# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.62834 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.007 0.001 0.004 0.088 0.889 2 D 0.015 0.008 0.001 0.009 0.047 0.920 3 I 0.003 0.001 0.030 0.900 0.024 0.043 4 R 0.004 0.001 0.023 0.945 0.017 0.010 5 Q 0.007 0.001 0.023 0.952 0.012 0.006 6 V 0.011 0.001 0.003 0.968 0.006 0.011 7 T 0.006 0.001 0.002 0.985 0.003 0.004 8 E 0.004 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 9 T 0.005 0.001 0.002 0.977 0.006 0.009 10 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 11 A 0.005 0.001 0.005 0.978 0.007 0.005 12 M 0.006 0.001 0.007 0.963 0.013 0.011 13 I 0.012 0.002 0.017 0.904 0.037 0.029 14 E 0.019 0.002 0.035 0.850 0.059 0.034 15 E 0.040 0.005 0.096 0.644 0.147 0.067 16 Q 0.042 0.004 0.089 0.392 0.265 0.207 17 N 0.052 0.007 0.034 0.088 0.242 0.576 18 F 0.135 0.014 0.008 0.014 0.226 0.602 19 D 0.308 0.005 0.003 0.004 0.106 0.575 20 I 0.826 0.008 0.004 0.007 0.038 0.117 21 R 0.903 0.004 0.002 0.004 0.029 0.058 22 T 0.965 0.001 0.002 0.002 0.010 0.020 23 I 0.949 0.003 0.002 0.005 0.012 0.031 24 T 0.819 0.005 0.005 0.010 0.106 0.056 25 M 0.606 0.005 0.005 0.016 0.238 0.130 26 G 0.376 0.011 0.009 0.029 0.337 0.238 27 I 0.634 0.024 0.008 0.029 0.182 0.123 28 S 0.546 0.040 0.013 0.070 0.082 0.248 29 L 0.280 0.022 0.135 0.316 0.117 0.130 30 L 0.139 0.007 0.258 0.364 0.133 0.099 31 D 0.087 0.005 0.369 0.262 0.217 0.060 32 C 0.035 0.012 0.250 0.316 0.273 0.114 33 I 0.026 0.023 0.069 0.313 0.309 0.260 34 D 0.007 0.007 0.009 0.056 0.529 0.392 35 P 0.001 0.001 0.075 0.639 0.223 0.062 36 D 0.002 0.002 0.075 0.619 0.236 0.066 37 I 0.001 0.001 0.032 0.920 0.038 0.007 38 N 0.002 0.001 0.008 0.962 0.014 0.013 39 R 0.002 0.001 0.006 0.971 0.011 0.009 40 A 0.003 0.001 0.007 0.962 0.012 0.015 41 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 42 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 43 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 44 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 46 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 47 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 48 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.005 49 T 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 50 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.004 51 K 0.001 0.001 0.007 0.966 0.009 0.017 52 A 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.005 53 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.004 54 N 0.001 0.001 0.015 0.971 0.007 0.007 55 L 0.001 0.001 0.022 0.955 0.010 0.011 56 V 0.003 0.001 0.029 0.938 0.017 0.012 57 A 0.008 0.001 0.025 0.926 0.024 0.015 58 V 0.003 0.001 0.009 0.963 0.010 0.015 59 G 0.002 0.001 0.005 0.964 0.006 0.021 60 D 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 61 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 62 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 63 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.007 0.004 64 A 0.001 0.001 0.012 0.975 0.006 0.007 65 E 0.001 0.001 0.012 0.966 0.007 0.014 