# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1496 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.022 0.038 0.031 0.048 0.101 0.007 0.693 2 A 0.031 0.026 0.032 0.031 0.054 0.091 0.005 0.730 3 V 0.032 0.038 0.037 0.035 0.071 0.080 0.005 0.702 4 Q 0.048 0.116 0.044 0.053 0.072 0.135 0.008 0.524 5 L 0.126 0.214 0.050 0.042 0.081 0.110 0.015 0.363 6 L 0.106 0.411 0.061 0.056 0.090 0.053 0.015 0.208 7 E 0.066 0.328 0.049 0.039 0.064 0.055 0.023 0.377 8 N 0.128 0.223 0.039 0.026 0.036 0.050 0.048 0.449 9 W 0.339 0.097 0.030 0.021 0.026 0.056 0.047 0.384 10 L 0.171 0.079 0.081 0.052 0.055 0.112 0.032 0.418 11 L 0.058 0.057 0.070 0.044 0.070 0.085 0.013 0.603 12 K 0.088 0.083 0.088 0.091 0.123 0.117 0.010 0.400 13 E 0.008 0.020 0.011 0.011 0.017 0.040 0.002 0.890 14 Q 0.051 0.082 0.044 0.037 0.107 0.105 0.008 0.568 15 E 0.067 0.120 0.025 0.033 0.039 0.174 0.013 0.528 16 K 0.144 0.119 0.016 0.022 0.034 0.119 0.024 0.522 17 I 0.237 0.252 0.039 0.035 0.047 0.057 0.017 0.318 18 Q 0.067 0.233 0.056 0.044 0.066 0.096 0.020 0.418 19 T 0.077 0.132 0.031 0.033 0.051 0.092 0.025 0.560 20 K 0.152 0.094 0.036 0.023 0.034 0.091 0.029 0.542 21 Y 0.143 0.082 0.048 0.031 0.038 0.097 0.022 0.539 22 R 0.095 0.069 0.140 0.089 0.083 0.136 0.024 0.364 23 H 0.028 0.034 0.056 0.040 0.061 0.065 0.007 0.709 24 L 0.074 0.054 0.144 0.091 0.215 0.073 0.008 0.341 25 N 0.044 0.053 0.085 0.107 0.121 0.147 0.013 0.429 26 H 0.072 0.026 0.043 0.034 0.072 0.067 0.014 0.671 27 I 0.145 0.041 0.070 0.053 0.085 0.159 0.013 0.433 28 S 0.073 0.026 0.035 0.067 0.064 0.156 0.019 0.561 29 V 0.039 0.010 0.021 0.018 0.037 0.037 0.009 0.830 30 V 0.073 0.021 0.070 0.075 0.153 0.148 0.021 0.439 31 E 0.040 0.006 0.039 0.047 0.060 0.093 0.008 0.708 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 N 0.060 0.001 0.265 0.157 0.195 0.129 0.010 0.183 34 I 0.072 0.001 0.582 0.053 0.047 0.023 0.005 0.218 35 L 0.001 0.001 0.949 0.024 0.020 0.001 0.001 0.005 36 F 0.001 0.001 0.839 0.037 0.048 0.016 0.001 0.058 37 I 0.001 0.001 0.944 0.009 0.022 0.004 0.001 0.020 38 G 0.001 0.001 0.798 0.024 0.037 0.038 0.001 0.102 39 D 0.009 0.003 0.397 0.024 0.056 0.136 0.007 0.368 40 S 0.034 0.004 0.266 0.023 0.054 0.280 0.007 0.332 41 I 0.082 0.028 0.080 0.041 0.088 0.205 0.011 0.463 42 V 0.095 0.052 0.084 0.042 0.077 0.210 0.021 0.420 43 E 0.208 0.107 0.035 0.037 0.060 0.188 0.026 0.340 44 Y 0.218 0.203 0.051 0.030 0.057 0.046 0.029 0.366 45 Y 0.116 0.140 0.054 0.048 0.062 0.085 0.025 0.470 46 P 0.013 0.040 0.015 0.010 0.015 0.038 0.005 0.864 47 L 0.072 0.127 0.031 0.029 0.124 0.099 0.010 0.507 48 Q 0.051 0.184 0.028 0.020 0.058 0.077 0.010 0.571 49 E 0.065 0.284 0.013 0.013 0.022 0.104 0.015 0.484 50 L 0.223 0.449 0.015 0.011 0.014 0.065 0.020 0.202 51 F 0.275 0.476 0.015 0.015 0.021 0.021 0.029 0.148 52 G 0.189 0.261 0.054 0.026 0.038 0.044 0.052 0.335 53 T 0.141 0.128 0.056 0.020 0.026 0.070 0.040 0.518 54 S 0.099 0.064 0.035 0.013 