# TARGET T0297 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1705 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.001 0.003 0.171 0.037 0.776 2 A 0.043 0.006 0.007 0.243 0.038 0.663 3 V 0.061 0.003 0.016 0.185 0.066 0.669 4 Q 0.138 0.015 0.059 0.246 0.100 0.443 5 L 0.140 0.007 0.075 0.342 0.129 0.308 6 L 0.126 0.007 0.081 0.334 0.166 0.285 7 E 0.079 0.003 0.116 0.445 0.163 0.195 8 N 0.079 0.003 0.141 0.438 0.182 0.158 9 W 0.128 0.005 0.072 0.459 0.168 0.168 10 L 0.284 0.017 0.032 0.339 0.116 0.213 11 L 0.244 0.010 0.027 0.391 0.109 0.219 12 K 0.178 0.005 0.024 0.304 0.201 0.287 13 E 0.090 0.003 0.053 0.608 0.142 0.105 14 Q 0.135 0.003 0.054 0.570 0.129 0.110 15 E 0.169 0.002 0.067 0.567 0.106 0.088 16 K 0.285 0.004 0.034 0.511 0.068 0.098 17 I 0.321 0.007 0.020 0.516 0.048 0.088 18 Q 0.298 0.004 0.015 0.476 0.062 0.145 19 T 0.304 0.005 0.018 0.437 0.072 0.164 20 K 0.352 0.011 0.025 0.348 0.089 0.175 21 Y 0.226 0.007 0.067 0.351 0.143 0.206 22 R 0.197 0.006 0.099 0.310 0.165 0.223 23 H 0.210 0.013 0.102 0.318 0.151 0.206 24 L 0.150 0.015 0.077 0.314 0.184 0.260 25 N 0.137 0.011 0.062 0.222 0.221 0.348 26 H 0.109 0.015 0.064 0.159 0.264 0.389 27 I 0.089 0.029 0.069 0.124 0.265 0.425 28 S 0.075 0.020 0.052 0.068 0.344 0.441 29 V 0.037 0.009 0.066 0.062 0.370 0.457 30 V 0.040 0.013 0.029 0.025 0.277 0.618 31 E 0.033 0.005 0.006 0.002 0.258 0.696 32 P 0.056 0.002 0.005 0.002 0.272 0.664 33 N 0.470 0.006 0.003 0.002 0.123 0.395 34 I 0.968 0.004 0.001 0.001 0.007 0.020 35 L 0.985 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 36 F 0.967 0.002 0.001 0.005 0.012 0.014 37 I 0.753 0.006 0.001 0.024 0.072 0.145 38 G 0.206 0.007 0.006 0.040 0.297 0.444 39 D 0.140 0.021 0.032 0.149 0.379 0.278 40 S 0.114 0.029 0.084 0.357 0.201 0.215 41 I 0.071 0.012 0.273 0.476 0.130 0.037 42 V 0.055 0.005 0.283 0.483 0.140 0.034 43 E 0.068 0.007 0.213 0.437 0.210 0.065 44 Y 0.045 0.010 0.112 0.431 0.227 0.175 45 Y 0.030 0.010 0.062 0.235 0.315 0.349 46 P 0.029 0.018 0.087 0.173 0.341 0.351 47 L 0.014 0.009 0.337 0.215 0.289 0.136 48 Q 0.012 0.004 0.450 0.224 0.241 0.069 49 E 0.012 0.004 0.483 0.243 0.211 0.048 50 L 0.023 0.021 0.267 0.334 0.256 0.100 51 F 0.035 0.020 0.122 0.275 0.364 0.184 52 G 0.027 0.011 0.048 0.098 0.484 0.333 53 T 0.035 0.019 0.024 0.073 0.396 0.453 54 S 0.040 0.007 0.010 0.033 0.366 0.542 55 K 0.129 0.006 0.013 0.073 0.329 0.450 56 T 0.553 0.016 0.009 0.078 0.113 0.230 57 I 0.830 0.012 0.007 0.058 0.036 0.057 58 V 0.871 0.009 0.007 0.046 0.027 0.041 59 N 0.774 0.006 0.013 0.065 0.060 0.081 60 R 0.588 0.007 0.017 0.069 0.151 0.167 61 G 0.389 0.011 0.024 0.073 0.266 0.238 62 I 0.268 0.029 0.028 0.095 0.358 0.222 63 R 0.138 0.018 0.026 0.148 0.425 0.245 64 G 0.068 0.009 0.039 0.168 0.415 0.301 65 Y 0.065 0.013 0.081 0.364 0.268 0.208 66 Q 0.071 0.030 0.060 0.425 0.165 0.249 67 T 0.048 0.011 0.052 0.636 0.108 0.145 68 G 0.015 0.005 0.057 0.736 0.098 0.089 69 