# TARGET T0298 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0298.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2376 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.002 0.001 0.004 0.064 0.923 2 S 0.053 0.009 0.005 0.009 0.147 0.777 3 Q 0.064 0.009 0.007 0.004 0.210 0.706 4 P 0.086 0.003 0.007 0.002 0.284 0.618 5 L 0.483 0.003 0.004 0.001 0.162 0.347 6 N 0.935 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 7 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 8 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 9 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 10 V 0.923 0.001 0.001 0.006 0.023 0.046 11 G 0.425 0.006 0.005 0.025 0.218 0.322 12 A 0.148 0.012 0.013 0.050 0.372 0.405 13 T 0.081 0.015 0.018 0.117 0.320 0.450 14 G 0.023 0.005 0.043 0.359 0.313 0.256 15 S 0.017 0.005 0.055 0.772 0.091 0.060 16 V 0.008 0.002 0.032 0.909 0.033 0.016 17 G 0.007 0.002 0.015 0.938 0.024 0.015 18 E 0.002 0.001 0.008 0.975 0.011 0.004 19 A 0.001 0.001 0.008 0.980 0.008 0.002 20 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 21 V 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.001 22 G 0.001 0.001 0.011 0.980 0.006 0.002 23 L 0.001 0.001 0.015 0.966 0.011 0.008 24 L 0.001 0.001 0.030 0.909 0.032 0.026 25 D 0.002 0.004 0.047 0.819 0.070 0.057 26 E 0.003 0.004 0.082 0.659 0.203 0.048 27 R 0.002 0.002 0.092 0.422 0.328 0.155 28 D 0.002 0.003 0.017 0.016 0.346 0.617 29 F 0.022 0.010 0.011 0.002 0.595 0.360 30 P 0.050 0.004 0.015 0.002 0.451 0.478 31 L 0.505 0.024 0.012 0.002 0.210 0.246 32 H 0.901 0.004 0.001 0.001 0.041 0.052 33 R 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 34 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 35 H 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 36 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 37 L 0.914 0.003 0.001 0.004 0.016 0.063 38 A 0.665 0.008 0.003 0.007 0.071 0.246 39 S 0.233 0.006 0.006 0.010 0.332 0.412 40 A 0.029 0.005 0.239 0.151 0.386 0.190 41 E 0.019 0.005 0.233 0.212 0.354 0.176 42 S 0.011 0.005 0.188 0.256 0.452 0.088 43 A 0.002 0.001 0.115 0.661 0.174 0.047 44 G 0.010 0.005 0.097 0.612 0.207 0.070 45 Q 0.033 0.006 0.100 0.581 0.203 0.077 46 R 0.066 0.013 0.068 0.518 0.147 0.189 47 M 0.076 0.016 0.077 0.508 0.147 0.176 48 G 0.079 0.007 0.071 0.297 0.209 0.337 49 F 0.104 0.013 0.086 0.264 0.218 0.316 50 A 0.148 0.023 0.066 0.193 0.271 0.298 51 E 0.105 0.009 0.064 0.153 0.358 0.311 52 S 0.125 0.006 0.058 0.108 0.362 0.342 53 S 0.223 0.014 0.044 0.074 0.265 0.381 54 L 0.495 0.031 0.021 0.041 0.133 0.279 55 R 0.573 0.019 0.009 0.016 0.119 0.264 56 V 0.456 0.025 0.008 0.018 0.116 0.377 57 G 0.247 0.024 0.006 0.011 0.154 0.557 58 D 0.135 0.022 0.012 0.010 0.293 0.528 59 V 0.013 0.003 0.538 0.049 0.300 0.096 60 D 0.025 0.003 0.552 0.044 0.283 0.094 61 S 0.017 0.005 0.608 0.052 0.256 0.062 62 F 0.046 0.034 0.117 0.057 0.316 0.430 63 D 0.062 0.037 0.051 0.035 0.307 0.509 64 F 0.011 0.008 0.520 0.050 0.364 