# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.019 0.003 0.033 0.228 0.698 2 D 0.014 0.014 0.002 0.078 0.121 0.770 3 I 0.001 0.001 0.012 0.932 0.028 0.026 4 R 0.001 0.001 0.013 0.956 0.021 0.009 5 Q 0.001 0.001 0.014 0.971 0.010 0.004 6 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 7 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 9 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 10 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.005 0.980 0.011 0.004 16 Q 0.001 0.001 0.007 0.941 0.032 0.018 17 N 0.017 0.007 0.013 0.536 0.219 0.209 18 F 0.076 0.028 0.016 0.184 0.355 0.341 19 D 0.135 0.045 0.014 0.113 0.254 0.438 20 I 0.296 0.020 0.017 0.202 0.179 0.287 21 R 0.346 0.032 0.038 0.200 0.204 0.180 22 T 0.312 0.028 0.048 0.241 0.241 0.129 23 I 0.262 0.011 0.065 0.274 0.260 0.128 24 T 0.219 0.019 0.059 0.269 0.272 0.162 25 M 0.167 0.011 0.077 0.333 0.232 0.180 26 G 0.202 0.021 0.048 0.206 0.223 0.301 27 I 0.184 0.046 0.064 0.113 0.251 0.342 28 S 0.102 0.046 0.016 0.064 0.213 0.560 29 L 0.010 0.002 0.210 0.624 0.112 0.042 30 L 0.004 0.001 0.212 0.689 0.083 0.011 31 D 0.006 0.002 0.252 0.637 0.090 0.012 32 C 0.014 0.005 0.163 0.634 0.148 0.037 33 I 0.032 0.015 0.046 0.519 0.216 0.172 34 D 0.021 0.008 0.031 0.343 0.372 0.223 35 P 0.005 0.004 0.023 0.363 0.313 0.293 36 D 0.007 0.035 0.010 0.252 0.166 0.529 37 I 0.001 0.001 0.004 0.984 0.009 0.004 38 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 39 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 40 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.003 42 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 43 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.007 0.007 44 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 45 Y 0.001 0.001 0.004 0.982 0.007 0.007 46 Q 0.001 0.001 0.004 0.981 0.007 0.007 47 K 0.001 0.001 0.006 0.980 0.008 0.006 48 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 49 T 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.005 50 T 0.001 0.001 0.004 0.980 0.009 0.007 51 K 0.001 0.001 0.005 0.978 0.008 0.008 52 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.011 0.006 53 A 0.001 0.001 0.007 0.972 0.013 0.007 54 N 0.001 0.001 0.012 0.905 0.038 0.044 55 L 0.001 0.001 0.007 0.910 0.029 0.052 56 V 0.001 0.001 0.003 0.958 0.014 0.023 57 A 0.001 0.001 0.003 0.955 0.013 0.027 58 V 0.001 0.001 0.003 0.979 0.004 0.013 59 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 60 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 61 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 63 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.007 0.001 64 A 0.001 0.001 0.008 0.978 0.010 0.003 65 E 0.001 0.001 0.010 0.955 0.021 0.013 66 L 0.002 0.001 0.013 0.773 0.057 0.153 67 G 0.002 0.001 0.001 0.005 0.069 0.922 68 I 0.032 0.003 0.004 0.002 0.167 0.792 69 P 0.224 0.006 0.008 0.002 0.156 0.604 70 I 0.696 0.027 0.007 0.001 0.084 0.185 71 V 0.734 