# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.801 0.149 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 2 D 0.758 0.162 0.050 0.023 0.006 0.001 0.001 3 I 0.666 0.179 0.086 0.047 0.017 0.004 0.001 4 R 0.823 0.141 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 5 Q 0.413 0.319 0.157 0.082 0.023 0.004 0.001 6 V 0.271 0.197 0.196 0.182 0.116 0.035 0.003 7 T 0.507 0.305 0.130 0.047 0.010 0.001 0.001 8 E 0.453 0.353 0.143 0.042 0.008 0.001 0.001 9 T 0.315 0.190 0.141 0.178 0.131 0.043 0.002 10 I 0.267 0.221 0.192 0.203 0.094 0.021 0.001 11 A 0.479 0.354 0.127 0.035 0.005 0.001 0.001 12 M 0.523 0.228 0.123 0.087 0.035 0.005 0.001 13 I 0.318 0.178 0.160 0.200 0.114 0.029 0.001 14 E 0.415 0.341 0.164 0.066 0.013 0.002 0.001 15 E 0.480 0.292 0.132 0.069 0.023 0.004 0.001 16 Q 0.231 0.183 0.168 0.174 0.156 0.080 0.008 17 N 0.220 0.202 0.190 0.204 0.128 0.050 0.006 18 F 0.216 0.191 0.187 0.195 0.144 0.061 0.007 19 D 0.210 0.123 0.130 0.176 0.201 0.142 0.018 20 I 0.144 0.082 0.084 0.149 0.209 0.263 0.067 21 R 0.095 0.094 0.116 0.184 0.231 0.206 0.074 22 T 0.074 0.071 0.086 0.149 0.229 0.259 0.133 23 I 0.048 0.034 0.033 0.067 0.153 0.368 0.297 24 T 0.048 0.041 0.062 0.130 0.178 0.281 0.261 25 M 0.051 0.054 0.056 0.096 0.145 0.314 0.282 26 G 0.045 0.033 0.048 0.110 0.204 0.319 0.242 27 I 0.034 0.027 0.041 0.074 0.145 0.366 0.313 28 S 0.055 0.076 0.094 0.168 0.218 0.251 0.137 29 L 0.036 0.050 0.073 0.121 0.200 0.335 0.185 30 L 0.041 0.065 0.087 0.193 0.257 0.281 0.076 31 D 0.056 0.094 0.135 0.197 0.223 0.229 0.065 32 C 0.042 0.064 0.097 0.178 0.272 0.291 0.056 33 I 0.036 0.072 0.109 0.262 0.333 0.173 0.016 34 D 0.158 0.275 0.266 0.187 0.086 0.025 0.002 35 P 0.351 0.351 0.182 0.083 0.025 0.007 0.001 36 D 0.169 0.332 0.245 0.174 0.068 0.013 0.001 37 I 0.073 0.167 0.253 0.280 0.179 0.047 0.002 38 N 0.536 0.359 0.082 0.019 0.003 0.001 0.001 39 R 0.276 0.443 0.225 0.048 0.007 0.001 0.001 40 A 0.019 0.049 0.130 0.319 0.391 0.091 0.002 41 A 0.021 0.140 0.288 0.354 0.158 0.037 0.002 42 E 0.284 0.541 0.139 0.029 0.006 0.001 0.001 43 K 0.031 0.186 0.422 0.283 0.070 0.007 0.001 44 I 0.004 0.008 0.023 0.110 0.386 0.444 0.025 45 Y 0.008 0.070 0.200 0.366 0.278 0.074 0.005 46 Q 0.068 0.382 0.301 0.159 0.070 0.019 0.001 47 K 0.001 0.015 0.109 0.418 0.340 0.109 0.006 48 I 0.001 0.002 0.005 0.027 0.200 0.639 0.126 49 T 0.011 0.081 0.204 0.338 0.267 0.091 0.007 50 T 0.038 0.250 0.312 0.262 0.106 0.030 0.002 51 K 0.003 0.012 0.041 0.158 0.361 0.387 0.037 52 A 0.006 0.026 0.054 0.166 0.389 0.336 0.023 53 A 0.084 0.373 0.319 0.173 0.044 0.006 0.001 54 N 0.041 0.170 0.308 0.345 0.115 0.020 0.001 55 L 0.009 