66 L 0.003 0.001 0.013 0.901 0.017 0.066 67 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.030 0.957 68 I 0.120 0.003 0.004 0.004 0.056 0.813 69 P 0.568 0.006 0.005 0.003 0.058 0.360 70 I 0.795 0.009 0.011 0.003 0.079 0.103 71 V 0.813 0.010 0.007 0.003 0.068 0.099 72 N 0.695 0.005 0.009 0.005 0.147 0.140 73 K 0.732 0.003 0.003 0.003 0.107 0.151 74 R 0.877 0.003 0.002 0.002 0.032 0.084 75 V 0.962 0.003 0.001 0.001 0.011 0.023 76 S 0.974 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 77 V 0.929 0.004 0.002 0.005 0.027 0.034 78 T 0.669 0.004 0.007 0.011 0.147 0.163 79 P 0.604 0.006 0.019 0.020 0.185 0.166 80 I 0.630 0.011 0.042 0.042 0.121 0.154 81 S 0.714 0.008 0.057 0.047 0.092 0.082 82 L 0.780 0.008 0.062 0.043 0.060 0.048 83 I 0.717 0.013 0.049 0.070 0.079 0.072 84 G 0.640 0.008 0.054 0.061 0.144 0.093 85 A 0.500 0.010 0.046 0.087 0.216 0.141 86 A 0.214 0.022 0.051 0.087 0.314 0.311 87 T 0.076 0.046 0.039 0.064 0.381 0.395 88 D 0.032 0.012 0.036 0.045 0.507 0.369 89 A 0.010 0.004 0.176 0.246 0.412 0.153 90 T 0.011 0.005 0.124 0.480 0.280 0.099 91 D 0.014 0.005 0.067 0.679 0.134 0.102 92 Y 0.009 0.002 0.008 0.946 0.011 0.023 93 V 0.008 0.001 0.004 0.975 0.005 0.007 94 V 0.015 0.001 0.008 0.958 0.008 0.009 95 L 0.008 0.001 0.007 0.972 0.006 0.007 96 A 0.006 0.001 0.009 0.968 0.008 0.008 97 K 0.004 0.001 0.014 0.960 0.014 0.007 98 A 0.001 0.001 0.009 0.978 0.006 0.005 99 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.005 100 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 101 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 102 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 103 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 104 K 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.005 105 E 0.001 0.001 0.014 0.959 0.011 0.015 106 I 0.001 0.001 0.014 0.872 0.023 0.089 107 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.029 0.960 108 V 0.049 0.006 0.004 0.004 0.076 0.861 109 D 0.350 0.011 0.007 0.003 0.108 0.521 110 F 0.717 0.016 0.010 0.004 0.066 0.187 111 I 0.788 0.016 0.012 0.006 0.065 0.114 112 G 0.710 0.005 0.032 0.016 0.111 0.126 113 G 0.658 0.005 0.031 0.035 0.116 0.154 114 F 0.644 0.006 0.045 0.107 0.078 0.119 115 S 0.579 0.004 0.031 0.190 0.091 0.105 116 A 0.601 0.004 0.036 0.257 0.061 0.041 117 L 0.639 0.006 0.021 0.253 0.050 0.032 118 V 0.637 0.007 0.014 0.269 0.049 0.024 119 Q 0.523 0.007 0.013 0.271 0.135 0.051 120 K 0.264 0.008 0.018 0.228 0.262 0.220 121 G 0.080 0.009 0.012 0.032 0.288 0.578 122 Y 0.163 0.063 0.014 0.025 0.253 0.482 123 Q 0.161 0.034 0.014 0.034 0.416 0.341 124 K 0.061 0.013 0.020 0.101 0.515 0.290 125 G 0.028 0.008 0.030 0.247 0.423 0.264 126 D 0.061 0.011 0.047 0.502 0.232 0.148 127 E 0.041 0.005 0.037 0.785 0.073 0.058 128 I 0.049 0.007 0.040 0.822 0.048 0.034 129 L 0.051 0.006 0.050 0.832 0.034 0.026 130 I 0.048 0.003 0.065 0.820 0.040 0.025 131 N 0.037 0.003 0.050 0.790 0.065 0.055 132 S 0.016 0.004 0.021 0.862 0.031 0.067 133 I 0.011 0.004 0.013 0.789 0.046 0.137 134 P 0.002 0.001 0.025 