L 0.009 0.003 0.058 0.816 0.074 0.040 70 L 0.002 0.001 0.046 0.904 0.030 0.017 71 L 0.002 0.001 0.033 0.923 0.027 0.015 72 E 0.001 0.001 0.030 0.938 0.021 0.010 73 N 0.001 0.001 0.024 0.943 0.021 0.010 74 L 0.001 0.001 0.018 0.948 0.021 0.010 75 D 0.002 0.001 0.032 0.933 0.024 0.009 76 A 0.002 0.001 0.034 0.922 0.027 0.014 77 H 0.002 0.002 0.031 0.892 0.038 0.035 78 L 0.003 0.009 0.024 0.833 0.067 0.064 79 Y 0.005 0.004 0.029 0.628 0.194 0.141 80 G 0.005 0.003 0.031 0.152 0.435 0.374 81 G 0.006 0.002 0.031 0.040 0.470 0.451 82 A 0.026 0.016 0.032 0.007 0.457 0.463 83 V 0.050 0.004 0.048 0.004 0.491 0.403 84 D 0.172 0.002 0.024 0.002 0.393 0.407 85 K 0.940 0.002 0.001 0.001 0.019 0.039 86 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 87 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 89 L 0.932 0.001 0.001 0.001 0.014 0.051 90 I 0.619 0.005 0.002 0.004 0.065 0.305 91 G 0.228 0.019 0.012 0.011 0.273 0.458 92 T 0.101 0.019 0.129 0.072 0.428 0.250 93 N 0.061 0.022 0.202 0.085 0.442 0.188 94 D 0.042 0.025 0.286 0.095 0.459 0.094 95 I 0.019 0.019 0.161 0.154 0.489 0.158 96 G 0.012 0.009 0.088 0.076 0.654 0.160 97 K 0.011 0.005 0.038 0.048 0.643 0.255 98 D 0.014 0.011 0.022 0.040 0.416 0.498 99 V 0.038 0.049 0.010 0.024 0.254 0.625 100 P 0.025 0.028 0.003 0.026 0.092 0.827 101 V 0.002 0.001 0.031 0.914 0.020 0.033 102 N 0.001 0.001 0.021 0.965 0.009 0.005 103 E 0.001 0.001 0.047 0.933 0.017 0.003 104 A 0.001 0.001 0.015 0.975 0.007 0.004 105 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 106 N 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.006 107 N 0.001 0.001 0.008 0.964 0.013 0.015 108 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 109 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 110 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 111 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 115 V 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.004 116 A 0.001 0.001 0.025 0.947 0.023 0.004 117 R 0.001 0.001 0.039 0.881 0.055 0.022 118 D 0.003 0.006 0.036 0.497 0.128 0.330 119 Y 0.004 0.007 0.022 0.015 0.852 0.099 120 P 0.002 0.001 0.029 0.003 0.909 0.056 121 L 0.006 0.001 0.018 0.001 0.921 0.055 122 T 0.284 0.020 0.005 0.001 0.602 0.089 123 E 0.805 0.005 0.001 0.001 0.024 0.165 124 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 125 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 126 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 127 L 0.940 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 128 S 0.734 0.003 0.001 0.001 0.070 0.191 129 I 0.326 0.010 0.009 0.003 0.200 0.453 130 L 0.158 0.033 0.016 0.005 0.205 0.583 131 P 0.100 0.021 0.025 0.007 0.461 0.385 132 V 0.019 0.006 0.342 0.088 0.408 0.136 133 N 0.017 0.004 0.278 0.127 0.433 0.141 134 E 0.018 0.007 0.303 0.268 0.328 0.077 135 R 0.017 0.010 0.117 0.397 0.245 0.214 136 E 0.013 0.005 0.171 0.580 0.143 0.088 137 E 0.015 0.004 0.180 0.583 0.140 