# TARGET T0297 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1705 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.491 0.200 0.145 0.103 0.047 0.013 0.001 2 A 0.568 0.247 0.107 0.049 0.020 0.007 0.001 3 V 0.249 0.172 0.181 0.205 0.134 0.053 0.006 4 Q 0.393 0.315 0.165 0.081 0.032 0.012 0.002 5 L 0.134 0.159 0.187 0.231 0.180 0.097 0.013 6 L 0.094 0.119 0.151 0.221 0.232 0.163 0.020 7 E 0.175 0.221 0.227 0.212 0.119 0.042 0.005 8 N 0.401 0.317 0.163 0.080 0.027 0.009 0.002 9 W 0.097 0.140 0.210 0.273 0.192 0.080 0.007 10 L 0.103 0.138 0.173 0.224 0.209 0.139 0.015 11 L 0.157 0.196 0.217 0.228 0.143 0.054 0.005 12 K 0.483 0.281 0.128 0.070 0.027 0.009 0.002 13 E 0.492 0.284 0.130 0.064 0.022 0.006 0.001 14 Q 0.362 0.286 0.191 0.110 0.039 0.010 0.001 15 E 0.381 0.259 0.176 0.116 0.052 0.014 0.002 16 K 0.224 0.264 0.233 0.168 0.079 0.028 0.003 17 I 0.074 0.099 0.153 0.255 0.259 0.145 0.015 18 Q 0.165 0.241 0.215 0.193 0.118 0.060 0.009 19 T 0.233 0.234 0.192 0.176 0.107 0.049 0.010 20 K 0.185 0.245 0.217 0.190 0.108 0.049 0.006 21 Y 0.086 0.129 0.200 0.278 0.212 0.088 0.009 22 R 0.276 0.312 0.211 0.123 0.053 0.021 0.004 23 H 0.196 0.251 0.215 0.182 0.104 0.045 0.006 24 L 0.066 0.099 0.162 0.274 0.259 0.127 0.012 25 N 0.259 0.315 0.216 0.130 0.056 0.020 0.003 26 H 0.151 0.216 0.224 0.215 0.126 0.059 0.009 27 I 0.096 0.156 0.201 0.243 0.190 0.101 0.013 28 S 0.266 0.283 0.206 0.150 0.069 0.023 0.003 29 V 0.253 0.279 0.206 0.157 0.078 0.025 0.002 30 V 0.312 0.294 0.197 0.135 0.051 0.010 0.001 31 E 0.306 0.455 0.174 0.052 0.011 0.002 0.001 32 P 0.008 0.079 0.208 0.365 0.265 0.072 0.003 33 N 0.002 0.016 0.088 0.310 0.410 0.158 0.016 34 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.065 0.515 0.409 35 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.244 0.732 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.111 0.879 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.936 38 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.128 0.857 39 D 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.212 0.745 40 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.043 0.239 0.706 41 I 0.001 0.005 0.012 0.033 0.084 0.319 0.545 42 V 0.003 0.008 0.015 0.038 0.122 0.349 0.466 43 E 0.015 0.034 0.061 0.132 0.213 0.306 0.240 44 Y 0.028 0.063 0.090 0.144 0.207 0.295 0.173 45 Y 0.040 0.067 0.113 0.198 0.244 0.241 0.097 46 P 0.119 0.182 0.183 0.192 0.164 0.121 0.039 47 L 0.077 0.090 0.122 0.199 0.248 0.214 0.050 48 Q 0.193 0.253 0.211 0.170 0.108 0.054 0.012 49 E 0.245 0.263 0.200 0.153 0.087 0.042 0.010 50 L 0.166 0.187 0.190 0.206 0.157 0.084 0.011 51 F 0.172 