# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.62916 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.983 2 D 0.020 0.019 0.001 0.040 0.011 0.004 0.905 3 I 0.009 0.003 0.018 0.899 0.011 0.020 0.041 4 R 0.007 0.001 0.025 0.905 0.011 0.026 0.025 5 Q 0.007 0.003 0.014 0.934 0.006 0.008 0.028 6 V 0.005 0.001 0.003 0.970 0.003 0.004 0.015 7 T 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 8 E 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 9 T 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.004 0.003 10 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 13 I 0.002 0.001 0.002 0.980 0.002 0.010 0.003 14 E 0.002 0.001 0.005 0.954 0.002 0.031 0.004 15 E 0.003 0.001 0.013 0.896 0.009 0.071 0.008 16 Q 0.003 0.001 0.012 0.644 0.028 0.288 0.023 17 N 0.009 0.003 0.018 0.437 0.046 0.385 0.103 18 F 0.073 0.011 0.010 0.189 0.121 0.057 0.538 19 D 0.229 0.011 0.008 0.110 0.090 0.048 0.504 20 I 0.388 0.011 0.031 0.311 0.058 0.084 0.118 21 R 0.574 0.009 0.022 0.251 0.035 0.022 0.087 22 T 0.632 0.003 0.013 0.263 0.026 0.013 0.050 23 I 0.712 0.003 0.004 0.223 0.012 0.012 0.033 24 T 0.628 0.008 0.005 0.282 0.021 0.016 0.041 25 M 0.530 0.002 0.013 0.269 0.046 0.081 0.060 26 G 0.658 0.011 0.009 0.072 0.056 0.107 0.087 27 I 0.774 0.021 0.002 0.013 0.026 0.012 0.151 28 S 0.633 0.026 0.004 0.011 0.038 0.015 0.273 29 L 0.172 0.010 0.238 0.292 0.027 0.114 0.147 30 L 0.071 0.006 0.543 0.185 0.047 0.078 0.070 31 D 0.053 0.004 0.601 0.141 0.030 0.086 0.086 32 C 0.035 0.023 0.365 0.191 0.058 0.131 0.196 33 I 0.020 0.022 0.058 0.153 0.325 0.121 0.300 34 D 0.009 0.004 0.009 0.034 0.316 0.028 0.600 35 P 0.002 0.001 0.062 0.383 0.076 0.426 0.051 36 D 0.004 0.007 0.060 0.476 0.054 0.329 0.070 37 I 0.002 0.002 0.026 0.857 0.012 0.040 0.061 38 N 0.001 0.001 0.005 0.953 0.005 0.012 0.023 39 R 0.001 0.001 0.006 0.976 0.003 0.005 0.009 40 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.002 0.008 0.008 41 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 42 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 43 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 46 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 49 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 50 T 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.016 0.002 51 K 0.001 0.001 0.005 0.961 0.003 0.024 0.006 52 A 0.001 0.001 0.012 0.969 0.002 0.011 0.005 53 A 0.001 0.001 0.021 0.947 0.003 0.026 0.002 54 N 0.001 0.001 0.023 0.901 0.004 0.067 0.004 55 L 0.001 0.001 0.018 0.941 0.003 0.028 0.009 56 V 0.001 0.001 0.016 0.956 0.006 0.014 0.006 57 A 0.002 0.001 0.017 0.954 0.003 0.017 0.006 58 V 0.001 0.001 0.008 0.972 0.002 0.011 0.006 59 G 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 60 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 64 A 0.001 0.001 0.002 0.970 0.001 0.026 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.939 0.001 0.055 0.002 66 L 0.003 0.002 0.007 0.714 0.012 0.243 0.020 67 G 0.032 0.006 0.007 0.148 0.134 0.497 0.175 68 I 0.194 0.011 0.006 0.067 0.192 0.014 0.515 69 P 0.441 0.035 0.017 0.056 0.064 0.010 0.377 70 I 0.507 0.036 0.064 0.118 0.059 0.043 0.172 71 V 0.576 0.013 0.068 0.053 0.056 0.061 0.173 72 N 0.493 0.006 0.062 0.038 0.163 0.057 0.180 73 K 0.626 0.008 0.025 0.043 0.121 0.053 0.124 74 