0.046 65 S 0.012 0.001 0.454 0.029 0.451 0.054 66 S 0.017 0.002 0.275 0.008 0.607 0.092 67 V 0.148 0.010 0.008 0.001 0.528 0.304 68 G 0.480 0.003 0.001 0.001 0.080 0.437 69 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 70 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 73 A 0.697 0.003 0.002 0.006 0.063 0.230 74 A 0.168 0.006 0.008 0.017 0.221 0.580 75 A 0.056 0.012 0.033 0.059 0.352 0.488 76 A 0.015 0.003 0.155 0.415 0.278 0.134 77 E 0.017 0.005 0.193 0.474 0.231 0.080 78 V 0.022 0.009 0.145 0.555 0.194 0.074 79 S 0.017 0.012 0.036 0.613 0.121 0.201 80 R 0.002 0.001 0.024 0.916 0.032 0.026 81 A 0.001 0.001 0.029 0.920 0.033 0.016 82 H 0.001 0.001 0.016 0.960 0.016 0.006 83 A 0.001 0.001 0.009 0.964 0.013 0.013 84 E 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 85 R 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.003 86 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 87 R 0.001 0.001 0.011 0.983 0.004 0.002 88 A 0.001 0.001 0.023 0.965 0.007 0.004 89 A 0.001 0.001 0.035 0.890 0.016 0.059 90 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.971 91 C 0.126 0.005 0.001 0.001 0.099 0.768 92 S 0.693 0.002 0.001 0.001 0.037 0.267 93 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 94 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 95 D 0.957 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 96 L 0.679 0.007 0.003 0.007 0.075 0.230 97 S 0.213 0.012 0.013 0.006 0.291 0.466 98 G 0.107 0.014 0.057 0.014 0.473 0.335 99 A 0.041 0.024 0.089 0.023 0.440 0.383 100 L 0.061 0.071 0.110 0.046 0.408 0.305 101 E 0.035 0.038 0.052 0.033 0.442 0.402 102 P 0.019 0.014 0.177 0.036 0.590 0.164 103 S 0.016 0.007 0.240 0.033 0.546 0.159 104 V 0.025 0.012 0.189 0.024 0.567 0.183 105 A 0.039 0.022 0.019 0.006 0.463 0.451 106 P 0.092 0.009 0.009 0.004 0.241 0.644 107 P 0.267 0.021 0.008 0.005 0.178 0.522 108 V 0.708 0.043 0.005 0.008 0.074 0.162 109 M 0.813 0.014 0.005 0.009 0.056 0.103 110 V 0.841 0.006 0.012 0.012 0.047 0.082 111 S 0.594 0.012 0.020 0.026 0.137 0.211 112 V 0.284 0.019 0.016 0.035 0.182 0.464 113 N 0.074 0.019 0.006 0.043 0.170 0.687 114 A 0.003 0.001 0.082 0.837 0.048 0.030 115 E 0.001 0.001 0.111 0.854 0.029 0.005 116 R 0.002 0.001 0.136 0.811 0.045 0.005 117 L 0.004 0.003 0.050 0.886 0.041 0.018 118 A 0.005 0.005 0.047 0.843 0.064 0.037 119 S 0.005 0.002 0.090 0.686 0.146 0.072 120 Q 0.010 0.004 0.085 0.503 0.228 0.169 121 A 0.019 0.022 0.072 0.384 0.266 0.236 122 A 0.011 0.002 0.011 0.014 0.377 0.585 123 P 0.035 0.001 0.012 0.007 0.319 0.625 124 F 0.400 0.018 0.011 0.009 0.194 0.368 125 L 0.844 0.020 0.003 0.005 0.051 0.077 126 L 0.912 0.011 0.001 0.004 0.021 0.052 127 S 0.758 0.019 0.003 0.009 0.050 0.161 128 S 0.283 0.023 0.003 0.013 0.336 0.341 129 P 0.074 0.006 0.011 0.034 0.514 0.361 130 C 0.058 0.029 0.028 0.060 0.557 0.268 131 A 0.069 0.055 0.037 0.118 0.625 0.096 132 V 0.056 0.044 0.044 0.297 0.364 0.194 133 A 0.047 0.023 0.063 0.480 0.227 0.161 134 A 