# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 309 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.014 0.036 0.114 0.247 0.091 0.044 0.435 2 A 0.010 0.007 0.038 0.139 0.275 0.100 0.033 0.398 3 V 0.013 0.007 0.055 0.168 0.256 0.079 0.029 0.393 4 Q 0.031 0.015 0.048 0.153 0.171 0.085 0.065 0.433 5 L 0.057 0.052 0.062 0.086 0.089 0.111 0.061 0.481 6 L 0.084 0.106 0.035 0.039 0.044 0.081 0.040 0.571 7 E 0.142 0.188 0.034 0.023 0.023 0.063 0.049 0.477 8 N 0.158 0.389 0.022 0.017 0.020 0.050 0.057 0.287 9 W 0.159 0.310 0.024 0.014 0.016 0.067 0.046 0.363 10 L 0.086 0.254 0.025 0.019 0.019 0.078 0.058 0.460 11 L 0.072 0.287 0.013 0.008 0.010 0.065 0.047 0.499 12 K 0.097 0.565 0.006 0.006 0.007 0.036 0.052 0.230 13 E 0.053 0.697 0.003 0.004 0.005 0.024 0.037 0.177 14 Q 0.044 0.575 0.005 0.004 0.008 0.033 0.119 0.211 15 E 0.014 0.305 0.008 0.011 0.013 0.039 0.475 0.134 16 K 0.021 0.705 0.006 0.008 0.011 0.030 0.116 0.103 17 I 0.029 0.794 0.007 0.006 0.011 0.023 0.035 0.095 18 Q 0.032 0.745 0.008 0.009 0.014 0.025 0.049 0.118 19 T 0.033 0.724 0.011 0.009 0.010 0.022 0.094 0.097 20 K 0.037 0.787 0.007 0.007 0.007 0.021 0.043 0.092 21 Y 0.096 0.389 0.034 0.018 0.021 0.051 0.188 0.203 22 R 0.060 0.287 0.033 0.028 0.024 0.080 0.176 0.313 23 H 0.179 0.249 0.023 0.009 0.016 0.056 0.077 0.391 24 L 0.118 0.066 0.024 0.020 0.019 0.082 0.139 0.532 25 N 0.050 0.035 0.016 0.017 0.020 0.090 0.106 0.666 26 H 0.115 0.026 0.013 0.010 0.016 0.084 0.068 0.666 27 I 0.092 0.009 0.017 0.024 0.021 0.103 0.050 0.684 28 S 0.052 0.004 0.013 0.012 0.023 0.094 0.038 0.763 29 V 0.012 0.001 0.019 0.006 0.012 0.129 0.047 0.773 30 V 0.031 0.003 0.056 0.019 0.019 0.170 0.063 0.639 31 E 0.027 0.004 0.058 0.015 0.017 0.174 0.069 0.637 32 P 0.002 0.002 0.227 0.017 0.035 0.171 0.053 0.494 33 N 0.001 0.001 0.774 0.027 0.055 0.022 0.076 0.045 34 I 0.002 0.001 0.657 0.044 0.050 0.021 0.133 0.094 35 L 0.001 0.001 0.923 0.021 0.018 0.006 0.013 0.017 36 F 0.009 0.004 0.741 0.038 0.062 0.037 0.053 0.056 37 I 0.016 0.016 0.542 0.023 0.052 0.123 0.077 0.152 38 G 0.041 0.041 0.192 0.017 0.044 0.221 0.087 0.358 39 D 0.071 0.073 0.125 0.019 0.036 0.174 0.238 0.263 40 S 0.065 0.128 0.159 0.027 0.053 0.129 0.186 0.254 41 I 0.268 0.097 0.077 0.037 0.076 0.089 0.099 0.256 42 V 0.188 0.032 0.035 0.048 0.064 0.100 0.085 0.447 43 E 0.017 0.023 0.020 0.034 0.082 0.132 0.032 0.659 44 Y 0.021 0.022 0.017 0.021 0.056 0.121 0.033 0.709 45 Y 0.084 0.064 0.029 0.111 0.067 0.145 0.056 0.446 46 P 0.102 0.086 0.021 0.025 0.034 0.091 0.043 0.597 47 L 0.219 0.122 0.019 0.026 0.035 0.076 0.097 0.405 48 Q 0.199 0.060 0.019 0.024 0.026 0.079 0.096 0.496 49 E 0.157 0.016 0.010 0.014 0.023 0.091 0.110 0.578 50 L 0.026 0.009 0.013 0.021 0.031 0.119 0.109 0.672 51 F 0.036 0.010 0.015 0.018 0.046 0.130 0.036 0.710 52 G 0.066 0.007 0.017 0.019 0.032 0.109 0.072 0.678 53 T 0.035 0.015 0.025 0.036 0.043 