016 0.048 298 R 0.909 0.005 0.002 0.003 0.030 0.051 299 A 0.784 0.018 0.005 0.004 0.074 0.114 300 G 0.524 0.016 0.021 0.009 0.284 0.145 301 Q 0.287 0.011 0.048 0.019 0.461 0.174 302 A 0.232 0.046 0.026 0.016 0.478 0.203 303 D 0.080 0.040 0.014 0.012 0.805 0.049 304 P 0.025 0.001 0.015 0.011 0.894 0.054 305 C 0.056 0.005 0.013 0.008 0.874 0.045 306 Q 0.632 0.015 0.002 0.001 0.286 0.064 307 V 0.953 0.002 0.001 0.001 0.006 0.039 308 N 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 309 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 310 W 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 311 I 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 312 V 0.865 0.006 0.003 0.002 0.038 0.086 313 S 0.497 0.005 0.037 0.022 0.251 0.189 314 D 0.142 0.010 0.124 0.118 0.470 0.136 315 N 0.047 0.012 0.136 0.354 0.365 0.085 316 V 0.037 0.009 0.048 0.386 0.293 0.227 317 R 0.011 0.005 0.015 0.824 0.073 0.072 318 K 0.005 0.002 0.009 0.872 0.063 0.049 319 G 0.001 0.002 0.008 0.874 0.039 0.076 320 A 0.001 0.001 0.008 0.958 0.013 0.019 321 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.003 322 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 323 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 324 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 325 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 326 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 327 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 328 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 329 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 330 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 331 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.011 0.010 332 I 0.001 0.001 0.006 0.957 0.019 0.017 333 K 0.001 0.001 0.009 0.893 0.049 0.048 334 H 0.001 0.001 0.009 0.756 0.061 0.171 335 Y 0.002 0.003 0.004 0.153 0.071 0.767 336 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.978