0.920 0.028 0.024 135 R 0.001 0.001 0.022 0.953 0.017 0.006 136 A 0.002 0.001 0.027 0.948 0.017 0.005 137 L 0.001 0.001 0.026 0.920 0.041 0.010 138 A 0.002 0.001 0.036 0.836 0.086 0.039 139 E 0.006 0.003 0.038 0.621 0.179 0.153 140 T 0.015 0.007 0.035 0.255 0.375 0.313 141 D 0.032 0.004 0.041 0.155 0.389 0.379 142 K 0.271 0.019 0.054 0.245 0.226 0.184 143 V 0.431 0.018 0.030 0.294 0.117 0.109 144 C 0.438 0.010 0.047 0.241 0.117 0.147 145 S 0.379 0.004 0.045 0.222 0.147 0.202 146 S 0.626 0.005 0.023 0.096 0.090 0.161 147 V 0.672 0.013 0.009 0.080 0.058 0.167 148 N 0.714 0.013 0.006 0.040 0.056 0.171 149 I 0.507 0.013 0.021 0.152 0.117 0.190 150 G 0.378 0.014 0.052 0.101 0.217 0.238 151 S 0.305 0.022 0.068 0.100 0.310 0.195 152 T 0.128 0.026 0.043 0.100 0.492 0.211 153 K 0.068 0.011 0.058 0.144 0.573 0.147 154 S 0.043 0.008 0.041 0.203 0.555 0.150 155 G 0.073 0.015 0.044 0.161 0.488 0.219 156 I 0.132 0.049 0.016 0.235 0.215 0.353 157 N 0.091 0.030 0.006 0.246 0.064 0.563 158 M 0.002 0.001 0.008 0.977 0.005 0.008 159 T 0.002 0.001 0.007 0.984 0.004 0.003 160 A 0.002 0.001 0.017 0.974 0.005 0.002 161 V 0.003 0.001 0.012 0.973 0.008 0.004 162 A 0.001 0.001 0.011 0.975 0.010 0.002 163 D 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.005 164 M 0.001 0.001 0.005 0.971 0.011 0.013 165 G 0.002 0.001 0.009 0.781 0.058 0.148 166 R 0.016 0.003 0.022 0.740 0.075 0.145 167 I 0.061 0.006 0.026 0.799 0.053 0.055 168 I 0.054 0.004 0.029 0.823 0.048 0.043 169 K 0.051 0.003 0.050 0.805 0.061 0.030 170 E 0.060 0.003 0.070 0.784 0.056 0.028 171 T 0.019 0.002 0.074 0.800 0.073 0.032 172 A 0.020 0.003 0.067 0.730 0.107 0.073 173 N 0.017 0.008 0.048 0.439 0.214 0.274 174 L 0.019 0.026 0.026 0.229 0.279 0.421 175 S 0.013 0.009 0.017 0.100 0.274 0.586 176 D 0.020 0.004 0.125 0.216 0.378 0.258 177 M 0.031 0.011 0.189 0.269 0.335 0.164 178 G 0.069 0.013 0.238 0.182 0.296 0.202 179 V 0.188 0.014 0.149 0.142 0.189 0.318 180 A 0.610 0.012 0.033 0.070 0.107 0.168 181 K 0.882 0.002 0.005 0.014 0.041 0.055 182 L 0.982 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 183 V 0.984 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 184 V 0.974 0.001 0.001 0.015 0.004 0.006 185 F 0.912 0.002 0.002 0.037 0.016 0.031 186 A 0.445 0.008 0.004 0.041 0.063 0.439 187 N 0.104 0.021 0.010 0.030 0.128 0.706 188 A 0.081 0.041 0.031 0.022 0.331 0.494 189 V 0.037 0.021 0.152 0.032 0.619 0.139 190 E 0.036 0.026 0.111 0.027 0.671 0.129 191 D 0.015 0.017 0.059 0.035 0.755 0.120 192 N 0.013 0.016 0.024 0.029 0.737 0.180 193 P 0.027 0.015 0.101 0.064 0.582 0.212 194 F 0.108 0.057 0.161 0.111 0.447 0.115 195 M 0.172 0.058 0.114 0.077 0.454 0.125 196 A 0.249 0.050 0.081 0.090 0.344 0.186 197 G 0.183 0.028 0.073 0.056 0.465 0.195 198 A 0.186 0.023 0.072 0.051 0.449 0.219 199 F 0.178 0.030 0.076 0.058 0.385 0.273 200 H 0.178 0.057 0.054 0.057 0.321 0.333 201 G 0.115 0.023 0.018 0.019 0.404 0.421 202 V 0.176 0.033 0.017 0.017 0.356 0.402 203 G 0.153 0.019 0.021 0.011 0.497 0.298 204 E 0.147 0.022 0.096 0.018 0.571 0.145 