0.024 0.007 0.158 0.554 0.185 0.071 135 E 0.013 0.006 0.145 0.610 0.131 0.096 136 L 0.014 0.004 0.248 0.607 0.088 0.040 137 C 0.018 0.004 0.148 0.674 0.100 0.055 138 E 0.009 0.002 0.154 0.728 0.079 0.028 139 V 0.007 0.003 0.071 0.859 0.041 0.019 140 L 0.007 0.002 0.022 0.917 0.032 0.021 141 A 0.006 0.002 0.055 0.871 0.043 0.023 142 P 0.007 0.002 0.056 0.853 0.059 0.024 143 L 0.007 0.004 0.045 0.887 0.042 0.016 144 L 0.007 0.003 0.033 0.891 0.052 0.015 145 A 0.005 0.001 0.036 0.861 0.072 0.025 146 T 0.007 0.002 0.029 0.750 0.124 0.087 147 L 0.024 0.002 0.022 0.191 0.312 0.448 148 D 0.053 0.004 0.015 0.022 0.203 0.702 149 C 0.306 0.009 0.030 0.029 0.197 0.429 150 R 0.664 0.008 0.016 0.022 0.102 0.190 151 Q 0.814 0.004 0.007 0.018 0.043 0.114 152 L 0.889 0.001 0.005 0.010 0.026 0.068 153 N 0.960 0.002 0.002 0.005 0.007 0.024 154 L 0.958 0.002 0.003 0.011 0.009 0.018 155 T 0.886 0.001 0.003 0.019 0.029 0.062 156 A 0.885 0.002 0.005 0.042 0.029 0.038 157 C 0.805 0.004 0.007 0.095 0.041 0.049 158 L 0.701 0.004 0.014 0.181 0.066 0.034 159 S 0.641 0.005 0.020 0.190 0.084 0.061 160 V 0.385 0.016 0.030 0.231 0.140 0.198 161 S 0.140 0.019 0.033 0.164 0.278 0.367 162 S 0.046 0.005 0.042 0.172 0.500 0.234 163 L 0.023 0.006 0.049 0.274 0.429 0.219 164 G 0.015 0.009 0.048 0.366 0.316 0.246 165 R 0.008 0.002 0.059 0.748 0.100 0.083 166 E 0.005 0.002 0.042 0.854 0.051 0.046 167 G 0.006 0.002 0.032 0.896 0.034 0.030 168 V 0.004 0.001 0.016 0.942 0.017 0.020 169 K 0.003 0.001 0.025 0.947 0.014 0.010 170 E 0.004 0.001 0.020 0.941 0.021 0.013 171 L 0.003 0.001 0.016 0.947 0.017 0.016 172 A 0.003 0.001 0.012 0.947 0.021 0.016 173 R 0.003 0.001 0.015 0.935 0.025 0.021 174 Q 0.005 0.001 0.018 0.890 0.046 0.039 175 T 0.009 0.005 0.022 0.804 0.074 0.086 176 A 0.006 0.001 0.041 0.824 0.081 0.047 177 E 0.009 0.002 0.047 0.788 0.092 0.061 178 L 0.012 0.005 0.036 0.811 0.075 0.062 179 L 0.014 0.009 0.029 0.731 0.104 0.114 180 N 0.009 0.009 0.020 0.535 0.192 0.235 181 A 0.014 0.006 0.026 0.152 0.326 0.477 182 R 0.014 0.007 0.024 0.052 0.320 0.583 183 P 0.023 0.024 0.034 0.052 0.391 0.476 184 L 0.015 0.020 0.040 0.078 0.299 0.547 185 E 0.015 0.016 0.039 0.095 0.330 0.506 186 P 0.007 0.005 0.183 0.281 0.302 0.222 187 R 0.008 0.004 0.148 0.527 0.188 0.126 188 L 0.012 0.005 0.117 0.645 0.156 0.064 189 F 0.014 0.006 0.053 0.632 0.169 0.127 190 D 0.020 0.004 0.074 0.659 0.127 0.116 191 R 0.036 0.010 0.146 0.620 0.117 0.071 192 Q 0.050 0.009 0.142 0.555 0.163 0.081 193 I 0.044 0.006 0.119 0.540 0.167 0.123 194 A 0.100 0.014 0.105 0.377 0.212 0.193 195 F 0.121 0.010 0.102 0.262 0.272 0.233 196 N 0.106 0.010 0.070 0.183 0.290 0.341 197 L 0.215 0.044 0.043 0.134 0.238 0.327 198 L 0.310 0.023 0.030 0.093 0.207 0.337 199 A 0.389 0.020 0.039 0.097 0.175 0.279 200 Q 0.345 0.029 0.026 0.161 0.261 0.178 201 V 0.250 0.024 0.026 0.250 0.244 0.205 202 G 0.134 0.026 0.032 0.193 0.379 0.236 203 A 0.149 0.029 0.079 0.111 0.423 0.208 204 V 0.140 0.124 0.080 