# TARGET T0298 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0298.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.659 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.008 0.007 0.006 0.122 0.828 2 S 0.093 0.023 0.004 0.006 0.124 0.749 3 Q 0.104 0.013 0.009 0.004 0.231 0.638 4 P 0.178 0.010 0.009 0.002 0.212 0.589 5 L 0.713 0.010 0.003 0.001 0.086 0.186 6 N 0.871 0.001 0.001 0.001 0.028 0.098 7 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 8 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 10 V 0.965 0.001 0.001 0.004 0.006 0.023 11 G 0.501 0.007 0.002 0.012 0.157 0.321 12 A 0.089 0.009 0.011 0.025 0.467 0.399 13 T 0.020 0.018 0.019 0.041 0.532 0.371 14 G 0.011 0.009 0.019 0.237 0.327 0.397 15 S 0.004 0.003 0.010 0.924 0.030 0.030 16 V 0.001 0.001 0.004 0.978 0.009 0.007 17 G 0.001 0.001 0.002 0.981 0.007 0.008 18 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 22 G 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 23 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 24 L 0.001 0.001 0.010 0.953 0.012 0.024 25 D 0.002 0.003 0.020 0.720 0.059 0.197 26 E 0.003 0.005 0.076 0.500 0.250 0.165 27 R 0.003 0.003 0.073 0.171 0.433 0.316 28 D 0.004 0.003 0.018 0.008 0.311 0.656 29 F 0.028 0.010 0.004 0.002 0.275 0.680 30 P 0.093 0.004 0.004 0.002 0.136 0.760 31 L 0.676 0.026 0.015 0.012 0.080 0.191 32 H 0.890 0.005 0.005 0.006 0.033 0.061 33 R 0.926 0.003 0.005 0.008 0.016 0.042 34 L 0.813 0.005 0.009 0.041 0.030 0.101 35 H 0.645 0.006 0.030 0.055 0.076 0.187 36 L 0.528 0.008 0.058 0.071 0.141 0.194 37 L 0.319 0.015 0.062 0.058 0.222 0.324 38 A 0.164 0.025 0.037 0.083 0.259 0.432 39 S 0.062 0.015 0.016 0.061 0.274 0.573 40 A 0.006 0.001 0.148 0.664 0.119 0.062 41 E 0.011 0.002 0.180 0.663 0.113 0.031 42 S 0.013 0.002 0.144 0.695 0.122 0.023 43 A 0.018 0.003 0.063 0.796 0.077 0.043 44 G 0.035 0.004 0.064 0.744 0.085 0.069 45 Q 0.051 0.004 0.055 0.743 0.073 0.074 46 R 0.056 0.006 0.034 0.748 0.065 0.091 47 M 0.039 0.007 0.024 0.699 0.070 0.161 48 G 0.044 0.009 0.016 0.170 0.201 0.561 49 F 0.062 0.013 0.024 0.095 0.313 0.494 50 A 0.086 0.016 0.016 0.036 0.304 0.543 51 E 0.109 0.015 0.040 0.035 0.417 0.384 52 S 0.127 0.007 0.041 0.027 0.327 0.471 53 S 0.308 0.011 0.040 0.032 0.176 0.433 54 L 0.484 0.037 0.014 0.026 0.086 0.352 55 R 0.610 0.022 0.005 0.011 0.078 0.274 56 V 0.508 0.017 0.006 0.016 0.101 0.352 57 G 0.320 0.024 0.011 0.009 0.184 0.451 58 D 0.165 0.021 0.018 0.007 0.394 0.395 59 V 0.007 0.002 0.699 0.027 0.221 0.045 60 D 0.010 0.002 0.682 0.022 0.237 0.047 61 S 0.016 0.007 0.666 0.034 0.234 0.043 62 F 0.057 0.053 0.087 0.048 0.327 0.429 63 D 0.067 0.051 0.049 0.024 0.425 0.384 64 F 0.014 0.014 0.327 0.029 0.559 0.056 65 S 0.017 0.003 0.224 0.010 0.689 0.057 66 S 0.023 0.004 0.106 0.002 0.760 0.106 67 V 0.182 0.013 0.006 0.001 0.467 0.332 68 G 0.561 0.004 0.001 0.001 0.086 0.347 69 L 0.992 