0.203 0.212 0.213 0.133 0.058 0.008 52 G 0.286 0.251 0.186 0.147 0.085 0.040 0.006 53 T 0.305 0.237 0.179 0.154 0.085 0.034 0.005 54 S 0.341 0.292 0.166 0.112 0.057 0.026 0.005 55 K 0.095 0.170 0.229 0.254 0.166 0.075 0.011 56 T 0.104 0.223 0.238 0.212 0.140 0.069 0.013 57 I 0.014 0.031 0.060 0.152 0.282 0.362 0.099 58 V 0.011 0.038 0.089 0.183 0.257 0.315 0.107 59 N 0.016 0.044 0.071 0.120 0.195 0.345 0.210 60 R 0.014 0.037 0.079 0.156 0.226 0.300 0.188 61 G 0.010 0.015 0.027 0.069 0.158 0.372 0.350 62 I 0.022 0.047 0.074 0.131 0.201 0.320 0.204 63 R 0.055 0.110 0.134 0.177 0.187 0.213 0.124 64 G 0.078 0.103 0.109 0.155 0.195 0.231 0.129 65 Y 0.072 0.124 0.176 0.212 0.183 0.166 0.069 66 Q 0.079 0.129 0.165 0.203 0.206 0.165 0.053 67 T 0.053 0.069 0.081 0.138 0.220 0.303 0.136 68 G 0.111 0.188 0.204 0.210 0.160 0.102 0.025 69 L 0.055 0.151 0.224 0.252 0.190 0.104 0.024 70 L 0.024 0.050 0.075 0.161 0.280 0.332 0.078 71 L 0.034 0.103 0.202 0.285 0.235 0.125 0.016 72 E 0.180 0.407 0.248 0.112 0.040 0.012 0.002 73 N 0.020 0.098 0.227 0.319 0.231 0.097 0.009 74 L 0.007 0.012 0.030 0.134 0.393 0.394 0.030 75 D 0.052 0.241 0.346 0.254 0.089 0.017 0.001 76 A 0.286 0.462 0.182 0.056 0.011 0.002 0.001 77 H 0.028 0.123 0.260 0.332 0.195 0.059 0.002 78 L 0.025 0.054 0.140 0.316 0.334 0.126 0.005 79 Y 0.332 0.372 0.189 0.081 0.021 0.004 0.001 80 G 0.512 0.326 0.106 0.043 0.011 0.002 0.001 81 G 0.168 0.276 0.255 0.195 0.087 0.019 0.001 82 A 0.212 0.403 0.240 0.111 0.029 0.004 0.001 83 V 0.009 0.058 0.163 0.332 0.333 0.100 0.004 84 D 0.011 0.127 0.261 0.340 0.205 0.052 0.004 85 K 0.001 0.004 0.037 0.182 0.409 0.324 0.044 86 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.465 0.481 87 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.222 0.751 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.083 0.910 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.105 0.883 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.128 0.861 91 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.051 0.233 0.702 92 T 0.001 0.002 0.006 0.014 0.052 0.324 0.601 93 N 0.001 0.004 0.010 0.037 0.121 0.350 0.477 94 D 0.004 0.014 0.033 0.080 0.192 0.424 0.253 95 I 0.012 0.024 0.043 0.096 0.213 0.383 0.228 96 G 0.018 0.052 0.106 0.241 0.310 0.230 0.044 97 K 0.081 0.227 0.264 0.235 0.138 0.047 0.007 98 D 0.211 0.300 0.217 0.161 0.077 0.030 0.005 99 V 0.112 0.171 0.210 0.234 0.175 0.086 0.013 100 P 0.120 0.280 0.255 0.192 0.105 0.043 0.004 101 V 0.028 0.091 0.192 0.292 0.261 0.125 0.010 102 N 0.332 0.357 0.167 0.086 0.040 0.015 0.002 103 E 0.079 0.357 0.331 0.170 0.050 0.011 0.001 104 A 0.005 0.011 