205 A 0.168 0.013 0.046 0.007 0.552 0.215 206 D 0.299 0.008 0.032 0.006 0.420 0.236 207 V 0.856 0.007 0.003 0.003 0.052 0.079 208 I 0.975 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 209 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 210 N 0.959 0.002 0.001 0.003 0.007 0.028 211 V 0.821 0.003 0.001 0.002 0.037 0.136 212 G 0.705 0.006 0.002 0.002 0.101 0.184 213 V 0.418 0.033 0.013 0.017 0.272 0.246 214 S 0.117 0.030 0.019 0.050 0.428 0.355 215 G 0.037 0.006 0.028 0.169 0.332 0.427 216 P 0.012 0.003 0.024 0.790 0.084 0.086 217 G 0.021 0.007 0.033 0.795 0.079 0.064 218 V 0.024 0.010 0.022 0.887 0.030 0.027 219 V 0.016 0.002 0.010 0.942 0.016 0.013 220 K 0.014 0.001 0.011 0.955 0.014 0.006 221 R 0.010 0.001 0.009 0.966 0.012 0.003 222 A 0.007 0.001 0.008 0.969 0.010 0.006 223 L 0.002 0.001 0.010 0.976 0.008 0.004 224 E 0.004 0.001 0.019 0.953 0.014 0.010 225 K 0.004 0.001 0.012 0.870 0.035 0.077 226 V 0.007 0.009 0.019 0.661 0.228 0.077 227 R 0.007 0.005 0.014 0.293 0.515 0.166 228 G 0.003 0.001 0.018 0.138 0.662 0.176 229 Q 0.025 0.025 0.014 0.161 0.511 0.263 230 S 0.038 0.022 0.005 0.246 0.075 0.615 231 F 0.008 0.002 0.006 0.930 0.014 0.040 232 D 0.003 0.001 0.005 0.979 0.005 0.008 233 V 0.002 0.001 0.006 0.988 0.002 0.002 234 V 0.002 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 235 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 236 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 237 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 238 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 239 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 240 K 0.002 0.001 0.003 0.980 0.009 0.006 241 T 0.009 0.001 0.004 0.906 0.028 0.052 242 A 0.047 0.002 0.010 0.833 0.045 0.064 243 F 0.246 0.006 0.020 0.619 0.063 0.046 244 K 0.348 0.004 0.010 0.552 0.048 0.039 245 I 0.319 0.005 0.007 0.358 0.054 0.257 246 T 0.129 0.013 0.005 0.133 0.067 0.652 247 R 0.163 0.024 0.017 0.267 0.211 0.317 248 I 0.063 0.006 0.012 0.649 0.173 0.097 249 G 0.053 0.005 0.020 0.644 0.168 0.110 250 Q 0.104 0.009 0.013 0.744 0.083 0.048 251 L 0.095 0.011 0.012 0.781 0.043 0.058 252 V 0.039 0.005 0.017 0.873 0.035 0.031 253 G 0.046 0.004 0.022 0.850 0.033 0.046 254 Q 0.009 0.001 0.020 0.945 0.015 0.010 255 M 0.006 0.001 0.019 0.955 0.014 0.005 256 A 0.002 0.001 0.011 0.971 0.010 0.005 257 S 0.001 0.001 0.012 0.966 0.014 0.006 258 E 0.001 0.001 0.021 0.957 0.013 0.009 259 R 0.002 0.001 0.021 0.930 0.019 0.027 260 L 0.003 0.002 0.018 0.747 0.045 0.184 261 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.028 0.963 262 V 0.022 0.004 0.003 0.002 0.066 0.902 263 E 0.121 0.010 0.005 0.001 0.112 0.751 264 F 0.386 0.016 0.014 0.003 0.157 0.424 265 G 0.578 0.006 0.010 0.003 0.124 0.281 266 I 0.915 0.005 0.006 0.003 0.026 0.045 267 V 0.910 0.007 0.004 0.006 0.025 0.048 268 D 0.792 0.009 0.011 0.014 0.056 0.119 269 L 0.588 0.015 0.045 0.031 0.119 0.202 270 S 0.342 0.020 0.111 0.046 0.190 0.293 271 L 0.204 0.018 0.172 0.082 0.270 0.254 272 A 0.116 0.016 0.086 0.067 0.338 0.376