0.118 0.322 0.215 205 D 0.048 0.039 0.113 0.105 0.646 0.048 206 A 0.009 0.003 0.087 0.089 0.775 0.037 207 E 0.003 0.001 0.078 0.151 0.708 0.058 208 G 0.029 0.016 0.028 0.042 0.687 0.197 209 H 0.045 0.024 0.009 0.186 0.128 0.608 210 S 0.085 0.028 0.009 0.328 0.087 0.464 211 A 0.010 0.002 0.008 0.926 0.019 0.035 212 I 0.008 0.001 0.013 0.960 0.010 0.008 213 E 0.005 0.001 0.013 0.966 0.009 0.006 214 R 0.003 0.001 0.015 0.968 0.008 0.005 215 R 0.002 0.001 0.011 0.971 0.009 0.006 216 I 0.002 0.001 0.006 0.981 0.005 0.005 217 F 0.002 0.001 0.006 0.978 0.008 0.006 218 A 0.002 0.001 0.007 0.978 0.008 0.004 219 E 0.002 0.001 0.006 0.978 0.009 0.005 220 V 0.002 0.001 0.004 0.978 0.008 0.009 221 Q 0.001 0.001 0.006 0.979 0.008 0.006 222 A 0.002 0.001 0.007 0.959 0.019 0.013 223 L 0.002 0.001 0.005 0.949 0.018 0.025 224 L 0.003 0.002 0.020 0.876 0.048 0.050 225 G 0.004 0.001 0.108 0.643 0.137 0.106 226 E 0.013 0.004 0.260 0.326 0.243 0.153 227 R 0.028 0.014 0.149 0.322 0.296 0.191 228 I 0.029 0.005 0.048 0.111 0.265 0.541 229 G 0.053 0.003 0.005 0.005 0.167 0.767 230 P 0.289 0.010 0.005 0.003 0.111 0.582 231 L 0.668 0.016 0.004 0.001 0.065 0.245 232 N 0.780 0.007 0.002 0.001 0.050 0.160 233 V 0.917 0.003 0.001 0.001 0.017 0.061 234 T 0.929 0.002 0.001 0.001 0.015 0.053 235 C 0.921 0.002 0.002 0.001 0.020 0.053 236 I 0.877 0.004 0.002 0.002 0.028 0.087 237 Q 0.817 0.008 0.004 0.003 0.050 0.118 238 A 0.584 0.015 0.006 0.005 0.107 0.282 239 P 0.388 0.014 0.008 0.007 0.214 0.368 240 V 0.333 0.014 0.018 0.012 0.366 0.257 241 F 0.245 0.018 0.015 0.030 0.388 0.305 242 F 0.272 0.021 0.013 0.025 0.314 0.354 243 G 0.419 0.013 0.013 0.017 0.265 0.274 244 D 0.592 0.014 0.010 0.012 0.099 0.273 245 S 0.847 0.006 0.014 0.009 0.054 0.069 246 L 0.924 0.003 0.008 0.005 0.029 0.031 247 S 0.939 0.002 0.004 0.004 0.019 0.032 248 V 0.908 0.002 0.003 0.008 0.029 0.051 249 T 0.912 0.001 0.001 0.007 0.021 0.058 250 L 0.915 0.003 0.001 0.008 0.017 0.057 251 Q 0.848 0.010 0.002 0.015 0.031 0.095 252 C 0.700 0.007 0.003 0.013 0.089 0.188 253 A 0.446 0.009 0.006 0.011 0.206 0.321 254 E 0.209 0.010 0.006 0.007 0.306 0.462 255 P 0.111 0.013 0.009 0.008 0.363 0.496 256 V 0.074 0.036 0.002 0.006 0.218 0.664 257 D 0.025 0.018 0.001 0.007 0.054 0.895 258 L 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.003 259 A 0.001 0.001 0.007 0.991 0.002 0.001 260 A 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 261 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 262 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 263 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 264 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 265 L 0.001 0.001 0.010 0.975 0.012 0.001 266 D 0.001 0.001 0.017 0.948 0.030 0.003 267 A 0.001 0.001 0.018 0.838 0.077 0.064 268 T 0.003 0.008 0.018 0.244 0.341 0.386 269 K 0.006 0.002 0.008 0.015 0.369 0.601 270 G 0.048 0.005 0.023 0.010 0.464 0.451 271 I 0.384 0.014 0.022 0.013 0.324 0.243 272 E 0.777 0.013 0.009 