0.006 0.003 0.001 0.044 0.213 72 N 0.647 0.006 0.009 0.002 0.101 0.236 73 K 0.642 0.012 0.015 0.004 0.124 0.202 74 R 0.609 0.015 0.018 0.006 0.123 0.229 75 V 0.627 0.021 0.009 0.007 0.133 0.204 76 S 0.444 0.020 0.006 0.010 0.152 0.367 77 V 0.345 0.043 0.006 0.051 0.128 0.428 78 T 0.153 0.008 0.003 0.064 0.107 0.664 79 P 0.014 0.001 0.006 0.938 0.018 0.024 80 I 0.005 0.001 0.007 0.978 0.008 0.002 81 S 0.007 0.001 0.009 0.968 0.012 0.003 82 L 0.009 0.001 0.015 0.958 0.013 0.003 83 I 0.010 0.001 0.013 0.948 0.019 0.009 84 G 0.016 0.001 0.021 0.908 0.040 0.014 85 A 0.016 0.001 0.035 0.793 0.110 0.045 86 A 0.019 0.010 0.038 0.661 0.179 0.094 87 T 0.012 0.012 0.022 0.358 0.294 0.302 88 D 0.005 0.003 0.007 0.064 0.530 0.391 89 A 0.003 0.002 0.048 0.344 0.518 0.085 90 T 0.004 0.002 0.048 0.533 0.359 0.054 91 D 0.012 0.007 0.050 0.725 0.157 0.050 92 Y 0.014 0.004 0.011 0.912 0.017 0.042 93 V 0.007 0.001 0.004 0.975 0.005 0.009 94 V 0.005 0.001 0.005 0.977 0.005 0.007 95 L 0.002 0.001 0.003 0.986 0.003 0.006 96 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 97 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 98 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 99 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 100 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.007 0.001 104 K 0.001 0.001 0.006 0.974 0.016 0.004 105 E 0.001 0.001 0.011 0.952 0.023 0.013 106 I 0.001 0.002 0.008 0.829 0.048 0.113 107 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.063 0.926 108 V 0.064 0.002 0.001 0.006 0.112 0.815 109 D 0.617 0.009 0.002 0.002 0.069 0.300 110 F 0.927 0.012 0.002 0.002 0.021 0.037 111 I 0.888 0.003 0.006 0.006 0.046 0.051 112 G 0.702 0.003 0.006 0.009 0.104 0.175 113 G 0.537 0.005 0.025 0.029 0.191 0.213 114 F 0.441 0.018 0.023 0.022 0.213 0.284 115 S 0.529 0.033 0.040 0.055 0.154 0.190 116 A 0.599 0.014 0.048 0.067 0.141 0.131 117 L 0.677 0.018 0.032 0.074 0.115 0.084 118 V 0.559 0.038 0.059 0.141 0.139 0.064 119 Q 0.277 0.024 0.076 0.118 0.419 0.086 120 K 0.098 0.009 0.023 0.072 0.612 0.186 121 G 0.064 0.013 0.017 0.024 0.592 0.290 122 Y 0.054 0.061 0.003 0.012 0.452 0.418 123 Q 0.039 0.096 0.004 0.017 0.624 0.220 124 K 0.012 0.011 0.017 0.063 0.733 0.163 125 G 0.007 0.014 0.015 0.087 0.657 0.219 126 D 0.011 0.008 0.026 0.490 0.266 0.198 127 E 0.002 0.001 0.006 0.961 0.012 0.020 128 I 0.002 0.001 0.006 0.973 0.010 0.007 129 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.003 130 I 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 131 N 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 132 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 133 I 0.001 0.001 0.002 0.976 0.006 0.014 134 P 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 135 R 0.001 0.001 0.009 0.982 0.006 0.003 136 A 0.001 0.001 0.011 0.971 0.013 0.003 137 L 0.003 0.001 0.012 0.964 0.018 0.003 138 A 0.003 0.001 0.011 0.922 0.044 0.020 139 E 0.007 0.003 0.025 