0.017 0.059 0.031 0.683 55 K 0.056 0.028 0.071 0.021 0.020 0.065 0.013 0.727 56 T 0.032 0.021 0.276 0.063 0.060 0.192 0.011 0.345 57 I 0.033 0.029 0.207 0.059 0.089 0.109 0.006 0.470 58 V 0.016 0.053 0.442 0.107 0.152 0.057 0.004 0.169 59 N 0.019 0.070 0.228 0.126 0.149 0.111 0.008 0.290 60 R 0.045 0.063 0.358 0.092 0.132 0.048 0.014 0.248 61 G 0.058 0.055 0.169 0.066 0.115 0.145 0.019 0.372 62 I 0.071 0.078 0.226 0.089 0.131 0.117 0.016 0.271 63 R 0.017 0.084 0.066 0.039 0.059 0.068 0.008 0.659 64 G 0.067 0.058 0.057 0.027 0.056 0.084 0.026 0.625 65 Y 0.220 0.068 0.073 0.026 0.026 0.106 0.021 0.459 66 Q 0.064 0.098 0.068 0.026 0.033 0.185 0.016 0.510 67 T 0.089 0.148 0.053 0.021 0.056 0.095 0.011 0.528 68 G 0.041 0.271 0.055 0.019 0.032 0.087 0.009 0.486 69 L 0.087 0.196 0.020 0.010 0.017 0.272 0.013 0.385 70 L 0.118 0.500 0.016 0.006 0.018 0.115 0.010 0.217 71 L 0.034 0.776 0.008 0.004 0.015 0.019 0.004 0.139 72 E 0.031 0.705 0.007 0.004 0.006 0.053 0.011 0.184 73 N 0.160 0.640 0.004 0.002 0.003 0.033 0.024 0.134 74 L 0.105 0.795 0.007 0.002 0.005 0.004 0.010 0.072 75 D 0.022 0.735 0.015 0.005 0.012 0.027 0.010 0.174 76 A 0.052 0.654 0.013 0.005 0.008 0.032 0.018 0.218 77 H 0.223 0.621 0.008 0.003 0.004 0.016 0.027 0.097 78 L 0.117 0.722 0.037 0.007 0.008 0.013 0.022 0.075 79 Y 0.092 0.515 0.061 0.017 0.019 0.038 0.038 0.220 80 G 0.187 0.222 0.048 0.017 0.019 0.033 0.057 0.416 81 G 0.272 0.095 0.063 0.022 0.021 0.050 0.079 0.397 82 A 0.131 0.027 0.098 0.031 0.032 0.114 0.027 0.539 83 V 0.002 0.001 0.018 0.007 0.006 0.018 0.002 0.947 84 D 0.029 0.003 0.229 0.187 0.143 0.137 0.009 0.263 85 K 0.039 0.001 0.505 0.074 0.094 0.067 0.004 0.215 86 I 0.003 0.001 0.810 0.078 0.083 0.009 0.001 0.016 87 F 0.001 0.001 0.915 0.046 0.032 0.002 0.001 0.005 88 L 0.001 0.001 0.906 0.038 0.046 0.001 0.001 0.008 89 L 0.001 0.001 0.939 0.016 0.034 0.002 0.001 0.009 90 I 0.001 0.001 0.769 0.049 0.079 0.020 0.001 0.082 91 G 0.003 0.002 0.483 0.037 0.116 0.114 0.004 0.242 92 T 0.016 0.004 0.243 0.031 0.077 0.132 0.005 0.491 93 N 0.023 0.022 0.109 0.049 0.068 0.168 0.016 0.544 94 D 0.250 0.021 0.031 0.024 0.044 0.218 0.030 0.383 95 I 0.179 0.159 0.108 0.054 0.057 0.126 0.025 0.293 96 G 0.163 0.132 0.046 0.045 0.069 0.183 0.042 0.320 97 K 0.280 0.107 0.071 0.030 0.040 0.085 0.041 0.346 98 D 0.118 0.070 0.030 0.016 0.025 0.066 0.039 0.636 99 V 0.138 0.022 0.034 0.022 0.027 0.091 0.010 0.657 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 V 0.005 0.004 0.007 0.006 0.040 0.038 0.001 0.900 102 N 0.028 0.018 0.007 0.004 0.010 0.088 0.002 0.844 103 E 0.070 0.077 0.003 0.003 0.006 0.203 0.002 0.637 104 A 0.068 0.655 0.003 0.002 0.004 0.042 0.002 0.225 105 L 0.011 0.913 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.064 106 N 0.012 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.057 107 N 0.089 0.803 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 0.083 108 L 0.034 0.907 