R 0.602 0.009 0.015 0.028 0.062 0.051 0.232 75 V 0.699 0.033 0.004 0.018 0.029 0.017 0.201 76 S 0.663 0.007 0.001 0.005 0.016 0.019 0.289 77 V 0.583 0.016 0.001 0.003 0.039 0.004 0.355 78 T 0.587 0.016 0.001 0.007 0.082 0.006 0.302 79 P 0.338 0.007 0.033 0.342 0.042 0.020 0.219 80 I 0.232 0.004 0.097 0.502 0.039 0.024 0.102 81 S 0.179 0.003 0.117 0.615 0.023 0.018 0.045 82 L 0.214 0.006 0.084 0.635 0.011 0.021 0.030 83 I 0.250 0.012 0.060 0.571 0.012 0.055 0.040 84 G 0.185 0.005 0.100 0.501 0.048 0.082 0.079 85 A 0.224 0.008 0.110 0.357 0.058 0.124 0.118 86 A 0.107 0.016 0.098 0.283 0.094 0.154 0.248 87 T 0.027 0.018 0.076 0.184 0.181 0.176 0.338 88 D 0.017 0.008 0.047 0.081 0.202 0.192 0.453 89 A 0.009 0.004 0.093 0.233 0.176 0.266 0.220 90 T 0.010 0.003 0.083 0.395 0.142 0.256 0.113 91 D 0.017 0.008 0.043 0.557 0.104 0.116 0.156 92 Y 0.016 0.003 0.009 0.897 0.011 0.023 0.043 93 V 0.007 0.002 0.002 0.975 0.004 0.002 0.008 94 V 0.006 0.001 0.002 0.982 0.003 0.003 0.004 95 L 0.003 0.001 0.003 0.984 0.002 0.005 0.003 96 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.003 0.002 97 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 98 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.012 0.001 99 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.002 100 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 101 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 102 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 103 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.002 104 K 0.001 0.001 0.005 0.970 0.001 0.023 0.001 105 E 0.001 0.001 0.007 0.892 0.008 0.087 0.005 106 I 0.001 0.001 0.006 0.451 0.030 0.495 0.017 107 G 0.005 0.001 0.002 0.032 0.036 0.888 0.036 108 V 0.179 0.012 0.005 0.013 0.031 0.016 0.744 109 D 0.650 0.011 0.009 0.016 0.117 0.007 0.190 110 F 0.857 0.007 0.020 0.019 0.024 0.020 0.053 111 I 0.800 0.010 0.011 0.034 0.040 0.016 0.090 112 G 0.598 0.014 0.011 0.049 0.087 0.017 0.225 113 G 0.379 0.011 0.019 0.103 0.073 0.055 0.360 114 F 0.318 0.005 0.036 0.336 0.057 0.072 0.176 115 S 0.150 0.005 0.041 0.675 0.032 0.042 0.054 116 A 0.123 0.003 0.033 0.772 0.014 0.024 0.031 117 L 0.203 0.008 0.031 0.704 0.013 0.022 0.020 118 V 0.165 0.003 0.025 0.757 0.007 0.022 0.021 119 Q 0.130 0.004 0.020 0.732 0.021 0.063 0.029 120 K 0.038 0.003 0.019 0.263 0.049 0.591 0.038 121 G 0.016 0.003 0.010 0.037 0.087 0.704 0.144 122 Y 0.034 0.014 0.003 0.011 0.131 0.027 0.780 123 Q 0.093 0.053 0.007 0.030 0.108 0.034 0.675 124 K 0.026 0.007 0.047 0.283 0.118 0.451 0.069 125 G 0.016 0.004 0.039 0.374 0.109 0.339 0.119 126 D 0.021 0.009 0.017 0.625 0.054 0.038 0.236 127 E 0.023 0.005 0.011 0.872 0.016 0.018 0.055 128 I 0.041 0.007 0.021 0.876 0.012 0.018 0.026 129 L 0.022 0.004 0.033 0.896 0.007 0.028 0.011 130 I 0.012 0.002 0.059 0.873 0.007 0.042 0.005 131 N 0.008 0.003 0.054 0.705 0.012 0.208 0.008 132 S 0.008 0.011 0.049 0.644 0.066 0.130 0.092 133 I 0.002 0.002 0.012 0.858 0.037 0.017 0.073 134 P 0.001 0.001 0.023 0.960 0.002 0.007 0.007 135 R 0.001 0.001 0.041 0.950 0.001 0.007 0.001 136 A 0.001 0.001 0.055 0.928 0.001 0.014 0.001 137 L 0.001 0.001 0.059 0.897 0.003 0.037 0.002 138 A 0.001 0.001 0.037 0.767 0.003 0.190 0.002 139 E 0.001 0.001 0.027 0.646 0.015 0.296 0.013 140 T 0.014 0.008 0.036 0.397 