0.688 0.174 0.103 140 T 0.037 0.010 0.023 0.208 0.389 0.333 141 D 0.100 0.008 0.012 0.051 0.357 0.472 142 K 0.419 0.028 0.018 0.038 0.224 0.273 143 V 0.684 0.018 0.014 0.029 0.094 0.161 144 C 0.655 0.010 0.025 0.030 0.118 0.162 145 S 0.543 0.011 0.026 0.029 0.164 0.227 146 S 0.486 0.008 0.018 0.029 0.182 0.278 147 V 0.577 0.019 0.011 0.021 0.153 0.219 148 N 0.532 0.018 0.008 0.015 0.186 0.241 149 I 0.465 0.016 0.012 0.019 0.214 0.274 150 G 0.399 0.027 0.014 0.024 0.262 0.275 151 S 0.333 0.027 0.014 0.026 0.327 0.274 152 T 0.198 0.024 0.017 0.039 0.481 0.241 153 K 0.103 0.027 0.025 0.032 0.593 0.221 154 S 0.030 0.007 0.018 0.030 0.701 0.214 155 G 0.036 0.008 0.014 0.026 0.542 0.375 156 I 0.114 0.104 0.026 0.077 0.247 0.433 157 N 0.130 0.083 0.008 0.131 0.098 0.550 158 M 0.003 0.001 0.010 0.952 0.020 0.014 159 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 160 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 161 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 162 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 164 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 165 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 166 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 167 I 0.004 0.001 0.004 0.982 0.006 0.003 168 I 0.005 0.001 0.004 0.972 0.010 0.009 169 K 0.007 0.001 0.012 0.956 0.013 0.011 170 E 0.007 0.001 0.014 0.947 0.017 0.013 171 T 0.006 0.001 0.025 0.907 0.035 0.027 172 A 0.043 0.007 0.039 0.325 0.264 0.321 173 N 0.041 0.010 0.054 0.153 0.567 0.174 174 L 0.017 0.006 0.053 0.121 0.659 0.144 175 S 0.008 0.001 0.018 0.015 0.871 0.087 176 D 0.018 0.004 0.059 0.022 0.774 0.123 177 M 0.184 0.012 0.031 0.013 0.545 0.215 178 G 0.466 0.019 0.021 0.007 0.279 0.209 179 V 0.784 0.012 0.003 0.001 0.057 0.142 180 A 0.905 0.002 0.001 0.001 0.019 0.072 181 K 0.968 0.003 0.001 0.001 0.006 0.022 182 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 183 V 0.977 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 184 V 0.974 0.001 0.001 0.004 0.009 0.011 185 F 0.967 0.003 0.001 0.004 0.011 0.014 186 A 0.837 0.013 0.003 0.023 0.038 0.085 187 N 0.294 0.003 0.005 0.013 0.135 0.550 188 A 0.082 0.039 0.003 0.003 0.099 0.774 189 V 0.034 0.023 0.005 0.002 0.331 0.606 190 E 0.007 0.007 0.007 0.003 0.412 0.564 191 D 0.009 0.044 0.017 0.006 0.566 0.358 192 N 0.007 0.012 0.014 0.007 0.787 0.173 193 P 0.013 0.006 0.182 0.111 0.568 0.121 194 F 0.037 0.024 0.255 0.130 0.486 0.067 195 M 0.059 0.026 0.343 0.154 0.366 0.052 196 A 0.066 0.028 0.184 0.245 0.331 0.146 197 G 0.064 0.029 0.098 0.199 0.393 0.218 198 A 0.044 0.021 0.078 0.280 0.419 0.159 199 F 0.051 0.034 0.034 0.247 0.394 0.241 200 H 0.058 0.034 0.023 0.186 0.409 0.291 201 G 0.040 0.015 0.012 0.057 0.482 0.394 202 V 0.039 0.044 0.028 0.054 0.418 0.416 203 G 0.068 0.013 0.020 0.016 0.317 0.566 204 E 0.048 0.005 0.531 0.050 0.262 0.105 205 A 0.093 0.012 0.493 0.046 0.237 0.120 206 D 0.169 0.004 0.527 