0.035 0.188 0.447 0.301 0.014 105 L 0.011 0.097 0.273 0.376 0.197 0.044 0.002 106 N 0.080 0.519 0.305 0.077 0.015 0.003 0.001 107 N 0.002 0.019 0.106 0.341 0.390 0.136 0.006 108 L 0.001 0.001 0.002 0.017 0.171 0.679 0.131 109 E 0.002 0.044 0.289 0.428 0.192 0.043 0.001 110 A 0.005 0.086 0.315 0.404 0.157 0.031 0.001 111 I 0.001 0.001 0.003 0.020 0.184 0.664 0.128 112 I 0.001 0.002 0.012 0.101 0.392 0.454 0.039 113 Q 0.013 0.264 0.425 0.218 0.062 0.016 0.001 114 S 0.005 0.054 0.258 0.475 0.184 0.023 0.001 115 V 0.001 0.003 0.010 0.100 0.451 0.415 0.020 116 A 0.015 0.157 0.361 0.331 0.122 0.014 0.001 117 R 0.368 0.483 0.121 0.026 0.003 0.001 0.001 118 D 0.120 0.416 0.299 0.141 0.022 0.002 0.001 119 Y 0.050 0.165 0.302 0.315 0.138 0.030 0.001 120 P 0.393 0.341 0.147 0.080 0.032 0.005 0.001 121 L 0.259 0.437 0.205 0.075 0.020 0.004 0.001 122 T 0.004 0.035 0.126 0.338 0.366 0.127 0.005 123 E 0.007 0.067 0.232 0.341 0.265 0.078 0.010 124 I 0.001 0.002 0.004 0.018 0.102 0.555 0.319 125 K 0.001 0.002 0.018 0.088 0.224 0.430 0.238 126 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.288 0.674 127 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.213 0.754 128 S 0.001 0.002 0.006 0.019 0.065 0.310 0.597 129 I 0.001 0.003 0.008 0.036 0.129 0.339 0.485 130 L 0.003 0.013 0.033 0.090 0.206 0.408 0.248 131 P 0.019 0.056 0.108 0.188 0.247 0.285 0.097 132 V 0.035 0.080 0.135 0.226 0.272 0.204 0.048 133 N 0.195 0.238 0.216 0.175 0.106 0.055 0.015 134 E 0.135 0.159 0.174 0.212 0.186 0.114 0.021 135 R 0.201 0.240 0.207 0.181 0.111 0.050 0.009 136 E 0.376 0.283 0.163 0.103 0.050 0.020 0.004 137 E 0.361 0.258 0.166 0.119 0.065 0.028 0.004 138 Y 0.176 0.193 0.220 0.225 0.132 0.048 0.005 139 Q 0.301 0.262 0.194 0.136 0.072 0.030 0.004 140 Q 0.341 0.267 0.178 0.123 0.063 0.024 0.004 141 A 0.232 0.240 0.203 0.169 0.103 0.046 0.006 142 V 0.075 0.096 0.141 0.229 0.260 0.177 0.023 143 Y 0.091 0.148 0.191 0.231 0.193 0.122 0.023 144 I 0.241 0.258 0.195 0.154 0.093 0.049 0.009 145 R 0.198 0.204 0.210 0.198 0.123 0.057 0.011 146 S 0.131 0.184 0.194 0.215 0.170 0.094 0.012 147 N 0.157 0.242 0.231 0.200 0.113 0.049 0.006 148 E 0.351 0.358 0.158 0.082 0.035 0.013 0.003 149 K 0.041 0.159 0.250 0.285 0.183 0.075 0.006 150 I 0.007 0.021 0.065 0.212 0.374 0.292 0.029 151 Q 0.113 0.326 0.306 0.175 0.062 0.016 0.002 152 N 0.055 0.270 0.344 0.235 0.077 0.018 0.002 153 W 0.003 0.008 0.017 0.080 0.330 0.514 0.048 154 N 0.002 0.021 0.108 0.327 0.351 0.176 0.014 155 Q 0.048 0.361 0.372 0.157 0.047 0.013 0.001 156 A 0.004 0.023 0.116 0.365 0.361 0.124 0.007 157 Y 0.001 0.002 0.004 0.024 0.194 0.644 0.131 