0.157 0.049 0.640 54 S 0.025 0.017 0.029 0.014 0.041 0.159 0.045 0.671 55 K 0.016 0.017 0.078 0.059 0.081 0.136 0.101 0.512 56 T 0.020 0.027 0.316 0.083 0.133 0.075 0.159 0.187 57 I 0.016 0.026 0.265 0.081 0.117 0.076 0.125 0.295 58 V 0.030 0.012 0.451 0.100 0.096 0.061 0.054 0.195 59 N 0.081 0.021 0.184 0.066 0.090 0.089 0.122 0.346 60 R 0.016 0.014 0.173 0.033 0.083 0.146 0.064 0.471 61 G 0.038 0.017 0.148 0.034 0.084 0.162 0.071 0.445 62 I 0.069 0.021 0.093 0.064 0.066 0.147 0.095 0.445 63 R 0.050 0.035 0.076 0.028 0.066 0.127 0.148 0.469 64 G 0.042 0.112 0.053 0.032 0.071 0.135 0.150 0.405 65 Y 0.027 0.118 0.053 0.045 0.058 0.163 0.041 0.495 66 Q 0.052 0.503 0.026 0.026 0.035 0.056 0.052 0.250 67 T 0.030 0.876 0.005 0.004 0.006 0.011 0.027 0.040 68 G 0.038 0.804 0.013 0.007 0.009 0.015 0.048 0.067 69 L 0.033 0.426 0.038 0.029 0.022 0.028 0.332 0.092 70 L 0.148 0.558 0.017 0.008 0.010 0.028 0.155 0.075 71 L 0.256 0.326 0.024 0.011 0.014 0.035 0.165 0.168 72 E 0.025 0.208 0.010 0.013 0.018 0.055 0.047 0.623 73 N 0.032 0.188 0.013 0.007 0.012 0.077 0.062 0.608 74 L 0.141 0.434 0.013 0.015 0.011 0.067 0.069 0.249 75 D 0.310 0.254 0.015 0.006 0.010 0.047 0.092 0.266 76 A 0.063 0.102 0.032 0.014 0.017 0.079 0.140 0.553 77 H 0.062 0.036 0.090 0.026 0.036 0.107 0.103 0.540 78 L 0.292 0.009 0.048 0.022 0.018 0.076 0.085 0.449 79 Y 0.114 0.005 0.015 0.011 0.014 0.081 0.039 0.721 80 G 0.006 0.001 0.010 0.003 0.008 0.082 0.014 0.877 81 G 0.020 0.001 0.019 0.009 0.012 0.143 0.034 0.762 82 A 0.192 0.007 0.034 0.022 0.017 0.133 0.128 0.467 83 V 0.011 0.003 0.061 0.011 0.019 0.217 0.045 0.633 84 D 0.001 0.001 0.505 0.025 0.090 0.098 0.074 0.205 85 K 0.001 0.001 0.630 0.048 0.068 0.031 0.116 0.107 86 I 0.001 0.001 0.926 0.021 0.014 0.004 0.026 0.008 87 F 0.001 0.001 0.929 0.011 0.015 0.004 0.032 0.009 88 L 0.001 0.001 0.924 0.014 0.015 0.006 0.032 0.007 89 L 0.007 0.002 0.741 0.015 0.034 0.040 0.123 0.038 90 I 0.023 0.013 0.519 0.020 0.056 0.150 0.107 0.111 91 G 0.065 0.044 0.213 0.015 0.047 0.248 0.126 0.242 92 T 0.032 0.071 0.172 0.012 0.032 0.193 0.201 0.287 93 N 0.097 0.142 0.082 0.012 0.032 0.197 0.135 0.302 94 D 0.121 0.053 0.115 0.020 0.032 0.139 0.314 0.208 95 I 0.280 0.039 0.031 0.013 0.022 0.117 0.074 0.425 96 G 0.338 0.013 0.018 0.011 0.016 0.076 0.099 0.428 97 K 0.017 0.012 0.006 0.005 0.011 0.125 0.026 0.797 98 D 0.008 0.017 0.008 0.006 0.014 0.102 0.015 0.829 99 V 0.022 0.095 0.011 0.022 0.012 0.142 0.023 0.674 100 P 0.050 0.876 0.002 0.002 0.002 0.010 0.012 0.045 101 V 0.050 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.017 102 N 0.035 0.685 0.010 0.003 0.002 0.010 0.201 0.055 103 E 0.014 0.416 0.012 0.002 0.002 0.013 0.495 0.046 104 A 0.038 0.892 0.003 0.001 0.001 0.006 0.040 0.020 105 L 0.037 0.855 0.003 0.001 0.001 0.008 0.044 0.052 106 N 0.004 0.764 0.002 0.001 0.001 0.014 0.065 0.149 107 N 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 