0.067 0.155 0.079 207 V 0.584 0.004 0.058 0.104 0.119 0.131 208 I 0.732 0.007 0.007 0.090 0.054 0.110 209 I 0.773 0.010 0.003 0.108 0.040 0.066 210 N 0.550 0.006 0.004 0.185 0.081 0.175 211 V 0.267 0.016 0.011 0.222 0.135 0.348 212 G 0.085 0.005 0.030 0.204 0.249 0.426 213 V 0.025 0.014 0.051 0.319 0.260 0.331 214 S 0.014 0.048 0.054 0.404 0.244 0.236 215 G 0.007 0.021 0.019 0.465 0.334 0.154 216 P 0.001 0.001 0.004 0.935 0.046 0.014 217 G 0.001 0.001 0.002 0.940 0.036 0.021 218 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 219 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 220 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 221 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 222 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 223 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 224 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.002 225 K 0.001 0.002 0.005 0.920 0.044 0.029 226 V 0.001 0.009 0.013 0.108 0.766 0.102 227 R 0.001 0.001 0.004 0.006 0.876 0.113 228 G 0.002 0.002 0.008 0.002 0.916 0.070 229 Q 0.038 0.050 0.004 0.003 0.772 0.132 230 S 0.055 0.063 0.004 0.010 0.128 0.741 231 F 0.015 0.003 0.065 0.783 0.075 0.060 232 D 0.002 0.001 0.035 0.922 0.032 0.009 233 V 0.001 0.001 0.024 0.961 0.011 0.003 234 V 0.001 0.001 0.007 0.979 0.008 0.005 235 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 236 E 0.001 0.001 0.004 0.970 0.018 0.008 237 T 0.001 0.001 0.009 0.965 0.018 0.008 238 V 0.001 0.001 0.022 0.938 0.030 0.009 239 K 0.001 0.001 0.042 0.900 0.042 0.015 240 K 0.001 0.001 0.051 0.852 0.070 0.026 241 T 0.004 0.001 0.031 0.743 0.101 0.119 242 A 0.016 0.005 0.033 0.537 0.139 0.271 243 F 0.104 0.013 0.037 0.488 0.157 0.201 244 K 0.162 0.003 0.040 0.528 0.129 0.138 245 I 0.391 0.007 0.029 0.374 0.097 0.101 246 T 0.387 0.006 0.017 0.371 0.086 0.134 247 R 0.203 0.008 0.021 0.432 0.162 0.174 248 I 0.048 0.004 0.039 0.592 0.165 0.152 249 G 0.040 0.006 0.044 0.513 0.227 0.169 250 Q 0.029 0.005 0.040 0.751 0.112 0.063 251 L 0.034 0.010 0.027 0.784 0.086 0.059 252 V 0.055 0.007 0.012 0.834 0.043 0.050 253 G 0.017 0.001 0.005 0.938 0.022 0.017 254 Q 0.002 0.001 0.002 0.982 0.009 0.004 255 M 0.002 0.001 0.001 0.986 0.007 0.004 256 A 0.002 0.001 0.001 0.989 0.006 0.002 257 S 0.001 0.001 0.003 0.984 0.009 0.002 258 E 0.001 0.001 0.007 0.978 0.011 0.003 259 R 0.001 0.001 0.015 0.957 0.019 0.008 260 L 0.001 0.001 0.014 0.893 0.034 0.057 261 G 0.001 0.001 0.001 0.017 0.062 0.919 262 V 0.007 0.003 0.001 0.005 0.099 0.885 263 E 0.046 0.003 0.002 0.007 0.089 0.853 264 F 0.548 0.026 0.009 0.021 0.113 0.283 265 G 0.835 0.012 0.006 0.011 0.038 0.098 266 I 0.860 0.008 0.013 0.015 0.035 0.069 267 V 0.756 0.008 0.030 0.025 0.068 0.113 268 D 0.665 0.012 0.061 0.028 0.099 0.135 269 L 0.302 0.009 0.147 0.054 0.203 0.285 270 S 0.263 0.022 0.074 0.028 0.195 0.419 271 L 0.173 0.029 0.073 0.047 0.159 0.519 272 A 0.005 0.003 0.002 0.004 0.037 0.949