158 Q 0.010 0.090 0.307 0.385 0.167 0.039 0.002 159 E 0.067 0.479 0.322 0.109 0.019 0.003 0.001 160 L 0.003 0.021 0.099 0.346 0.376 0.150 0.005 161 A 0.002 0.009 0.042 0.228 0.496 0.215 0.007 162 S 0.219 0.570 0.176 0.032 0.003 0.001 0.001 163 A 0.218 0.554 0.180 0.043 0.004 0.001 0.001 164 Y 0.005 0.059 0.223 0.427 0.248 0.037 0.001 165 M 0.145 0.355 0.288 0.163 0.044 0.005 0.001 166 Q 0.306 0.464 0.178 0.046 0.006 0.001 0.001 167 V 0.001 0.017 0.080 0.258 0.418 0.220 0.005 168 E 0.005 0.054 0.194 0.352 0.289 0.101 0.007 169 F 0.002 0.006 0.017 0.056 0.198 0.533 0.189 170 V 0.002 0.012 0.035 0.100 0.229 0.447 0.175 171 P 0.002 0.018 0.066 0.158 0.274 0.338 0.144 172 V 0.001 0.004 0.009 0.031 0.131 0.442 0.382 173 F 0.004 0.024 0.071 0.200 0.315 0.316 0.070 174 D 0.017 0.102 0.183 0.227 0.221 0.196 0.054 175 C 0.009 0.028 0.074 0.170 0.282 0.333 0.103 176 L 0.013 0.028 0.054 0.131 0.264 0.398 0.112 177 T 0.059 0.168 0.230 0.241 0.185 0.098 0.018 178 D 0.211 0.267 0.209 0.162 0.098 0.043 0.010 179 Q 0.245 0.225 0.184 0.163 0.110 0.060 0.013 180 A 0.220 0.209 0.192 0.177 0.118 0.070 0.013 181 G 0.332 0.262 0.179 0.129 0.068 0.025 0.005 182 Q 0.287 0.265 0.191 0.140 0.078 0.034 0.006 183 L 0.151 0.137 0.162 0.216 0.195 0.121 0.018 184 K 0.295 0.261 0.185 0.130 0.075 0.042 0.012 185 K 0.324 0.245 0.178 0.133 0.074 0.035 0.010 186 E 0.165 0.185 0.182 0.196 0.156 0.098 0.019 187 Y 0.058 0.066 0.091 0.170 0.254 0.273 0.088 188 T 0.085 0.121 0.145 0.191 0.188 0.191 0.079 189 T 0.091 0.127 0.134 0.174 0.177 0.189 0.107 190 D 0.027 0.041 0.072 0.146 0.221 0.310 0.183 191 G 0.013 0.026 0.050 0.095 0.170 0.351 0.294 192 L 0.015 0.018 0.026 0.052 0.105 0.310 0.475 193 H 0.008 0.019 0.033 0.066 0.127 0.323 0.425 194 L 0.007 0.011 0.019 0.051 0.134 0.328 0.448 195 S 0.007 0.020 0.035 0.085 0.174 0.370 0.310 196 I 0.020 0.077 0.162 0.243 0.244 0.182 0.073 197 A 0.021 0.078 0.141 0.234 0.248 0.199 0.079 198 G 0.003 0.009 0.012 0.029 0.115 0.475 0.357 199 Y 0.001 0.003 0.010 0.056 0.203 0.477 0.250 200 Q 0.008 0.081 0.271 0.334 0.208 0.090 0.008 201 A 0.005 0.017 0.080 0.280 0.383 0.210 0.026 202 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.054 0.546 0.391 203 S 0.001 0.004 0.027 0.134 0.349 0.438 0.048 204 K 0.012 0.167 0.428 0.289 0.086 0.018 0.001 205 S 0.005 0.016 0.093 0.367 0.386 0.124 0.009 206 L 0.007 0.005 0.005 0.026 0.193 0.664 0.101 207 K 0.020 0.081 0.263 0.394 0.199 0.042 0.001 208 D 0.227 0.477 0.208 0.073 0.014 0.002 0.001 209 Y 0.074 0.118 0.245 0.377 0.153 0.032 0.001 210 L 0.131 0.089 0.128 0.250 0.275 0.123 0.005 211 Y 0.424 0.309 0.168 0.068 0.024 0.007 0.001