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.046 109 E 0.003 0.924 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.053 110 A 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.042 111 I 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 112 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 114 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 115 V 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 116 A 0.019 0.942 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.025 117 R 0.068 0.819 0.004 0.002 0.002 0.005 0.027 0.074 118 D 0.191 0.540 0.016 0.003 0.002 0.005 0.129 0.115 119 Y 0.257 0.373 0.051 0.012 0.011 0.017 0.058 0.221 120 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 121 L 0.023 0.008 0.045 0.042 0.056 0.116 0.018 0.693 122 T 0.502 0.004 0.124 0.024 0.020 0.057 0.020 0.249 123 E 0.020 0.002 0.687 0.087 0.046 0.031 0.003 0.124 124 I 0.004 0.001 0.567 0.068 0.079 0.021 0.001 0.260 125 K 0.001 0.001 0.922 0.038 0.032 0.002 0.001 0.006 126 L 0.001 0.001 0.770 0.057 0.070 0.011 0.001 0.091 127 L 0.001 0.001 0.924 0.023 0.038 0.003 0.001 0.011 128 S 0.001 0.001 0.598 0.063 0.098 0.049 0.001 0.189 129 I 0.006 0.001 0.382 0.027 0.108 0.050 0.005 0.423 130 L 0.020 0.001 0.194 0.048 0.087 0.210 0.003 0.436 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 132 V 0.011 0.002 0.026 0.020 0.065 0.097 0.002 0.775 133 N 0.116 0.010 0.023 0.020 0.022 0.130 0.011 0.668 134 E 0.195 0.020 0.021 0.014 0.024 0.118 0.010 0.599 135 R 0.124 0.046 0.029 0.014 0.032 0.219 0.005 0.530 136 E 0.041 0.045 0.013 0.008 0.015 0.100 0.005 0.773 137 E 0.042 0.132 0.010 0.009 0.016 0.182 0.008 0.601 138 Y 0.137 0.266 0.012 0.009 0.022 0.108 0.014 0.432 139 Q 0.100 0.409 0.012 0.011 0.019 0.088 0.016 0.346 140 Q 0.105 0.404 0.016 0.011 0.018 0.078 0.020 0.349 141 A 0.112 0.400 0.013 0.008 0.010 0.052 0.018 0.386 142 V 0.168 0.414 0.022 0.013 0.018 0.054 0.019 0.292 143 Y 0.120 0.495 0.041 0.019 0.031 0.060 0.013 0.221 144 I 0.067 0.530 0.043 0.024 0.038 0.050 0.012 0.236 145 R 0.058 0.549 0.036 0.027 0.029 0.052 0.012 0.237 146 S 0.090 0.515 0.033 0.014 0.025 0.071 0.015 0.237 147 N 0.114 0.395 0.028 0.010 0.021 0.070 0.020 0.342 148 E 0.073 0.318 0.019 0.005 0.011 0.156 0.012 0.406 149 K 0.064 0.339 0.005 0.002 0.004 0.278 0.010 0.299 150 I 0.045 0.811 0.004 0.001 0.003 0.034 0.004 0.099 151 Q 0.007 0.940 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 152 N 0.017 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.055 153 W 0.030 0.922 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.035 154 N 0.028 0.921 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.035 155 Q 0.012 0.938 0.004 0.001 0.001 0.009 0.004 0.031 156 A 0.016 0.924 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.043 157 Y 0.019 0.917 0.004 0.001 0.001 0.011 0.004 0.044 158 Q 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 159 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 