0.020 0.028 0.111 0.380 0.420 0.030 56 V 0.028 0.133 0.311 0.356 0.143 0.027 0.002 57 A 0.123 0.440 0.308 0.107 0.019 0.003 0.001 58 V 0.019 0.067 0.143 0.336 0.344 0.087 0.004 59 G 0.012 0.034 0.069 0.202 0.391 0.273 0.019 60 D 0.101 0.408 0.326 0.132 0.029 0.004 0.001 61 E 0.108 0.409 0.311 0.139 0.029 0.003 0.001 62 I 0.027 0.056 0.112 0.333 0.372 0.098 0.002 63 A 0.117 0.270 0.286 0.236 0.081 0.010 0.001 64 A 0.610 0.324 0.055 0.010 0.001 0.001 0.001 65 E 0.329 0.367 0.208 0.078 0.016 0.002 0.001 66 L 0.155 0.181 0.238 0.266 0.133 0.025 0.001 67 G 0.359 0.304 0.172 0.101 0.047 0.015 0.002 68 I 0.162 0.161 0.169 0.230 0.171 0.089 0.017 69 P 0.215 0.223 0.195 0.179 0.123 0.057 0.010 70 I 0.094 0.102 0.119 0.187 0.272 0.188 0.038 71 V 0.106 0.140 0.179 0.246 0.198 0.107 0.024 72 N 0.173 0.214 0.188 0.187 0.129 0.083 0.026 73 K 0.059 0.096 0.139 0.220 0.230 0.193 0.064 74 R 0.055 0.085 0.113 0.170 0.251 0.231 0.096 75 V 0.048 0.060 0.075 0.153 0.217 0.283 0.164 76 S 0.049 0.060 0.067 0.111 0.174 0.331 0.208 77 V 0.040 0.041 0.058 0.102 0.177 0.333 0.248 78 T 0.040 0.066 0.080 0.137 0.194 0.272 0.211 79 P 0.044 0.052 0.063 0.127 0.201 0.271 0.242 80 I 0.039 0.048 0.069 0.109 0.170 0.302 0.263 81 S 0.055 0.070 0.089 0.175 0.201 0.274 0.137 82 L 0.037 0.041 0.069 0.138 0.224 0.308 0.184 83 I 0.028 0.029 0.039 0.081 0.176 0.406 0.241 84 G 0.046 0.062 0.095 0.192 0.262 0.268 0.076 85 A 0.072 0.172 0.181 0.218 0.200 0.127 0.030 86 A 0.075 0.152 0.195 0.254 0.195 0.115 0.014 87 T 0.068 0.124 0.171 0.252 0.263 0.113 0.009 88 D 0.350 0.364 0.177 0.084 0.021 0.003 0.001 89 A 0.334 0.357 0.203 0.083 0.020 0.004 0.001 90 T 0.442 0.349 0.138 0.053 0.015 0.003 0.001 91 D 0.158 0.333 0.284 0.159 0.056 0.010 0.001 92 Y 0.010 0.036 0.105 0.258 0.389 0.192 0.010 93 V 0.011 0.066 0.151 0.264 0.324 0.170 0.014 94 V 0.035 0.189 0.286 0.307 0.139 0.041 0.003 95 L 0.002 0.012 0.048 0.170 0.356 0.383 0.028 96 A 0.001 0.004 0.011 0.058 0.277 0.556 0.093 97 K 0.008 0.089 0.282 0.366 0.185 0.065 0.005 98 A 0.004 0.036 0.136 0.349 0.327 0.139 0.010 99 L 0.001 0.001 0.002 0.014 0.119 0.610 0.253 100 D 0.001 0.013 0.082 0.291 0.411 0.189 0.014 101 K 0.012 0.202 0.388 0.282 0.100 0.015 0.001 102 A 0.002 0.013 0.054 0.268 0.458 0.193 0.012 103 A 0.004 0.017 0.044 0.183 0.427 0.299 0.027 104 K 0.131 0.500 0.258 0.091 0.016 0.003 0.001 105 E 0.247 0.433 0.196 0.090 0.027 0.005 0.001 106 I 0.020 0.094 0.188 0.292 0.281 0.110 0.014 107 G 0.092 0.226 0.243 0.224 0.156 0.053 0.005 108 V 0.024 0.046 0.100 0.213 0.255 0.263 0.097 109 D 0.027 0.062 0.092 0.183 0.282 0.251 0.103 110 F 0.009 0.016 0.026 0.059 0.148 0.324 0.417 111 I 0.007 