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 70 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 73 A 0.715 0.001 0.001 0.004 0.056 0.223 74 A 0.177 0.007 0.005 0.017 0.250 0.544 75 A 0.058 0.011 0.037 0.044 0.392 0.458 76 A 0.032 0.004 0.155 0.233 0.400 0.176 77 E 0.052 0.010 0.202 0.241 0.330 0.165 78 V 0.057 0.031 0.088 0.275 0.307 0.241 79 S 0.024 0.013 0.009 0.191 0.149 0.612 80 R 0.001 0.001 0.010 0.951 0.018 0.020 81 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 82 H 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 83 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 84 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 85 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 86 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 87 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.003 88 A 0.001 0.001 0.014 0.958 0.011 0.015 89 A 0.001 0.001 0.021 0.822 0.035 0.119 90 G 0.002 0.001 0.001 0.003 0.040 0.954 91 C 0.061 0.004 0.002 0.001 0.080 0.853 92 S 0.567 0.004 0.001 0.001 0.059 0.368 93 V 0.932 0.006 0.001 0.001 0.008 0.053 94 I 0.936 0.008 0.001 0.001 0.008 0.048 95 D 0.866 0.006 0.003 0.001 0.033 0.091 96 L 0.305 0.011 0.127 0.021 0.248 0.289 97 S 0.084 0.005 0.255 0.015 0.411 0.229 98 G 0.046 0.011 0.295 0.019 0.498 0.131 99 A 0.027 0.037 0.097 0.018 0.369 0.452 100 L 0.041 0.084 0.055 0.033 0.341 0.445 101 E 0.017 0.021 0.024 0.011 0.483 0.445 102 P 0.008 0.010 0.118 0.022 0.597 0.245 103 S 0.006 0.010 0.217 0.023 0.524 0.220 104 V 0.010 0.013 0.148 0.013 0.577 0.238 105 A 0.013 0.008 0.012 0.002 0.353 0.612 106 P 0.052 0.009 0.005 0.001 0.250 0.683 107 P 0.500 0.019 0.003 0.001 0.113 0.365 108 V 0.942 0.012 0.001 0.001 0.014 0.031 109 M 0.972 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 110 V 0.953 0.002 0.001 0.002 0.008 0.035 111 S 0.710 0.003 0.003 0.008 0.047 0.229 112 V 0.251 0.010 0.006 0.025 0.103 0.604 113 N 0.064 0.013 0.012 0.044 0.159 0.708 114 A 0.003 0.001 0.286 0.637 0.051 0.022 115 E 0.002 0.001 0.356 0.596 0.039 0.007 116 R 0.004 0.001 0.444 0.482 0.059 0.009 117 L 0.011 0.011 0.111 0.680 0.117 0.070 118 A 0.015 0.012 0.074 0.419 0.317 0.164 119 S 0.005 0.003 0.136 0.291 0.433 0.132 120 Q 0.009 0.004 0.119 0.179 0.493 0.195 121 A 0.020 0.014 0.095 0.135 0.481 0.255 122 A 0.022 0.007 0.029 0.035 0.427 0.480 123 P 0.062 0.003 0.024 0.038 0.366 0.507 124 F 0.528 0.017 0.019 0.024 0.180 0.233 125 L 0.901 0.012 0.003 0.012 0.034 0.038 126 L 0.894 0.012 0.002 0.011 0.028 0.055 127 S 0.661 0.020 0.001 0.020 0.071 0.227 128 S 0.172 0.011 0.001 0.023 0.172 0.620 129 P 0.124 0.007 0.009 0.196 0.375 0.289 130 C 0.105 0.015 0.022 0.142 0.468 0.247 131 A 0.109 0.031 0.030 0.384 0.330 0.116 132 V 0.073 0.034 0.033 0.558 0.173 0.129 133 A 0.018 0.008 0.031 0.748 0.098 0.096 134 A 0.004 0.001 0.075 0.855 0.046 0.018 135 E 0.003 0.002 0.063 0.874 0.036 0.022 136 L 0.002 0.001 0.076 0.900 0.015 