108 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 109 E 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 110 A 0.003 0.735 0.003 0.001 0.001 0.002 0.250 0.005 111 I 0.004 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.064 0.002 112 I 0.009 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 113 Q 0.016 0.810 0.016 0.002 0.002 0.012 0.047 0.096 114 S 0.055 0.382 0.062 0.004 0.003 0.039 0.294 0.162 115 V 0.349 0.163 0.051 0.009 0.004 0.048 0.220 0.157 116 A 0.401 0.023 0.011 0.004 0.004 0.050 0.060 0.446 117 R 0.010 0.003 0.004 0.001 0.002 0.046 0.018 0.917 118 D 0.022 0.003 0.011 0.003 0.005 0.099 0.035 0.822 119 Y 0.123 0.006 0.018 0.006 0.006 0.126 0.097 0.619 120 P 0.037 0.005 0.023 0.006 0.009 0.156 0.023 0.739 121 L 0.017 0.004 0.081 0.010 0.038 0.156 0.047 0.647 122 T 0.005 0.005 0.211 0.079 0.120 0.094 0.093 0.393 123 E 0.002 0.002 0.602 0.085 0.139 0.027 0.051 0.093 124 I 0.002 0.002 0.452 0.125 0.137 0.025 0.068 0.188 125 K 0.002 0.001 0.651 0.160 0.110 0.012 0.025 0.040 126 L 0.018 0.003 0.411 0.094 0.168 0.049 0.051 0.205 127 L 0.026 0.003 0.223 0.124 0.143 0.083 0.052 0.346 128 S 0.035 0.007 0.118 0.057 0.110 0.115 0.051 0.508 129 I 0.027 0.008 0.056 0.035 0.062 0.134 0.065 0.615 130 L 0.040 0.013 0.060 0.057 0.057 0.136 0.045 0.591 131 P 0.159 0.058 0.028 0.022 0.031 0.111 0.067 0.525 132 V 0.103 0.104 0.020 0.014 0.017 0.108 0.043 0.592 133 N 0.070 0.281 0.017 0.010 0.014 0.079 0.032 0.498 134 E 0.079 0.547 0.009 0.005 0.006 0.043 0.034 0.278 135 R 0.065 0.745 0.010 0.005 0.004 0.022 0.045 0.103 136 E 0.068 0.788 0.007 0.003 0.003 0.015 0.039 0.079 137 E 0.088 0.628 0.016 0.005 0.006 0.028 0.078 0.151 138 Y 0.074 0.579 0.016 0.006 0.007 0.037 0.070 0.211 139 Q 0.108 0.485 0.012 0.005 0.007 0.038 0.066 0.278 140 Q 0.076 0.431 0.011 0.007 0.009 0.051 0.063 0.352 141 A 0.056 0.352 0.012 0.008 0.013 0.060 0.082 0.416 142 V 0.053 0.187 0.020 0.012 0.015 0.089 0.197 0.428 143 Y 0.029 0.182 0.031 0.018 0.018 0.081 0.307 0.335 144 I 0.072 0.375 0.018 0.008 0.009 0.082 0.058 0.378 145 R 0.070 0.470 0.016 0.008 0.008 0.064 0.046 0.317 146 S 0.026 0.729 0.004 0.002 0.003 0.023 0.044 0.170 147 N 0.033 0.851 0.002 0.001 0.001 0.010 0.054 0.048 148 E 0.008 0.672 0.008 0.005 0.003 0.020 0.214 0.069 149 K 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.017 150 I 0.039 0.471 0.004 0.001 0.001 0.007 0.454 0.023 151 Q 0.009 0.676 0.007 0.002 0.001 0.011 0.251 0.043 152 N 0.011 0.903 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.037 153 W 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.010 154 N 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.007 155 Q 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.013 156 A 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 157 Y 0.018 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 158 Q 0.021 0.533 0.022 0.001 0.001 0.006 