0.010 0.018 0.043 0.089 0.270 0.562 112 G 0.006 0.017 0.030 0.070 0.111 0.248 0.517 113 G 0.005 0.010 0.016 0.041 0.094 0.258 0.576 114 F 0.003 0.007 0.011 0.028 0.089 0.306 0.557 115 S 0.007 0.023 0.049 0.105 0.176 0.289 0.351 116 A 0.006 0.018 0.036 0.079 0.136 0.313 0.411 117 L 0.010 0.022 0.041 0.101 0.203 0.355 0.269 118 V 0.008 0.016 0.034 0.090 0.190 0.406 0.257 119 Q 0.024 0.056 0.093 0.179 0.272 0.276 0.100 120 K 0.050 0.112 0.178 0.219 0.216 0.175 0.049 121 G 0.091 0.167 0.146 0.182 0.192 0.176 0.045 122 Y 0.033 0.078 0.154 0.285 0.293 0.139 0.018 123 Q 0.161 0.310 0.264 0.175 0.070 0.018 0.002 124 K 0.365 0.337 0.176 0.087 0.028 0.006 0.001 125 G 0.269 0.288 0.219 0.147 0.060 0.015 0.002 126 D 0.154 0.267 0.234 0.209 0.107 0.026 0.003 127 E 0.132 0.306 0.272 0.186 0.082 0.019 0.002 128 I 0.045 0.207 0.280 0.267 0.143 0.052 0.007 129 L 0.003 0.015 0.049 0.161 0.354 0.374 0.043 130 I 0.002 0.012 0.037 0.140 0.345 0.409 0.054 131 N 0.013 0.090 0.244 0.340 0.204 0.099 0.010 132 S 0.006 0.026 0.064 0.202 0.364 0.299 0.038 133 I 0.006 0.016 0.021 0.058 0.214 0.545 0.141 134 P 0.048 0.108 0.177 0.312 0.253 0.096 0.007 135 R 0.048 0.284 0.382 0.215 0.058 0.011 0.001 136 A 0.012 0.032 0.074 0.257 0.407 0.209 0.009 137 L 0.020 0.092 0.202 0.325 0.278 0.079 0.004 138 A 0.357 0.470 0.134 0.033 0.005 0.001 0.001 139 E 0.324 0.416 0.182 0.065 0.011 0.001 0.001 140 T 0.050 0.128 0.259 0.326 0.190 0.044 0.003 141 D 0.257 0.435 0.209 0.074 0.022 0.003 0.001 142 K 0.089 0.248 0.251 0.226 0.138 0.042 0.005 143 V 0.010 0.021 0.050 0.152 0.329 0.373 0.065 144 C 0.023 0.074 0.117 0.217 0.296 0.214 0.059 145 S 0.042 0.081 0.089 0.120 0.185 0.278 0.205 146 S 0.031 0.070 0.117 0.207 0.195 0.202 0.178 147 V 0.013 0.023 0.032 0.092 0.176 0.332 0.332 148 N 0.032 0.077 0.104 0.157 0.192 0.216 0.222 149 I 0.022 0.032 0.042 0.088 0.149 0.283 0.384 150 G 0.015 0.029 0.046 0.093 0.168 0.308 0.341 151 S 0.030 0.057 0.076 0.113 0.178 0.279 0.266 152 T 0.030 0.072 0.093 0.155 0.189 0.243 0.217 153 K 0.016 0.035 0.061 0.120 0.196 0.287 0.285 154 S 0.016 0.041 0.062 0.107 0.183 0.318 0.273 155 G 0.029 0.056 0.078 0.163 0.232 0.259 0.182 156 I 0.011 0.024 0.044 0.097 0.167 0.309 0.347 157 N 0.005 0.013 0.020 0.055 0.128 0.332 0.446 158 M 0.004 0.017 0.038 0.097 0.222 0.354 0.268 159 T 0.007 0.034 0.073 0.192 0.283 0.279 0.132 160 A 0.001 0.003 0.007 0.025 0.093 0.404 0.467 161 V 0.001 0.002 0.003 0.016 0.068 0.363 0.547 162 A 0.002 0.024 0.090 0.275 0.326 0.235 0.047 163 D 0.002 0.008 0.038 0.194 0.419 0.295 0.045 164 M 0.001 0.001 0.002 0.006 0.048 0.446 0.496 165 G 0.001 0.004 0.020 0.092 0.266 0.498 0.120 166 R 0.004 