0.077 138 Y 0.024 0.006 0.125 0.610 0.143 0.091 139 Q 0.035 0.006 0.055 0.597 0.137 0.169 140 Q 0.026 0.002 0.044 0.720 0.103 0.105 141 A 0.039 0.003 0.039 0.738 0.095 0.086 142 V 0.046 0.004 0.030 0.767 0.076 0.077 143 Y 0.055 0.008 0.029 0.773 0.057 0.079 144 I 0.030 0.003 0.030 0.778 0.065 0.094 145 R 0.022 0.003 0.024 0.779 0.067 0.106 146 S 0.011 0.002 0.013 0.807 0.051 0.116 147 N 0.004 0.001 0.010 0.868 0.040 0.077 148 E 0.001 0.001 0.015 0.945 0.021 0.017 149 K 0.002 0.001 0.013 0.949 0.022 0.014 150 I 0.001 0.001 0.004 0.972 0.010 0.013 151 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.005 152 N 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 153 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.003 154 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 161 A 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 162 S 0.001 0.001 0.023 0.957 0.015 0.004 163 A 0.001 0.001 0.023 0.918 0.025 0.032 164 Y 0.005 0.018 0.059 0.551 0.339 0.028 165 M 0.002 0.001 0.016 0.031 0.888 0.063 166 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.834 0.159 167 V 0.356 0.042 0.002 0.001 0.501 0.099 168 E 0.670 0.008 0.001 0.001 0.031 0.290 169 F 0.974 0.006 0.001 0.001 0.004 0.016 170 V 0.951 0.003 0.001 0.001 0.007 0.038 171 P 0.781 0.007 0.003 0.005 0.041 0.163 172 V 0.151 0.006 0.082 0.134 0.241 0.385 173 F 0.047 0.005 0.165 0.251 0.300 0.233 174 D 0.010 0.002 0.375 0.330 0.231 0.052 175 C 0.008 0.004 0.283 0.451 0.188 0.066 176 L 0.015 0.010 0.175 0.620 0.132 0.048 177 T 0.014 0.009 0.090 0.652 0.149 0.087 178 D 0.012 0.003 0.077 0.519 0.219 0.170 179 Q 0.008 0.004 0.102 0.599 0.194 0.092 180 A 0.009 0.004 0.091 0.631 0.176 0.088 181 G 0.014 0.003 0.130 0.469 0.241 0.143 182 Q 0.016 0.007 0.108 0.425 0.245 0.198 183 L 0.017 0.009 0.148 0.498 0.189 0.139 184 K 0.021 0.005 0.147 0.495 0.194 0.137 185 K 0.027 0.005 0.189 0.438 0.213 0.129 186 E 0.052 0.019 0.126 0.394 0.223 0.185 187 Y 0.080 0.036 0.063 0.248 0.330 0.243 188 T 0.085 0.025 0.054 0.130 0.518 0.188 189 T 0.054 0.013 0.058 0.109 0.561 0.205 190 D 0.038 0.010 0.050 0.069 0.612 0.221 191 G 0.098 0.021 0.033 0.031 0.565 0.251 192 L 0.201 0.065 0.026 0.038 0.292 0.378 193 H 0.242 0.115 0.023 0.024 0.268 0.329 194 L 0.083 0.039 0.008 0.031 0.263 0.576 195 S 0.015 0.006 0.001 0.022 0.119 0.837 196 I 0.001 0.001 0.009 0.979 0.009 0.003 197 A 0.001 0.001 0.012 0.978 0.008 0.001 198 G 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 202 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 203 S 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 204 K 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 205 S 0.001 0.001 0.007 0.975 0.012 0.006 206 L 0.001 0.001 0.012 0.970 0.010 0.008 207 K 0.001 0.001 0.094 0.874 0.024 0.008 208 D 0.001 0.001 0.108 0.846 0.031 0.015 209 Y 0.003 0.001 0.106 0.728 0.051 0.111 210 L 0.008 0.012 0.025 0.605 0.068 0.282 211 Y 0.003 0.001 0.001 0.028 0.033 0.934