0.007 137 C 0.004 0.002 0.083 0.839 0.039 0.032 138 E 0.004 0.001 0.145 0.731 0.087 0.032 139 V 0.005 0.002 0.173 0.730 0.068 0.023 140 L 0.004 0.003 0.057 0.853 0.049 0.035 141 A 0.003 0.001 0.080 0.832 0.049 0.035 142 P 0.002 0.001 0.068 0.857 0.046 0.026 143 L 0.003 0.003 0.039 0.903 0.038 0.015 144 L 0.002 0.002 0.028 0.887 0.069 0.013 145 A 0.002 0.001 0.034 0.824 0.098 0.041 146 T 0.003 0.002 0.038 0.655 0.161 0.142 147 L 0.014 0.007 0.034 0.154 0.324 0.467 148 D 0.022 0.003 0.006 0.006 0.116 0.846 149 C 0.216 0.013 0.031 0.013 0.194 0.534 150 R 0.544 0.008 0.026 0.015 0.141 0.265 151 Q 0.784 0.006 0.023 0.023 0.056 0.108 152 L 0.870 0.005 0.010 0.021 0.026 0.068 153 N 0.884 0.003 0.005 0.021 0.016 0.071 154 L 0.827 0.003 0.005 0.073 0.023 0.070 155 T 0.756 0.003 0.004 0.087 0.051 0.099 156 A 0.747 0.002 0.006 0.138 0.049 0.056 157 C 0.743 0.003 0.008 0.189 0.032 0.025 158 L 0.612 0.003 0.012 0.316 0.037 0.021 159 S 0.448 0.005 0.010 0.474 0.032 0.031 160 V 0.210 0.010 0.011 0.557 0.068 0.144 161 S 0.073 0.011 0.019 0.559 0.113 0.225 162 S 0.022 0.005 0.032 0.579 0.195 0.168 163 L 0.012 0.007 0.034 0.637 0.176 0.133 164 G 0.009 0.008 0.049 0.481 0.231 0.222 165 R 0.014 0.005 0.068 0.561 0.179 0.171 166 E 0.013 0.007 0.030 0.662 0.119 0.169 167 G 0.009 0.003 0.011 0.871 0.033 0.073 168 V 0.002 0.001 0.001 0.985 0.004 0.007 169 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 170 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 172 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 173 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 174 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 175 T 0.002 0.001 0.005 0.943 0.024 0.025 176 A 0.008 0.002 0.034 0.828 0.077 0.051 177 E 0.008 0.001 0.026 0.898 0.042 0.024 178 L 0.006 0.001 0.013 0.925 0.028 0.027 179 L 0.007 0.005 0.008 0.868 0.041 0.071 180 N 0.009 0.007 0.011 0.646 0.117 0.210 181 A 0.012 0.009 0.009 0.060 0.266 0.644 182 R 0.017 0.011 0.017 0.024 0.280 0.650 183 P 0.028 0.026 0.026 0.021 0.378 0.522 184 L 0.017 0.022 0.027 0.024 0.336 0.573 185 E 0.021 0.027 0.033 0.039 0.390 0.491 186 P 0.017 0.011 0.096 0.121 0.407 0.349 187 R 0.017 0.014 0.094 0.295 0.313 0.268 188 L 0.029 0.022 0.080 0.438 0.240 0.191 189 F 0.045 0.016 0.037 0.368 0.204 0.330 190 D 0.042 0.007 0.042 0.530 0.170 0.208 191 R 0.107 0.015 0.054 0.524 0.163 0.137 192 Q 0.155 0.011 0.066 0.479 0.184 0.106 193 I 0.186 0.012 0.072 0.465 0.161 0.104 194 A 0.260 0.010 0.084 0.403 0.138 0.105 195 F 0.387 0.008 0.073 0.310 0.100 0.122 196 N 0.259 0.017 0.045 0.289 0.123 0.267 197 L 0.261 0.031 0.021 0.115 0.128 0.443 198 L 0.205 0.017 0.011 0.038 0.210 0.519 199 A 0.219 0.027 0.014 0.022 0.272 0.446 200 Q 0.190 0.028 0.017 0.024 0.581 0.161 201 V 0.184 0.032 0.028 0.038 0.585 0.133 202 G 0.064 0.011 0.020 0.029 0.745 0.132 203 A 0.139 0.038 0.040 0.035 0.592 0.155 204 V 0.176 0.086 0.033 0.041 0.341 0.323 