160 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 161 A 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 162 S 0.024 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.036 163 A 0.261 0.590 0.005 0.001 0.001 0.003 0.073 0.067 164 Y 0.139 0.724 0.027 0.003 0.003 0.003 0.044 0.057 165 M 0.063 0.343 0.079 0.024 0.014 0.027 0.065 0.384 166 Q 0.131 0.045 0.100 0.014 0.013 0.050 0.067 0.579 167 V 0.288 0.014 0.210 0.012 0.012 0.044 0.020 0.400 168 E 0.012 0.006 0.750 0.055 0.024 0.021 0.004 0.128 169 F 0.001 0.001 0.036 0.003 0.005 0.006 0.001 0.948 170 V 0.004 0.001 0.828 0.054 0.047 0.011 0.001 0.054 171 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 172 V 0.005 0.004 0.273 0.021 0.118 0.073 0.002 0.504 173 F 0.061 0.015 0.122 0.020 0.035 0.181 0.005 0.561 174 D 0.122 0.034 0.042 0.019 0.027 0.149 0.015 0.592 175 C 0.166 0.130 0.084 0.016 0.030 0.119 0.009 0.447 176 L 0.176 0.299 0.057 0.022 0.044 0.173 0.018 0.210 177 T 0.192 0.350 0.036 0.023 0.036 0.093 0.028 0.241 178 D 0.108 0.453 0.030 0.013 0.025 0.034 0.019 0.318 179 Q 0.148 0.332 0.030 0.010 0.018 0.109 0.030 0.322 180 A 0.148 0.320 0.022 0.009 0.016 0.159 0.037 0.289 181 G 0.193 0.334 0.024 0.012 0.015 0.069 0.037 0.316 182 Q 0.179 0.267 0.046 0.012 0.016 0.150 0.024 0.306 183 L 0.141 0.238 0.033 0.013 0.026 0.095 0.020 0.434 184 K 0.093 0.241 0.032 0.019 0.041 0.081 0.018 0.476 185 K 0.071 0.159 0.037 0.019 0.028 0.107 0.021 0.557 186 E 0.213 0.165 0.041 0.027 0.034 0.118 0.028 0.375 187 Y 0.254 0.172 0.059 0.044 0.061 0.080 0.025 0.305 188 T 0.091 0.121 0.171 0.102 0.125 0.076 0.021 0.292 189 T 0.033 0.050 0.101 0.046 0.070 0.085 0.013 0.602 190 D 0.073 0.047 0.114 0.049 0.077 0.164 0.028 0.448 191 G 0.181 0.038 0.119 0.043 0.046 0.129 0.033 0.410 192 L 0.111 0.019 0.216 0.027 0.044 0.244 0.014 0.324 193 H 0.043 0.017 0.149 0.058 0.063 0.206 0.009 0.456 194 L 0.040 0.028 0.106 0.035 0.067 0.100 0.003 0.621 195 S 0.014 0.035 0.045 0.022 0.072 0.258 0.004 0.549 196 I 0.038 0.047 0.016 0.007 0.026 0.113 0.005 0.747 197 A 0.027 0.113 0.005 0.004 0.007 0.436 0.005 0.404 198 G 0.140 0.178 0.003 0.002 0.004 0.401 0.013 0.259 199 Y 0.033 0.899 0.004 0.001 0.002 0.011 0.002 0.048 200 Q 0.002 0.955 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.031 201 A 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 202 L 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 203 S 0.011 0.972 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 204 K 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 205 S 0.034 0.910 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.039 206 L 0.057 0.837 0.006 0.001 0.003 0.004 0.013 0.080 207 K 0.034 0.802 0.007 0.002 0.005 0.010 0.009 0.130 208 D 0.068 0.689 0.008 0.002 0.002 0.008 0.023 0.199 209 Y 0.304 0.418 0.021 0.002 0.002 0.012 0.065 0.175 210 L 0.126 0.570 0.067 0.008 0.007 0.019 0.034 0.169 211 Y 0.043 0.362 0.134 0.021 0.032 0.057 0.022 0.328