0.014 0.064 0.124 273 W 0.837 0.012 0.004 0.013 0.046 0.088 274 V 0.744 0.014 0.004 0.014 0.063 0.161 275 G 0.463 0.008 0.005 0.013 0.306 0.205 276 E 0.197 0.011 0.031 0.032 0.528 0.201 277 G 0.101 0.011 0.029 0.021 0.611 0.228 278 D 0.106 0.040 0.045 0.014 0.577 0.218 279 Y 0.062 0.021 0.018 0.008 0.398 0.493 280 P 0.065 0.015 0.019 0.012 0.322 0.567 281 T 0.150 0.032 0.019 0.023 0.242 0.534 282 V 0.334 0.063 0.017 0.021 0.178 0.388 283 V 0.348 0.039 0.040 0.042 0.174 0.357 284 G 0.315 0.033 0.079 0.059 0.198 0.316 285 D 0.291 0.026 0.115 0.063 0.286 0.219 286 A 0.161 0.022 0.111 0.064 0.505 0.136 287 L 0.095 0.024 0.053 0.075 0.560 0.193 288 G 0.036 0.006 0.010 0.011 0.674 0.263 289 Q 0.052 0.011 0.020 0.017 0.669 0.231 290 D 0.110 0.018 0.031 0.019 0.453 0.369 291 E 0.228 0.026 0.058 0.026 0.439 0.223 292 T 0.494 0.012 0.020 0.018 0.234 0.223 293 Y 0.715 0.012 0.014 0.014 0.091 0.154 294 V 0.821 0.012 0.010 0.017 0.050 0.090 295 G 0.791 0.008 0.014 0.017 0.056 0.113 296 R 0.757 0.008 0.018 0.017 0.068 0.133 297 V 0.650 0.021 0.028 0.026 0.085 0.190 298 R 0.496 0.023 0.026 0.024 0.208 0.222 299 A 0.352 0.021 0.054 0.046 0.281 0.245 300 G 0.186 0.021 0.051 0.045 0.478 0.219 301 Q 0.155 0.023 0.060 0.038 0.535 0.189 302 A 0.156 0.036 0.040 0.039 0.427 0.302 303 D 0.054 0.017 0.016 0.009 0.818 0.086 304 P 0.010 0.001 0.077 0.018 0.859 0.035 305 C 0.025 0.001 0.084 0.016 0.826 0.048 306 Q 0.679 0.044 0.021 0.008 0.218 0.030 307 V 0.912 0.005 0.001 0.002 0.021 0.058 308 N 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 309 L 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 310 W 0.985 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 311 I 0.984 0.001 0.001 0.008 0.002 0.006 312 V 0.887 0.001 0.003 0.052 0.017 0.040 313 S 0.598 0.002 0.029 0.152 0.113 0.107 314 D 0.225 0.003 0.107 0.303 0.227 0.135 315 N 0.077 0.006 0.100 0.434 0.254 0.128 316 V 0.046 0.003 0.037 0.741 0.114 0.060 317 R 0.025 0.002 0.014 0.863 0.059 0.037 318 K 0.008 0.001 0.011 0.907 0.046 0.028 319 G 0.004 0.001 0.016 0.911 0.040 0.027 320 A 0.001 0.001 0.018 0.964 0.011 0.005 321 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.003 322 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 323 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 324 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 325 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 326 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 327 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 328 G 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 329 E 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 330 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 331 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.005 0.007 332 I 0.001 0.001 0.008 0.959 0.012 0.020 333 K 0.002 0.001 0.013 0.889 0.033 0.063 334 H 0.003 0.001 0.019 0.677 0.071 0.228 335 Y 0.006 0.003 0.010 0.144 0.096 0.740 336 L 0.004 0.001 0.003 0.034 0.057 0.901