205 D 0.087 0.035 0.064 0.067 0.603 0.143 206 A 0.038 0.008 0.088 0.130 0.598 0.137 207 E 0.032 0.009 0.076 0.126 0.585 0.172 208 G 0.045 0.017 0.052 0.117 0.475 0.295 209 H 0.048 0.017 0.013 0.068 0.113 0.742 210 S 0.101 0.024 0.014 0.170 0.122 0.569 211 A 0.061 0.008 0.016 0.456 0.104 0.355 212 I 0.040 0.004 0.017 0.846 0.037 0.056 213 E 0.031 0.001 0.018 0.922 0.015 0.012 214 R 0.041 0.001 0.034 0.883 0.022 0.018 215 R 0.047 0.002 0.024 0.869 0.026 0.032 216 I 0.020 0.003 0.007 0.912 0.015 0.044 217 F 0.008 0.001 0.004 0.934 0.012 0.041 218 A 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 219 E 0.002 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 220 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 221 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 222 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 223 L 0.001 0.001 0.006 0.949 0.024 0.021 224 L 0.001 0.003 0.011 0.800 0.100 0.085 225 G 0.002 0.003 0.023 0.229 0.346 0.397 226 E 0.003 0.002 0.045 0.041 0.550 0.358 227 R 0.008 0.003 0.065 0.021 0.510 0.393 228 I 0.049 0.012 0.052 0.009 0.403 0.476 229 G 0.173 0.010 0.016 0.004 0.277 0.519 230 P 0.401 0.008 0.006 0.001 0.107 0.477 231 L 0.803 0.016 0.002 0.001 0.031 0.148 232 N 0.850 0.007 0.001 0.001 0.025 0.117 233 V 0.916 0.003 0.001 0.001 0.015 0.065 234 T 0.899 0.003 0.002 0.001 0.022 0.074 235 C 0.911 0.002 0.004 0.001 0.023 0.059 236 I 0.861 0.005 0.005 0.003 0.038 0.089 237 Q 0.763 0.009 0.005 0.004 0.073 0.146 238 A 0.546 0.018 0.005 0.005 0.113 0.313 239 P 0.322 0.021 0.005 0.004 0.187 0.459 240 V 0.210 0.028 0.010 0.006 0.538 0.208 241 F 0.111 0.017 0.007 0.010 0.571 0.284 242 F 0.095 0.014 0.008 0.013 0.567 0.303 243 G 0.263 0.028 0.009 0.011 0.416 0.273 244 D 0.507 0.017 0.012 0.016 0.142 0.305 245 S 0.715 0.015 0.039 0.017 0.117 0.096 246 L 0.820 0.004 0.016 0.010 0.078 0.072 247 S 0.854 0.002 0.009 0.008 0.053 0.075 248 V 0.892 0.003 0.004 0.009 0.031 0.062 249 T 0.918 0.003 0.001 0.008 0.017 0.052 250 L 0.923 0.003 0.002 0.007 0.012 0.054 251 Q 0.879 0.005 0.002 0.007 0.025 0.082 252 C 0.713 0.007 0.002 0.007 0.079 0.192 253 A 0.388 0.009 0.006 0.006 0.257 0.335 254 E 0.151 0.009 0.008 0.003 0.383 0.445 255 P 0.112 0.018 0.012 0.005 0.369 0.484 256 V 0.059 0.045 0.003 0.002 0.176 0.715 257 D 0.019 0.008 0.001 0.002 0.040 0.931 258 L 0.001 0.001 0.009 0.975 0.005 0.011 259 A 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 261 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 262 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 263 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 264 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 265 L 0.001 0.001 0.008 0.979 0.010 0.002 266 D 0.001 0.001 0.016 0.958 0.021 0.005 267 A 0.001 0.001 0.020 0.828 0.069 0.081 268 T 0.004 0.008 0.017 0.325 0.278 0.368 269 K 0.008 0.002 0.012 0.043 0.311 0.623 270 G 0.063 0.004 0.019 0.019 0.371 