0.073 0.263 0.385 0.207 0.063 0.006 167 I 0.002 0.005 0.028 0.167 0.423 0.339 0.036 168 I 0.001 0.003 0.007 0.031 0.171 0.603 0.183 169 K 0.020 0.099 0.241 0.363 0.217 0.055 0.005 170 E 0.072 0.295 0.277 0.222 0.107 0.024 0.003 171 T 0.036 0.089 0.162 0.313 0.289 0.105 0.007 172 A 0.069 0.153 0.208 0.318 0.201 0.049 0.003 173 N 0.380 0.372 0.169 0.059 0.016 0.003 0.001 174 L 0.496 0.278 0.138 0.066 0.018 0.003 0.001 175 S 0.492 0.294 0.124 0.056 0.026 0.008 0.001 176 D 0.225 0.264 0.230 0.182 0.080 0.018 0.001 177 M 0.064 0.142 0.169 0.252 0.238 0.117 0.018 178 G 0.022 0.054 0.089 0.195 0.259 0.297 0.084 179 V 0.005 0.019 0.048 0.156 0.289 0.347 0.136 180 A 0.002 0.004 0.012 0.038 0.115 0.356 0.474 181 K 0.001 0.002 0.007 0.027 0.093 0.304 0.567 182 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.167 0.810 183 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.172 0.794 184 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.223 0.739 185 F 0.001 0.001 0.003 0.013 0.049 0.254 0.680 186 A 0.002 0.006 0.015 0.040 0.103 0.309 0.526 187 N 0.009 0.022 0.044 0.098 0.184 0.348 0.294 188 A 0.008 0.014 0.028 0.086 0.254 0.400 0.210 189 V 0.031 0.091 0.170 0.245 0.240 0.170 0.053 190 E 0.167 0.243 0.201 0.167 0.120 0.074 0.028 191 D 0.191 0.242 0.198 0.174 0.112 0.063 0.020 192 N 0.112 0.124 0.137 0.195 0.211 0.172 0.049 193 P 0.163 0.166 0.172 0.180 0.158 0.119 0.040 194 F 0.158 0.147 0.126 0.162 0.182 0.149 0.076 195 M 0.109 0.116 0.125 0.158 0.189 0.185 0.117 196 A 0.138 0.137 0.126 0.152 0.162 0.151 0.133 197 G 0.124 0.154 0.156 0.163 0.125 0.138 0.139 198 A 0.100 0.103 0.103 0.153 0.183 0.202 0.155 199 F 0.097 0.100 0.108 0.149 0.190 0.212 0.145 200 H 0.110 0.109 0.112 0.171 0.199 0.191 0.107 201 G 0.163 0.181 0.155 0.198 0.149 0.099 0.055 202 V 0.161 0.181 0.136 0.174 0.151 0.127 0.070 203 G 0.139 0.146 0.147 0.172 0.184 0.148 0.064 204 E 0.037 0.100 0.164 0.223 0.213 0.177 0.086 205 A 0.020 0.053 0.093 0.160 0.222 0.299 0.154 206 D 0.005 0.024 0.059 0.150 0.299 0.314 0.149 207 V 0.001 0.004 0.011 0.033 0.110 0.388 0.454 208 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.039 0.207 0.743 209 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.114 0.871 210 N 0.001 0.002 0.004 0.013 0.037 0.184 0.761 211 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.032 0.192 0.764 212 G 0.003 0.006 0.013 0.035 0.089 0.318 0.536 213 V 0.009 0.017 0.037 0.082 0.186 0.369 0.301 214 S 0.025 0.079 0.113 0.193 0.255 0.253 0.081 215 G 0.039 0.097 0.145 0.278 0.242 0.158 0.041 216 P 0.058 0.145 0.216 0.222 0.195 0.131 0.033 217 G 0.092 0.198 0.258 0.241 0.139 0.060 0.012 218 V 0.028 0.077 0.146 