0.134 0.197 0.214 141 D 0.030 0.007 0.068 0.157 0.303 0.203 0.235 142 K 0.278 0.012 0.120 0.160 0.138 0.190 0.102 143 V 0.640 0.038 0.052 0.079 0.039 0.038 0.115 144 C 0.692 0.014 0.033 0.034 0.051 0.028 0.149 145 S 0.665 0.005 0.021 0.019 0.079 0.045 0.166 146 S 0.767 0.008 0.011 0.015 0.042 0.021 0.136 147 V 0.800 0.008 0.004 0.012 0.035 0.008 0.133 148 N 0.755 0.013 0.007 0.017 0.029 0.015 0.164 149 I 0.680 0.023 0.021 0.038 0.037 0.058 0.143 150 G 0.355 0.016 0.032 0.042 0.160 0.178 0.217 151 S 0.232 0.022 0.041 0.039 0.196 0.173 0.297 152 T 0.137 0.023 0.045 0.065 0.214 0.160 0.357 153 K 0.051 0.010 0.095 0.231 0.188 0.222 0.203 154 S 0.035 0.005 0.068 0.351 0.117 0.345 0.079 155 G 0.041 0.007 0.056 0.409 0.088 0.297 0.100 156 I 0.086 0.038 0.031 0.523 0.068 0.075 0.179 157 N 0.060 0.011 0.008 0.702 0.020 0.019 0.180 158 M 0.018 0.001 0.010 0.887 0.005 0.017 0.061 159 T 0.011 0.001 0.012 0.939 0.005 0.015 0.016 160 A 0.013 0.002 0.024 0.924 0.006 0.011 0.019 161 V 0.008 0.002 0.019 0.949 0.003 0.012 0.007 162 A 0.002 0.001 0.012 0.965 0.003 0.015 0.002 163 D 0.001 0.001 0.008 0.957 0.003 0.026 0.004 164 M 0.001 0.001 0.003 0.961 0.002 0.028 0.005 165 G 0.002 0.001 0.003 0.962 0.007 0.017 0.009 166 R 0.003 0.001 0.002 0.986 0.002 0.004 0.003 167 I 0.004 0.001 0.002 0.987 0.001 0.004 0.001 168 I 0.008 0.001 0.002 0.981 0.001 0.004 0.003 169 K 0.009 0.001 0.005 0.977 0.002 0.004 0.003 170 E 0.010 0.001 0.008 0.964 0.002 0.014 0.003 171 T 0.010 0.002 0.027 0.865 0.006 0.075 0.015 172 A 0.017 0.005 0.063 0.507 0.059 0.269 0.080 173 N 0.048 0.015 0.058 0.243 0.048 0.372 0.216 174 L 0.025 0.013 0.045 0.100 0.182 0.077 0.559 175 S 0.012 0.003 0.093 0.086 0.149 0.277 0.382 176 D 0.010 0.006 0.152 0.065 0.166 0.459 0.142 177 M 0.041 0.012 0.186 0.087 0.160 0.220 0.294 178 G 0.089 0.008 0.095 0.071 0.256 0.198 0.283 179 V 0.268 0.020 0.084 0.099 0.116 0.115 0.298 180 A 0.592 0.019 0.021 0.037 0.046 0.016 0.270 181 K 0.807 0.003 0.008 0.020 0.064 0.011 0.087 182 L 0.967 0.001 0.002 0.006 0.005 0.003 0.016 183 V 0.983 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 184 V 0.985 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 185 F 0.948 0.002 0.001 0.011 0.003 0.004 0.031 186 A 0.762 0.005 0.005 0.011 0.040 0.032 0.146 187 N 0.339 0.023 0.018 0.017 0.148 0.057 0.398 188 A 0.154 0.017 0.046 0.025 0.182 0.094 0.483 189 V 0.066 0.013 0.140 0.057 0.173 0.252 0.299 190 E 0.040 0.018 0.142 0.068 0.173 0.349 0.211 191 D 0.026 0.018 0.087 0.059 0.301 0.226 0.283 192 N 0.026 0.021 0.036 0.038 0.317 0.076 0.485 193 P 0.027 0.012 0.116 0.109 0.141 0.369 0.226 194 F 0.068 0.031 0.121 0.149 0.119 0.356 0.156 195 M 0.130 0.075 0.099 0.164 0.119 0.135 0.278 196 A 0.115 0.036 0.104 0.138 0.086 0.299 0.223 197 G 0.094 0.023 0.146 0.154 0.119 0.304 0.161 198 A 0.159 0.030 0.152 0.168 0.101 0.119 0.272 199 F 0.194 0.082 0.129 0.117 0.108 0.140 0.231 200 H 0.150 0.046 0.107 0.071 0.171 0.243 0.212 201 G 0.083 0.018 0.066 0.024 0.259 0.193 0.357 202 V 0.054 0.029 0.054 0.021 0.281 0.253 0.308 203 G 0.066 0.022 0.049 0.017 0.326 0.227 0.293 204 E 0.076 0.018 0.081 0.021 0.327 0.151 0.327 205 A 0.147 0.017 0.093 0.009 0.154 0.174 0.407 206 D 0.186 0.007 0.050 0.006 0.376 0.079 0.298 207 V 0.816 0.005 0.013 0.003 0.045 0.015 0.104 208 