0.379 0.038 159 E 0.011 0.761 0.023 0.001 0.001 0.009 0.141 0.054 160 L 0.100 0.637 0.036 0.001 0.001 0.015 0.125 0.086 161 A 0.215 0.403 0.030 0.003 0.002 0.035 0.075 0.237 162 S 0.082 0.040 0.032 0.001 0.002 0.054 0.121 0.667 163 A 0.167 0.045 0.014 0.002 0.002 0.061 0.050 0.659 164 Y 0.257 0.012 0.023 0.002 0.002 0.078 0.060 0.566 165 M 0.013 0.003 0.023 0.003 0.004 0.148 0.015 0.791 166 Q 0.025 0.004 0.075 0.004 0.013 0.090 0.025 0.765 167 V 0.018 0.005 0.091 0.017 0.014 0.107 0.045 0.703 168 E 0.004 0.007 0.541 0.042 0.062 0.088 0.033 0.223 169 F 0.008 0.017 0.161 0.021 0.046 0.070 0.045 0.632 170 V 0.027 0.044 0.445 0.117 0.037 0.056 0.048 0.226 171 P 0.068 0.246 0.313 0.027 0.037 0.052 0.073 0.186 172 V 0.109 0.399 0.083 0.013 0.023 0.056 0.074 0.244 173 F 0.085 0.128 0.105 0.021 0.022 0.060 0.346 0.232 174 D 0.063 0.283 0.036 0.016 0.022 0.074 0.270 0.238 175 C 0.082 0.385 0.038 0.012 0.023 0.082 0.072 0.306 176 L 0.080 0.333 0.053 0.024 0.033 0.077 0.090 0.310 177 T 0.086 0.234 0.034 0.017 0.027 0.070 0.136 0.397 178 D 0.177 0.244 0.022 0.013 0.015 0.074 0.083 0.371 179 Q 0.164 0.243 0.021 0.013 0.013 0.087 0.070 0.389 180 A 0.078 0.191 0.017 0.006 0.009 0.084 0.036 0.578 181 G 0.064 0.220 0.021 0.009 0.011 0.078 0.037 0.560 182 Q 0.075 0.236 0.026 0.015 0.012 0.077 0.056 0.503 183 L 0.221 0.259 0.012 0.008 0.010 0.061 0.074 0.355 184 K 0.130 0.073 0.012 0.009 0.012 0.076 0.276 0.410 185 K 0.025 0.033 0.015 0.015 0.022 0.093 0.308 0.490 186 E 0.017 0.039 0.030 0.024 0.051 0.143 0.168 0.529 187 Y 0.020 0.014 0.063 0.036 0.057 0.202 0.067 0.541 188 T 0.345 0.018 0.030 0.018 0.027 0.098 0.050 0.413 189 T 0.186 0.021 0.015 0.013 0.015 0.105 0.084 0.561 190 D 0.014 0.010 0.059 0.011 0.046 0.215 0.021 0.624 191 G 0.009 0.009 0.132 0.035 0.097 0.118 0.078 0.522 192 L 0.017 0.032 0.162 0.130 0.067 0.089 0.072 0.432 193 H 0.067 0.088 0.323 0.056 0.065 0.076 0.071 0.254 194 L 0.053 0.144 0.090 0.049 0.045 0.078 0.115 0.426 195 S 0.103 0.650 0.019 0.004 0.005 0.028 0.040 0.150 196 I 0.033 0.812 0.006 0.003 0.003 0.018 0.023 0.102 197 A 0.003 0.935 0.003 0.002 0.002 0.008 0.009 0.038 198 G 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 199 Y 0.004 0.545 0.002 0.001 0.001 0.002 0.441 0.004 200 Q 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 201 A 0.012 0.436 0.007 0.001 0.002 0.007 0.513 0.021 202 L 0.009 0.620 0.006 0.001 0.001 0.005 0.349 0.009 203 S 0.040 0.846 0.002 0.001 0.001 0.004 0.075 0.032 204 K 0.020 0.626 0.006 0.002 0.001 0.018 0.166 0.160 205 S 0.014 0.778 0.010 0.001 0.001 0.030 0.083 0.081 206 L 0.102 0.754 0.008 0.001 0.001 0.015 0.062 0.057 207 K 0.238 0.499 0.028 0.002 0.002 0.030 0.071 0.130 208 D 0.089 0.204 0.038 0.002 0.004 0.058 0.119 0.486 209 Y 0.059 0.098 0.097 0.005 0.007 0.114 0.194 0.426 210 L 0.046 0.056 0.149 0.013 0.015 0.107 0.142 0.472 211 Y 0.046 0.020 0.046 0.008 0.010 0.092 0.044 0.733