0.525 271 I 0.492 0.008 0.022 0.033 0.205 0.239 272 E 0.835 0.006 0.006 0.026 0.042 0.085 273 W 0.869 0.005 0.003 0.015 0.035 0.072 274 V 0.760 0.017 0.002 0.010 0.049 0.161 275 G 0.568 0.011 0.005 0.009 0.246 0.160 276 E 0.273 0.011 0.016 0.014 0.499 0.187 277 G 0.098 0.008 0.027 0.006 0.691 0.170 278 D 0.152 0.040 0.027 0.004 0.612 0.164 279 Y 0.137 0.021 0.014 0.003 0.388 0.437 280 P 0.218 0.017 0.014 0.004 0.301 0.446 281 T 0.458 0.037 0.010 0.005 0.125 0.364 282 V 0.565 0.059 0.006 0.007 0.102 0.261 283 V 0.547 0.033 0.011 0.010 0.129 0.269 284 G 0.442 0.016 0.029 0.020 0.214 0.279 285 D 0.385 0.020 0.068 0.027 0.305 0.196 286 A 0.251 0.028 0.070 0.032 0.475 0.143 287 L 0.149 0.029 0.043 0.039 0.528 0.212 288 G 0.062 0.012 0.012 0.010 0.689 0.214 289 Q 0.054 0.012 0.022 0.010 0.717 0.185 290 D 0.131 0.012 0.034 0.010 0.547 0.265 291 E 0.405 0.023 0.038 0.012 0.372 0.150 292 T 0.666 0.010 0.012 0.006 0.144 0.161 293 Y 0.862 0.006 0.006 0.003 0.043 0.080 294 V 0.886 0.008 0.005 0.006 0.033 0.063 295 G 0.812 0.007 0.005 0.008 0.047 0.121 296 R 0.776 0.005 0.007 0.009 0.062 0.141 297 V 0.632 0.023 0.018 0.018 0.089 0.220 298 R 0.502 0.022 0.028 0.026 0.198 0.224 299 A 0.332 0.016 0.096 0.047 0.315 0.194 300 G 0.216 0.014 0.100 0.043 0.441 0.185 301 Q 0.246 0.030 0.080 0.029 0.468 0.147 302 A 0.176 0.039 0.041 0.021 0.446 0.275 303 D 0.048 0.016 0.015 0.005 0.855 0.061 304 P 0.008 0.002 0.075 0.005 0.880 0.031 305 C 0.015 0.001 0.100 0.005 0.824 0.055 306 Q 0.466 0.044 0.048 0.004 0.391 0.049 307 V 0.836 0.009 0.001 0.002 0.044 0.107 308 N 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 309 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 310 W 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 311 I 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 312 V 0.880 0.001 0.001 0.079 0.011 0.029 313 S 0.510 0.002 0.011 0.207 0.086 0.184 314 D 0.101 0.003 0.082 0.362 0.274 0.178 315 N 0.034 0.011 0.095 0.384 0.289 0.187 316 V 0.015 0.005 0.050 0.762 0.100 0.069 317 R 0.009 0.003 0.024 0.902 0.043 0.020 318 K 0.003 0.001 0.015 0.940 0.030 0.011 319 G 0.003 0.001 0.014 0.934 0.025 0.023 320 A 0.001 0.001 0.023 0.953 0.012 0.010 321 A 0.001 0.001 0.018 0.958 0.013 0.009 322 L 0.001 0.001 0.008 0.979 0.006 0.006 323 N 0.001 0.001 0.017 0.950 0.013 0.019 324 A 0.002 0.001 0.013 0.974 0.005 0.006 325 V 0.003 0.001 0.006 0.981 0.005 0.005 326 L 0.004 0.001 0.006 0.981 0.005 0.003 327 L 0.003 0.001 0.005 0.981 0.005 0.006 328 G 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.005 329 E 0.002 0.001 0.018 0.971 0.007 0.002 330 L 0.002 0.001 0.012 0.978 0.006 0.002 331 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.005 0.009 332 I 0.001 0.001 0.012 0.957 0.011 0.018 333 K 0.002 0.001 0.036 0.879 0.044 0.037 334 H 0.004 0.002 0.030 0.748 0.080 0.137 335 Y 0.005 0.005 0.021 0.420 0.100 0.448 336 L 0.007 0.006 0.008 0.087 0.121 0.770