I 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 209 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 210 N 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 211 V 0.860 0.002 0.001 0.002 0.010 0.017 0.108 212 G 0.704 0.009 0.007 0.004 0.082 0.067 0.126 213 V 0.517 0.044 0.012 0.009 0.109 0.086 0.223 214 S 0.173 0.035 0.010 0.009 0.216 0.109 0.447 215 G 0.028 0.007 0.006 0.017 0.542 0.096 0.304 216 P 0.013 0.005 0.021 0.354 0.176 0.197 0.235 217 G 0.004 0.002 0.020 0.875 0.031 0.037 0.031 218 V 0.004 0.003 0.011 0.954 0.006 0.010 0.011 219 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.005 0.002 220 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 221 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 222 A 0.003 0.001 0.010 0.971 0.001 0.010 0.004 223 L 0.003 0.001 0.029 0.942 0.003 0.016 0.004 224 E 0.004 0.001 0.030 0.920 0.003 0.039 0.003 225 K 0.002 0.001 0.021 0.850 0.006 0.106 0.014 226 V 0.005 0.006 0.023 0.525 0.103 0.113 0.225 227 R 0.004 0.006 0.034 0.259 0.089 0.433 0.175 228 G 0.005 0.002 0.048 0.066 0.172 0.515 0.192 229 Q 0.018 0.011 0.021 0.068 0.312 0.114 0.456 230 S 0.032 0.018 0.026 0.167 0.108 0.075 0.573 231 F 0.014 0.005 0.025 0.799 0.022 0.016 0.118 232 D 0.010 0.002 0.023 0.889 0.018 0.011 0.045 233 V 0.011 0.004 0.024 0.930 0.009 0.009 0.014 234 V 0.006 0.001 0.012 0.962 0.002 0.009 0.008 235 A 0.002 0.001 0.007 0.981 0.001 0.005 0.003 236 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.001 237 T 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.001 238 V 0.002 0.001 0.005 0.977 0.002 0.012 0.003 239 K 0.002 0.001 0.007 0.968 0.003 0.017 0.003 240 K 0.003 0.001 0.008 0.951 0.004 0.031 0.003 241 T 0.006 0.001 0.008 0.907 0.009 0.054 0.015 242 A 0.009 0.002 0.016 0.905 0.010 0.041 0.017 243 F 0.030 0.004 0.029 0.847 0.027 0.041 0.022 244 K 0.041 0.001 0.036 0.851 0.017 0.042 0.013 245 I 0.078 0.006 0.027 0.783 0.015 0.057 0.034 246 T 0.092 0.013 0.020 0.620 0.053 0.081 0.120 247 R 0.089 0.008 0.018 0.526 0.131 0.092 0.135 248 I 0.024 0.002 0.033 0.712 0.029 0.133 0.068 249 G 0.027 0.002 0.048 0.691 0.041 0.155 0.036 250 Q 0.047 0.004 0.037 0.802 0.036 0.049 0.025 251 L 0.057 0.009 0.019 0.861 0.012 0.024 0.018 252 V 0.013 0.002 0.008 0.944 0.003 0.018 0.012 253 G 0.008 0.001 0.007 0.959 0.005 0.009 0.012 254 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.001 255 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 256 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 257 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 258 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 259 R 0.001 0.001 0.004 0.945 0.002 0.048 0.001 260 L 0.001 0.001 0.007 0.622 0.011 0.348 0.009 261 G 0.005 0.002 0.003 0.032 0.020 0.877 0.061 262 V 0.052 0.016 0.001 0.004 0.037 0.006 0.885 263 E 0.196 0.020 0.002 0.003 0.048 0.009 0.722 264 F 0.447 0.015 0.019 0.012 0.069 0.049 0.390 265 G 0.706 0.003 0.019 0.012 0.132 0.035 0.093 266 I 0.914 0.005 0.010 0.008 0.015 0.006 0.042 267 V 0.930 0.005 0.003 0.006 0.005 0.003 0.048 268 D 0.816 0.008 0.003 0.008 0.015 0.005 0.144 269 L 0.561 0.006 0.009 0.007 0.033 0.025 0.358 270 S 0.343 0.013 0.021 0.007 0.121 0.059 0.435 271 L 0.254 0.028 0.076 0.037 0.099 0.090 0.416 272 A 0.095 0.009 0.039 0.023 0.081 0.039 0.714