0.257 0.293 0.169 0.030 219 V 0.007 0.011 0.018 0.066 0.221 0.535 0.142 220 K 0.022 0.124 0.230 0.319 0.207 0.085 0.013 221 R 0.053 0.263 0.320 0.207 0.114 0.038 0.005 222 A 0.011 0.033 0.101 0.285 0.358 0.196 0.016 223 L 0.021 0.042 0.092 0.284 0.388 0.166 0.007 224 E 0.209 0.464 0.221 0.081 0.021 0.003 0.001 225 K 0.334 0.404 0.194 0.056 0.011 0.001 0.001 226 V 0.106 0.189 0.262 0.304 0.125 0.013 0.001 227 R 0.484 0.348 0.126 0.037 0.005 0.001 0.001 228 G 0.722 0.225 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 229 Q 0.598 0.291 0.087 0.021 0.004 0.001 0.001 230 S 0.428 0.326 0.154 0.073 0.017 0.002 0.001 231 F 0.131 0.153 0.225 0.277 0.175 0.038 0.001 232 D 0.442 0.375 0.138 0.039 0.006 0.001 0.001 233 V 0.207 0.384 0.268 0.114 0.024 0.003 0.001 234 V 0.049 0.050 0.077 0.206 0.367 0.239 0.012 235 A 0.025 0.083 0.200 0.356 0.258 0.072 0.006 236 E 0.281 0.426 0.185 0.073 0.025 0.008 0.001 237 T 0.037 0.089 0.249 0.361 0.203 0.055 0.005 238 V 0.032 0.034 0.049 0.135 0.296 0.380 0.075 239 K 0.094 0.204 0.230 0.229 0.157 0.071 0.015 240 K 0.254 0.277 0.182 0.126 0.094 0.056 0.010 241 T 0.098 0.130 0.161 0.226 0.209 0.140 0.035 242 A 0.134 0.123 0.104 0.165 0.227 0.205 0.043 243 F 0.177 0.107 0.102 0.155 0.198 0.188 0.073 244 K 0.239 0.161 0.135 0.151 0.122 0.122 0.071 245 I 0.320 0.122 0.086 0.101 0.137 0.169 0.065 246 T 0.434 0.201 0.139 0.105 0.068 0.041 0.012 247 R 0.469 0.186 0.099 0.104 0.075 0.051 0.018 248 I 0.292 0.189 0.158 0.152 0.099 0.077 0.033 249 G 0.269 0.158 0.131 0.176 0.145 0.093 0.028 250 Q 0.299 0.221 0.172 0.154 0.103 0.041 0.011 251 L 0.121 0.109 0.152 0.211 0.215 0.155 0.036 252 V 0.139 0.142 0.108 0.160 0.182 0.203 0.067 253 G 0.128 0.184 0.209 0.229 0.147 0.083 0.021 254 Q 0.125 0.243 0.241 0.204 0.132 0.049 0.006 255 M 0.092 0.203 0.219 0.249 0.175 0.056 0.006 256 A 0.058 0.074 0.127 0.317 0.308 0.111 0.005 257 S 0.165 0.370 0.248 0.157 0.053 0.007 0.001 258 E 0.477 0.400 0.102 0.020 0.002 0.001 0.001 259 R 0.242 0.297 0.206 0.162 0.079 0.015 0.001 260 L 0.080 0.158 0.293 0.322 0.129 0.017 0.001 261 G 0.536 0.371 0.075 0.015 0.002 0.001 0.001 262 V 0.123 0.165 0.220 0.271 0.165 0.052 0.005 263 E 0.222 0.317 0.219 0.167 0.060 0.014 0.001 264 F 0.052 0.058 0.108 0.203 0.308 0.230 0.042 265 G 0.108 0.105 0.132 0.207 0.216 0.183 0.049 266 I 0.042 0.056 0.096 0.159 0.230 0.283 0.135 267 V 0.044 0.048 0.070 0.136 0.210 0.294 0.199 268 D 0.103 0.120 0.148 0.174 0.182 0.205 0.069 269 L 0.169 0.144 0.142 0.176 0.174 0.155 0.040 270 S 0.225 0.174 0.133 0.161 0.162 0.120 0.025 271 L 0.319 0.163 0.139 0.164 0.126 0.077 0.012 272 A 0.465 0.172 0.118 0.117 0.085 0.037 0.006